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朱允炆自幼学习的儒家统治术，而今要把它付诸实施，他的谋臣方孝孺更是给了他许多理论上的支持。他们每日里在一起讨论周官法度，想按儒家的学说塑造出一个理想的社会。他把疆场上的军事谋划一概交给齐泰、黄子澄去办。齐黄在北平作了部署，又派人控制了北平周围地区，他们采取第一个明确的行动是诏逮削燕王官属。从皇帝到举朝文武都在等待北方的奏捷。
不料北方传来的消息不是官军的奏捷，却是燕王宣布造反的上书，而且张昺、谢贵被执，北平失守，通州、蓟州、密云、遵化失守，连拥有三万之众的都督宋忠也在怀来兵败被俘，封国在怀来西北的谷王跑回了京师。这使朝廷大为震惊。齐泰请下诏削除燕王的属籍，声罪致讨，有人提出质难。齐泰说：“明其为贼，敌乃可克。” 黄子澄说：“北兵志强，不早御之恐河北遂失。” 几经商议，终于决定发兵伐燕。这时洪武时的能征善战功臣已经留下不多了，只好由长兴侯耿炳文为征燕大将军，驸马都督李坚、都督甯忠为左右副将军，带兵北伐。大军出发前祭告天地宗庙社稷，并向全国宣布了诏书：
邦家不造，骨肉周亲屡谋僭逆。去年，周庶人■僭谋不轨，辞连燕、齐、湘三王。朕以亲亲故，止正■罪。今年，齐王搏谋逆，又与棣、柏同谋，柏伏罪自焚死，榑已废为庶人。朕以棣于■最亲近，未忍穷治其事。今乃称兵构乱，图危宗社，获罪天地祖宗，义不容赦。用是简发大兵，往致厥罚。咨尔中外臣民军士，各怀忠守义，与国同心，扫兹逆氛，永安至治。
这诏书堂堂正正，既无须掩饰，又不用夸张，一如当年黄子澄所说：“大小强弱势不同，而顺逆之理异也。”与此同时，朝廷派安陆侯吴杰，江阴侯吴高，都督耿■，都指挥盛庸、潘忠、杨松、顾成、徐凯、李友、陈晖、平安，并道前进，共同北伐。另外，由于北平布政使张昺被杀，燕王自己任命了官属管理北平地方，朝廷在真定已设置了平燕布政使司，由尚书暴昭掌管，处理河北地区的政务。
这场骨肉间的惨祸，叶伯巨早在洪武九年就已经预言了。叶伯巨死后事态的发展使形势越来越清楚，然而除黄子澄伴读东宫，是未来天子手臂，敢于放言此事外，一般很少有人敢于涉及。朱允炆即帝位不久，四川岳池的教谕程济就看出了这步棋。但鉴于叶伯巨的惨死，他不敢明说。不过他还是上书把他的看法表明了：“北方兵起在明年某月某日。”只是他假托自己通数术之学，是通过推算得知的。他这样做一方面是为加强自己话的权威性，同时也是怕一旦怪罪下来可以减轻点责任。没想到他的书一上便遭到了逮捕，并差一点遭到杀害 。削藩，在当时已经不忌讳了，周王已经被废，齐、代、岷王已经被逮，那么，为什么还不准程济说话呢？要害就在于程济所指是燕王，朝廷削燕尚不敢下手也。如今燕王已反，朝廷已命将出师，一切都明朗化了。程济便也被放出，并且授以翰林编修之职，让他作为军师，护诸将北行。
