坏牧踅∪阂愿痹撼ぷ矢翊碓撼ぃ珻C系的立法委员不与刘“合作”，并借其多数势力曾否决过陈诚要求授权“行政院”便宜行事的法案。1950年8月“立法院”开会之前，陈立夫离台时，表示“立法院院长”只有他本人和CC分子程夭放或张道藩才有资格做，表现出CC系要最后以“立法院”为地盘保留其残余的势力和地位。同年9月间，原有“立法院院长”任期届满开始筹备改选新的“立法院院长”时，“立法院”中的CC分子与刘健群一派三青团分子互相争抢，各不相让。到9月18日蒋介石以“总裁”资格指定刘健群力院长侯选人，台湾“半山”派重要人物黄国书为副院长侯选人，12月正式选举后，刘健群仍为“立法院院长”。CC系的不满使“立法院”的暗斗更加激烈。1951年，据说因陈果夫死去，CC分子亟谋将刘健群赶走而使陈立夫回台任“立院院长”以继续领导CC系的活动，对刘健群提出“浪费公款案”，攻击刘对“院务人事经费处理”“诸多失当”；并组织了所谓院务调查委员会，提出了长达4万言的“调查报告”，揭发刘利用职权化公为私的劣绩。刘被迫辞去了“立法院院长”职务。蒋介石为了缓和CC系与陈诚系的矛盾，就采取了折衷的办法，使既是CC分子又与陈诚、蒋经国有勾结的张道藩继任了刘健群的位置。
CC系的失势，使该系的许多人物改变了主从关系，其中大部分成了陈诚、蒋经国的喽罗。据当时的材料显示，投靠陈诚的主要有：已经自成一系的张厉生，成为官邪人物的黄少谷以及原来与CC系关系不太深的黄季陆等；投靠蒋经国的主要有：王德溥、张道藩、谷正纲、胡健中、王星舟等人。当然这些人与CC系的传统关系还是保持着的。
从高峰摔到谷底陈诚的一生可看成是喜剧与悲剧的综合体。在蒋介石“既联合又斗争”
的策略运用下，陈诚曾经享受到无比的崇隆待遇，但在他的晚年也经历了从高峰摔到谷底的惨淡岁月。
1954年3月，台湾“国民大会”
第二次会议在台北市举行，蒋介石继续被国民党提名为“总统”候选人后，选举陈诚为竞选搭档。3月24日，陈诚以1417票当选为“中华民国第二任副总统”。
当年的陈诚可谓是功高震主，红透半边天。国民党一直自吹自擂的“耕者有其田”、“公地放领”政策就是在陈诚手下完成的。土改的成功，给陈诚带来了一批“农复会”为主的人马；随后陈诚担任“行政院长”，又建立了以伊仲容、李国鼎等人为主的财经官僚班底。在“立法院”中，最大的派系“座谈会派”则奉陈诚为宗主，在320余名“立委”中，“座谈会派”拥有140多名成员。陈诚的势力也进入了全盛时期。
蒋介石当年为什么容许陈诚如此嚣张，台湾《民进周刊》1988年第15期刊登一篇文章《蒋氏父子联手斗垮陈诚内幕》，曾提出以下四个现实的考虑：陈诚是最早来台湾的军政要员，“二·二八事件”后，台湾军政大局不稳；陈诚入主后，大致让台籍半山与军方维持一定和谐，蒋介石要在台湾复出，势必要依靠陈诚。
美国自1949年8月5日，发表厚达1054页的“中美关系白皮书”，例举军援及国民党在大陆的腐败颟顸，一度使美国杜鲁门和蒋介石的关系破灭。韩战军兴，美国对台湾的态度又大变，并以军援、经援，顾问团等干预台湾内政、经济、国防，蒋介石面对此种态势，只得找陈诚作中间人，缓和美方干预压力。
为了扳倒美方对台湾军队的干预力量，第一个要斗倒的人便是孙立人，而为了斗倒孙立人，则须借重陈诚在军中的影响力。后来陈诚负责监察院孙主人案九人调查小组的调查工作，报告公布后，孙立人亦开始长年被软禁的生涯。
国民党迁台后十年，中共不断发动军事行动，蒋介石命陈诚组战斗内阁，动员全国资源进行备战，在当时的国民党文官武将中，唯有陈诚能达蒋氏的期望。
蒋介石对陈诚重用的另一个原因是，陈诚对蒋没有“谋反”的记录。当年随国民党来台的党政官员中，几乎个个都有和老蒋不合，甚至“打过架”的记录，比如阎锡山、何应钦、白崇禧等。蒋介石认为国军三大战役后的失败，在于降共将领太多。因为这些谋反人物都未获重用，权力真空下的陈诚因此才得以大展所长。
不过，陈诚势力的膨胀，亦严重威胁到了蒋介石传子蒋经国的接班计划。陈诚当选为“副总统”，为外界公认是蒋介石的继承人了。实际上，陈诚的成功希望非常渺茫。一为年龄的悬殊，陈诚57岁，蒋经国45岁，相差12岁，时间对陈不利；二为陈诚的健康，患有严重胃炎早不堪繁剧。相对地，蒋经国精力过人，在生命的接力赛中，冠军操在小蒋的手里。应该说陈诚是最了解蒋介石的，知道如何迎合蒋介石，所以才能爬到今天这个位置。陈诚清楚地了解蒋介石最后剩下的这点儿江山，是一定要传给儿子的。但陈诚有野心，早在1927年，国民党刚在南京建都时，陈诚就曾对知心密友说：“我明明是一只老虎，也要装成狗的模样，等到有了权力以后，再恢复老虎的本性来办大事啊！”
