�52军接替胡琏是有意消灭“杂牌军队”的手段，乃表现消极，在金门和香港间做走私生意，希望多搞些钱。
为了安插被排挤掉的军队中各派系将领，蒋介石“复职”后，乃将他们收容在所谓总统府战略顾问委员会中，被任为战略顾问的就有桂系的白崇禧（副主任）、李品仙，晋系的杨爱源，川系的杨森、孙震，粤系的余汉谋，西北军系的秦德纯、孙连仲、冯治安、熊斌，东北军系的邹作华；属蒋嫡系的是：何应钦（主任）、顾祝同（副主任）、汤恩伯、朱绍良、蒋鼎文、钱大钧、韩德勤、徐庭瑶，并包括薛岳、王懋功、刘茂恩等等。
1952年，蒋介石趁美国军事顾问团团长蔡斯提出“部分老将应该退伍”
的建议，将非陈系的老军人大部分列入退役名单中，而陈系只有极少数。如中将以上的退役名单中，包括晋系阎锡山、杨爱源，川系杨森，湘系何键，桂系李品仙、刘士毅，粤系黄质文、陈骥，东北军系的邹作华，西北军系秦德纯、熊斌，蒋嫡系的朱绍良、钱大钧、俞济时、徐永昌、谷正伦、徐庭瑶、陈继承、韩德勤、贺国光；而属陈诚系的只有罗卓英、万耀煌、林蔚、周岩等。凡担任“战略顾问”而这次列入退役的人，均被免去了“战略顾问”的职务。
1954年5月“政府”改组后，陈诚进一步把持了集中军政最高权力的“国防会议”，蒋介石与他分别担任该会议主席、副主席，周至柔任秘书长；掌握三军实权的“参谋总长”为蒋与陈诚极为亲近的桂永清。桂于8月间死后，由原属何应钦系后改投陈诚而成为陈手下“四狗之一”的彭孟缉以副参谋总长身份兼代。10月间，又将12个军整编为8个军，所设两个军团统辖之。两个军团司令胡琏与石党（原为汤恩伯系，后投陈）也都是陈的喽罗。向与陈诚矛盾根深的前“陆军总司令”孙立人这次也被排斥，除去为了敷衍美国而任命孙立人系的余伯泉为“副参谋总长”及“只能管管行政”的“国防部长”俞大维（与陈诚亦有私谊）等几个亲美分子而外，所有军事指挥权几乎绝大部分是以陈诚为首的小圈子势力所掌握。
在政治上，陈诚过去就已经掌握了大批复兴社和三青团的干部。逃到台湾后，极力扩展自己的势力，同蒋经国一起在两三年之间就大大削弱了过去与他对峙的政学系和CC系两派势力。
曾占据国民党政权要津20多年的政学系随着蒋介石军事力量的崩溃，也发生了很大的分化。以吴鼎昌、张嘉■为代表的财政巨头，在大陆解放后，逃到香港、澳洲等地做了白华。熊式辉却在香港、曼谷等地经营投机生意（1954年7月赴台）。钱昌照等则投向人民，翁文灏到西欧转了一圈以后也返回大陆。附蒋逃台的有张群、吴铁城、王世杰、王宠惠、郑道儒、胡家凤（1950年冬由港去台）等人；以及被蒋押解到台湾的陈仪。
政学系随蒋到台湾以后，其一部分人物即和亲美派相互勾结起来，在蒋政内部结成一种混合势力。
王世杰、孙立人、吴国桢等是蒋为争取美援的工具；张群、吴铁城等则在蒋勾结日本当局等方面有其作用。他们都以美国的宠信为资本，和陈诚、蒋经国的势力对立，进行争权夺利的争吵。
远在1947年4月国民党政府行政院改组，张群入主行政院，政学系的一些人物占据其他政府部门时，司徒雷登即在致马歇尔的报告中，就CC势力的削弱和政学系的得势表示“令人兴奋”，誉张群、翁文灏、王宠惠、王世杰等为最能干的人物。吴国桢是美国前国务院顾问耶塞普的同学，吴在任武汉、重庆及上海等地市长时。就见重于宋子文、宋美龄，为蒋宋家族的幸臣，并与美国朝野关系密切。
1950年3月陈诚“组阁”后，便开始清除“行政院”中的政学分子，仅留政学系的郑道儒担任“经济部长”，但使其没有实际权力，而在1952年终被免职。叶公超是政学系分子，与陈还能相处，所以也被留任“外交部部长”。被押到台湾的陈仪于1950年6月被加上以策动“叛变”的罪名而处死。同年，吴铁城积极钻营谋任驻泰大使，陈诚则提出罗卓英来，造成吴、罗之间激烈的争夺，结果以双方均放弃该职而作罢。吴铁城到1953年11月死去为止一直失意。王宠惠任“司法院院长”，胡家凤任“总统府国策顾问”，起不了多大作用。在国民党内除与政学系混在一起的吴国桢为中央委员外，张群、王世杰、吴铁城、王宠惠都只挂一个中央评议委员的名誉。张群除挂“总统府”资政、国民党中央设计委员会委员及革命实践研究院主任等空衔外，也只处于为蒋从旁“献策”的地位，没有实权。美国所器重的胡适和蒋廷黻只是被利用，来破坏李宗仁等“第三势力”的工具，蒋对他们也存在疑忌。
