。一些武臣在朝中犯法或者因涉嫌私通燕藩失掉了职务，都纷纷投入燕军。
兴兵征战，致天下不宁，而无数将士抛头洒血，军民难免有怨怼之情。还有一层，朱棣起兵，实早有预谋，此番大战实发端于朱棣欲篡夺皇位。朱棣的宣传把宣战之责推给朝廷，但天下耳目可欺、而天地鬼神之心不可欺，朱棣对此不能无所畏惧。为了收揽人心，也为了超度十余万将士的灵魂，缓天地鬼神之怒，二月三十日（乙丑），朱棣派第二子朱高煦、三子朱高燧祭阵亡将士，抚恤其家属。朱棣说：“天下将士，从皇考南征北伐，宣力效劳，以定天下。迩者奸臣驱其战斗，败死于锋镝之下，不可胜计，深可哀悯。”他命收拾将士的骸骨，给予安葬，以免暴露山野。指挥耿孝等到郑村坝各战场所收达十余万具之多，将它们安葬于北山之原。各坟墓前都树立了简单的标志，还规定墓地内禁人樵牧，有发掘者，治以死罪。朱棣派官对这十余万人致祭。祭文是朱棣亲自撰写的。祭文说：
呜呼！昔我太祖高皇帝起布衣，提三尺剑扫除祸乱，平定天下。尔诸将士俱从南征北战，略地攻城，栉风沐雨，宣力效劳，共成我国家大业。眷念功勋，无由报答。
兹者，奸臣浊乱朝纲，同谋不轨，图倾基业，覆灭诸王，调弄将士，披坚持锐，列阵成行，以兵向我。故不得已亲率精兵与尔等交战，我之将士思念太祖高皇帝恩养厚德，忘生取死，心无怖惧，忠诚感通，神明昭鉴，虽众寡不侔，行见摧败，尚念诸将士毙于矢石锋刃水火之中，其畴之仇，何罪而至此哉！缘其不慧，为奸所惑，驱之于死地，可哀也。
已命僧修荐，因此资冥福，拔昏热之途，趋德之路。复念尔等骸骨暴露，弃于山野，雨淋日炎，顾视弗忍，乃命收什，■于北山之原。封以厚土，树以佳木，裨永久而不坏也。故用勒诸玄石，立于墓侧，并系之以铭：
生物芸芸，必资于后，天下亭毒，曷克厥止？帷圣则之，遇物无私，一视同仁，子育春滋。哀彼之伤，若已之疾，无罪驱死，巨蠹之贼。缅维古礼，埋胔以时，不俾暴露，仁政之施。呜呼尔众，国之忠良。奸臣肆毒，甚于虎狼。死于战阵，曾不尔戚。我心恐伤，恒焉尔惕。念尔骸骨，弃于山野，日炎雨淋，我岂忍见！拾而聚之，窀穸于斯。魄其安矣，魂其妥矣。维石崟崟，勒铭山阿。维卜万世，其永不磨。
那北山之原的新坟，远望如门钉鱼鳞。那一具具血肉之驱，曾经如生龙活虎。虽然今已睡卧黄沙，而白发红妆的思念能割得断吗？料峭的寒风吹散了缭绕的香烟，零落的纸钱随着黄沙飞舞。那高僧的抑扬的吟唱和朱棣假仁假义的铭辞，果然能为十余万鬼魂超度荐福吗？朱棣很懂得宣传的作用。他要为自己开脱，他希望部将心甘情愿地为他卖命。一场新的大战正在紧张地准备。三月初一，朱棣集合兵马举行大阅，战旗一开，将会又有一批人尸抛山野，血洒黄沙。
这时，李景隆驻军德州，郭英、吴杰等驻军真定，逐渐向北推进。经过数月的积聚，李景隆军势甚盛。建文帝欲壮军威、期在必胜，遣中官赐给李景隆以斧钺旗旄，军中得便宜行事。但小有不幸的是中官离京师渡江之时，正遇上大风，那一套钺斧旌旗却沉入水中。有人认为这是不祥之兆。但建文帝不以为意，再派中官北上，务将斧钺旗旄送至军中。李景隆得到朝廷的赏赐和特命，意气更加昂扬。
四月初二日，朱棣召集诸将，商议出兵迎敌。初五，朱棣带领诸将祀祭军牙六纛之神，准备出师。第二天大军出城南，驻于马驹桥 。随即向武清进发。这时官军也在北进，两军相距不过百里之遥。十六日，燕军从武清派赴德州、真定侦察敌情的谍者回报说，李景隆军已过河间，前峰到达了白沟河，郭英已过了保定，拟于白沟河与李景隆合师北上。朱棣下令继续南下，师驻固安。
四月二十日，天气闷热，过早来临的暑气使一切都显得有点沉重。燕军西渡拒马河，在苏家桥驻营 。待营帐扎稳后，朱棣与诸将一起分析军情。他对丘福等说：“李九江志大而无谋，自专而违众。郭英老迈退缩。平安刚愎自用，胡观骄纵不治，吴杰懦而无断。数子皆匹夫，其来无能为也。惟恃其众尔。然众岂可恃也？人众多乱，击前则后不知，击左则右不应。前后不相救，左右不相应，徒多无益也。况贼将帅不专，而政令非一，纪律纵弛而分数不明。”他认为郑村坝之战，就是人多不一定可取胜的例子。他又说：“将者三军之司命也。将志衰则三军之勇不奋，而败迹形矣。其甲兵虽多，粮饷虽富，适足为吾之资耳。尔等但秣马砺兵，听吾指挥，举之如拾地芥。兵法所谓，敌虽众可使无斗。又曰，识众寡之用者胜。吾策之审矣。第患尔等过杀。当谨以为戒。”
