所以当日军深入复杂的山地之后，罗卓英即指挥部队，开始将抵抗开始逐步地增强，甚至开始进行猛烈的反击，企图截断日军的补给线，日军这时才发现，自己在复杂的山区中，很难顺利的进军，更难以越过江西西北的山岳地带，进入湖南而与南下的日军会师。
由于在开始的时候，冈村宁次看到在江西发动攻势的东路日军，进展顺利，同时发现重庆方面，有意放弃防守长沙的布阵，于是大胆下令在湖南北部的日军第六师团。
在九月二十二日，开始强渡新墙河，对中国第十五集团军的关麟徽部发动攻击，同时也出动助攻的上村支队，从洞庭湖登陆，组成包抄我中国军队左翼的西路军，以压迫中国军队向东撤退。
并且下令日军三十三师团与奈良支队，从湖北南部的中国军队阵地之间，组成中路军，进行大胆穿透作战，一举越过通城与麦市，直驱湖南平江，企图包围中国第十五集团军，迫使后退的中国军队的主力与日军进行决战。
原本蒋介石担心日军来势汹汹，因此指令部队的作战，可以保持弹性，若是日军主力强攻长沙，可以向东撤退，而保持对日军侧翼压力，避免进行决战。
但是第九战区代理司令长官薛岳，却已正确地看出日军兵力分散，冈村宁次又低估了作战地区的复杂地形，而严重影响到日军分进合击的计划，因此大胆地决定，将在长沙外围阵地与日军进行决战。
日军在湖南沿粤汉铁路南下主攻的部队，虽然一路进展顺利，但是却在中国军队机动迎战，灵活与迅速脱离战场的战术下，并没有捕捉到中国军队的主力，日军分散在各路的部队又无法顺利的对中国军队进行合围。
在江西北部作战的日军一零六师团，在幕阜山复杂的山地遭到中国军队有力的抵抗与包围下，日军补给线竟遭切断，差点就要受到围歼的打击，只好全力突围。
那里还会有力量敢到湖南进行会师。加上这时精锐的中国第七十四军（军长王耀武），开始在江西北部出击，使得日军遭到极大的压力，在江西北部的日军被迫全面放弃进入湖南会师的计划。
从湖北南下的日军奈良支队，向东旋转，虽然与由湖北南部南下的日军三十三师团，在湖南东北部完成会师，但却根本没有包围到华军的十五集团军。
同时，日军第六师团与上村支队会师之后，原先也有机会强攻长沙，但却受到薛岳部队的诱导，转向湖南东部追击华军，并企图与江西的日军会师。
不过由于在江西作战的东路日军，因为耗损过大，为了安全起见，已经开始退回原先的阵地，因此日军也失去了在湖南东北部合围中国军队的机会。
这时日军既会师不成，在湖南的兵力就越发显得单薄，再遭到薛岳部的强力反击，使得日军已经开始有些孤军深入的危机感了。
由于冈村已错过进攻长沙的机会，于是不待中国军队之反击合围形成态势，就下令在湖南的日军，分头撤军，并沿途对经过的地区大肆进行破坏。
最后在一九三九年十月十四日，所有参战的日军，都撤回原来的战线。
这回日军的大规模三路进兵的迂回作战，既没有攻到长沙，也没有对中国军队的野战军，造成严重的打击，冈村宁次在发现兵力分散，没有捕捉到中国军队主力。
以及中国军队开始反击之时，立刻就在长沙外围调军回头进行有秩序的撤军，由于日军进行密接支持的撤军行动，中国军队也无法进行有力的追击，无论是在江西还是湖南的日军，都撤回原来的战线，而日军的这次作战，可以说是白忙了一场。
当然要说这场作战是长沙大捷，是稍为有些勉强，因为日军原始的作战方案，的确没有以攻略长沙做为作战目标，但是日军却错过了攻下长沙的机会。
当时蒋介石下令薛岳可以在长沙进行机动防卫，假如日军在开始的时候，就要强攻长沙，恐怕应该可以如愿，但是它却分散兵力，企图捕捉中国军队主力不成，长沙也没有拿下，结果可以说是两头落空。
而薛岳能够识破战机，决心坚守长沙外围阵地，而在江西的罗卓英部，也善用地形，成功地阻击日军的运动，造成冈村认为日军会师无望，反而将要遭到中国军队的围攻，因此才立刻下令日军迅速的抽身撤退。
中日两军这回算是打个平手，但是日军的作战目标可以说是完全的落空，既没有吃掉薛岳的主力，也没有打下主要的战略目标，在江西还差点被中国军队吃掉一个师团。
这还是日军第一次打这种无厘头的仗。当然冈村宁次也不可能料到，后来日军又两度企图进攻长沙，但竟然两次都败下阵来。
蒋介石于1939年末在长江下游两岸发动的空前规模的冬季攻势，给日军以沉重打击，同时，使日军看到了蒋介石军队的强大和对侵华日军构成的严重威胁。
于是，招致了日军一系列政治的、军事的、经济的残酷报复。这就是1940年以后的近两三年的艰难时期。
