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另一说法是朱元璋不想立朱允炆，说是“懿文太子薨孝陵不欲立孙，迟回久之，高皇后不悦，因构疾，崩。于是孙始得立”。明人郑晓说 “此妄说”也，洪武壬申（二十五年）四月丙子懿文太子薨，是年九月，庚寅诏立允炆为皇太孙，太子卒后未半年。当是时，高后崩已十一年矣 （洪武十五年壬戌八月高后崩）。 朱元璋为什么不立燕王，而断然立朱允炆为皇储，明人早有中肯的分析：“虽以文皇帝之圣也，称智虑过人，酷类太祖者而宁真之藩封，太祖固曰：‘自我创天下而以天下传之庶孳，万世而下有庶夺孳抗宗者，我开其乱也。乱传而万世之传，足虑焉。’高皇其忍乎哉！”质言之，朱元璋坚守嫡长继承制，是为了政权的巩固。在皇位继承上，再次出现不稳定因素是显然的。长兄朱标做太子，诸弟尚且纷争，年少的侄子做皇太孙，更不被诸叔放在眼里，他们难以尊奉这个小孩子为君主。对此，朱元璋也不免忧虑在心。
一天夜里，朱元璋看见黄白两条龙冲进大殿，争斗得难解难分，最后，那黄龙得胜腾飞而去，白龙战败蝘蜒于地。朱元璋顿时惊醒，原来是一个梦。第二天早上，朱元璋视朝，一入殿门，就见到皇太孙在殿的右角，而燕王却在他的左前方。当时以左为上。皇太孙身为皇储，与至尊无二，燕王竟敢对他如此侮慢！朱元璋不免大惊，他从这事悟出燕王夺嫡的野心。对此，他没有声张，但却下了一道严酷的命令。他命令朱棣离开宫中搬到别苑去住，并且不许宫中给他送食物。高皇后可怜朱棣的境遇，于心不忍，便偷偷地给他饮食，朱棣因而得以不死。过了很久，朱棣才被释放。 这件事也许是出于附会，但它却说明朱标死后，诸王对皇位的窥伺较前更为张狂。
礼是中国古代区分贵贱等级的重要手段。洪武二十九年八月，朱元璋命令廷臣重议定诸王见东宫礼。东宫代指皇储。这时即是皇太孙允炆。廷臣说，诸王见东宫之礼已有定仪，这便是在洪武十二年二月议定的礼仪：凡亲王来朝，具冕服见天子毕，次见东宫，引礼官引王由文华门东门入至文华殿前，西向立。东宫具冕服，执大圭，詹事府六员导出，升座。东宫臣左右侍从，引礼官引臣就拜位行四拜礼。东宫坐受毕，东宫与王俱衣常服，至后殿序家人礼。这次重新议的是家人礼。原来，懿文为太子，作为长兄，诸王下之犹自有言，如今允炆为皇太孙作为诸王的侄儿，家人礼就要重新规定了。议的结果是：诸王见过东宫后，由文华殿东门入至后殿，诸王要与东宫叙家人礼。这时他们都改换常服，王面西而坐，东宫面东而坐，皇太孙要向诸王行四拜礼，王坐而受礼。礼毕叙坐，皇太孙仍坐中南向，诸王列于东西两侧。 这是个矛盾而尬尴的场面，诸王以叔父之尊，而屈居后位，要向侄儿跪拜，心中自然不服，皇太孙以皇储之尊又要向诸叔四拜，必然也感到威胁。这里隐藏着极深的矛盾。据传，一次燕王朱棣与皇太孙朱允炆在一起，曾以手拍允炆的背，开玩笑地说：“不意儿乃有今日！”朱元璋早对朱棣有戒心，他老远地望见这个场面，不禁说：“何为挞皇太孙。”朱允炆说：“臣叔父爱臣故耳。” 反替他回护。
其实，朱允炆已明显地感到了诸王对他的威胁。朱元璋也从洪武元年杀叶居升时的思想中解放出来。他曾经深以诸王为干城，他对朱允炆说：“朕以御虏付诸王，可令边尘不幼，贻汝以安。”允炆说：“虏不靖，诸王御之，诸王不靖，孰御之？”朱元璋一时无言以对。他问允炆：“汝意何如？”允炆说：“以德怀之，以礼制之，不可则削其地，又不可则废置其人，又甚则举兵伐之。”朱元璋说：“是也，无以易此矣。” 朱允炆还曾与侍读、太常寺卿黄子澄谈到这事，一天，他们在东角门上，朱允炆对黄子澄说：“诸王尊属拥重兵，多不法，奈何？”黄子澄回答说：“诸王护卫兵，才足自守，倘有变，临以六师，其谁能支？汉七国非不强，卒底亡灭。大小强弱势不同，而顺逆之理异也。”他从军事力量的对比上，从封建礼法的顺逆上对可能发生的事变抱乐观的看法。朱允炆同意他的意见，说：“吾获是谋无虑矣。”对此也就放下了心。 这两次的谈话，孰先孰后不得而详。要之，当时的形势，已经十分明显，只要稍加思索，便会得出同样的判断。
