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皇上遂命刑部审核此事。刑部官员从《南山集》的《与余生书》中找到了“罪证”。
其实这些个罪证，多是穿凿附会。
戴名世是在康熙四十八年以会试第一名，殿试一甲第二名进士及第（俗称榜眼）被授翰林院编修，在京供职，参与明史馆的编纂工作。此次因《南山集》中录有南明桂王时史事，并多用南明三五年号，被御史赵申乔参劾，以“大逆”罪下狱，多有冤屈。
当时，因为明史资料散逸颇多，有些又失于记载，因此尚无人能写明史。而戴名世每以史才自负，他很想仿效《史记》形式，作出纲目，然后广泛搜罗资料，相互参证，力求真实，写出一部有价值的著作。因此他广游燕赵、齐鲁、河洛并江苏、浙江、福建等地，访问故老，考证野史，搜求明代逸事，不遗余力。一时之间，文名播于天下。康熙四十一年，戴名世的弟子尤云鹗把自己抄录的戴氏古文百余篇刊刻行世。由于戴氏居南山冈，遂命名为《南山集偶抄》，即著名的《南山集》。此书一经问世，即风行江南各省，其发行量之大，流传之广，在当时同类的私家著作中是罕见的。正是这本书，使戴名世流芳文坛，得知己无数，却也使他遭致杀身大祸。
而此案株连数百人，震动儒林！
很多人觉得戴名世值所以被弹劾主要是因为他为人孤傲不羁，对达官贵族和那些所谓“欺世盗名的无耻文人”表现出的痛恨以及轻谩，还有他在《南山集·北行日记》中就说自己常“酒酣论时事，吁嗟咄嘻，旁若无人”，这些犀利的言辞难免会触动一些人的“隐疾”，所以遭到忌恨。
但事实并不止如此！
忌恨或许是个理由，但还不至于闹到如此田地，此事的爆发有一个更大更根本的原因——戴名世的好友是何焯！
何焯此人是有名的书法大家，他与笪重光、姜宸英、汪士鋐并称为康熙年间“帖学四大家”，而且他还是皇八子胤禩的老师。此事引发最主要的原因则是由于太子为了之前的事，怀恨在心，耿耿于怀，势要打击皇八子一党！
说到底，这两件事情都是皇储之争的延伸而已！
“南山集案”发生后，由于涉及面太广，打击范围过大，士子之心不稳。而此刻，正可谓是一波未平，一波又起。不久，又有折子递上说，江南又发生了一件耸人听闻的大案！
奏折中说：“江南本届乡试出现了舞弊大案，副主考官赵晋受贿十万两纹银，出卖举人功名。阅卷官王曰俞、方名合伙作弊，正考官左必蕃知情不举有违国法。为此江南士子大哗，舆论纷纷，民愤难平，请求从速查清弊端，严办贿官，以定江南士子之心。”
这封奏折好似一个晴天霹雳，使皇帝震惊不已！
皇帝万万不愿相信，在江南礼仪之乡会出现这样的劣迹！
但是，事情好像专门和他开玩笑一样，皇帝又于密奏卷内发现自己最宠信的坐探、苏州织造李煦『注3』的奏折，详细地讲述了江南科场舞弊，民情鼎沸的情况。奏折中说：“举子们出于义愤，把考场匾额上的“贡院”两个字涂写成了“卖完”，还有一群考生竟将财神庙里的财神泥像抬到了夫子庙里，江宁城内万人空巷，观看考生们抬着财神爷游街。”
皇帝看到这里已经怒火填膺，偏偏在奏折里面又飘出了一张小纸条，是李煦抄录的一幅揭帖对联：“左丘明双目无珠，赵子龙一身是胆”，这分明是指斥主考官左必蕃对舞弊行为视而不见，副主考赵晋胆大妄为，贪赃枉法。
此时，皇帝再也无法忍耐了，手中的龙泉窑青花茶杯，被他狠狠地掷在地上，摔得粉碎。侍候在旁的宫娥和内侍都吓得魂不附体，他们齐溜溜地跪下，战战兢兢地轻呼：“万岁息怒！”皇帝长长地舒了一口气，挥手令他们退下，自己坐在龙案前发下了一道御旨：“令户部尚书张鹏翮、漕运总督赫寿为钦差大臣，火速赶赴江南，务将科场案彻底查清。”
户部尚书兼武英殿大学士张鹏翮，是在凌晨接到康熙的圣旨的。他自知皇上一向对自己绝对信任，而且他也知道当今皇上平生最重视笼络天下士子，之前的“南山集案”已经动摇了士子之心，若这次自己负责的科场舞弊案再不能彻底查清，必然会遭到皇上的痛责严苛！于是他不敢怠慢，接旨的当天下午就与赫寿一起赶赴江南。路上二人议定，一定要快刀斩乱麻，将行贿的人犯一起缉拿严惩。
由于这个案子发生在江宁，为了避免江宁有关人员的纠缠，也为了不受江南各衙门的干扰，他们决定不在江宁审案，而将行辕设在扬州。第一次会审是在扬州钦差行辕进行的。两江总督噶礼、江苏巡抚张伯行奉旨陪审。
