朝争事议论，下殿不失和气。为相以后，用人只据公议，所用之人未必谋面，甚至也不知道是他所荐。嘉祐三年，他任相不久，就向仁宗进言：应该吸取前代储君不立引起祸乱的教训，选择宗室子弟中的贤能者立为太子。仁宗因后宫有孕而迁延不定，但生下来的还是皇女。
嘉祐六年闰八月，知谏院司马光也上了立储札，仁宗让他把奏疏交给中书，司马光请仁宗自己宣谕宰相。当天韩琦知道后让人传言司马光，争取把建言立储的奏札送到中书，否则，他作为宰相，欲发此议，无从说起。次月，司马光旧事重提，例举了相关的历史教训，仁宗叫他将所奏立即送至中书。
司马光遵旨照办，并对韩琦说：“诸公倘若不及时议定大事，有一天，禁中夜半拿出一张纸，说立某人为嗣，那时天下谁也不敢吭声了。”韩琦等宰执同声应道：“敢不尽力！”司马光为此已先后七次上书。十月初，仁宗让韩琦看了司马光和吕诲的奏章，问宗室中谁最合适。韩琦趁机说：“这不是臣下所敢议论的，应出自圣断。”
仁宗曾在宫中抚养过两个宗室子弟，其一是濮安懿王的十三子，名叫宗实。濮安懿王是真宗的侄子，仁宗的堂兄。宗实四岁入宫，八岁时，因仁宗次子出生，被送回王府。其间，仁宗曹皇后也在宫中抚养了自己的外甥女，姓高，名叫滔滔。两人年纪相仿，颇有点青梅竹马的味道。庆历末年，仁宗无子，对曹皇后说：“我们过去收养过的宗实和滔滔都大了，我们为他俩主婚，如何？”于是仁宗的养子宗实娶了曹皇后的外甥女（这就是后来元祐更化时垂帘听政的高太后），很是热闹了一番，宫中盛传“天子娶妇，皇后嫁女”的说法。如今从宗室子弟中确定皇位继承人的问题，已经刻不容缓，仁宗自然倾向于宗实。
当时宗实正在为父亲濮安懿王守丧，朝廷命他起复，授以知宗正寺，以便为立储做准备。不料他先以父丧、后以生病相推托，不肯上任。韩琦向仁宗建议：“任命知宗正寺，外人认为就是皇子，现在不如立即为其正名。”八月，仁宗正式立宗实为皇子，改名赵曙。为了政权的稳定、天下的安宁，范镇、司马光等一大批朝臣，终于信念，勇于牺牲，一再犯颜极谏非臣子所宜言的皇位继承人问题，而韩琦作为宰相起了决定性的作用。
次年三月末的夜里，仁宗突然去世，时距皇子之立仅隔半年。曹皇后制止了内侍出宫报丧，派人悄悄通知韩琦等宰执黎明入宫。韩琦赶到，即请曹皇后宣赵曙入宫即位。赵曙到场，连说“我不敢做，我不敢做”，转身就走。韩琦等将他抱住，七手八脚为他穿上黄袍。然后将翰林学士王珪找来草拟遗诏，他一时间惊恐得不知如何下笔，韩琦临变不惊，吩咐他按自己说的写。四月一日早朝，韩琦宣读遗诏，宣布仁宗驾崩，新皇帝已在昨日登基。这位新皇帝就是宋英宗。
英宗的身体确实大有问题。四月八日，仁宗大殓，他在灵柩前狂号疾走，韩琦当机立断，拉下帏帘，命几名内侍护持皇帝，让葬礼正常进行到底。见英宗病体如此，韩琦与其他宰执商议，请曹太后仿天圣故事，垂帘听政。
英宗病得不轻，性情也越发乖张，举止失常，对内侍毫无道理的说打就打。曹太后劝他注意自己皇帝的身份，他也往往出言不逊。双方左右，都有人多嘴多舌，两宫关系逐渐紧张。
太后很不乐意，向韩琦等诉苦，韩琦回答：“我们在外朝，内朝护持全在太后。倘若官家有失照管，太后也不安稳。”太后很不高兴的说：“这话是何意思？我当然在用心照管。”见太后脸色骤变，其他人都为韩琦说话太重捏一把汗。韩琦依然正色说：“太后照管，众人自然也会照管的。”他知道，在这当口，有些话是必须由他来说的。
曹太后垂帘不久，司马光就上了一奏，重提刘太后天圣恋权负谤天下的旧事，希望她“成谦顺之美，副四海之望”，意在防止母后干政。其后不同场合，韩琦与司马光等朝臣一再劝说太后忍辱负重，容忍英宗病中可能有的失礼和无理。他们费尽心力的调和两宫，用心就在于不让太后做出废立的举动，造成政局的动荡。
十一月某日，曹太后派内侍送一封文书到中书，都是英宗所写的“歌词”和过失的举动。韩琦对着内侍当场烧了文书，传言太后：“太后不是常说官家心神不宁，这些何足为怪！”
与宰执面见时，太后呜咽流涕给韩琦历诉英宗的不恭，韩琦譬解道：“这是有病的缘故。儿子生病，当母亲的能够不容忍吗？”参知政事欧阳修也说：“现在太后身居房帏，臣等五六个人只是措大，一举一动若不是仁宗遗命，天下谁肯听从？”曹太后默然，他听出了弦外之音：英宗乃仁宗所立，倘不遵遗命，天下是不会听从的。
