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事情最后的结果是：徐阶的长子、次子和十多个豪奴被判充军，三子被革去官职，数千家奴被遣散十之八九，掠夺的民田至少退还了一半。
对徐家的这一处分究竟是出自何人之手，史家尚有不同说法。有人认为主要是高拱和蔡国熙所为，也有人认为应该归功于海瑞。
海瑞当时内心可能是希望徐阶能主动退田，民田一退，民愤便可平息。那时要帮徐阶一把，也就比较容易说话。可惜徐阶很不自觉，仅仅象征性地退了些许，便想敷衍了事，蒙混过关。海瑞是个认真的人，便去催。徐阶却推诿说这些田地都是儿子的，不好做主。海瑞只好再次去信催促，说最近查阅退田名册，得知阁下的盛德出人意表，可惜退数不多，希望再加清理。过去一些做儿子的，连父亲的错误都可以改正，现在阁老以父亲的身份，来改正儿子的过错，应该无所不可。同时，海瑞又给首辅李春芳写信，说徐阶为小人所蒙蔽，产业之多，令人骇异。如今“民风刁险”，徐阶退田如不过半，只怕对他自己不利。可见海瑞还是想维护徐阶的，只是不肯牺牲原则而已。看来，退田一事，主要功在海瑞；而充军罢官的处分，则多半出自高、蔡二人之手，并且是在海瑞罢官之后。
不管海瑞如何用心良苦，力图在不牺牲原则的前提下保全徐阶，他都等于同徐阶翻了脸。官场中人依照他们以人划线的逻辑，都已派定海瑞是背叛了徐阶，变成了高拱同伙。因此这一回，海瑞已把徐阶集团的人得罪了个干净。
然而高拱集团也不领情。因为海瑞早就得罪了高拱。隆庆元年（公元1567年）时，徐、高二人勾心斗角。高拱的党羽齐康弹劾徐阶，说他的儿子和家人横行乡里为非作歹。这是事实，因此徐阶也就只好请求退休。这时，朝中负责监察的官员都是徐阶的亲信，便群起反攻。
闹得不可开交之际，海瑞说话了。他上了奏疏，说齐康之所以弹劾徐阶，目的是让高拱掌权。海瑞当时声望正隆，如日中天。他的奏疏，当时是对高拱的沉重打击。结果高拱辞职，齐康罢官。高拱东山再起后，当然要报复海瑞。他可不会因海瑞要徐阶退田就放过海瑞的。
海瑞这一回还把张居正也得罪了。张居正原本是徐阶一党。他能够成为阁臣，全因徐阶的引荐。入阁以后，也一直与徐阶站在一边。徐阶退休后，害怕高拱报复，也一直与张居正保持联系，这回当然也要拜托张居正从中斡旋。张居正认为这件事很简单：苏州知府虽然是蔡国熙，可应天巡抚是海瑞呀！徐阶于海瑞有恩，哪有不关照之理？顶多也就再打个招呼就行了。于是张居正给海瑞去了一封信，很滑头地要他兼顾一下“存老之体面，玄翁之美意”。存老就是徐阶。徐阶字存斋，所以称他存老。玄翁就是高拱。高拱字中玄，所以称他玄翁。当时高拱是首辅，张居正是次辅。张居正要帮徐阶，又不想得罪高拱，所以这么说。他没有想到海瑞原则性极强而高拱报复心极重，结果不但徐阶的体面未能保存，自己的面子也扫了地，因此对海瑞极为不满。海瑞罢官后，历次有人保荐海瑞，均因张居正从中作梗，一直没能起复。
张居正不肯让海瑞复职，当然还有一个原因，那就是觉得像海瑞这样什么事情都不肯通融的人，留在官场是个祸害。反正，海瑞现在算是把徐阶、高拱、张居正都得罪了。这三个人，在当时官场中势力极大。得罪了他们三个，也就差不多得罪了整个官场。
海瑞善良、正直、刚毅、果敢，勇于负责，不怕困难，宁折不弯，决不妥协，意志坚定，勇往直前。但正是这些优秀的品格使他四处碰壁，走投无路。
真心拥护海瑞的，大约只有贫苦的农民和百姓吧！但，在海瑞的时代，他们的拥护又顶什么用！
三、无法医治之国
其实，对于海瑞的政绩，许多人都不否认。
海瑞被免去应天巡抚之后，继任人是朱大器。高拱和张居正都给朱大器写了信，也都谈到如何看待海瑞政策的问题。高拱和张居正虽然是政敌，也都主张罢免海瑞，但对海瑞的评价都很高，也相当一致。第一，他们都认为对海瑞不可全盘否定，高拱甚至开宗明义就说：“海君所行，谓其尽善，非也；谓其尽不善，亦非也。”第二，他们都认为海瑞的目的是“除弊”而动机是“为民”，只不过做法不妥。张居正甚至用替海瑞辩解的口气说，“其施为虽若过当，而心则出于为民”，总之动机和出发点是好的。第三，他们都认为海瑞的政策只需调整不可推翻。张居正说得比较客气，说：“霜雪之后，稍加和煦，人即怀春，不必尽变其法，以徇人也。”高拱则说得斩钉截铁：“若于其过激不近人情处不加调停，固不可；若并其痛积弊、为民做主处悉去之，则尤不可矣。”这“尤不可”的一个“尤”字，说明高拱对海瑞的肯定要超过否定，甚至宁肯不否定海瑞的不足之处，也不能否定海瑞扫除积弊、为民做主的大方向。
