他一出院，又投入了紧张的战斗。当时，上海正在举办全国性的“高级生物化学训练班”，彭加木主动要求担任辅导工作，经常忙到深夜。
这时，中国科学院综合考察委员会领导得知彭加木又一次濒临险境，为了他的健康，劝他调离中国科学院综合考察委员，在上海安排适当工作。彭加木却念念不忘新疆，在1961年4月18日复信中国科学院综合考察委员办公室的领导：
我在医院查的问题主要有两个：一是上腔静脉阻塞，一是在骨髓检查中发现少数异常网状细胞，有患网状细胞瘤的可能。
网状细胞瘤是一种比较讨厌的病，病情的发展常常是快的，往往在一两个月之内可以达到十分严重的地步。现代医学尚无根治此病的方法……
我目前病情幸而尚无显着的发展。
……余留下来让我能继续工作的时日，恐怕未必会有很长久。按一般而论，似目前状况再维持一两年或三五年，即属十分罕有的例子，如不能善于利用此短促时光，为社会主义建设多尽一份力量，实堪惋惜，内心亦常为此焦急不安。
现在天气已经转暖，新疆地区的气候亦已将成为我可以在该地区工作的季节，未悉我现在是否可以前往新疆的准备？
经过中国科学院综合考察委员与上海生物化学研究所领导共同研究，考虑到考察队的生活异常艰苦，彭加木的身体已不能适应，决定自1961年4月底，把彭加木调回上海生物化学研究所工作，户口也由北京迁回上海。但是，领导上也考虑了彭加木再三要求赴边疆的强烈8望，同意彭加木在身体允许的情况下，在合适的季节中，去新疆工作几个月。1961年夏天，彭加木又奔赴新疆了。从此，他不顾身患重病，每年夏天差不多都抽出三个月的时间，坚持去新疆工作。有一次他去南疆考察生物资源，一连坐了十六天汽车，终于翻过了高耸入云的天山。尽管他是咬紧牙关才度过那漫长而艰辛的十六天，但他为自己闯过了这一难关而感到无比欢欣。
◆征服“科学之眼”
我没有听彭加木同志说过“难”字，也没有见过他开过空头支票。只要工作需要，他就有这么一股子劲——总要细心探索，刻苦钻研，不彻底解决不肯罢休。当电子显微镜安装后验收时，由于国内还没有鉴定高分辨率技术的经验，我们受了不少肮脏气。为了永远摆脱这种被动情况，为了对人民负责，看看这台仪器的鉴别率到底是多少，是否符合厂方所开列的规格，彭加木同志硬是花了一个月的功夫，通过顽强的探索，掌握了铂铱粒法，测出了仪器的鉴别率。这仅仅是他刻苦钻研业务技术的许多事例中的一个。
以上，是上海生物化学研究所曹天钦教授在回忆彭加木的文章中，所写的一段话。
彭加木是学农业化学的。当他在中央大学农学院读书时，别说没摸过电子显微镜，连看都没看过哩！
他，怎么会跟电子显微镜打上交道呢？
原来，1962年，当他在上海休养期间，上海生物化学研究所进口了一台高分辨率电子显微镜——当时国内的第一台。由于没有经验，在安装、调试工作中，遇到许多棘手的问题。彭加木一听说，尽管他自己也是第一次接触这种新技术，151却知难而进，主动求战。领导上同意了，派彭加木主持建立电子显微镜实验室的工作。电子显微镜是一种崭新的现代化科研工具。
人们常常把自己的眼睛称为“肉眼”。人的眼力不够，肉眼只能分辨大小为01—0。2毫米左右的东西。
自从在16世纪出现了光学显微镜，微观世界的大门自此被打开。人们用光淡显微镜把物体放大几十、几百倍，发现了微生物和细胞。恩格斯在《自然辩证法》一书中，把细胞的发现称为19世纪的三大发现之一。
不过，光学显微镜的放大倍数最大只有1500倍左右，最高分辨本领大约为2000埃。一埃，就是1/1，000，000厘米。
在20世纪30年代，随着电子技术的进步，人们开始试制新型的显微镜——电子显微镜。
1932年，世界上第一台电子显微镜诞生了，放大倍数只有12倍而已。然而，它飞跃发展着。如今，它的放大倍数已达几十万倍，甚至达上百成千万倍，分辨本领高达一埃。人们借助于电子显微镜，可以观察分子、原子。
电子显微镜被誉为“科学之眼”。它广泛地应用于生物学、冶金学、化学、地质学、半导体、物质结构学等许多学科。
然而，要掌握这“科学之眼”，却并不容易：
它结构精密、复杂，十分娇气。稍微一疏忽，拍出来的照片便是虚的。
它的内部要抽成高真空，实验室要求一尘不染。
它的观察范围比针尖还小。样品一定要切成极薄极薄，厚度只有50埃，即1/200000毫米。要知道，薄的打字机用纸的厚底，大约为1/25毫米左右！
彭加木有一股子“牛”劲——越是被别人说成神乎其神、困难重重的事情，他倒越是要干。他最喜欢跟困难较量，比个高低。
