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元始天尊知道自己的计划成功了，核心点的控制系统已经被彻底摧毁了。很快，微妙平衡的破坏将引起一串连锁反应，他不知道他会看到什么，但他知道噬星魔已经时日无多了。他，元始天尊完成了作为光明圣神的最终使命！此刻的他，内心充满了自豪，那种作为光明圣神一员的光荣的自豪。
如果没有接受火种源，他或许会从此开始不再对生死患得患失。但现在，作为变形金刚们的造物主，元始天尊想要活下去，他要在宇宙中让这个物种得以延续，得以发展，得以腾飞。想到这里，元始天尊立刻转身向约好的集合点飞去，他不能在此久留，因为噬星魔的免疫系统随时可能对他这个“入侵者”发起攻击。他要到约好的集合地与他的十三元祖汇合，带他们一起去见擎天尊圣，然后共同寻找出口。
元始天尊一路向前飞着，他发现系统的失衡正在慢慢让威震天君留下的地图失去作用。无数的恒星偏离了他们既定的轨道，一片片气体云纠缠在了一起，数不清的平衡系统开始崩溃。一些过大的恒星失去了系统的牵制，开始塌陷，渐渐化作了白矮星、超新星。元始天尊终于来到了集合地。超新星爆发产生的一阵阵电磁风暴撕扯着他的皮肤，这让他意识到自己必须尽快离开这里，过强的射线不仅会把他撕碎，还会影响头脑的运行。但他没有立刻离去，他要等待那些变形金刚的归来。
先觉者回来了，光明使回来了，引天行也回来了……十三元祖回来了九个，其他的四个已经在失衡的系统中杳无音信。各处的风暴越来越强烈，元始天尊知道他们不能再继续等下去了。他强忍着心中的悲痛，下达了撤离的命令。
幸存的九个变形金刚集中到了他的身边，元始天尊开始变形。他变回蓝色的金属行星，这样他可以尽可能地平衡和抵挡各处飞来的射线和碎片。他将变形金刚们装进了自己的核心，在那里他跟他们交谈着——
“变形金刚的元祖们，感谢你们帮我完成了任务！”元始天尊将自己的面孔显现在中央大厅中，“现在我们要去与光明圣神的领袖——擎天尊圣汇合。”
“擎天尊圣……”所有的变形金刚都小声地重复着，生怕忘记了造物主之长的名字。
“而你们，也同样需要一位领袖。”元始天尊继续说，“先觉者！来接受领导模块（MatrixofLeadership）吧！从现在起，你，便是全体变形金刚的首领！”
说着，元始天尊在大厅中央升起一座平台，上面摆放着领导模块。那是镶嵌在椭圆形手柄内的一个黄色圆球，圆球的中央镶嵌着无名的晶体，晶体放出的五彩光华透过开口照射出来，映亮了整座大厅。
先觉者慢慢地走到平台跟前，跪了下来。他虔诚地伸出双手，轻轻地抓住手柄，将领导模块举过了头顶。领导模块的光华在这一瞬突然增强，照射得其他变形金刚全都跪伏在地，不敢睁开他们的眼睛。而先觉者也在强光的照耀下慢慢地长高、变壮，就好像一个男孩一下子成长为一个成熟的男人。
“从现在起，你不再叫先觉者！”元始天尊的话语回荡在大厅中，“你是第一代变形金刚的领袖——创天君（AlphaPrime）！”
“元始天尊……”创天君神圣地吟诵着缔造者的名字，将领导模块缓缓地收入了自己的火种室。
“创天君！领导模块是连接火种源的一个接口。通过它，你可以获得火种源中积存的知识与智慧；通过它，你可以释放无穷的伟大力量；通过它，你可以涤荡火种中的污秽……领导模块是变形金刚全体的至宝。在你卸任之时，切记将它交给下一任领袖……”
当元始天尊完成了变形金刚的加冕仪式时，他也刚好回到了与擎天尊圣分手的地方。双中子星免疫触发系统已经荡然无存，擎天尊圣的身影也无从寻觅。元始天尊迅速变回了人形，全功率向四外扫描。终于，在一个角落里，他发现了擎天尊圣的特征信号，但很微弱。
元始天尊带领着变形金刚们飞了过去，他看到了奄奄一息的擎天尊圣。元始天尊感到心头一阵酸楚，无数的进程突然死锁，他无法立即接受眼前的事实。擎天尊圣只剩下了半截身体、一只胳膊，他的下半身和右臂都不知去向。身体的断口支离破碎，无数的导线线头、金属碎片在那里散乱地搅作一团。
“擎天尊圣……”元始天尊发出的信号有些颤抖，“你怎么……”他哽咽住了，进程的死锁和内核的轻微短路让他无法继续。
擎天尊圣僵硬地转过头来，看着元始天尊，淡淡地笑了笑，“元始天尊。你回来了……太好了……你完成了光明圣神的使命！”
“是的，擎天尊圣。我完成了任务！”元始天尊说，“可是你为什么会……”死锁和短路再一次侵袭了他的软件和硬件。
