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保密局还布置一些潜伏在解放地区的个人，专搞破坏工作和进行造谣等活动。这些人一般都是个人活动，并不结成小组，也不配备电台，而是靠个人去作反gemin活动，与潜伏组不发生横向关系。潜伏组所用的电台，一般是两瓦半的美造特工机，利用种种方法掩护起来。有的装在办公桌抽斗的后半部，有的装置在收音机、留声机、台灯等里面。电池一般也配给半年到一年。当时毛人凤乐观地估计，不出一年，所有被解放的大中城市，便可以在美国的直接帮助而重新回到国民党手中，最久不过一年，于是各种配制也只以一年计。
西南方面的潜伏布置，一直到1949年4月以后才正式开始。这年3月间，沈醉到重庆参加毛人凤召集的西南、西北两地区的负责人会议。会后，沈奉派去上海找保密局办事处领取经费，回来时才带回西南地区布置潜伏组织的指示和各项规定。那时，蒋介石认为西南还可以作为反攻基地，短期内不至于解放。但到这年夏天，他们感到连西南也不易保得住，才匆匆派出保密局潜伏布置组第二科科长任鸿传赶到重庆，由他兼任西南特区潜伏布置专员指导各省站协助布置。
任鸿传和重庆站站长李修凯，先在重庆及川东等地进行布置后，7月间才到昆明，在昆明布置了一个潜伏组和一个独立潜伏台。潜伏组由沈醉找人介绍了两个医生，一个叫明绍武。任鸿传知道明绍武想开设一个私人诊所，便一次答应给他1000元云南半开硬币。当时毛人凤是想用重金来搜罗这种人才，使他们在解放后能为国民党效命。任鸿传只匆匆把昆明布置好以后便去贵阳。按保密局规定，在云南除昆明应布置一两个组外，还要在保山，昭通各布置一个组。当时因交通困难，任鸿传不肯久待，便先走了。
9月间，毛人凤感到西南地区潜伏组的布置还不够理想，加上华北、华东、华中的一些潜伏组在解放后陆续被破获，为了加强西南地区的布置和恢复解放区的组织，又在重庆缫丝厂内成立了一个全能情报人员训练班。这个训练班由毛人凤兼主任，王蒲臣任副主任，准备训练几百名潜伏特务派往各地。但开始训练不久，解放军已向西南进军，训练班只好迁往成都，结果在路上便弄得七零八落。到成都后，知道已没有时间从容进行训练，才把这批人编入交通警察第一旅何龙庆部队中，准备让他们去打游击。
保密局在进行潜伏组布置的同时，还作了一些专门准备在解放后的大中城市中搞暗杀和破坏部署。这种部署的办法是，先把手枪、爆炸物品预先存放在可靠而容易取出的地方，而不是放在担任破坏暗杀等工作的特务家里，需要时临时派人去取。
还乡运动1949年春天，当全国大部分地区被解放后，从各地逃出的特务大批向国统区后方逃窜。他们多年来受蒋介石的欺骗宣传，没有一个不害怕异常，不少人都希望早点去台湾。
毛人凤看到这种情况，便向蒋介石请示办法，得到的答复是除少数大特务有必要时才准许去台湾外，其余还应留下来继续与共产党斗争到底。毛人凤根据这一指示，3月间在重庆召开了有西南、西北、广西、湖南等省的负责特务参加的会议。毛提出这样一个办法：各人返回自己的家乡去进行个别的活动，在地方上设法立足生根。
这个办法一方面可以大量派遣特务到各个角落去继续从事反共活动，同时又可以减少拥挤在国统区后方城市的待命人员，实际上是不想再负责安置他们的工作。因为地区一天天缩小，人一天天增多，实在也没法安置。这样一举数得的办法，蒋介石很为赞许。
毛人凤在宣布这一办法时，要求这些从事还乡运动的人，要在自己家乡坚持一两年，要他们相信蒋介石不久便可在美国帮助下率部卷土重来，只要忍受一个短时期，便可得到重用。毛人凤还指示他们回到解放地区，可以但白向共产党交代自己过去的历史，不必隐瞒身份；但有一点要注意的是，不准交代组织，特别不准检举其他特务，不准揭发别人罪行。如果不遵守这一规定，不但将来要处分，甚至当时就要派人进行纪律制裁。毛还告诉这些人，可自首交代一些历史上的人，以便进一步取得信任。如果能够在机关中得到工作，那时自然会派人去联系；没有联系到以前，可以相机行事。自己有把握的破坏活动，一定要进行，成功后逃到后方或台湾可以受到奖励。回到没有解放地区的人，要先立下足来，设法掌握地方团队武力，有把握时可以参加打游击；等到解放时，如果没有办法，可以参加起义，以便混入解放军部队去。
