持，刘伯坚、邓希贤（小平）等一批中共党员和乌斯曼诺夫等苏联顾问直接参加了冯部的工作。
西安解围后，于右任正式就任了国民军联军驻陕总司令之职。国民军联军驻陕总部，行使着省政府的职权，实际上，它是实行国共两党合作的革命政权。于右任真心实意地和中共陕西党组织合作共事。魏野畴、李子洲、史可轩、刘含初、王授金、杨明轩等一大批共产党员和许多进步人士都参加了这个革命政权，并担任了各种重要的领导职务。陕西的工、农、兵、学、妇等群众运动如火如茶，迅速高涨。轰轰烈烈的陕西大革命蓬勃发展，使陕西成为全国大革命运动中比较突出的省份之一。于右任还仿效莫斯科的红场，把西安城内的皇城改名为“红城”，表达了他当时联俄联共的政治倾向和积极的态度。
真心赞同国共二度合作
第二次国共合作，是中国共产党和张学良、杨虎城将军共同努力促成的。当时，身为国民党南京政府监察院院长的于右任，出于民族大义和爱国赤诚，真心赞同国共两党再度实行合作，共同抗击日本帝国主义的侵略。“九·一八”事变爆发以后，于右任一直密切注视着日本帝国主义步步进逼的侵华活动，深为中华民族的命运而忧虑。1935年8月1日，中共中央发表了《为抗日救国告全体同胞书》（又称《八一宣言》），号召全国人民团结起来，停止内战，一致抗日，组织国防政府和抗日联军。于右任后来看到这份重要文件，内心很是激动。他曾和何香凝、柳亚子等交换意见，都衷心赞同中共《八一宣言》里所提出的各项主张，深感中国有了出路。他也十分赞赏杨虎城将军的抗日救国思想。某次，杨将军到了上海，想深入了解国内外的形势，于先生就特意做出安排，使他秘密会晤了坚决主张抗日的救国会领导人沈钧儒。
西安事变和平解决后，张学良将军在南京反被扣押。由于一切消息都被严密封锁，南京无人能得知西安的实情。杨虎城将军便派人到南京去见于先生，并秘密将一份铅印的中国共产党对西安事变的《四项声明》转交给他。于先生见到这张传单后，十分激动地说：“我明白了，共产党真的要抗日哩！”他彻夜未眠，终于想出了一个把这项消息传播开的巧妙办法。
第二天，他在南京政府的“总理纪念周”会上把传单交给了张继，假称是一名陕西商人在农村墙壁上揭下带到南京来的，由于在场的人们都争着要看，张继于是就在会上全文宣读了。就这样，中国共产党的《四项声明》通过于右任之手，在南京迅速传播开了，使国民党上层官员的思想受到极大的震动，广大人民群众更是深受鼓舞。
第二次国共合作实现后，于右任曾对人说：“这次国共合作与第一次国共合作不一样。
第一次国共合作，西山会议派等年老人反对的多。这次国民党元老多拥护。国难当头，年老人读书多，经历深，他们知道亡国之苦。”
在八年抗战期间，于右任一再大声疾呼：“祖国危急诚万万”，“民族生命争一线”！“中华民族齐心进”，“神圣战争当共负”！写出了一篇又一篇激昂的抗战诗文。他对外呼吁“全世界人士应为正义人道而动员”，对内主张国共坚持合作，团结抗日。他赞同中国共产党团结抗战到底的主张，坚决反对妥协投降卖国。周恩来在武汉和重庆曾多次和于先生恳切交谈，而且还通过王炳南、屈武等人经常与他保持联系。这些都对于先生的思想产生很好的影响。抗战初期，于右任曾为中共中央在汉口创刊、后迁重庆出版的《新华日报》题写了报头。汪精卫当了汉奸之后，他曾发表《以胜利击破汪倭毒谋》等广播讲话和文章，义正辞严，申张了民族的正气。
1939年1月，国民党五中全会确定了反共第一的方针，相继颁发了《限制异党活动办法》等反动文件。同年夏至次年春，国民党顽固派又掀起了分裂倒退的反共恶浪。于右任对此痛心疾首。后来当他得知“皖南事变”的真相后，异常气愤，手拍桌子厉斥说：“这样破坏两党的合作，简直就是破坏抗战！”他曾当面对周恩来表示，要反对内战，反对投降。他还对周围的人说：“日本帝国主义者疯狂侵略中国，大敌当前，我们全国各族人民一定要同心同德，团结一致，集中力量，共御外侮，方能取得胜利；绝不能存党派之见，制造分裂，导致亡国之恨，做民族的罪人！”
悲离大陆抗日战争胜利后，中共中央主席毛泽东在重庆参加国共两党谈判期间，曾在周恩来副主席的陪同下登门拜访于右任。后来，于先生也设宴款待毛主席，并表示反对内战，赞成和平，支持国共两党再度合作，和平建国。可是，国共两党签订的协定墨迹未干，国民党反动派就再次挑起了内战。1947年2月，国共谈判完全破裂，中共代表团被迫从南京等地撤退。于右任此时心情十分沉重。他忧愤国事，往往夜不能寐，深为国家和民族的前途忧虑。
