督类似后世的司令，出征时则号称元帅。
军机部，类似后世总参谋部，负责所有军队的编制、作战，管理所有级别的军事将领和各级参军。军机部辖作战司、调度司、军情司。作战司，负责组织实施战略、战役计划，指挥和实施各军种、战区的作战行动。调度司负责所有军种的调度。情报总署在总作战部内设有一个分支机构，为军情司，负责对敌方军事情报的搜集。
军政部，类似后世总政治部，各级参军的职责除了参赞军机外，还负责发展通天教组织和宣传通天教的教义，还负责审核军功、纠察过错的军法职责。所以军政部辖有军功司、军法司、组织司和宣抚司。军功司，负责审核将士军功，确认将士的军衔和军职擢升幅度；军法司，负责普及宣传军法、审核将士罪过、执行军法、监督军纪和监控劳改；组织司，在军中发展通天教组织和配合军功司、军法司，完成对将士们军衔和军职的擢升；宣抚司负责军队对内、对外、对民的三重宣传。
军训部，负责平时所有军队的训练、发展，辖有，禁卫司，负责禁卫部队的编制、训练；警备司，负责警备部队的编制、训练；陆军司，负责所有陆上军队包括骑兵、弓弩兵、枪兵的编制、训练；火器司，负责所有火枪和火炮兵的编制、训练；水军司，负责所有河流湖泊以及海上的水师的编制、训练。
军需部，辖有财务司、军粮司、军屯司、军牧司、军服司、军医司、军舰司等，同时还辖有十多个大型物资生产供应的工场。在营级设立军需官来掌管粮饷和其他物资，发放粮饷时，所有将士都在场，由皇帝亲自向高级军官分发，高级军官再向中级军官分发，分发时需要军需官、参军和主将一起发放。财务司除了负责军中物资供应费用的统计，还掌管、统计所有粮饷的支入支出，跟政务院财政部密切合作。军粮司负责联系地方政府凑集军粮、牲畜养殖屠杀、炊事等。军屯司负责所有屯田事宜，由屯田中郎将负责。军牧司，负责马匹的采购、喂养、医治。军服司，负责所有军服、棉被、军旗、帐篷等的设计制造供应。军舰司，负责江河湖海上的大小船舶的设计制造，在河内、辽东、山东等地兴建了多处大型船厂。军医司负责宣传健康医疗知识、救治伤兵、防止瘟疫，从营级开始有医疗伍之至到师级有野战医院，渐渐地战地医生、护士、医疗器械都开始齐全，不再完全仰仗中医。
军备部，负责组织领导全军的武器装备建设，将后世的总装备部和国防科工委都囊括进去了。下面设有军械司，负责新武器盔甲的设计、攻城防御器械如弩炮的设计制造；常备司，负责制造供应常规兵器、弓箭、盔甲等；火器司，负责火药、火炮、火枪等诸多热兵器的制造；军矿司，负责开采铁、煤和石油。
军建部，负责所有军事设施建设，辖有城垣司、工事司、营房司、交通司，辖有浩大地工兵和建筑兵队伍，全面负责所有军民设施地建设，使得势力内地每一栋建筑都能为军事目地做出贡献，等于后世总后勤部和国务院里建设部、铁道部、交通部的整合。另外，俘虏多半派到这里做苦工。
政务院，设有政务首相和次相，原来的六部改为吏政部、财政部、司法部、农牧部、工商部、文教部等六部，每部设有一个尚书和侍郎。根据军政分开地原则，政务院类同于后世地国务院，因为人才不足和时代局限，机构要简化很多，但比起这个时代地三省六部还是要健全不少。
吏政部包含考试司、人事司、监察司、组织司等部门。
财政部包含税务司、统计司、钱币司、中央银行、审计司；
农牧部辖农业司、民屯司、水利司、林业司、牧业司、粮食司、土地司。
工商部辖有工业司、矿业司、外贸司、内贸司、环保司、质检司、安监司等。
文教部辖有文化司、宣传司、出版司、体育司、产权司、旅游司、文物司、教育司、科技司等，杂糅了教育部、中科院、社科院、工程院、发展研究中心、科技部、地震局、气象局、测绘局、自然科学基金会、信息产业部等后世部门。
司法部，负责法律的制定、案件地审理核查、监狱，将后世的公安部、司法部、法院同归在一起。
后来又设了一个民政部，辖有民生司、卫生司、邮政司、人口促生司、保障司等部门。
廉政公署是由御史台改编而来，对所有官员和将领都有调查之权，公署内辖有信访局。
国家安全总署，由原来的军情司、中情司、暗香司改编而成，不仅仅要对敌人和其他盟友势力，更要对准内部，一百个胜利有时候也抵不过背后的一刀，升级后的情报总署是后世国安部、档案局、保密局、锦衣卫的杂糅，是中央情报局和联邦调查局的融合，调查内部、敌人、盟友。
通天教神殿是将通天教的宗教地位提高到军政同等高度，便于发展通天教去挤压其他教派，全面提升国人的宗教信仰。