“为了让你们顺利完成任务！”擎天尊圣虚弱地说，“我摧毁了附近的重要器官，成功地引来了尽可能多的免疫物质……那竟然是……中子星微粒……”
元始天尊这才恍然大悟。他曾经一度质疑，为何自己破坏了那般重要的系统，却没有遭到任何免疫系统的袭击。现在他明白了，他全明白了，自己顺利完成任务的背后是擎天尊圣这无畏的自我牺牲。
“元始天尊……”擎天尊圣又说，“快离开这里……带走我的火种……它们就要回来了……”
“不！擎天尊圣！”元始天尊不能照办，因为那等于亲手杀死自己眼前的大哥，“我会设法修复你的……”
擎天尊圣摇了摇头，费力地说：“不要犯我犯过的错误。取走我的火种吧……”
说着，擎天尊圣打开了自己的胸盖，露出了他的火种室。在那里，元始天尊看到了一颗闪耀着淡蓝色光芒的火种。擎天尊圣伸出手来，从火种室中抓出了自己的火种，不等元始天尊阻拦，便将它推向了元始天尊的胸膛。火种一下子融入了元始天尊的身体，融入了火种源。擎天尊圣的眼光开始变得闪烁不定，每闪一次，便会减弱几分亮度。突然，强烈的亮光重新从擎天尊圣的双眼中迸发了出来，紧接着擎天尊圣使出了最后的气力，猛推了一下元始天尊，将自己的半截身躯弹射了出去。
“不！擎天尊圣！！！”元始天尊歇斯底里的哀号还没来得及扩散开来，远处就飞来了无数中子星微粒，它们准确地嵌入了擎天尊圣剩下的半截机体。元始天尊眼看着擎天尊圣的身体先是被撕成了碎片，紧接着伴随着中子星微粒的瓦解爆开了。那曾经魁梧无比的红色身躯瞬间化作齑粉，消散在了他的面前。
“擎天尊圣……”元始天尊感到了内心深处传来的一阵剧痛。先是司晨太师，然后是威震天君，光明圣神兄弟一个接一个地在他面前死去，现在连擎天尊圣也……元始天尊无法继续他的思路，失魂落魄的他就那样飘荡在空中，仿佛死机了一般。
“元始天尊，伟大的缔造者。”创天君来到了他的面前，“我们知道自己那卑微的言语根本无力抚慰您心中巨大的伤痛，但我们还是希望您能从现在的悲痛中振作起来。我们，需要您的指引……”
元始天尊看了看创天君，眼前这黄色的身躯让他想起了宇宙大帝——他仅存的兄弟。
“元始天尊。”一声呼唤忽然从远方传了过来。元始天尊赶忙举头望去。他不敢相信自己的眼睛，站在那里的正是宇宙大帝，他最后的兄弟。
“宇宙大帝！”元始天尊高兴地大喊着，张开双臂，不顾一切地冲了过去。突然，他看到宇宙大帝张开了大嘴，从里面吐出了一束粗大的粒子射线，紧接着从他的双眼中也迸出了强力的激光。元始天尊怎么也不会想到自己曾经的患难弟兄竟然会对他发起如此的致命攻击，扑面而来的蓝绿色炮火彻底地浇灭了他满心的兴奋。他赶忙将左臂往身前一档，匆匆撑开了一面力场盾。射线和激光砸在了盾上，向四面迸开。巨大的压力把元始天尊顶得不停倒退。忽然，元始天尊注意到了身边的九个变形金刚，他知道他们的力量绝顶不住宇宙大帝的攻击，于是他伸出右手，将他们收入了自己的身体。
迅速敏捷的临场应变让元始天尊侥幸地挺过了宇宙大帝的攻击。透过慢慢消散的残余粒子，元始天尊看到远处的宇宙大帝将全身展开，摆出了一个“X”形。在他身后，一些小黑点正在慢慢地清晰起来。
那是中子星微粒！当元始天尊闪过这一念头的时候，那些微粒已经来到了他的面前。元始天尊慌乱中抛出了大量的负质量物质，妄图将中子星微粒弹开。但纯中子结合而成的物质所拥有的强大密度让它哪怕是很小的微粒也带有巨大的质量和惯性。中子星微粒没有被弹开，它们继续着自己的航程。被弹开的是元始天尊，他好像风暴中的枯叶一般翻腾起来，向着身后那片混乱失衡的恒星群撞去。突然，元始天尊感到一阵阵热浪从四面八方袭来。已经没有退路了！这一认识加速了元始天尊的思考——巨大的惯性和速度让中子星微粒拥有了强大的威力，也一定让它们无法轻易转向。想到这里，元始天尊迅速调整身体平衡让自己向侧面躲闪。一片密密麻麻的中子星微粒急速在他的面前掠过。虽然没有直接接触，但它们产生的巨大引力场还是撕碎了元始天尊的钢铁外壳，留下了一道道伤痕。
元始天尊无暇注意中子星微粒给他身后的恒星群带去了怎样的灾难，他也没空理会全身的伤痛。他必须立刻反击。无数的粒子射线从元始天尊那些早已预热好的炮管中冲出，直奔向宇宙大帝。与此同时，元始天尊向身边失衡的恒星旁边抛去了一块块负质量物质，让一片片恒星跟随着他的粒子射线一起飞向了对面的黄色巨人。然后，他悄悄地躲到了一颗大恒星的后面。虽然进行了猛烈的反击，但元始天尊很清楚地知道，宇宙大帝决不会如此简单地被打败。这一切