1940年初，日本方面为抵销重庆国民政府，决心推出汪精卫，建立全国性的汉奸政权。“建国”的人选、组织、机构都早已按日本人的旨意准备好了，只等“黄道吉日”，粉墨登场。
1月16日。
汪精卫向蒋介石发出通电，威逼他赶快向日本人投降，否则，他的“新中国”一成立，重庆国民政府就将被取代。通电称：
兆铭（汪精卫）对救国夙有决心，如先生始终坚决予以拒绝，则兆铭不能再顾虑此事，势必先全力谋求局部和平，再选择到达全面和平之途径。除此而外，别无他途。先生如能以国命民生为重，此时毅然决定大计，与日本停战媾和，根据近卫声明之原则，以求其具体实现，则兆铭及各同志必能与先生同心协力，迅速实现全国和平。
蒋介石对汪精卫发出的通电，不予理睬。
1月17日晚。
蒋介石把我召见到了临江别墅，我刚刚一进门就发现了何应钦等大佬也在，于是急忙拱手道：“何总部长，王上将军近来可好！”
虽然何应钦等人一直把我视为威胁，但是他们表面上的功夫做的非常充足，拉着我的手嘘寒问暖。
喧嚣了一会的房间又静了下来，我望着热气腾腾的茶水，我揣摩着此时蒋介石此次召集众人的意图！
毕竟在日机轮番轰炸下，高级长官绝对不允许三人以上会面，屋子内的人们都各怀鬼胎的在互相观望，以寻求在对手身上看出破绽！
3月30日。
南京城各高大建筑物上突然挂起一面面青天白日旗。各主要街道上，一群又一群的游行队伍，喊着和平建国的口号穿城而过，大街小巷横空扯起了大字标语：
热烈庆祝国民政府还都南京！
和平建国万岁！
上午。
一长溜大小汽车越过铁路，行驶在南京城中央大道上。汪精卫和新“中央政府”各院部及各委员会的头面人物，伫立车上。好一派春风得意景象。
车队驶入“国民政府”院内，在宁远楼举行就职典礼，汪精卫身着礼服，站在麦克风前，声嘶力竭地宣读了《还都宣言》。
为了混淆海内外视听，更好地取代重庆国民政府，汪精卫的新“中央政府”，除名称上照搬重庆政府外，还把南京政府里所有机构名称，一律照搬重庆政府的模样儿。
甚至还别出心裁地把南京政府主席的“尖尖帽”，硬戴在现任重庆国民政府主席林森的头上。
汪精卫自己只屈居“主席”之下的行政院长（兼代理政府主席一职）。
但是，正当“还都”剧演到高潮之时，鼓楼和市中心新街口等处，却响起了乒乒乓乓的枪声。
随着枪响，“国旗”上顿时现出枪眼儿若干。甚至有的旗杆被“神枪手”击中，“国旗”颓然倒下。
正在游行的人们，开初还以为是哪里在放鞭炮庆祝，但当那枪子儿呜呜怪叫着从头顶上飞过时，这才膛目结舌了。
只见一群群日本大兵在街道上，提着枪，指着“国旗”大骂不休。
汪精卫得到日本兵枪击“国旗”的报告，立即派梅思平代表“新中国”政府，前往日军中国派遣军总司令部交涉。
派遣军总参谋长板垣征四郎回答梅代表，按照事先协定，“国旗”上方必须加一块三角形杏黄｜色布片，上书“和平建国”，或“和平反共建国”字样，以区别于重庆抗日政府国旗。你们没有按协定办，因此，引起日军官兵的愤慨。
如果派遣军听任把没有区别的重庆政府国旗飘扬在南京上空，势必严重影响大日本皇军的士气，动摇皇军军心。因此，你们必须立即取下现在的国旗，换上有区别标志的“国旗”。
汪精卫无法“独立”行事，只得下令换上有区别的“国旗”。转眼之间，南京城大街小巷又撅起一杆杆附有三角形黄布片的“国旗”来。
3月30日。
蒋介石从收音机里听到“国民政府还都南京”和汪清卫宜读《还都宣言》的声音，顿时大怒，下令中央电台开大功率，向全世界广播，重申1939年6月8日，重庆政府发出的对汪精卫等人的通缉令。通缉令说：
汪兆铭违背国策，罔顾大义，于全国一致抗战之际，潜离职守，妄主和议，并响应敌方谬论，希冀煽惑人心，阻挠大计。
经中央加以惩戒，犹复不自醒悟，倒行逆施，竟于上月秘密赴沪，不惜自附于汉奸之列，与敌往还，图谋不轨。似此通敌祸国行为，显属触犯惩治汉奸条例第二条之规定。此来海内外民众同深愤慨，先后呈请通缉严惩者，不下千余起之多。政府如尚曲予宽容，其何以伸张国法，慰我军民。应即由全国军政各机关一体严缉
务获，依法惩办，以肃纪纲。
接着，蒋介石下令悬赏十万块大洋，拿办汪精卫人头。
日军为了摧毁重庆国民政府的抗战意志，倾其海陆军航空力量，对以重庆为中心的西南根据地、进行了连续半年之久的狂轰滥炸。
5月20日至30日十天中，日机七次轰炸重庆，共出动飞机五百七十一架次。
6月，重庆被炸二十一次，日军共出动战斗轰炸机一千一百一十八架次。
7月，敌机十三次轰炸重庆，每次出动