1948年冬，人民解放战争的形势急速发展。于右任和不少国民党人士都力主和谈。在蒋介石宣布“引退”的前夕，于右任还当面敦请蒋把张学良、杨虎城两位爱国将军释放出来。后来，南京政府代总统李宗仁拟派他到北平代表南京政府协助和平谈判，他当时连行李都准备好了，打算一去而不返，可惜因故未能如愿。后来屈武回到南京，给他捎来了周恩来副主席的话，说：“我们欢迎于先生来北平。如果将来决裂了，那就请他留在这里。既然他不能来平，那就希望于先生在南京不要动。到时候我们会派飞机接他来北平，将来同张澜、李济深和沈钧儒等先生一道，组织新政协，我们一同合作。”然而于右任在南京早就被人严密监视，已经身不由己了。
1949年4月21日早晨，一名身着国民党高级军官制服的不速之客突然闯进了于公馆：“报告院长，战事情况非常紧急，共军已经突破了江防，请院长即刻离开南京。。飞机已经准备好了。”于右任面带不悦之色：“现在我身体不好，等一等再说好了。”那人听了，立即用威胁的口吻嚷道：“院长必须马上离开南京！”没等老人穿好衣服，就强迫上车直驰飞机场。仓促间，于右任提出要先到上海去。在上海仅停留了三四天，于氏便在有关方面的紧紧催逼下又匆匆飞往广州。5月间，残缺不全的监察院又在广州开了一次院会，于氏再次提出辞职。可是，仍有许多人反对，甚至有人追到于氏的住处以是哀求。这时，他既有意冲破自己周围的藩篱，又害怕遭到特务们的血腥暗杀。直到最后去了香港，也依然如此。10月9日，即广州解放（14日）的前夕，于又被人拉上了飞机，运载赴台。到了台湾后，他仍一再请求去趟重庆（当时未解放），亲自安排一下发妻高仲林和长女于芝秀。但是，得不到任何明确的答复。直到10月30日，方突然被通知有飞机去香港。他当机立断，抛下一切即仓促登机。11月26日，美国共和党参议员诺兰乘专机经由香港去渝晤蒋。于氏借机同行，才得重返大陆。于右任飞抵风声鹤唳的山城，才获知高仲林母女刚刚在两天以前去了成都。友人问他，何不早来数日？沮丧的老人苦笑着说：“老实说，我也不知自己什么时候来重庆啊！”他与发妻爱女生前在大陆见面的最后机会，就这样一错而过。
于右任这次在重庆，仅仅停留了一天两夜。11月29日蒋派的专机，载着于氏等人径直向台湾飞去了。这位71岁的古稀老人，从此远离生他育他的大陆故土。
于右任晚年思乡心切长期以来，台湾大陆的亲友天各一方，互不来往，他们怎能不相思？1958年，于右任先生的长子在台北友人家中，发现有他父亲题句的“岁寒三友图”中堂一帧，乃将其携归，交于右任先生欣赏。这帧“岁寒三友图”是30年前，何香凝因对现实不满，寄情诗画，与经亨颐、陈树人合作而成，右任先生为之题句。于先生在欣赏之余，缅怀往事，思念旧友，感慨万端，他提笔在“岁寒三友图”画中，补上了当年题句时漏写的一个字，又增题诗两首。其中一首如下：二十余年补一字，完成题画岁寒诗。
相逢回念寒三友，泉下经陈知不知？
这首深切怀念大陆旧友的诗，《人民日报》曾加以转载。当时人大副委员长何香凝尚健在人世，她见了于先生的诗，也深有同感，以“遥寄台湾”为题赋诗三首，答于右任先生，有“追怀往事念同游”，“数十年来如一日”之句。
于右任先生晚年，在政治上颇不得志，时时流露出对现实的不满，对前途的悲观，曾几次想辞职，他因沦落天涯，困居孤岛，山河割裂，统一难期，欲返大陆故乡的夙愿难偿而内心抑郁，苦闷不堪。反映他这种心情的诗词不乏其例，如“忧愁风雨，迷离云树，流不尽艰难路”，“如何久滞天涯”等等，真是言为心声，情见乎词。
岁月催人老。当于右任先生身体日衰，自感于世无几时，思乡之心更切。他为自己的后事安排时，也念念不忘大陆故乡，他说：“我百年后，愿葬于玉山或阿里山树木多的高处，可以时时望大陆（旁注：山要最高者，树要大者）。我之故乡是中国大陆。”
于右任病逝87岁的于先生于1964年8月12日因感冒及眼部浮肿等症，住进了台北“荣民总医院”疗治，病情曾一度好转，后来又发现有肝硬化症，病势转趋恶化。11月10日晨呼吸突然急促，血压迅速下降，曾一度进入弥留状态。经过医师注射血压升高剂急救，心脏跳动始回复规则。但终因年事过高，延至晚间8时08分而溘然长逝。
国共两党能够再度合作，实现祖国的统一和富强，一直是于右任先生晚年的心愿。台湾和大陆，台则国家兴，分则民族损。现在，中国共产党发出国共两党第三次合作的倡议，犹如春风吹拂着