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接下来，高宗、秦桧就把迫害的黑手伸向了岳飞。在南渡诸大将中，岳飞是出身最低、功勋最著、抗金最力的。朱熹以为中兴将帅以岳飞为第一，但说他“恃才而不自晦”。确实，岳飞个性刚正耿直，不但不善于保护自己，还在两件大事上冒犯高宗，加深了高宗的忌恨，引来了杀身之祸。
其一忌绍兴七年四月，因高宗在让他节制淮西军北伐问题上出尔反尔，岳飞一怒之下上了庐山。高宗视其为“要君”，鉴于金人威胁还在，不得不好言抚慰促其下山，但同时引太祖“犯吾法者，惟有剑耳”以示警告，在表达不满时，已暗藏杀机。
其二即同年八月，岳飞出于忠心，建议高宗立储。这年，高宗才三十岁，他唯一的儿子三岁的赵旉早在八年前就惊悸而死，而他在扬州溃退时因惊吓引起性功能障碍，再也无法生育，成为他的难言之痛。岳飞立储建议有两大忌讳，一是触犯了正值而立之年的高宗性无能的忌讳，二是触犯了祖宗家法中武将不得干预朝政的忌讳。
高宗的厌恶、忌恨和反感是可以想见的，岳飞实在是太欠思量。再加上岳飞在抗金大计上毫不妥协，宗弼以杀岳飞作为议和的交换条件，高宗、秦桧以屈膝求和作为巩固自己皇位与相权的根本之计，于是，岳飞便非死不可。
绍兴十一年七月，秦桧唆使他的死党万俟禼以谏官身份弹劾岳飞，颠倒是非的罪名有三，一是“日谋引去，以就安闲”，二是淮西之战，“不得时发”，三是淮东视师，沮丧士气。第一个罪名暗指岳飞辞职上庐山一事，第二个罪名是指没能及时驰解淮西之围一事，第三个罪名完全把张俊撤除防务的事情栽到岳飞的头上。
此月，岳飞意识到处境的险恶，上表辞位，恳求高宗“保全于始终”。他被罢去枢密副使，改任宫观闲职。但高宗显然不想保全他，罢政制词里说岳飞有“深衅”，“有骇予闻，良乖众望”，留下了杀机。韩世忠看清了大势，主动辞去枢密使之职，杜门谢客，口不言兵，以求自保。
张俊受秦桧指使，利用在镇江开枢密行府的机会，胁迫岳飞的部将都统制王贵就范，又买通了副统制王俊，由王俊向王贵告发岳飞的爱将副都统制张宪，诬陷在岳飞罢兵后准备裹挟原岳家军离去，以威胁朝廷还兵给岳飞。王贵把王俊的状词发往镇江枢府，张宪虽受到张俊的严刑逼供，仍不肯屈招。张俊却上报朝廷，诬指张宪串通岳飞谋反。
高宗下旨特设诏狱审理岳飞一案。宋代群臣犯法，多由大理寺、开封府或临安府处理，重大的才下御史台狱，很少使用诏狱的方式，诏狱是用以查办谋反大狱，须由皇帝亲自决定的，临时委派官员奉诏推勘。
十月，岳飞与其子岳云被投入大理寺狱，御史中丞何铸与大理寺卿周三畏奉诏审讯，岳飞在受审时，拉开上衣，漏出早年刺在背上的“尽忠报国”四字，表明自己的清白和忠诚。
何铸经反复讯问，未获一丝反状，便向秦桧力辩岳飞无辜。秦桧辞穷，抬出后台说：“此上意也。”何铸虽然前不久也弹劾过岳飞，但良心未泯，不无义愤的说：“我岂区区为一岳飞，强敌未灭，无故杀一大将，失士卒之心，费舍己之长计！”
秦桧在高宗同意下，改命万俟禼为御史中丞，酷刑逼供，锻铸冤狱。岳飞在狱案上愤然写下“天日昭昭！天日昭昭！”八个大字，向高宗和秦桧喊出最后的抗议。
听到岳飞将处以谋反罪，许多朝廷官员都上书营救，连明哲保身的韩世忠也挺身而出，当面诘问秦桧，所谓谋反证据究竟何在，秦桧支吾道：“其事体莫须有。”韩世忠愤愤说：“莫须有三字，何以服天下！”但秦桧的妻子王氏却火上加油的提醒道：“擒虎易，放虎难。”高宗也决心违背“不杀大臣”的祖宗家法，绍兴十一年十二月二十九日（1142年1月27日），他亲自下旨，岳飞以毒酒赐死，张宪、岳云以军法斩首。
岳飞曾说：“文臣不爱财，吾臣不惜死，天下太平矣！”岳家军能够做到“冻死不拆屋，饿死不掳掠”，其纪律严明，骁勇善战，在当时诸军中最具战斗力。在抗金战争中，岳飞的战功与威名远在其他诸将之上。他也是南渡诸大将中唯一的进攻性将帅，由他统率大军北伐，本来是最有希望恢复中原的。岳飞一死，恢复就只能成为一种难以兑现的梦想。一代抗金名将却死于自家君相的毒手，这种自毁长城的行径更激起万世后人对民族英雄扼腕的痛惜与由衷的崇敬。