看来，高拱和张居正这两个人，还不能算是什么坏人，更不是庸才。他们的头脑都很清楚，度量也不算小。他们并不因为讨厌海瑞这个人，就否定他的人品人格和他的正确方向，也不因海瑞已经罢官，就落井下石，穷追不放，非把他说得一无是处不可。两位阁老，真有些“宰相肚里能撑船”的味道。相比之下，海瑞的骂倒一切，倒显得有些小家子气。
高拱、张居正他们与海瑞的分歧，主要在方式方法上。高拱认为他“过激”，张居正认为他“过当”，海瑞自己则觉得还不够。他曾对人既忧虑又愤懑地说：现在医国的，只有一味药：甘草。现在处世的，也只有两个字：乡愿！乡愿也叫乡原，孟子下的定义是：“同乎流俗，合乎污世，居之似忠信，行之似廉洁，众皆悦之，自以为是，而不可与人尧舜之道。”可见乡愿就是虚伪、敷衍，四处讨好，八面玲珑，不讲原则，表面上廉洁自律，实际上同流合污。这样的人，开出的医国药方，当然只是甜津津的甘草，治不了病，也治不死人。海瑞却认为应该下猛药。他给嘉靖皇帝上的奏折，就是他下的猛药，药引子则是他自己的生命。他希望这味药能使皇上猛醒，能使帝国振作。可惜，那位皇帝从身体到思想都已病入膏肓，终于一命呜呼。难怪海瑞听到消息要号啕大哭了。他既是哭这位死去的皇帝，也是哭自己失效的药方。
现在，海瑞好不容易才有了一个医国的机会，自然不肯放过。因此他一到应天巡抚任上，便大刀阔斧，雷厉风行，甚至不怕矫枉过正。本来，徐阶的田一退，他便应该见好就收。因为此事已经产生了影响，大地主沈恺等人见海瑞对徐阶都毫不通融，也只好主动地把侵夺的民田退了出去。这时，诚如黄仁宇先生所言：如果海瑞“采取惩一警百的方式，把徐家或其他几家有代表性的案件广事宣传，以使藉富欺贫者知所戒惧”，那么，“他也许会在一种外张内弛的气氛中取得成功”。然而海瑞似乎并不懂得“一张一弛，文武之道也”的道理，他的工作热情不但没有稍减，反因初战告捷而倍增。他不满足于坐在巡抚衙门接受投诉（前面提到，这种投诉已达每月七八千件之多），还要亲临府县听取诉讼，一一过问，一一审理，一发而不可收拾，斗争的弦也就越绷越紧。
这样一种工作热情也是海瑞所独有的。他本来就是工作狂，下车伊始，又发现要做的事千头万绪，真可谓百废待兴。海瑞深知，像他这样既非进士出身又没有后台老板的人，能官任封疆，是特例中的特例，唯有拼命工作，才能报答国家，不负皇恩。何况，这时他已经五十好几，能做事的时间已不太多，亦所谓“时乎不待”。因此他有一种紧迫感，很有些韩愈当年“欲为圣朝除弊事，肯将衰朽惜残年”的味道。另外，他心里也有数：天下没有不散的宴席，也没有不下台的官，他海瑞就更是如此，只能在任一天就猛干一天，能做多少事就做多少事，为了加快吴淞江治水工程的进度，他把行署设在工地，并斩杀了三个监工不力的吏员，把他们的尸体用席子卷起埋在行署厅前。结果，工程进展迅速异常。一个本想阻拦、陷害海瑞的巡按御史还没来得及下手，工程便已完成，那个巡按也只好徒唤奈何，叹息说“万世功被他成了”。当然海瑞也让人挖出了厅前的尸体，却是三只肥猪，而那三个吏员则被海瑞转移藏匿在别处。
一项水利工程或许可以这样加紧进行，政治工程可就没有那么简单。现在看来，海瑞当时的处置可能是简单了点。他受理的案件如此之多，事实上也不可能不简单。可是他涉及到的问题，却又十分复杂：丈量土地，清退农田，平反冤狱，整顿治安，兴修水利，遣散募兵，刷新吏治，考核官员，以及推行“一条鞭法”（一种新的赋税制度）等，哪一件不是盘根错节，牵一发而动全身？然而海瑞的力量却很单薄，既没有明确的法律条款，又没有得力的专门机构，仅凭一股政治热情，外加对善与恶的道德直觉，就希望快刀斩乱麻，在一个早上把百年积弊清除殆尽，其不能成功也自不待言。
对海瑞的弹劾几乎与海瑞在应天的改革同步进行，而且同样出手极重，攻势凌厉。给事中戴凤翔甚至危言耸听地说，在海瑞的治下，佃户不敢向业主缴租，借方不敢向贷方还债，民间流传的说法是“种肥田不如告瘦状”。如果不是因为海瑞自己清廉到无可挑剔，他一定会被描述成周兴、来俊臣那样的酷吏。内阁也深为海瑞的做法忧虑。他们想起一个医生，这个医生曾给病人猛吃巴豆，还振振有辞地讲什么医