大军即将出发了，建文帝犹有不忍。他对众将士说：“昔萧绎举兵入京，而令其下曰：‘一门之内，自极兵威，不祥之极。’今尔诸士与燕王对垒，务体此意，毋使朕有杀叔父名。” 一方面要削藩，一方面又要不留下恶名，真是鱼与熊掌二者要兼得。按建文帝的想法迫使朱棣就范又保全他的性命，是最妥善的办法。建文帝的仁柔寡断，由此可见。
大军浩浩荡荡分路并进，直指北平。仅吴杰等所率领的偏师步兵、骑兵便号称十万。八日已酉，耿炳文率军三十万到达真定，徐凯率兵十万驻于河间，潘忠、杨松驻于啵荩湎确婢徘б丫菪巯亍�
朱棣听说官军北上，率师出征迎战。张玉带人到耿炳文营中去侦察，回来报告说：“炳文军无纪律，其上有败气，无所为。潘忠、杨松，扼吾南路，宜先擒之。” 朱棣得到这一情报，很高兴。他身着铠甲，亲自带兵开赴涿州。壬子这一天正是中秋，燕王屯于娄桑，他命令军士们秣马蓐食，打算利用节日，出其不意地打击官军。下午时分，燕军渡过了白沟河。朱棣对诸将说：“今夕中秋，彼不虞我至，必饮酒自若，乘其不备可以破之。” 为了抓紧战机，燕王催促诸军加速前进。金乌西坠，眼见天渐渐暗下来。可是金黄的月亮很快又升起在东方，四野道路无不分明可见。他们来到雄县正是夜半时分。一轮满月，悬挂中天，在如水的银光里，田野山川一片静安，不论是城外四郊，还是城内的街巷都悄然无声，只是偶尔听见一两声狗叫。一天的节日喜庆，人们太疲劳了。然而这大好的月色下面正酝酿着一场厮杀，将要有呐喊，将要有刀击枪鸣，将要有殷红的血。这不是太煞风景了吗？不，军人以战斗为职业，以杀敌为乐趣，以血洒疆场，马革裹尸为壮美。如果敌死我伤，凯旋班师那就是幸福了。
然而，官军也没有安睡，他们知道这里离燕军的驻地很近，随时可能与敌人遭遇。燕军围城时已被他们发现。城上渐渐发出一片叫骂。在安静的夜晚声音分外清晰。看来燕军奇袭的计划不行了，只能登城攻坚了。
黎明，燕军攀附登城，官军奋力抵抗。但是燕军久镇边塞，又在居庸关、怀来取得新胜，正值士气旺盛，官军驻于南方，多年不见刀兵了，再加上这里不过是前锋部队，哪里是燕军主力的对手。官军渐渐不支，一些防线已被燕军攻破，官军败是败了，但绝不屈服，仍骂不绝口。燕军怒，必尽屠戮而后已。可怜九千名官兵全部被惨杀。八千多匹战马成了燕军的战利品。朱棣对部下的这种滥杀，很不满。他说：“尝谕若等毋嗜杀人，若等欲乖我所为，是非求生而欲速死也。夫多杀适以坚人心，使皆畏死尽力以斗。一夫拼命，百人莫当，终非所以取安全之道。昔曹彬下江南，未尝妄杀，其后子孙昌盛，往往好杀者多绝灭，今虽拔一城，所得甚少，而所失甚多。” 朱棣不仅懂得战斗，还懂得攻心。诸将自愧弗如，顿首谢罪而已。
