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御览之后，圣心大悦，诏令庋藏于紫禁城内的文渊阁。文渊阁仿宁波范氏天一阁式样营建。阁三重，上下各六楹，层阶两折而上，瓦青绿色。阁前甃方池，跨石梁，引注御河水，左右列植松桧，阁后叠石为山。阁内御座之上，悬一幅乾隆御笔匾额：〃汇流澄鉴〃，四字金光闪闪，两旁御制一联是：荟萃得殊观，象阐先天合一；静深知有本，理赅太极涵三。
阁内还有两联，均为乾隆御题。
其一是：
壁府含古今，藉以学资主敬：
纶扉名副实，讵惟目仿崇文？
其二是：
插架牙签照今古；
开编云气吐芬芳。
文渊阁内，设置领阁事、提举、直阁事及校理等官掌管，此时的纪晓岚，即被任为文渊阁直阁事，同时兼任兵部右侍郎。
此后，《四库全书》又分缮六部，建阁度藏。盛京沈阳故宫内一阁，称〃文溯阁〃，圆明园内一阁称〃文源阁〃，热河承德避暑山庄内一阁称〃文津阁〃，连同文渊阁，谓之〃北四阁〃或〃内廷四阁〃。又以江浙为人文渊薮，在扬州的大观堂建文汇阁，镇江金山寺建文宗阁，杭州圣因寺行宫建文澜阁，各贮全书一部，称为〃南三阁〃或〃江浙三阁〃，允许士民赴阁，传观抄录。到乾隆五十五年，七部全书才全部缮写完成，送藏七阁。从开馆修书算起，共经历了１８个年头，才告竟成功，以十数年之岁月，成如此壮观宏伟之巨构，实在是古今中外所仅见。
编纂期间的校勘工作，费些周折。在乾隆四十三年，乾隆初览进呈的部分抄本，发现讹误很多，遂于五月二十六日批谕：“进呈各书，朕信手抽阅，即有论舛。其未经指出者，尚不知凡几？既有校对专员，复有总校、总裁，重重复勘一手经数人手眼，不为不详，何竟漫不经意，必待朕之遍览乎？若朕不加检阅，将听其讹误乎？〃从此以后，校勘考核更严，经纪晓岚复勘文津阁的藏本，查出誊写错落字句，偏谬之书各六十一部，漏写《永乐大典》三部，漏写遗书八部，缮写未全者三部，坊本抵换者五部，文字舛误者一千余条。
其他六阁的藏书，自然会有此类情形。事实上这么多的书，讹误之处在所难免。早在编纂之初，纪晓岚就意在避免差错，严格校对，处罚出现差错的纂修官和各处人员，时时有之，但防不胜防，屡屡出错。纪晓岚亲自查问，各纂修官推诿处分，不肯承认是自己的差错，尽管册簿记着某人负责某书，也不肯承认，说是：记录簿记错，张冠李戴了。纪晓岚便也作罢，不再硬逼。他在墙壁上题了一首诗：张冠李戴且休谈，李老先生听我言。
毕竟尊冠何处去，
他人戴着也衔冤。
再说那些校勘官，还有一段给皇帝拍马屁的秘事：就是在进呈御览的书中，每一页的头一个字，故意写成错字，留待乾隆校阅指斥，好让皇帝显得圣明。如果错字没有被乾隆发现，那么就成为御定之本，即使校勘的官员发现，那也不敢改正了，这真是荒天下之大唐！
也难怪事与愿违，拍马屁拍得太不是地方了。皇上发现伪谬如此众多，龙颜大怒，责令重为校正，因此负责校勘的官员，受到处分的人次，为数众多，也是罪有应得。
总校官陆费墀，受的处分最重。文澜阁、文汇阁、文宗阁三阁藏书的面页、木匣，皇上责令由他出资装治。有了经济制裁还不算，仍下吏议夺职。这下更麻烦了，不久陆费墀便在忧愁之中死去。这时皇上又下令籍没陆费墀的家产，只剩下千金，用来赡养妻子儿女，其余的全部作为三阁藏书的装治之用。陆费墀，字丹叔，复姓陆费，浙江桐乡人，乾隆三十一年进士，改庶吉士，授编修，充任《四库全书》的总校官后，像纪昀、陆锡熊一样，接连升迁，初擢侍读，累迁礼部侍郎，但因校书一事，落得个家破人亡。
陆锡熊与纪晓岚同为总纂官，虽然没有取得纪晓岚那样大的成就，但受到的处分却不比纪晓岚轻。皇上谕命将《四库全书》〃重为校对〃，此番的缮写之费，〃责锡熊与昀分任〃，陆锡熊掏了大部分，纪晓岚拿小部分。又诏令陆锡熊去奉天，校正文溯阁藏书，没等校书完工，陆锡熊便命归黄泉，死在了奉天。
总纂、总校几人中，最幸运的还数纪晓岚。承上诏谕特准免议，但他身为总纂，在责难逃，就让他出点钱了事。直到七阁《四库全书》全部告竣时，纪晓岚的官职已升至礼部尚书。这当然是因为与他受命篡改遗诏有关。但皇上深知他勤勉于事，编纂、校正不辞劳苦。那年夏天，乾隆到总纂处巡视，看到纪晓岚脱光膀子苦干的情景，圣心为之感动。更有意思的是，由此而后，乾隆得了个〃老头子〃的雅号。事情是这样的：盛夏天气，一丝风也没有，空气像窒息了一样。圆明园里的青枝绿叶都给晒蔫了，鸟儿热得不敢张口啼鸣，宫女太监不论在殿内、殿外，都汗流如雨，手中的扇子不停挥舞，但扇出的风并不凉爽，热乎乎的，越扇越流汗。乾隆帝在宫中，虽然有人服侍，扇子不停地扇着，仍然感到闷热难耐，深悔此年因朝事耽搁，没有去热河，这一夏天只好硬顶过去了。