岳飞之死与绍兴和议及第二次削兵权错综复杂的纠葛在一起，关于这个问题，笔者曾在《论宋代第二次削兵权》一文，可以参看。不过，削兵权并非必然要导致岳飞之死，因为当时三大将的兵权确实已经平稳转移到三省、枢密院手里，也并没有任何反侧动乱的迹象，高宗完全可以对他们“保全于始终”。但高宗与秦桧在议和、削兵权与杀岳飞问题上，是各怀鬼胎，相互利用的。在秦桧看来，岳飞成为他向金投降的最大障碍，不杀岳飞，难成和议；而从高宗角度看，杀岳飞并非主要为了和议，更重要的是所谓“示逗留之罚与跋扈之诛”，杀鸡儆猴，以便他驾驭诸将，也因为憎恶岳飞“议迎二帝，不专于己”，替自个儿出一口恶气。在岳飞之死的问题上，高宗、秦桧也都在玩弄“交相用而曲相成”的把戏。于是，岳飞非死不可。
绍兴和议是在岳飞被害前一月签署的，这也反证：即便为屈膝求和，高宗也是完全可以不杀岳飞的。绍兴和议的主要条款是：宋朝皇帝向金朝皇帝称臣；两国疆界东以淮水中流，西以大散关（在今陕西宝鸡西南）为界，宋朝割让给金朝唐（今河南唐河）、邓（今河南邓县）二州与商（今陕西商县）、秦（今甘肃天水）二州之半；宋向金每年进贡银二十五万两、绢二十五万匹。
从当时宋朝立场来看，称臣、割地、纳币，绍兴和议无疑是一个屈辱的条约，更何况当时宋朝在对金战争中还占了上风。但从另一个角度说，绍兴和议是宋金两国地缘政治达到相对平衡状态的产物，南宋即便在战争中略占上风，也未必就一定在短时间内真能直捣黄龙府，把宋金边境北推到宋辽旧界。而宋金两国都已不堪连年的战争，绍兴和议是对宋金南北对峙格局的正式确认。
其后，宋金关系以和平共处为主流，双方虽然也有战争摩擦，但始终没能改变这一基本格局，正是在这一相对稳定的对峙格局下，北方社会经济得到了恢复，南宋则最终完成了社会经济中心南移的历史进程。从这一意义上说，清代钱大昕以为，宋金和议“以时势论之，未为失算”，这是有一定道理的。
作为绍兴和议的交换条件，绍兴十二年八月，金朝把宋徽宗的梓宫与宋高宗的生母韦太后归还给南宋，高宗上演了一场“皇太后回銮”的“孝道”戏。据说，徽宗棺椁里并无尸身，金人只放上了一段朽木，高宗也不敢开棺验尸，他怕再蒙羞辱。而韦氏在金朝也受尽了臣妾之辱，他被金将完颜宗贤占有达十五年之久，生有二子。高宗煞费苦心的把自己母亲被俘时年龄从三十八岁增大到四十八岁，就是为了让世人相信五旬老妇绝不可能有那号事，种种传闻只是金人的“诽谤”而已。
绍兴和议还有一个附带性条件，就是“不许以无罪去首相”，这就剥夺了高宗对秦桧的罢免权，确保其相权的不可动摇。于是，绍兴和议以后直到秦桧死前，南宋政治空气呈现出一种前所未有的窒息和黑暗。
细说宋朝54：秦桧与宋高宗
绍兴和议后，张俊还有滋有味的赖在枢密使的位子上。秦桧让御史弹劾他，将其旧部将譬为大小儿子：“大男杨存中握兵于行在，小男田师中用兵于上流，他日变生，祸不可测。”张俊只得乖乖提出辞呈。好在高宗说他有复辟之功，无谋反之事，同意他辞位，与秦桧演完了第二次削兵权最后一场双簧戏。从此以后，南宋政局重新回归重文轻武、以文抑武的旧轨。撵走了张俊，再也没人能与秦桧分庭抗礼，绍兴和议的附文又规定宋朝不能无故罢免首相，自此开始了秦桧独相专政的黑暗年代。
自绍兴八年（1138年）将赵鼎排挤出朝起，到绍兴二十五年去世为止，秦桧独相长达十七年之久，地位始终未见动摇。除对金和议上，高宗引为同调这一因素以外，作为一代权相，他自有一套巩固权位的手段与阴谋。这里，不妨从打击政敌、引用亲党、控制君主三方面作一介绍。
首先来说打击政敌。秦桧制造冤狱、整治政敌的残酷程度，可谓是不择手段。他尤其将赵鼎、李光、胡铨视为眼中钉，必欲置之死地而后快。
赵鼎在朝野颇有声望，也受高宗器重，秦桧将其视作莫大威胁。绍兴八年，赵鼎罢相，出知绍兴府，秦桧不久让他改知泉州，将他打发的远远的，免得高宗把他随时召入行在，东山再起。秦桧还不放心，将其一贬再贬，潮州安置。赵鼎在潮五年，缄口不谈国事，秦桧再将他编管吉阳军（今海南崖县）。赵鼎谢表说：“白首何归，怅余生之无几；丹心未泯，誓九死以不移”，秦桧见后悻悻说：“此老倔强犹昔！”
赵鼎在宜阳军三年，门人故吏都不敢通问，只有广西安抚使张宗元还过海送些酒米。秦桧就让吉阳军每月向朝廷报告赵鼎生死的消息。赵鼎知道秦桧决不会放过他，便对儿子说：“秦桧必欲杀我。我死，你们无事；否则，祸及全家。”绍兴十七年八月绝食而死。但秦桧并没有就此结束对赵家与所谓赵鼎余党的迫害。
李光罢政后出知绍兴府。绍兴十一年，和议将成，绍兴府百姓连日游行抗议，谏议大夫万俟禼诬陷说是李光鼓动的，将其押送藤州（今广西藤县）