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严嵩的另一党羽鄢懋卿奉命钦差巡视浙江盐务，事先曾明发通令，声称本院“素性简朴，不喜逢迎”。这种官样文章，原本是此类人物标榜俭朴以沽名钓誉的把戏，十足的既要做婊子，又要立牌坊。所以沿途官员都不当真，接待也极尽奢靡，所费自然都是民脂民膏。海瑞却一本正经地上了一个禀帖，禀帖先是照录鄢懋卿的通令原文，接着又说据悉钦差大人所到之处，接待逢迎与通令所言完全两样。不但要摆酒席，还要供应女人，每席耗银三四百两，连小便器都要用银子打造。因此下官糊涂起来了，不知是按通令的要求做呢，还是照前面的样子做？按通令的要求做吧，深怕简慢了大人；照前面的样子来做吧，又怕违背了大人体恤百姓的好意。因此恳请大人明示，到底怎样做才好。鄢懋卿看了禀帖，一肚子火气发作不得，只好不过严州，绕道而去。
海瑞如此直言抗命顶撞上峰，连钦差大臣都被弄得下不了台，岂有不遭报复之理？果然，就在海瑞接到升任嘉兴通判调令，正准备和新任淳安知县办移交时，袁淳在京弹劾了他。袁淳也是严嵩一党，和鄢懋卿更是狐朋狗友。他作为巡盐御史出巡浙江时，在海瑞那里亲身领教了简慢的招待，还和海瑞大吵了一架，于是便弹劾海瑞“倨傲弗恭，不安分守”。只是由于曾当过海瑞上司的朱衡已任吏部侍郎，极力向吏部尚书严讽推荐，海瑞才在免职后又被调任兴国知县。
按说，像海瑞这样不会巴结上司，还要老去惹是生非的人，能保住七品县令的职位，已经是万幸了。然而海瑞的运气出奇的好。严嵩的倒台终于引起一系列连锁反应，人们开始对严嵩当权时的人和事一一进行清理和甄别。中国官场历来就是以人划线的。严嵩一倒，他所扶植任用的胡宗宪、鄢懋卿之流也得跟着完蛋。这些人既然被确定为坏人，那么，当年反对过他们的人也就一律是好人。这也是中国政治斗争中最通用的逻辑，历来如此的。海瑞以卑微之职公然对抗令人谈虎色变的权臣，就不但是大大的好人，而且是大大的英雄了。于是，在担任兴国知县一年半后，海瑞被调往北京，任户部云南司主事，官阶正六品。
户部主事，是一个不大不小、不上不下的职位。正如黄仁宇先生所言：“大政方针出自堂官尚书侍郎，技术上的细节则为吏员所操纵。像海瑞这样的主事，根本不必每日到部办公，不过只是日渐一日增积做官的资历而已。”
然而海瑞是一个闲不住的人，想做事的人，喜欢琢磨问题的人，对国家对君主认真负责的人，也是个只知进不知退的人。既然没有小事可做，那他就只好去考虑大事。他现在已经进入中央政府（尽管职位低得可怜，离所谓中枢还十分遥远），不再是一个有局限的地方官，很可以站在历史和全局的高度思考一些问题了。而且，与那些自命不凡、以天下为己任的儒生一样，海瑞认为他应该对时局和朝政发布自己高屋建瓴的见解，而国家的现状又十分地令他不能满意。不但离孔夫子他们设计的唐尧虞舜般太平盛世相距甚远，而且简直就是危机四伏。海瑞觉得自己不能沉默。一股正义感和使命感从他心中升起。他决定发起进攻。这一回，他把斗争的矛头直接指向了当今皇上。
嘉靖四十五年（公元1566年）二月，也就是海瑞进京一年半以后，这位“位卑未敢忘忧国”的六品司员，向嘉靖皇帝呈上了《直言天下第一事疏》。海瑞深知当朝的这位皇帝是只听得进好话听不进批评的，因此开宗明义就说一个皇帝是否够格关键就在于能不能让臣民知无不言，言无不尽。接下来，他便对嘉靖本人进行诛心剖骨的批评。他指出，如果拿汉文帝刘恒和当今圣上相比，则圣上的“天资英断”，要远远超过汉文。然而圣上的仁德政绩，比起汉文来，却差得很远。汉文帝创造了历史上有名的“文景之治”，而当今皇帝创造的，却是“吏贪官横，民不聊生，水旱无时，盗贼滋炽”的局面。究其所以，就因为他这个皇帝昏聩多疑（心惑）、刚愎残忍（苛断）、自私虚荣（情偏），既是昏君，又是暴君。他还指出，嘉靖不但从政治的角度看不是好皇帝，从伦理的角度看也不是好男人。难怪普天下的臣民百姓，早就认为你不对了（天下之人不直陛下久矣）！也难怪老百姓要以你的年号来表示对你的不满，说什么“嘉靖嘉靖”就是“家家皆净”（一无所有）了！其实，臣民们的要求并不高，无非希望官府的盘剥轻一点，当局的关怀多一点，冤假错案少一点，社会风气正一点。这都是很容易做到的事，“而陛下何不为之”？