彭加木埋头在图书馆里，查看了许多国外的电子显微镜文献，弄清楚它的基本原理与操作技术。接着，他花费了三十多个日日夜夜，厮守在电子显微镜旁，忙碌于制作样品、调试、拍片……
在一开始，大家都是新手，仿佛是一群新兵练习射击假装的，要花费大量子弹。为了节省底片，彭加木从别的实验室里找来几盒过期的光谱胶片作为试验品。不过，他就连这样的过期胶片，也舍不得整张使用，而是把它裁成一小条、一小条。
经过几十次、几百次的调测、试拍，彭加木终于征服了神秘的“科学之眼”，用它拍出了合格的显微照片，从外行变成了内行。
有趣的是，连他自己都意想不到，从此人们竟把他当作国内屈指可数的电子显微镜专家！而他自己呢？从来不把技术当成自己私有的东西，总毫不保留地教给别人。正因为这样，后来他不断被邀请到外地，帮助广州、福州、乌鲁木齐等地建立了电子显微镜实验室。
更为可贵的是，彭加木对于国家的科学仪器，一向爱护备至。那台在1962年进口的电子显微镜，现在早已过时，成为“老爷货”。可是，由于彭加木使用很细心，给实验室制订了一整套严格的使用注意事项，所以这台电子显微镜在很多年之后仍在使用。用它拍摄的照片，质量并不亚于用新式电子显微镜拍的照片。
用曹天钦教授的话来说：“彭加木把这台电子显微镜的‘老本’都用出来了！”
其实，在彭加木身上，这样的事例多着呢：
他的那架照相机，早就“老掉牙”了。可是，用它拍出来的照片，却相当不错。
他的那辆自行车，人称“老坦克”。可是，骑着它作长途旅行，却安然无事。
彭加木常说：“秃笔也能画出好画来——关键在于你会不会画画。”
也有的时候，他一边修理着“老爷”照相机或那辆“老坦克”，一边自得其乐，头晃脑，背诵起几句唐朝作家刘禹锡的名作《陋室铭》：
“山不在高，有仙则名；水不在深，有龙则灵。斯是陋室，唯吾德馨……”
过去，彭加木喜欢郊游，喜欢看电影。自从忙于掌控电子显微镜，彭加木说：“我的精力有限，要用到最需要的地方。如果还有精力，我情8做实验。当我拍出好的电子显微镜照片，我就很高兴，这就是我最好的娱乐！”
◆捉拿“小魔王”
本来，彭加木的主要研究课题是酶化学和原胶原。自从他征服了“科学之眼”，便用这新式武器研究病毒，特别是植物病毒。他的研究工作，得到了中国科学院副院长竺可桢的赞许。
从此，他就把研究植物病毒作为自己的主攻方向，成为国内一流的植物病毒专家之一，以致如今人们提到他，便称之为“植物病毒专家彭加木教授”了。
病毒学的发展，是与电子显微镜技术的进步息息相关的。没有电子显微镜的发明，也就不会有病毒学，这正如没有光学显微镜的爱憎分明，就不会有微生物学一样。
自从人们发明了光学显微镜，发现了各种各样的病菌，才知道很多疾病原来是这种肉眼看不见的“小魔王”在那里捣乱。
然而，后来人们发现，牛的口蹄疫和烟草的花叶病是传染病，而人们用光学显微镜观察，怎么也找不到致病的病菌。
有人猜想，也许有一种比病菌更小的“小魔王”在捣乱。他把这种用光学显微镜看不到的“小魔王”称为“病毒”。
直到电子显微镜发明之后，这种猜想才得到了证实。人们用电子显微镜查出了病毒——它确实比细菌小得多，一般只有200—2600埃。
病毒的发现，是现代科学的一大突破。于是，许许多多人开始使用电子显微镜，寻找各种各样的病毒。好家伙，没多久便查出400多种病毒！
这些病毒之中，有的会使人或动物患病，叫做“动物病毒”，如开花病毒、流感病毒、狂犬病毒、鸡瘟病毒、马脑炎病毒、家蚕的多角体病毒等等。
也有的会使植物患病，叫做“植物病毒”，如烟草花叶病毒、菜豆花叶病毒、西红柿丛矮病毒、枣疯病毒、柑橘空心病毒、葡萄锐叶病毒等等。
还有的病毒居然会侵害细菌，叫做“噬菌体”。
甚至有几种动物癌，如鼷鼠的乳癌、鸡和鼷鼠的血球癌，经查明，也是病毒所致。
研究病毒，成了一门新兴的科学——病毒学。
就在这时，彭加木戴着“科学之眼”，成为这门新兴科学的研究者之一。
彭加木用电子显微镜研究动物病毒——新疆马脑炎病毒，拍出了清晰的照片。1963年，彭加木的论文《新疆马脑炎病毒的电子显微镜观察》，发表在《生物化学与生物物理学报》。
另外，彭加木还在《生物化学与生物物理学报》上发表了论文《原肌球蛋白和副肌球蛋白晶体的电子显微镜观察》及《用电子显微镜直接观测原肌球蛋白和副肌球蛋白分子》。
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