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此时最后的外星入侵军盘踞在台湾－－琉球－－日本岛链上负隅顽抗。地球联合军发动了两次大规模登陆作战，均以惨败告终。地球此时已经非常荒芜，没有更多的资源和时间供联合军慢慢打下去。司徒王当即决定动用重力弹攻击西太平洋地震带，认为造成的强烈地震使得台湾岛东部陆沉三分之一，并分裂成三块。琉球岛链中则从海中产生两个大岛，整个改变了西太平洋战略结构。消灭了台湾、琉球两处外星入侵军主力后，外星入侵者宣布投降。地球联合军将其解除武装后押上星际飞船，将航行程序锁定为亚光速航行一千年后，将剩余敌军流放入茫茫宇宙中。
大时代的战争虽然结束，然而千头万绪、错综复杂的工作和斗争才刚刚拉开了序幕。通过十几年的战争，地球联合军零零星星地取回了一些前代极度发达文明的零星碎片，普遍科技水准大致与二十世纪六十年代相当。但首先面临的是粮食供应问题：农业全毁，在重整大地获得收成前得靠仅有的储备资源养活三亿六千万人口，因此发布人口生育禁令，非特殊情况经批准者不许生育子女。用了接近十年，到了三十一世纪初方才基本解决了吃饭问题，开始分批解除人口生殖禁令。
在十几年的战争中，人类得到的只是一些残破不堪的城市废墟。唯有外星人最后的据点，日本的新京都基本保留了城市结构和大部分建筑。司徒王执意要在建业都首先开始建设，而不肯将地球联合军机构迁入现成的新京都。但地球联合军的主要高级干部中，有日本籍干部数十人，形成了一股不可忽视的力量，他们强烈要求重建新京都。出生入死的军人集体上书要求是难以拒绝的。于是司徒王批准他们一伙日籍军官负责重建新京都。
慢慢的，科技得以发展、人们得以生息、农业得以恢复，整个地球的重建工作都慢慢的上了轨道。因大战后幸存的人口已经不多，地球联合军采取了定点重建的方法：在适合发展农业的地区重点清除污染、实现大规模工业化农业生产；在原有世界的一些国际性大城市的基础上，或在原址、或择更好的新址重建城市。然而，大时代结束时幸存的成规模的民族相当有限，各大民族的人们基本上以几个第一批建成的城市为中心开始定居、生活，而更为广大的大陆上往往千里无人烟。这种现象甚至到了几十年后都没有明显改变，地球上出现饿狼以五大中心城市为中心、后建的大城市辐射形的人口居住生存状况。在大城市间则有大量广袤的无人区。
城市逐渐增多后，开始制定发展规范。地球联合军当时制定的规范是：
顶级城市：称为“都”，属国际性超大城市或政治意义最为重要的城市。此类城市共有五个：建业都、新京都、中都、大西洋都和新罗马都。
大城市：辅助性城市，为地区中心。
地区（专区）：人民自发群居形成，无城市建制。
原则上，只有代表一个大地区的中心的城市，才能取得“都”的称号。然而，东亚就拥有三个“都”级超大城市。其中内情直接关系到地球联合军中的派系斗争：
日本的新京都，以地球联合军中日裔军官为主导。同时新京都是人类幸存的最后一个完成城市，重建较易，吸引了大量投资和移民。不到十年，已经俨然成为地球上第一大都市。
亚洲大陆上，本来有了建业都，已经可以不考虑再建设更多的超级城市。然而，地球联合军中出现了强烈的异议声音。不外有如下理由：
建业都地势险要，三面环山，北面大江。作为华东地区的战略要地，确实再好不过，找不到可以替代的地方。然而，险要地形和开发现代城市是矛盾的。建业的地形不适合建设超大规模城市，如果强行改变地形，又失去了其古风地貌以及险要之利。因地处南方，地下水过于发达，防御工程和地下交通网络的建设都困难重重、代价高昂。
更主要的是：与华族人口相对应，地球联合军中的华族高级军官人数极多，但正因为人数多，多到了分派系对抗的地步－－他们截然分为南北两派，其中北方一系多数是最早加入地球联合军的，声音强硬不少。在大时代之前，中国的首都天京（包括古北京和天津的大部地区）就是地球第一大城市，他们当然梦想着在死之前重见昔日辉煌。这些战功累累的英雄们的心愿，往往与现实实际需要完全不相干，他们却坚持不已。
司徒王本身是北方人，应算北系军人的领头人，但定都建业却是他的决策，因此他这个能够下最终决定的人，在这个问题上在南北两系人马中一直保持着一种暧昧的平衡。随着南北两系军官的争吵日益升级，建业的地理局限也在开发工程中不断体现出来。三〇〇五年，司徒王终于批准在古北京－－天津地区重点清除污染，然而择址建设东亚第三座超级城市中都。这个名字古已有之，此时的选择大概源于华人心理的中者至尊、统领天下的想法。