秘书处记述皇帝的圣旨和转呈下面的情报文书，由秘书令负责起草。
侍卫处负责皇帝、皇室的安全，包括龙骧军、虎贲军和麒麟卫。
第847章 外部监督议政院
吕布从东汉的衰败，看得分明，下面官僚权力过大不受限制是皇室威严扫地、民不聊生的根源，皇帝、官僚、民众这三方力量中，如果官僚集团力量太过强大，不是皇帝、民众的幸福，更不是整个国家的福，最典型的是东汉、明朝末年，吕布不想让自己重蹈崇祯皇帝的覆辙。
为此吕布开国之初，在自己声望最隆之际，改组了政权机构，改组的目的一则分下面高官的权力，二则监督官僚的权力运行。
在吕布看来，军政大权集中是属下尾大不掉功高震主乃至谋反篡国的一大动因，吕布把军政分开，设军务院专门处理军事，设政务院专门处理民政，是为了分下面高级官僚的权力，除了他自己之外，他不想让任何属下成为像历史上曹操、司马懿、袁世凯之类能够军政大权一把抓的权臣。
吕布将御史台改组成廉政公署，廉政公署直接向皇帝吕布汇报，绕过政务院官僚，反腐更独立，权柄更大，也是吕布为了遏制官僚权力的一大设置。
吕布把国家安全总署提升到中央一级机构，除了表示对国家安全、情报工作的重视之外，更有利用安全总署下面的三大机构为自己刺探官僚隐秘进而监控他们的目的，吕布把三大机构的名字从军情司、中情司、暗香司更名为军情部、中情部、内务部，全称是军事情报部、中央情报部、内部事务部，全面覆盖对外、对内所有角落的情报，特别是对官僚的情报监控，这三大机构都有逮捕权，一旦得到对方不利于国家、严重触犯大中华宪章的确凿证据，立即逮捕，有廉政问题的交由廉政公署，没有廉政却威胁到国家安全的则交给廷尉处置，三大机构没有审讯权，吕布是想把它当成锦衣卫、东厂、西厂来用，却不想让他们有锦衣卫、东厂、西厂那样不可遏制的权力。
吕布设置通天教神殿通天塔，继续在全国民众特别是官僚中推行信仰，就是警惕这些官僚只有儒家的政治信仰而全无精神信仰而堕落得跟后世某些官僚一样。
吕布更清楚这个国家机体上经常发作的癌症的根源是官本位，而官本位的根源是垂直任命制，当每个官员都只需要向上司负责的时候，买官卖官、贪污腐化、道德沦丧是不可避免的。
中央集权和垂直任命制导致官设得太多，机构多、摊子大，官员多、人满为患。首先是上面的机构太过臃肿，然后又搞什么对口设置机构，中央有什么机构，省、县就有什么机构，甚至到乡、镇都是上下一般粗，最后导致七站八所，从建国初的七八人，六十年后，一个乡、镇官僚达到两三百余人，都是体制带来的弊端。有的市副秘书长就多大十多个，助理达到十几个，吃饭财政增加官民比，极大地增加了老百姓的负担。
几千年来，都是少数人在少数人的圈子里选干部，由于是上边给下边发乌纱帽，造成在官员选择导向上的失误，让官员只对上负责，而不对下负责，谁给发的乌纱帽就对谁负责；过度追求短期行为，而没有长远打算；以政绩论英难，很多官员都形式主义，做秀而不做事，形成政绩工程，取悦领导，等着提拔，对民生工程不重视，造成一届政绩几届包袱。
在权力设置上没有实行分权和制衡机制，而是过于集中，少数人说了算和个人说了算，导致官员追求个人既得利益，着重管制审批，轻视公共服务和民生工程，严重恶化了经济发展环境，是经济发展不快的一个主要体制性原因。
任命官员后，下一步就是管制和监管问题。而官本位制度导致管官的机制太虚，重授权而轻监督，重集权而轻分权，最后导致虚监督和软监督，只有体制内的监督，而没有体制外的监督，缺少其它政治团体和民众的监督，新闻监督也有诸多禁区，这种体制内的监督导致自己的刀削不了自己的把，腐败问题难以根治，原因就在于此。
吕布以为，内部的反腐固然要设，当要配合着外部的反腐，内部的反腐才不至于成为某些权贵进行权力斗争的工具，必须要引入外部监督，发动所有的基层民众去盯着那些官员，监督他们的一言一行一举一动，让权力运行在阳光之下，才能彻底杜绝贪腐。
朱元璋设置了都察院督察御史、巡按御史、六科给事中，还搞出锦衣卫来秘密监察官僚，结果如何，还不是越反越贪，前赴后继，实际上，究其效力来说，内部反腐是笑话，外部反腐是无奈。
吕布这三年来致力于推行全民教育，虽然因为地方官吏的贪腐，使得部分穷苦孩子暂时没有进入小学堂和中学堂，但大部分百姓都或多或少地接收到了文字教育，有很多寒庶出身的百姓都能够读懂大汉日报，特别是吕布这次反腐风暴吹过，