他们再去劝英宗，针对英宗张口就说：“太后待我无恩”，韩琦说：“父母慈爱而儿子孝，这不足为道。只有父母不慈，儿子不失孝道，这才值得称颂。何况父母岂有不慈爱的？”英宗若有所悟，两宫关系略有缓解。
即位后的大半年间，英宗身体时好时坏，到这年岁末，他已能够御殿视朝了。次年，改元治平，英宗已经可以不知疲倦的处理政务。曹太后原对朝政并无兴趣，这时却无还政之意，似与两宫不和有关。在韩琦等朝臣看来，女主垂帘乃迫不得已，久不还政更非盛世之象。台谏、侍从请求太后归政的奏章接二连三呈上来，迫使太后撤帘的舆论已到火候。
一天，禀事以后，韩琦单独留下，要求太后允准他辞去相位，出灵州郡。曹太后明白他的意图，说：“相公岂可求退？老身每日在此，甚非得已，且容先退。”韩琦立即称贺太后还政，贤明超过东汉马皇后和邓皇后，追问道：“台谏也有章疏请太后归政，不知决定何日撤帘？”曹太后似有不悦，起身入内。韩琦大声喝令仪鸾司撤帘，帏帘拉开，犹能见到太后背影。
一说，曹太后总把皇帝玉玺放在自己宫中，英宗外出巡幸时，他也带上玉玺同往。韩琦就安排太后与英宗出外祈雨，回宫后他当即以民众皆欢慰、台谏有奏章为由，奏请太后还政。太后恼怒道：“叫做也由相公，不叫做也由相公。”韩琦立在帘外，不撤帘就不下殿，曹太后只得被迫还政。
尽管记载颇多异同，但曹太后归政迫于形势，出于无奈，在台谏官一再谏诤下，由韩琦主其事则毫无疑问。由于这种制约机制的有效存在，兼之宋代家法对母后干政约束甚严，两宋尽管垂帘听政的皇太后多达八人，却从未危乱政局。
英宗亲政之初，颇欲有所作为，亲自点名把仁宗超颇有直声的谏官唐介召入朝，让他权御史中丞，做自己的耳目，去弹击奸邪小人。但他似乎并不像《宋史》本纪称颂的那样，是什么“明哲之资”。他缺乏根据的怀疑人，认定在他立为皇子一事上，三司使蔡襄向仁宗发过不好的议论，就违反宋代君主不得暗示台谏弹劾某官的做法，唆使谏官傅尧俞奏弹蔡襄，遭到拒绝以后，还是把蔡襄撵出了朝廷。英宗的生性固执集中体现在濮议上，这是牵动英宗朝的大事件。
英宗立为皇子时，正在为生父濮安懿王守丧。位居九五之尊以后，血浓于水，他想把生父也升格为皇帝。治平二年（1065年），英宗把已故濮王的名分问题交给礼官和待制以上的朝臣去讨论。按照儒家礼制，帝王由旁支入承大统，就应该以先皇为父，而不能以本生父母为考妣；秦汉以来那些推尊其父母为皇帝皇后的做法，都是见讥于当时、非议于后世的。
于是，朝臣们很快分为泾渭分明的两大派。一派主张英宗应该称濮王为皇伯，理由是“为人后者为之子，不得顾私亲”。这派以台谏官为主体，有司马光、贾黯、吕诲、吕大防、范纯仁、傅尧俞等，还包括不少礼官和侍从等朝臣，例如翰林学士王珪、判太常寺范镇、知制诰韩维、权三司使吕公弼等，声势相当浩大。另一派主张英宗应该称濮王为皇考，理由是“出继之子，对所继所生皆称父母”。这一派都是宰执大臣，有韩琦、欧阳修、曾公亮、赵槩等，中书大权在握。双方各执一词，引经据典，唇枪舌剑，不亦乐乎。
台谏制度经真宗一朝的完善，台谏官敢言直谏的元气经仁宗一朝的涵育，正进入沛然浩荡的时期。宰执坚持皇考说，激怒了于礼于理都略占上风的台谏官。台谏官本来就有监督制约相权的职能，他们认为宰执固执皇考说就是“臣权太盛、邪议干正”。不过，台谏官对大臣的弹劾最终还需有皇帝的支持，而在濮议中英宗与宰执们是坐在一条板凳上的。于是，权御史中丞贾黯被解职出京，知谏院司马光被免去谏职担任侍读，明眼人谁都知道这是在削弱反对称皇考的台谏官的力量。到这年十月，在朝的台谏官只剩下三人。
次年正月，侍御史知杂事吕诲联合御史范纯仁和吕大防联合上疏，参劾全体宰执，说他们“拒塞正论，挟邪罔上”，接下去的话也意气用事了，“请尚方之剑，虽古人所难；举有国之刑，况典章犹在”，即便不砍头，也应该判刑。到这地步，英宗不得不表态。诏书虽没有接受称濮王为“皇”，但仍称其为“亲”，并把濮王坟莹称为陵园，实际上还是将生父与仁宗并列。
吕诲等见论列弹奏不被采纳，交还了御史敕告，集体辞职，还放出话来，声称与称皇考派“理不两立”。英宗召来了宰执，问他们如何平息这场风波，欧阳修也逼着英宗作出选择：“留御史，还是留我们，唯听圣旨。”英宗的天平在私心的摇摆下倾向了宰执，把吕诲等三人贬出京师。
出使契丹刚回朝的知谏院傅尧俞、侍御史赵瞻和赵鼎得知濮议结局如此，也不再上朝，在家“待罪”。所谓待罪，是台谏官行使其正当言事权的最后