这样的奏疏真是史无前例。正如黄仁宇先生所指出，往常谏臣的批评都是对事，只有海瑞的批评是对人，更不要说还有那咄咄逼人的口气了！因此此疏一出，立即引起轩然大波，海瑞的刚直也名震天下，“上自九重，下及薄海，内外无不知有所谓海主事者”。
嘉靖皇帝倒是看完了奏疏的全文。这样的奏疏他从未见过（也不会有人见过），便是出于好奇也会把它看完。但看完之后的震怒也可想而知。据说他当场把奏折摔在地下，气急败坏地狂喊：马上把这家伙抓起来，不要让他跑了！然而海瑞这一回做的事，实在太了不起了，连太监宫女都被他感动，心中很是有些敬佩。于是宦官黄锦跪下来不慌不忙地奏道：万岁爷不必动怒。听说此人向来就有痴名，上疏前就买好了棺材，诀别了家人，安排了后事。这个人是不会逃跑的。嘉靖听罢，长叹一声，又从地上拣起奏本一读再读。
据说嘉靖私心也认为海瑞所说是实。他曾多次向首辅徐阶透露过这个意思。他把海瑞比作殷末的忠臣比干，却又不肯承认自己是纣王。他承认海瑞说的也有道理，却又认为自己年老病重，不可能再改了。因此他只有责打宫女来出气。这样拖了一段时间后，嘉靖还是下令逮捕了海瑞，交锦衣卫审讯，问成死罪。然而嘉靖又一直不批准海瑞的死刑，只是将他交东厂监禁。十个月后，嘉靖终于死去，成为一个已经知道自己过错却又“死不改悔”的皇帝。消息传来，狱中以酒肴招待海瑞，祝贺他出狱有望，海瑞却放声号哭，继以呕吐，最后晕倒在地。
新君隆庆皇帝登极以后，海瑞被释出狱。现在他已成了更大的英雄，其声望之高，整个帝国无人不晓。他很快就官复原职，又一升再升，其职衔已于前述。事实上不升也是不行的。没有哪个吏部的官员胆敢反对这位举国瞩目的英雄人物步步高升，也没有谁会对他的品行道德提出质疑。这样，在相当短的时间内，海瑞一步步地升了上去，直至升到应天巡抚，然后因遭弹劾而被迫辞职。
海瑞的第三次罢官完全是他自找的。
依照内阁和吏部的想法，对海瑞的最好的安排，是让他担任一种品级较高而实权较小的职务，把他当作一个活化石供在庙堂之上。这样对大家和他自己都比较合适。再说，像海瑞这样连皇帝都敢骂的人，放到哪个要害部门都是麻烦。万一闹出什么乱子来，不但大家脸上不好看，对海瑞自己也没有什么好处。因此，内阁和吏部的安排，亦无妨看作对海瑞的保护。
然而海瑞却不领情，他的责任心和使命感都不允许自己尸位素餐，无所作为。他不理解朝廷为什么对他表示了足够的尊敬却又不给予信任，也不能满意于在一个又一个体面而又无聊的闲职上耗费光阴。于是，他决定表示抗议。或者说，将内阁一军。他的机会很好，这一年（公元1569年）正好是所谓“京察之年”。海瑞便趁机给皇帝上了一份奏折，宣称像他这样不能为国家作出重大贡献的官员，其实应予革退，颇有些“当官不为民做主，不如回家卖红薯”的味道。
内阁和吏部拿这个咬不动、煮不烂、杀不死、吓不怕又死不开窍的怪人毫无办法。既然不能罢黜，那就只能给他一个实缺，任命他为应天巡抚，驻地苏州。何况，外放也有外放的好处：不在皇上和内阁的眼皮底下，眼不见心不烦，耳朵也要清净一些。
海瑞决心大干一场。他要扬善惩恶，移风易俗，作出一个榜样来。这种先声夺人的气势让许多贪官污吏土豪劣绅闻风丧胆。缙绅之家纷纷把朱漆大门改成黑色，以示素朴，弄得苏州城里好像家家都在操办丧事。气焰嚣张的江南织造太监也夹起了尾巴，把自己的轿夫由八人减至四人。但海瑞仍觉得很不过瘾，他下令：境内的公文，今后一律使用廉价的纸张。公文后面不许留有空白，以免浪费。他甚至干预官民的私生活，就连佩戴奢华的首饰和嗜吃甜美的零食，也在禁止之列。
事实上海瑞整顿吏治的计划正是通过一个个可操作的具体规定来实施的。比方说，为了整肃江南士大夫出入官府互通关节的风气，他规定：凡乡绅、举人、监生等到衙门拜见官员，或投递书信，必须进行登记。登记的内容包括谈话的要点和书信的节录，官员出行则要记载行踪和言论。凡不让登记、所记不实或事后篡改者，官员和登记者都要受到处罚。对于过往的官员，海瑞也不客气，规定他们均应自雇人夫和船只，地方上只负责补贴费用。海瑞认为，这样既可以使那些逢迎拍马的人无从下手，也可使那些借出巡之际搜刮民脂民膏的人一无所获，还可以一正官场的风气，因此应予坚决地执行。
海瑞雷厉风行地推行他的廉政措施，义无反顾，斗志昂扬，全中国的官场却是一片哗然。人们因海瑞的举措大惊失色，义愤填膺。几乎所有官员都一致公认从来未见过如此怪僻、乖张、不近情理的封疆大吏，居然视自己的僚属和过往的官员为寇仇。京师和外地的