入夜时分，忽然狂风大作，呼雷闪电，大雨如注，丘垅中的雨水卷着黄泥，流满了沟沟濠濠。雨实在太大了，遍地的积水已无处渲泄，迅速上升，竟达三尺之深。坦荡的原野，一时成了水乡泽国。可怜数十万军士头顶大雨，脚踩黄汤，几乎化作鱼鳖，云低雨猛，植立于地上的刀枪，尖端不放出火球，互相撞击劈劈叭叭，连弓弦也铮铮作响。已经入睡的朱棣，被大雨惊起，营帐内的积水已经过了卧榻，朱棣只好在榻上再叠放交床，坐以待旦。
大雨推迟了战争的进程。这些雄师骁将可以在战场上叱咤风云，却无法和老天爷一争高低。二十四日，天气大大放晴了。地上的积水也已经退去。被暴雨洗过的一切都是那么清新。在泥水中挣扎了几天的将士们终于可以舒服地呼吸了。然而，在使人类为之慑服的大自然的神威暂时隐退之后，人类又恢复了他们自相残杀的本性。强敌在前，一刻都不能放松。造化施予人类的如此美妙的原野竟然要成为血腥的战场。
朱棣下令整顿军队，并带领诸将祭告天地。在朱棣虔诚地拈香施礼时，据说天上有神爵五色出现，飞驻于旗杆之首，祭祀的大礼完毕后渐向西北飘去。祭仪一完，诸将便抢先来向朱棣报告。朱棣说：“此神灵告我所向也，必有大捷。”当然，朱棣与诸将不能解释为什么在雷雨中的刀枪放火而且铮然有声，也不知道那五色神爵其实是雨后云影雾光的变幻，但他们却同样希望自己确有神灵相助。他们不愿揭破甚至是故意散布这无稽的神话，不如此便无以壮军威、定人心。朱棣未必不信神，但他从战场形势判断，认为欲战胜官军必须占据白沟河上游的有利地势，才可收以顺击逆之效。白沟河从西北流向东南，它的上游正是西北方向，而这正与“神爵”所指之方向相合。于是，朱棣命令大军向西北循河而进。
朱棣先令百余骑向对岸发炮以造成主力打算在此渡河的假象，朱棣自己却率大军循河向西北进发。日当正午，燕军渡河。不料，官军在河对岸早已埋伏一支兵马，那是都督平安率领的万余骑兵。这平安是一员骁将，曾经随朱棣出塞扫除残元势力，因此对朱棣的用兵甚为了解。李景隆派他做先锋正是出于这种考虑。朱棣见是平安，不免对这位往日的部下有几分轻蔑。他说：“平安竖子，往从我出师塞北，频见吾用兵，故为先锋。”平安的出现迫使朱棣改变老一套的打法。他声称“用兵机变，神妙莫测”，并表示：“吾今日破之，要使其心胆俱丧，不知所生。”
平安奋矛率众而前，都督瞿能父子也奋跃而战，燕军先锋大败，死伤甚众，被迫退却。燕军中有一内官名叫狗儿，英勇善战，这时见到燕军败阵，便率领千户华聚迎战冲过河来的官军。 百户谷允冲入敌阵，连续斩杀七人，朱棣亲自率军突出敌后，对平安军形成了前后夹击之势。燕军扭转了被动局面。
这时李景隆、胡观、郭英、吴杰等合军六十万，号称百万列阵以待。朱棣麾师与官军展开一场鏖战。天色渐渐昏黑。只有官军预先暗藏在地的火器一窝蜂揣马舟时时放出闪烁的火光。一窝蜂，其状有如鸟铳之铁干而稍短稍粗，可容弹百枚。点燃火药后，百弹齐发，声如蜂鸣，远去四五里，所中人马皆穿。一窝蜂以皮条缀之，一人可随身携带而走，战时以小铁足架于地上，其首稍昂三四寸，蜂尾另用一小木椿固定于地。一窝蜂也可以置于双轮木车之上，进退自如，实为攻守之利器。
尽管燕军作战英勇，但也无法抵挡官军火势的凶猛，燕师死伤甚众 。双方战至深夜，各自回营。朱棣在混乱之中竟找不到行营所在，只有三人跟随在他身边。朱棣听到水声，下马察看河水流向，辨明东西，判断营帐在上流，仓促渡河而去。朱棣摆脱了官军，又陆续有三四名走散的骑士加入了他们回营的行列。朱棣追上大军，命令就于白沟河北扎营，秣马蓐食，等天亮渡河再战。
朱棣累了，他进入营帐，解去铠甲，躺在卧榻上筹划着明天的战斗。朱棣步出帐外，环顾四野，遍地都是燕军官兵。行灶中闪动着火光，营帐上缭绕着炊烟。这时燕军骑兵有十余万之众，而他们面对的却是六十余万的强敌。所幸的是官军多是久不临战的士兵，主帅李景隆又是个只会纸上谈兵的家伙。燕军呢？他们大多久驻边塞，不少将士曾随朱棣北征，特别是燕军中有一些能征贯战善于骑射的蒙古将士，朱棣待之不薄，倚之甚重，他们也甘愿为朱棣效力。胜败之算是没有把握的，但朱棣相信自己的将士，更相信自己的坚毅。仰望星空，繁星满天，那迟到的下弦弯月，刚刚爬上东天。白沟河两岸数十里内的百姓早已逃散了，夜已渐深，将士们也都逐渐睡去了，四野一片死寂。朱棣也返回了营帐。担任宿卫的除了原有的亲兵外，还有刚刚从官军投降来的蒙古骑士三百人。朱棣为表示不疑，就给了他们担任宿卫这样的殊荣。蒙古骑士们也因此对朱棣怀有一种特殊的感