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毫不奇怪，这工作很难做。他是在揭示他自己的“粪堆”，如他所言，是一些因为令人难堪或者会产生内疚感而深藏起来的记忆，比如他在儿童期对一位兄弟的妒嫉（他在摇篮期就死掉了，从而在弗洛伊德的心中留下了永恒的内疚感），他对父亲又恨又爱的矛盾感情，而且特别是有一个时期，约在两岁半的时候，他看见自己的母亲光着身子，而且自己有了性冲动。
欧内斯特·琼斯在他为弗洛伊德写的一篇划时代的传记中说，这次自我分析并没有产生什么神奇的效果，弗洛伊德的精神毛病和对弗里士的依赖，实际上在一些令人烦心的材料曝光出来的头一年左右就已经非常明显了。可是，到1899年的时候，弗洛伊德的症状有了很大的好转，感觉比四五年以前好多了。到1900年，这个任务已经在很大程度上完成了，不过，在他后来的一辈子当中，他还是坚持把每天最后半个小时用来分析自己的情绪和体验。
这次自我分析，据大多数弗洛伊德研究学者的说法，尽管不太完善，可产生了很多个人好处，而且得出了一个更大的成果。弗洛伊德通过这个方法形成了很多有关人类本质的系列理论，或者确证了他与病人在一起时体会到的一些理论。
这些理论当中最重要的一个是，儿童，哪怕是在其早年，的确就存在很强烈的性感觉，他们特别容易包含受到父或母的性吸引，通常都是与自己性别相反的父或母。可是，儿童感觉到，这些欲望和幻想在父母和别的成人眼中是如此的邪恶，以致于他们只得将这些东西深理进无意识之下，并忘记掉自己曾经有过这些冲动或者欲望。
现在，弗洛伊德终于理解，为什么有这么多的病人都说自己在儿童时期受到过引诱。他们所揭示出来的“记忆”是一些儿童期的幻想，而不是事实上的引诱。他一直就走在正确的道路上，只是没有前进到可以探索精神真实的地步。杰弗里·梅森宣称，弗洛伊德放弃了他的引诱理论，是因为它得罪了他的医生同行们，而且于营业不利。可是，事实上，弗洛伊德的同时代人发现他的新儿童性欲和乱伦欲望理论比引诱理论更令人产生敌意。当时，弗洛伊德尽管对钱有所顾忌，尽管有孤立感，还有他希望得到尊重的欲望，还是感到非把真实情况公布出来不可，而且也的确这么做了，一部分是在1900年发表的，1905年更全面地发表了这个主张。
到1900为止，他已经不止发明了一种新的精神疗法和发现了儿童期性欲。他还研究出了一系列高度连贯的人类心理学理论，正常人和非正常人心理学都在内。尽管他吸取了一些心理学家最新的发现和一些观点（法国心理学家彼尔·热内甚至可以起诉弗洛伊德剽窃他所谓的“潜意识”观点），可在弗洛伊德的著作当中很有创意的部分——而且绝大部分就是的——都是来自他对自己和病人的思想通过一种形式的探索而得来的，在这个基础上，心理学史上没有任何人超过他。
动力心理学：早期的陈述
使弗洛伊德极为出名，也深刻地影响了西方文化的一些理论，描述的是纯粹心理学意义上的精神过程。弗洛伊德曾经是机械生理学的门徒之一，这种理论把所有的精神现象都说成是可以使用，或者以后可以用生理学术语来解释的。直到他放弃了这个观点之后，他自己才有了重大的发现。
弗洛伊德在转入催眠疗法和心理分析法以后，曾依附过生理学的一些理论。1895年，即他和布罗伊尔发表主要用生理学方法探讨歇斯底里症的《癔病的研究》的那一年，他起草了8页的“科学心理学项目”的草稿，在这份草稿里，他雄心勃勃地要利用在大脑里发生的生理学现象来解释精神过程。虽然他的“项目”当中包含了他自己的一系列刚露芽的心理学理论，可是，它解释这些理论所用的术语却都只是下面这些物理学上的术语，如运动法则、神经元当中的神经激发数量、这种能量的惯性，或者释放，释放的通道，以及能量守恒的原则。
弗洛伊德把草稿送给弗里士，可他自己却狠劲地批评它，而且还没有写完。他发现，神经科学还没有先进到可以使用这种方法的程度，跟威廉·詹姆斯一样，他感觉到，心理学在目前还只能以心理学的方法去对付思想和感情。弗洛伊德在把他的“项目”寄出去之前写信给弗里士说：“我再也不能理解我借之筹划出来的思维状态……它好像就是纯粹的胡言乱语。”几年以后，他又说：
我一点也不想让心理学就这样悬在空中，没有一个有机的基础。可是，在这个确认的感觉（即应该有这样一个基础存在在那里的）之外，我什么东西也没有，理论上的也好，治疗方法上的也好，都没有，无法借此进行工作，因此，我只好假装自己所面对的仅仅就是心理学上的因素。