在蒋经国看来，陈诚是自己的父执辈，对他并不轻易就范。依国民党政府当时的“宪法”规定，“总统”不得连任，如果蒋介石不连任“总统”，那么依照经历和名望，陈诚出任第三任“总统”将成定局。再者，如果蒋介石突然归天，陈也会依“宪法”规定递补。
以往，陈诚与蒋经国在排挤其他派系推行小圈子控制上虽然是一致的，但为了争做蒋介石的“继承人”彼此妒嫉，常有摩擦。
1949年春，蒋经国与陈诚同时被派到台湾，但上任不久的蒋就辞去省党部主任委员职务，据说是因为两人的“情绪不一致”。陈任“东南军政长官”期间，两人因青年军人的人事关系也发生过摩擦。国民党政府逃踞台湾后，陈诚对蒋经国的扩展权势暗中戒备，表面上则采取敷衍态度。1950年3月，陈任“行政院长”时、在“行政院秘书长”或“内政部部长”的入选上都提过蒋经国的名字，但蒋经国（一说蒋介石）不肯，乃于4月间将“国防部政工局”扩大为“总政治部”以安抚他。蒋经国出任“总政治部主任”后，通过政工特务控制了军队，常不通过陈诚自行派遣及撤换军官。如1950年夏，蒋经国派出四个省“游击司令”，而身兼“国防部长”的陈诚竟毫无所悉，陈曾因此深表不满。在国民党军队中，蒋经国的政工人员与陈诚的军事指挥人员间的矛盾亦极尖锐。据吴国桢于1954年6月29日在美国发表文章称，某些中级军官甚至说：“如果有一天我们必须打仗的话，我们将不得不首先打死政治工作人员”。在1950年时，陈诚曾发牢骚称，在台湾第一是蒋经国，
第二是宋美龄，第三是吴国桢，他自己才算第四。并一度不到“行政院”办公，招致蒋介石的不满。在政府部门中两人也有矛盾，1951年初蒋经国曾欲以其手下“第一红人”郑彦■，打入“行政院”任“侨务委员会委员长”，但遭陈拒绝，到1953年2月郑才始出任该职。
蒋经国亦常借代蒋介石批阅公文的机会，对陈的公文予以批驳，使陈颇为不快。1952年8月陈曾因不甘接受蒋经国的威胁一度提出辞职。同年10月问国民党七全大会开会之前又因同样原因表示“辞职养病”，后又抱病参加。据1954年2月27日、28日香港《中声晚报》报道，第二任“副总统”
入选所以迟至2月16日“国大”召开前3天才作最后决定，是因为蒋经国不同意由陈诚出任。小蒋的理由是：“副总统”并非要职，主张以“元老”充数即可，而属意王宠惠。于是同拥陈方面的人员发生了争执，最后终于因陈握有军权而被蒋介石确定。但在国民党中常会表决时，蒋经国仍未投陈诚的票。其后蒋经国又积极反对陈企图以“副总统”兼任“行政院院长”，主张提拔“青年干部”主持台湾行政。当时接近蒋经国的台北英文《中国新闻》和《民主晚报》均发表评论认为“副总统”不应该兼任“行政院长”。1953年2月25日美国基督教《科学箴言报》的台北电称：“谁将接替蒋介石为国民党中国的领袖，是国民党中两个最有力的分子中间极激烈的暗斗的问题。”在陈诚和蒋经国矛盾上，蒋介石常偏袒其子而抑制陈。这一点从蒋经国的势力发展上即可以看得出来，在国民党中央常委会的排名上本来蒋经国一直追随陈诚，但到后来却一度超过陈诚。陈诚在行政系统中虽然有不少势力，但蒋却在军队、特工、党务、青年四大部门扎根结果。到了1961年左右，小蒋的势力已经超过了陈诚。虽然蒋介石在1957年10月23日的国民党八全会中提名陈诚担任副总裁，但这其实是宣告陈诚的提早“出局”罢了。
1959年，“行宪”
第二任“总统”蒋介石任期行将届满，为了连任，蒋介石父子动员了官邸派和有关亲信，在“国会”和报纸上制造“修宪”的舆论，此举引起了陈诚系统人马和清议知识分子的不满，导致了一场大辩论。当年反对“修宪”最卖力的，就属雷震为首的《自由中国》，在其杂志上著文反对“修宪”的，还包括以胡适为首的知识分子。
不过，这场大辩论在蒋氏父子“贿赂”“国民大会”以及雷震被宣判叛国罪而告落幕。蒋介石也在国民大会第三次会议“修宪”后，被赋予无限期连任的机会。
蒋介石连任“总统”后，陈诚心灰意冷，虽然被蒋介石再次授命组阁，随即于1963年因病请辞“行政院长”。台湾“中央社”1963年12月6日发表一则陈诚声称他对蒋介石“准他辞职的德意深表感谢”的消息。他说：“近半年来，本人健康不佳，时感疲乏，迭向总统请辞。这并非逃避责任，而是恐怕有疏职守。但屡次均蒙恳切慰留，给假休养。9月