秦王、晋王相继死去。拥有重兵对朝廷足以构成威胁的就数燕王了。朱元璋在付燕王以北边重任的同时，也对他有所防犯。朱元璋临终之时，皇太孙朱允炆和附马都尉梅殷在他身边。朱元璋嘱咐朱允炆说：“燕王不可忽。”接着又对梅殷说：“汝老成忠信，可托幼主。”随后他拿出誓诏和遗诏交给梅殷，并说：“敢有违天者，汝其为朕伐之。” 当时受顾命的还有齐泰和黄子澄。
朱元璋终于离开了人间。
他留下了最后一道诏书，遗诏说：
皇帝诏曰：朕受皇天之命，膺大命于世，定祸乱而偃兵，安民生于市野，谨抚驭以膺天命，今三十一年矣。忧危积心。日勤不怠，专志有益于民。奈何起自寒微，无古人博志，好善恶恶，不及多矣。今年七十有一，筋力衰微，朝夕忧惧，惟恐不终，今得万物自然之理，其奚念之有？皇太孙仁明孝友。天下归心，宜登大位，以勤民政，中外文武臣僚同心辅佐，以福吾民，凡丧葬之仪，一如汉文勿异。布告天下，使明知朕意。孝陵山川因其故，毋有所改。
一、天下臣民令到，出临三日，皆释服，嫁娶饮酒皆无禁。
二、无发民哭临宫殿中，当临者皆以旦晡，各一十五声，举哀，礼毕。非旦晡临，毋得擅哭。
一、当给丧及哭临者，皆毋跣，绖带毋过三寸，无布车兵器。
一、诸王各于本国哭临，不必赴京，中外官军戍守官员，毋得擅离信地，许遣人至京。
一、王国所在文武衙门军士，今后一听朝廷节制。护卫官军王自处分。
一、诸不在令中者，皆以此令比类从事。
故兹诏示，想宜知悉。
遗诏除例行的丧事安排外，要求“诸王各于本国哭临，不必赴京”，“王国所在文武衙门军士，今后一听朝廷节制”，其言并非虚发。其意有二，一是诸王有屏藩帝室之任，在此非常时期不得擅离职守以防敌人乘虚而起。二则是防备诸王以叔辈之奠带兵赴京，对小皇帝造成威胁。
且说，朱棣听说朱元璋的死讯，带领军队赴京奔丧。即将到达淮安。齐泰与朱允炆商议随即派人带了敕符根据太祖遗诏勒令诸王返回自己的封国 。朱棣见到这个敕符大怒，仍要下令进舟。只因见到江口已经设兵把守，才没有下令。时诸王子皆赴京奔丧吊，朱棣被阻，也无可奈何。僧道衍对燕王说：“大王以至孝渡江，奈何有违诏命，反为不孝也。愿殿下养成龙虎之威也。他日风云感会，羽翼高举，则大江只投鞭可断也，今日何得屑屑于此哉！”这一番话深深打动了朱棣的心。现在渡江条件不成熟，不仅不能成就大事，反会留下不孝之名，来日方长，只待将来风云际会展翅高飞了。于是朱棣又带兵返回了北平 。明朝人朱鹭认为不准诸王赴京临葬是不高明的，他造成了皇帝与诸王之间的嫌隙。按封建礼制，天子七月而葬，朱元璋的亲子是应该临葬的。不准他们赴京，必然使他们产生怨忿之心。当时四方平静无事，国家巩固，诸王虽以叔父之尊，以藩王之重，必不肯利用父皇之死来发难。以遗诏止临葬是过于谨慎了，它向诸王示以猜疑，诸王反过来持有猜疑之心就是不可免的了。他因此批评了齐泰、黄子澄的见识短浅 。朱鹭又说：“若诏书未至而文皇（指燕王朱棣）先来，弗可止也；其不奉诏，亦弗可止也。” 其实朱鹭所见并不全面，如上文的分析，诏止临葬是事势所然，它棋高一招，使诸王猝不及防，又师出无名。不过，也可以说诸王安于封国按兵不动却也并非全是遗诏和敕符的作用，他们与朝廷的对抗尚未准备成熟。一旦时机成熟，什么遗诏、敕符都是不放在眼里的。然而谈迁更认为朱元璋临死时召朱棣入京这个情节出于永乐时的伪造。他说：
实录于末，命特持符召燕王，建文用事者矫诏却还之淮安。疾剧，上问第四子来未，此永乐时饰说也。先是敕燕王备虏，盖无一日忘者。宁溺爱启嫌于诸王哉？浅之乎，窥高皇矣！
他将此前朱元璋给燕王的有关备御边防的一系列敕令联系起来看，认为以朱元璋之精明，必不如此。我想这是有道理的。实录不过借此突出朱棣的地位而已。
看来，皇太孙朱允炆嗣皇位是决定了的。但这皇帝之位能否保住，还另有分说。
二、建文帝
洪武三十一年闰五月辛卯，皇太孙朱允炆根据太祖朱元璋的遗诏即皇帝位。即位诏书写道：
天降下民，作之君。我皇太祖高皇帝受天明命，统有万邦，宵衣旰食，弘济民囏，凡事有益于天下者，无所不用其心。政教休明，规