堂上询问时，副主考官赵晋当堂供认受贿黄金三百两，阅卷官王曰俞、方名也供认徇私舞弊，将在卷中做了暗记的程光奎、徐宗轩、吴泌等点了举人。
案情到此时脉络已经清楚，三个考官当堂被革去功名，收监看管。下面只要取出吴泌等行贿者的口供，将受贿钱财数额查清，就可结案了。
张鹏翮正为这个案子审得顺利而庆幸，却不料在审讯行贿人程光奎、吴泌的时候，发生了一件意想不到的事情，使得波澜突起，案情一下子又复杂起来。
程光奎、吴泌等被带进了大堂，张鹏翮先试了试这两名“举人”的学识，结果吴泌连两句《三字经》都背不顺溜。程光奎更加可怜，默写《百家姓》只“赵、钱、孙、李”四个字就写错三个，写对了的一个“钱”字还歪歪扭扭。钦差对这个只认识“钱”字的考生万分鄙视，含怒问道：“尔等到底行贿多少，才买来这举人功名？”程光奎自知难以抵赖，只好如实招供：“大人息怒，小人出了黄金十五锭，每锭二十两。”吴泌也跟着供认自己行贿数额与程光奎相同。吴泌刚刚招完，只听得一声惊堂木响，江苏巡抚张伯行拍案而起，厉声喝问：“主考官赵晋只收到十五锭金，另外十五锭哪里去了？”程光奎支支吾吾推说不知。
后来再三追问下，吴宓才道：“是小人托前任巡抚的家人李奇代送的。”张伯行立即拿起一根火签，传令速拿李奇到案。总督噶礼起身阻止道：“李奇乃前任叶抚院的亲信，大人轻信供词，缉拿于他，恐怕叶巡抚面上不好交待。”张伯行正色答道：“王子犯法与庶民同罪，李奇与御案有牵，焉能不问？”二位钦差也觉得应当穷追到底，于是李奇很快被捉拿到大堂上了。
大堂之上，众目睽睽之下，经过再三的询问和盘查，最后由于摄于公堂的威严肃穆，李奇说出了事实，他说：“还有十五锭，赵主考让小的交给了泾县知县陈天立，听说是留给了现任的……总督大人……”
顿时一片肃静。
大人们审来审去，谁也没想到竟审到总督大人噶礼的头上来了！
只见此刻，巡抚张伯行的目光剑一般地射向总督噶礼，而噶礼面色铁青，两目呆直，双手竟有些微微颤抖，好一会儿才定下神来拍案怒吼：“大胆刁民，竟敢当堂诬陷封疆大吏，来人，拖出去乱棍打死！”张伯行急忙站起身来喊声“且慢！”衙役们慌忙停下，张伯行对噶礼拱了拱手说：“犯人口供尚未录全，岂能轻易棒杀？大人心无芥蒂，何必怕人诬陷，不妨让他把话讲完，钦差在上自有定夺。”噶礼越发恼怒，吼道：“刁民信口雌黄，搅扰公堂，难道你就容他肆意乱咬？李奇如此大胆，想是有人指使，本督却容不得他。”说着把头转向不知所措的衙役，喝道：“你们还站着干什么？还不与我拉下去加力地打！”张伯行把脸一沉威严地说：“有本院在此，你们哪个敢打！”
公堂上气氛立刻紧张了起来。
督抚二位大员一个要审，一个要打，怎么收场呢？两位钦差此刻也是目瞪口呆，一时难以决断。大堂之上差役们面面相觑，不知所措。总督噶礼和巡抚张伯行怒目相视，似乎还要争吵。
过了足有半袋烟的工夫，两位钦差才耳语了几句，张鹏翮站起身来宣布：“李奇诬陷朝廷重臣，罪不容诛，且将他重镣收监，严加看管。本案今日审理到此，退堂！”
而之后不久，皇上就接到了巡抚张伯行的奏折，实际上在张伯行奏折上来之前皇帝早已嘱咐他安排在江南的亲信，李煦、曹寅等不断密报审案消息，对江南大审情况已经了如指掌。
而张伯行的此篇奏折理直气壮，使皇帝很受感动。
但就在同时，皇上也接到了噶礼的奏折：他参劾张伯行挟嫌诬陷封疆大吏，监毙要犯。折中列出张伯行七大罪状，仅其中私刻书籍、谤诽朝政一条就足够灭门之罪。
皇帝本太不信，但李煦等人也曾多次密告张伯行确有刻书之举，又使皇帝不敢全面否定噶礼之言。
拿着两份奏折，康熙犯起了踌躇，心中只埋怨张鹏翮和赫寿，去了两个多月竟没有一道有点主见的奏章。但是，康熙对江南科场案的态度是十分明朗的，一心要查个水落石出。现在督、抚互相弹劾，且都被卷进案中，如果不采取措施，恐怕越审越乱，想来想去，康熙决定暂时将张伯行和噶礼都解任，减少干扰，然后严令张鹏翮二人将科场案和督抚互劾案一并加速审清，康熙明确表示案中不管牵进何人也要彻底究清。而且康熙还特别指出：“证人李奇和泾县知县陈天立是本案关键，必须要这二人当面对质清楚，查明余下的十五锭金子的下落才是破案关键，两位钦差应对此格外用心。”
圣旨发下十天，仍不见张鹏翮的确实结论。却接连收到江宁织造曹寅和苏州织造李煦的三道密札，报道审案过程中又出了新的波澜。李奇与陈天立对质后，陈天立供认出确实接到了李奇送来的十五锭黄金，但问到交给谁了的时候，他却吞