留下大量叛徒1949年10月初，有天傍晚，昆明航空检查所长李瑞峰拿了一大批请示飞香港、仰光、台湾等地的申请表，要沈醉作最后决定。当时毛人凤住在沈家，在楼上一间大的客厅办公，沈醉在他隔壁一间小会客室办公。徐远举正在和沈醉聊天，沈便叫李瑞峰把申请表放下，等他看过后再还给他。毛人凤等李一下楼就把沈醉和徐远举叫到他的办公室，要他们特别注意一个问题。他说，蒋介石曾当面指示他，要尽可能不要让中共叛徒去台湾，而要劝他们留下。他说，蒋连张国焘都叫人去劝说过。当时沈问毛人凤，为什么要尽可能不让叛徒去呢？毛说，这是蒋介石英明的地方，使他非常佩服，要沈醉和徐远举一定要认真控制好去台湾的飞机票。因为叛徒去台湾是有百害而无一利，主要原因是共产党胜利了，他们决不会再死心塌地的跟着国民党。加之，有些叛徒在台湾又没有什么关系，再也不能利用他们去破坏地下党组织，只是增加负担。他们到台湾后，当局不但要多养活一批闲人，还得防范他们倒戈投向共产党，在台湾搞里应外合，而留这批人的好处就太多了。由于蒋介石这一措施，解放前夕在重庆出卖江竹筠、王朴等近百名地下党员的叛徒，曾任重庆市委书记的刘某，虽然对国民党立过“大功”，在最后向毛人凤跪下去苦苦哀求让他去台湾时，也被毛人凤一脚踢开，刘在解放后落入了人民法网。曾给国民党立过汗马功劳，在军统中工作多年爬到将官级的前张国焘秘书，也没能逃往台湾。此外，未能逃到台湾的叛徒，有做过榆林站长的，有任军统局局本部第二处副处长的，有任业务处长的，有任兵工署稽查处长的，有任成渝铁路警务处长的，等等。
准备在西南地匡打游击、当流寇1949年12月12日，是蒋介石在中国大陆上的最后时刻。
这天中午，毛人凤及蒋介石的贴身机要秘书拿着一份《关于大陆失陷后组织全国性游击武装的应变计划》和一大叠国民党中央行政院的委任状，从蒋介石卧室里出来，匆匆往楼下的一间临时机要室走去。这项“应变计划”是从人民解放军强渡长江后由毛人凤亲自起草、拟定的，前后酝酿了整整半年，其中的一些措施，早在人民解放军挥戈南下之时就已经着手进行部署和安排。
毛人凤在重庆期间，曾要求每个省站的负责人立即拟好一份“应变计划”，叫大家充分作好临解放前的大破坏、大逮捕、大屠杀的准备，从速作好上山当流寇的准备。他谈得比较具体一点的是打游击，主要力量是依靠何龙庆的交警第一旅的两个总队。贵州站长陈世贤曾表示，他和余万选可以成立一两个总队。云南方面当时也有一些交通警察，可以凑成一个总队。如加上西南地区十几个兵工厂的警卫部队，以及特务们所掌握的一些公开单位和流氓组织，凑几万人不成问题。
毛人凤信心十足地说，共产党是靠打游击起家，而军统特务也懂得这一套，在这方面要比一般正规部队强得多，将来在大陆上保留几个据点有把握。同时他还向四川省主席王陵基要到了沪州专区，介绍罗国熙去当专员，派了几个特务当县长，准备把这个地方也作为根据地。
毛人凤拟定的“应变计划”是一项国民党在地下继续与共产党和人民解放军进行斗争的政治动员令和组织大纲。而那些委任状，则是属于这项“应变计划”中的一部分，是由国民党“中央行政院”正式委任的、国民党失陷后在全国各大区以及各主要游击区的负责人和主要领导人。现在经蒋介石签署后，将通过秘密电台发往全国各地的潜伏组织和武装特务。这也是蒋介石在离开大陆前的最后的计划和措施。
“应变计划”称，“为更好地在全国范围内贯彻。。总体游击战之计划，按照当前全国特定情形，全国敌后工作委员会总部暂时设在台北”，并在大陆设5个“勘乱区”：
第一是西南区，主要负责人何应钦；
第二是西北区，主要负责人马步芳；
第三是华北区，主要负责人李玉堂；
第四是东南区，主要负责人郑介民；
第五是华南区，主要负责人薛岳。
“应变计划”中规定，这五个区“直接统归中央行政院领导，并受驻台北全国乱后工作委员会具体工作指导”。
除上述5个“勘乱区”外，“应变计划”中还策划在各地建立15个“重点游击根据地”。它们分别是：苏南太湖游击根据地，辖“太湖游击纵队”4个师，并“曲线救国新编
第一军”，纵队司令胡伯龙，参谋长季家振。
湖北大别山游击根据地，辖“大别山人民反共义勇军”一个军，军长汪宪，参谋长袁成英。
浙皖边游击根据地，辖“浙皖边区游击挺进纵队”一个军，并“浙边支队”、“皖边支队”各一个师，纵队司令徐振东，副司令徐建中。
豫西游击根据地，辖“豫西剿暴总指挥部”两个军，并“黄河”、“绥远”两个特工大队，总指挥卢民。