以陈果夫、陈立夫为首的国民党反共死硬派CC系，是蒋介石20多年来独裁zhuanzhi的一大支柱，长期把持国民党自中央至地方的各级组织，进行党务、特工、教育、文化各方面的反动活动，残害人民。在抗战期间因其积年恶势力与美国对华的侵略措施有所抵触，一向不得美国主子的欢心。自1947年以后，美国就不断要求蒋介石实行所谓“改革”，以“使自由主义分子处于领导地位，削弱反动集团（指CC系）的势力”，司徒雷登曾当面向蒋介石说：“我建议第一步应先解散CC派。”
CC系与其他派系一样，当国民党在大陆的统治彻底垮台后也起了分化，潘公展等流亡美国做白华，程沧波（后赴台）、刘百闵、彭昭贤（后依附张厉生赴日）、李微尘、罗梦册、许孝炎等留香港搞“第三势力”活动，陈果夫、陈立夫则逃到台湾。陈诚、蒋经国借口蒋政内部普遍要求追究所谓“大陆失败的责任”，多方排挤CC势力。政学系、亲美派与CC一向为死对头；蒋介石在众叛亲离的打击下，亦就扶植陈诚、蒋经国的势力来代替CC系为其独裁统治的死党。这样，CC系在国民党内成为众矢之的；以削弱CC系势力为目的国民党的“改造运动”便由此开始。
自1949年底起，蒋介石父子与陈诚及其亲近人物张其昀、郑彦■、陶希圣、黄少谷、王世杰等经多次商讨，于1950年7月22日，国民党中央常务委员会通过所谓“改革方案”。同月26日，蒋以总裁名义指定了16名改造委员，成立了国民党中央改造委员会，以代替国民党旧的中央执、监委会行使职权。蒋又另指定了29人为所谓中央评议委员，以保留一部分旧中央执、监委员在党内的地位。改造委员会在蒋经国的把待下，以“肃清失败主义”、“扫除派系倾轧”、“大团结”等为口号，接收了CC系对党的控制权。在改造委员会中CC分子的比重很小，虽然还保留有属CC系的谷正纲、张道藩、胡健中等人，但是，这几个人也都和陈诚、蒋经国有直接勾结。陈果夫、陈立夫均被排除在外。改造委员会下设的7个组和5个委员会的负责人，多数属蒋经国和陈诚的人。陈果夫只在中央评议委员中有个名字，CC系控制了20多年的党权，就此转入了陈诚和蒋经国之手。
在改造委员名单公布之前，CC系与陈诚、蒋经国等争吵不休。当时，CC系的意见是：国民党可以“改造”，但不能离开“法统”，因此“改造”工作应仍由六届中央执、监委员负责，不必另派改革委员；而陈诚、蒋经国则坚持：两年来“党的失败的惨痛，六届中央执、监委员不能不负责任，六届执、监委员如不停止行使职权，则党的改造必不能发挥其政治革命性的效能”。蒋介石曾对合众社记者说“改造工作及挽救国民党将较挽救死硬派的面子更为重要”以示其“改造”之“决心”。当改造委员名单宣布后，陈立夫便怅怅地离开台湾去香港、欧洲、流亡美国。据传：陈立夫在离台前曾往草山去看蒋，蒋对陈说：“祖燕，我也没有办法，你还是到外国去走一趟吧，如果情形好转，你再回来，好在我已把你几个干部安置了进去。再则你也替我准备一条退路。”而陈果夫那时却在台湾病倒奄奄一息。
1952年10月，改造委员会不顾陈立夫、孔祥熙、宋子文等的反对，召开了国民党第七届代表大会。在新中央委员会中，原属CC系的只有张道藩、谷正纲、李永新、陈逸云、孔佳籍等人；10名中央常务委员中，几乎全部是陈诚和蒋经国的人。中央常务委员会下新设的6个组和5个委员会的主要负责人没有一个是CC分子。
在政权方面，CC系也逐步地受到陈诚与蒋经国的排挤。1950年蒋介石复位时，陈诚与陈立夫均积极活动任“行政院长”，结果是陈诚获蒋提名。陈立夫大为不满，指使CC分子及立法委员谷正鼎等对蒋表示反对，提出质问：“为什么总统提名只提陈诚一个名字，为什么不提两个名字让我们选择？”但遭到蒋的痛斥。1950年3月陈诚组阁时，CC系尚保有三个部长席位——“内政部长”兼“蒙藏委员会委员长”余井塘、“教育部长”程天放，“教育部常务次长”高信。其后余井塘的“蒙藏委员会委员长”职改由与CC系有关系的田炯锦担任，1952年，余的“内政部部长”又被免职。至1954年俞鸿钧任“行政院长”后，在8名部长中CC系一个部长职位也没得到。在两个委员会委员长中，“蒙藏委员会委员长”改由前接近CC系的蒙古人刘廉克担任。香港《中声晚报》评这次改组为：“CC分子一概摒诸阁外，此在20年来历届阁接中实属罕见之现象。”
在争夺“立法院院长”的权位上，陈诚曾与CC系有过紧张的厮斗。“立法院”迁到台湾后，其委员人数已大为减少，但是，CC分子仍控制着多数席位。原“立法院院长”童冠贤在大陆解放时逃往香港，一直由陈诚系的复兴社十三太保之一的刘健群以副院长资格代理院长，CC系的立法委员不与刘“合作”，并借其多数势力曾否决过陈诚要求授权“