这一仗燕军很轻易地便取胜了。朱棣判断潘忠、杨松虽然近在啵荩换嵯氲叫巯卣庋炀捅还テ疲欢ɑ岽淳仍Ｖ扉λ担骸拔岜厣屡搜睢！钡罱磁磺逯扉υ跹セ钭脚搜睢Ｖ扉γ钐吩毂в啵裙卵牛狈谒校级ù酥业裙饲牛脚谏憬耪剂臁Ｅ酥液问惫牛瞿艽蟾殴兰疲越棵且膊恢谒星狈嗑茫扉θ妹扛鍪勘靡皇獠菝稍谕飞弦宰餮诒巍Ｕ庋部纱铀新冻鐾防春粑Ｖ扉τ至硗獍才偶父鋈寺穹诼凡啵盟羌脚酥矣胙嗤跻唤诱骄头排凇２贾靡讯āＶ扉Φ巧铣峭罚淮腥私肴μ琢恕Ｋ蛟洞σＭ患舐飞匣瞥竟龉觯继匠德碓犹ぃ暇焕戳耍椎恼桥酥摇Ｖ扉Υ庞校酥页骞卵胖北佳嗤酢Ｅ酥业雀崭展牛惶门谏湎欤藕岸偈彼钠穑侵辛寺穹淳诱剑拖攵崆盘幼撸氩坏角乓驯惶吩ǖ氖勘剂炝耍蘼房赏耍媲爸扉σ泊吮沓辶斯础Ｔ谘嗑母贡臣谢飨拢倬蟀埽酥摇⒀钏啥急换钭剑诮看蠖嗦渌退馈�
接连的胜利，使燕军的士气更加高昂，朱棣欲罢不能，想乘势再打一仗。他问被俘的潘忠等人官军的虚实如何。潘忠说啵莼褂姓绞恳煌蚨嗳耍砭徘Ф嗥ァＫ菇ㄒ樗担骸埃ㄠ｜州）闻我败必走，急取之可也。”于是，朱棣自带精锐骑兵百余人为先锋，向啵萁ⅰＱ嗑钡旱杏赜倬な督担寺黻⒅鼐∥嗑谩�
第二天，朱棣率师回驻白沟河。三战三捷，势如破竹。下一步就要接触官军的主帅耿炳文了。这需要给予认真的对待。朱棣的战略思想仍是乘胜夺袭，速战速决。他说：“今潘忠等被擒，众皆败没，耿炳文在真定，必不虞我至，不为设备。我由间道，出其不意，破之必矣。”诸将也赞同他的想法。这时，正好有耿炳文部下的一个小军官张保前来投降，请求做先锋以自效。朱棣将他叫到帐中，了解耿炳文军中虚实。张保报告说耿炳文军共三十万，先到的有十万，一半驻扎在滹沱河南，一半驻扎在滹沱河北。朱棣闻此又成一计。他厚赏张保，又给张保一匹马，放他回到耿炳文军中，让他假说身败被俘，乘守者不注意盗马逃回，并且让他假称燕军就要到来。众诸将对朱棣这种安排弄不明白，他们问道：“今由间道，一不令彼知，掩其不备，奈何遣使，使其为备？”原来是朱棣根据得到的情报改变了策略。他解释说：“不然，如不知彼虚实，故欲掩其不备。今知其众半营河南，半营河北，是以令其知我军且至，则南岸之众，必移于北，并力拒我，一举可尽败之。兼欲贼知雄县、啵葜埽远崞淦１ㄋ较壬笫担创耸且印Ｈ舨涣钇渲侗〕窍拢淠苁て浔卑吨习吨诔宋艺狡＃男卸珊樱俏乙岳褪Φ北艘萘Γじ耗驯亍Ｇ胰宋砉槲遥蓖瞥先问梗煤位骋伞＝璞擞蟹床啵ヒ徽疟＃谖液嗡穑∮墒鞘鲁桑嘁蝗酥涠！敝扉Σ唤錾朴谟κ被洌钣帽ǎ疑朴谟眯睦碚饺ゴ虬芏允帧Ｋ饶芰榛畹刂富幼约旱亩游椋忠鞫芯怪冻鲅碜急赴ご颉Ｍ保谡饫锼直硐至俗魑桓鼍峦乘У挠判闫分剩河萌瞬灰伞Ｕ庹撬剐矶嘟Ｊ贾詹挥宓刂矣谒此佬ЯΦ囊桓鲋匾颉�
众将听完朱棣对战略的解释，无不佩服朱棣的胆识，深感不能望其项背，只有唯唯遵命而已。
燕军自白沟河西行，二十四日，到达无极县。离真定只有几十里的路了。朱棣当然已有成算，但他深知敌众我寡，想就此试一试诸将的勇怯。朱棣召集大家问军队应该向哪里进发，于是出现了