这天午后，乾隆在圆明园清旷楼后面的〃澡身浴德池〃内洗了澡，想起到南书房看看，巡视一下《四库全书》的校勘情况，带上两个侍从太监，在树荫下东绕西转，来到了南书房，这时虽天近黄昏，但暑气仍然很炽，刚洗过澡的乾隆，也已是大汗淋漓了。
这时纪晓岚正忙着伏案疾书，因为他从年轻时就怕热，虽然这几年身子削瘦了许多，但仍然容易出汗。他看今天在场的陆锡熊等人，都在一起共事十多年了，日常调侃惯了，也不介意什么，就干脆脱去了上衣，把辫子盘在头顶上，光着膀子干起来。正聚精会神忙的起劲，忽然听到门口有太监〃唵唵〃几声喝道的声音，知道皇帝来了。
那几位翰林见皇上驾临，都急忙从座位上站了起来，低着头候着。纪晓岚这回傻眼了：如果赤背接驾，那是对皇帝失礼不尊；但当下穿衣接驾，衣服挂在书房的另一头，已经是来不及了，离身边不远正是排书橱，他灵机一动，立刻将身一闪，躲到书橱后边去了，想等乾隆走了，他再出来。
其实，乾隆进门时，已经看到了纪晓岚，见他光膀子，闪到后面回避，也没有怪罪的意思。
那排书橱不高，纪晓岚又是高高的个子，如果他直立在那里，那他的头就会露出来。更何况这时，他的辫子盘在了头顶上，显得高些，便只好蹲在了那里。这一切乾隆心里清楚。匆忙之间，乾隆想开开纪晓岚的玩笑，就故意在这里多停留一个时辰，让纪学士在那里好好地多蹲上一会儿，让他品尝一番，看那蹲藏又闷又热的滋味，是好受还是不好受！
乾隆同陆锡熊等人说了一会儿话儿，又察问了编修进展情况，便吩咐翰林们各自落座，只管忙自己手中的事，自己却笑吟吟地在书房里走动，东看看，西看看，不时地向纪晓岚所在的地方看上几眼，心中暗自好笑。
纪晓岚蹲在那里，闷热难耐，汗流如雨。约摸过了半个时辰，听听没有了皇上的声音，便从书橱的一侧探出头来，向陆锡熊问道：〃老头子去了？〃屋里的人听了暗吃一惊，谁也不敢答话。
乾隆故意问道：〃谁在那里讲话？〃
纪晓岚听出是乾隆的声音，赶快回答：
〃微臣纪昀，在此给皇上叩安。〃
“为何不出来？〃乾隆不动声色。
〃适才室内闷热难耐，臣最畏暑热，故而写字时脱去衣服，赤身露体，不敢见驾。〃乾隆说道：〃恕你无罪！快出来说话。〃纪晓岚早在那里憋闷够了，便起身出来，跪在地上叩头，浑身汗珠直往下淌。人们看了暗暗好笑，但又不敢笑出声来。
乾隆说道：〃天热难耐，赤臂修书，朕不怪罪。你刚才说的'老头子'大概是给朕起的绰号吧？〃纪晓岚跪着没有答话，乾隆接着说道：〃你是内阁学士，肚子里是不空的；如今且把'老头子'三字，给朕讲解清楚。若讲得不差，便恕你无罪。〃纪晓岚虽然当着众人，对皇上毕恭毕敬，但毕竟是和皇上亲近惯了，便大胆地说道：〃陛下莫恼，且听为臣解说。'老头子'三字，是京中唤皇上的通称。实为尊敬之意，并非微臣给圣上起的绰号。〃纪晓岚抬头看皇上，乾隆正不动声色地坐在椅子上听着，便接着说：〃我主为天下有道明君，臣民皆呼万岁，这不是'老'吗？
皇上是万民之首，'头'也。〃
听了他这几句话，乾隆已面露喜色，捋着胡须问道：〃那么，第三个字呢？〃“皇上又称天子，天之'子'也。三个字连在一起，就是'老头子'，这是尊敬皇上的称呼，并不是诽谤皇上的绰号。〃乾隆听罢，忍不住〃呵呵呵〃大声笑起来。
从此以后，在宫中常有人称皇上为〃老头子〃，乾隆听见，也不生气。在皇上审阅《四库全书》抄本，因讹误发火生气时，有人趁机上奏，疏请将纪晓岚部议降职，皇上想起'老头子'这件事来，觉得纪晓岚劳苦功高，忠勤可嘉，遂驳回疏请，诏谕特准免议。
至于陆锡熊、陆费墀以下的校勘人员，有很多人所受的处分是很严厉的。翰林蔡葛山就是其中一员，他与纪晓岚交情很深，曾向纪晓岚发牢骚说：〃我校四库书，因为讹字夺俸，实在觉得冤枉。但又有什么办法呢？这些年，白白辛苦了一场，不但得不到升迁，还把这些年积存，全搭进去了。〃纪晓岚劝慰道：〃事已至此，先生何必太认真？因此事受罚之多，多至几百人。您与他们相比，境况尚属不错。您不见总校陆费犀，新近郁郁而死，落得倾家荡产，人亡家败吗？
先生何不想想，若非此事，那些遗书秘籍，一生还会有读到的机会吗！〃“要说也是。〃蔡葛山点点头，〃我确有一事，深得校书之力。”
“是