尽管他放弃了找出一个统一理论的努力，他还是没有回到以前的传统二元论调上，即意识是一种与肉体分开、也各不相同的物质。他经常使用Seele这个词，在正式出版的作品中，他把这个词翻译成了“灵魂”，可是，这个词在德语中有很多意思，心理分析家布伦诺·贝特尔海姆曾很有说服力地说，弗洛伊德的意思实际上是指“精神”，即一个人的精神和感情方面，或者简单地说，思维和情感的整体作用。弗洛伊德一辈子都坚信，思维的任何哪一方面都不可能与大脑分开而独立存在，而且，其神经元中的生理过程是思想现象的材料。同样，作为一个科学家，他是一个彻底的决定论者，他相信，每种精神活动都有其根源，自由意志只不过是个错觉。
弗洛伊德放弃了在生理学基础上建立一种有关精神活动的理论的努力，这之后，他取得了长足的进步。在仅仅5年时间内（1895－1900），他发明了一种新的心理疗法，并形成了若干有关人类心理学的革命性理论。在后来的许多年里，他会对这些理论进行扩充、修正和增补，但是，假若他1900以后什么也没有做，对心理学也会带来一个新的景象。他有关意识的理论散见于他在这个时期写的各种文章里，其主要内容如下：
动力无意识：弗洛伊德之前的心理学家们所进行的几乎所有的研究和理论归纳，都是解决意识精神过程的，比如感知、记忆、判断和学习。弗洛伊德对心理学和西方文化所做的贡献在于，他提出了一套有关无意识及其对人类行为的关键作用的理论。欧内斯特·琼斯说，一般认为，这是他对科学所作出的最大贡献。
确切地说，弗洛伊德并没有像人们经常所说的那样发现了无意识。两个世纪以来，思想家们一直都在考虑这个问题——从理性主义者莱布尼兹，到19世纪的催眠大师们，从浪漫主义运动中的诗人和哲学家到亥姆霍兹，到沃兹堡学派的成员们和威廉·詹姆斯。不过，话说回来，这些人都只是把无意识看作是一个存储器，一个存放经验和信息的仓库，等待着被人调用。弗洛伊德经常把这个相对蛰伏但又很容易进入的精神生活区域叫做“潜意识”，并认为它与无意识有很大的不同。
可是，在弗洛伊德的前辈和同时代人，特别是催眠大师们的作品当中，已经有很多的线索，说是无意识在人的精神生活当中起一种积极的作用。还有些人甚至把“动力学”这个词运用到上面了。弗洛伊德采纳了这些思想，并以他的临床经验和自我分析为基础，把它们变成了另外一种形式。
他认为，意识有三种功能层次：有意识、潜意识和无意识。最后一种是最大也最有影响的一部分。它远非一种处于不活跃状态的材料仓库，而且一个极活跃的区域，而且是非常有力的原始驱动力及被禁止的欲求，它们会对有意识的思维不断造成压力，其形式是掩蔽的或者变形的，因而也促成和决定了我们很大一部分的行为。
这一点，在弗洛伊德的临床工作当中已经是很清楚明白的了。他的精神病人在接受分析之前的思维和行为，都是受他们自己一点也不了解，因而也无法掌握的一些力量所控制的。心理分析的目的，乃是要给病人的“自我”、“自行决断的自由”。这并不是说要有自由意志，而是要了解自己的无意识动机，并使自己处在一个可以由有意识的思想作出选择决断的状态里。
弗洛伊德慢慢相信，对精神病人适用的东西，对正常人也同样适用。然而，后来的发展却是这样的一种方式，即，他们不可为人接受的欲望，藏在清醒头脑之外的那些东西，都转变成了可为人接受的行动方式。因此一来，健康的行为，如同病态的行为一样，都在很大程度上由无意识的力量来促发和引导。
原初过程及二级过程：
在弗洛伊德的观点来看，无意识思维不仅仅只是我们用来羁押思维当中原初和不成熟部分的不可忍受的思想和欲望的地方。他把发生在这里面的精神过程叫做“原初过程”，它们是要通过行为，或者，在这些行为因为现实世界的力量而受阻的时候，通过像儿童时期的引诱概念或者梦想这类幻想来打破禁忌，实现愿望。无意识的内容虽然不是来自现实世界，却是促使我们行动的精神现实。
在我们成长的时候，我们得知，不能按那些不受控制的原初过程的催促来行动。我们得知哪些是在现实世界里可以被接受，可以成功实现的，哪些不能。有意识的思维操作的方式，是按照“二级过程”来进行的，即我们构想并实现一些满足可以为社会所接受的一些欲求的办法时所需要的那些思想、认知和解决问题的精神活动。
快乐原则：
许多哲学家和心理学家早已发现，人类行为在很大程度上都是趋乐避苦所致。