在建设过程中，不可避免地因为政治因素存在资源、政策的倾斜。中都建设虽晚，但因得到了很多优惠政策和重点投资，在评定城市级别时，城市规模和人口已经超过了建业都。这种明显的派系斗争为后来地球联合军的分裂埋下了种子。
在重建家园的时候，意想不到的敌人出现了。人间各处都陆续出现了来无影去无踪的武装人员制造的大规模破坏，没过多久便被证明是天界所为。这种行为的开始时间和原因都是一个秘密。在地球联合军的高层中流传着一个传说：在此之前司徒老儿与天界进行过秘密接触，但是发生了非常不愉快的事情。据说天界中央一度发出过横扫人间的诏书，但也许是被很快收回了，一直不能取得有过这种诏书的证据。但是，对于诸侯割据的天界，只要有这样一个事件，甚至只是一个谣言为突破口，对人间的渗透和攻击从此便络绎不绝。GDI也曾想过秘密与天界中央接触谈判以解决这种情况，可后来情报证明：天界中央根本就没有控制局势的能力。他们能够点起星星之火，但是当大火燎原时，他们无能为力。从那时起，地球联合军的主要军事任务就变成了应付天界入侵带来的突然事件，整日疲于奔命。
自大时代以来，对天界只有一些模糊认识的普通人民和地球联合军官员都有一个疑问：大时代人间被占十几年，人民死伤三十亿以上，天界干什么去了？这种猜疑到了GDI成立前夕，人间遭到天界数次渗透破坏后到达了顶点。天界在特务工作上下了苦工，岂图寻找人间的突破口，派到人间的特务在等级上、素质上讲都非一流，但造成的破坏仍是令人吃惊，许多不可思议的怪事发生后，被统称为“天灾”。司徒王穷尽最后精力于防御天界工作上，并在去世前留下遗言：“天灾不除，吾不得安。”
到了三〇一三年，地球联合军的定位已经变得越来越模糊。作为一个没有明显敌对势力的武装力量，它的存在合理性遭到广泛质疑。因天界诸侯国的不间断渗透，使得地球联合军究竟应该作为一个军事组织或警察机构存在的争论更加复杂化。同时，军队控制全部权利引起了商人和社会力量的不满，他们鼓吹着建立政府和议会，把大部分权力移交到政府手中。
在混乱的争吵声中，天界的入侵突然加强，造成了大规模的损失和恐慌。这时，退居幕后已久的司徒王再次出山，主持了地球联合军的拆分重组。地球联合军放弃政治权力，成立新组织地球防御系统，简称GDI。GDI全球联合会的总部设在瑞士，在各大城市有分部负责管辖各自的辖区。GDI完全是在地球联合军的基础上建成的，交出一部分政治权力后，开始转向重点部署针对天界入侵的全球防御。
然而，地球联合军已经不复存在，也就不可能再控制地球人民和政治力量成为铁板一块。在重建的二十年中，各地已形成了以大城市为中心的政治势力和格局，在此之后独立倾向更加高涨。不到一年，地球议会就不复存在，各地完全按照GDI分部的势力范围为界限形成了一个个城市联盟为基础的政治势力。美洲以大西洋都为首都成立了北美联盟；欧洲和北非几个城市以新罗马都为首都成立了地中海联盟。事已至此，还想重新把世界捏到一起已经不现实了。
在司徒王的默许下，亚洲政治势力开始讨论成立亚洲联盟。然而，出现了三大问题：
第一、民族争端：亚洲的有规模、有影响力（衡量标准为人口超过五百万）的民族只剩下华族和日本族。华族的实力明显比日本族高得多，但是日本族的规模也不小，人口仅次于北美，经济甚至比欧洲还发达。要以华族为核心，吃掉日本建立统一联盟几乎不可能。在谈判中，日本人的要价过高，甚至连对等制约都不轻易答应。北美联盟和地中海联盟的政治人物也加入进来拉偏架，称由华族为主兼并实力相对强大的日本实在不合适云云。然而如果反过来以日本族为核心管辖华族，等于蛇吞象，更是个大笑话。
第二、中心都市争议：亚洲的人口和城市基本集中在东部，而东亚就有三个都级超大城市，以哪一个为中心呢？这实际上关系到由哪一族、哪一派系掌握实权，因此在这一点上爆发了激烈的争吵。
第三、二京相争：GDI成立不久后，中都一系的北方军人幕后操纵舆论，以恢复文化传统为名掀起复名运动，将中都改名为天京。明眼人一眼就能看出来，这跟传统、文化没有多大关系，只是在舆论上抢夺制高点，制造一种己方