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在泗州使朱棣浮想联翩的，还因为这里是朱明皇室祖陵的所在地。祖陵在泗州■城之北，是朱元璋祖父朱公的墓。朱元璋出身贫寒，祖父之墓最初不过一抔黄土。朱元璋即皇帝位后，不仅加修了封土，而且设了祠祭署，有一名奉祀官专门管理祭祀，设了陵户二百九十三户。到洪武四年，又在此地建立了祖陵庙。庙中奉祀德祖、懿祖、熙祖的神位。洪武十九年，朱元璋命皇太子朱标前往泗州修缮祖陵，在祖陵郑重地埋葬了三祖帝、后的冠服 ，这祖陵尽管虚多实少，却极具象征意义。在宗法君主制社会中，对祖宗的崇拜是至为神圣的，更何况是皇帝的祖宗！
朱棣带领部下拜谒祖陵，不禁涕泣沾襟。他说道：“横罹残祸，几不免矣。幸赖祖宗神灵庇佑，今日得拜陵下。霜露久违，益增感怆。尚祈终相庇祜，以清奸憝。”朱棣拜毕，在陵前伫立良久，又前后左右看了半天才离去。
这时，一些住在祖陵周围的父老乡亲也络绎来到军门。这时朱棣的王号早被废除，论身份，不过是庶人，但他毕竟是龙种而且此时他带大兵压境，将来南京的宝座落在谁手还不一定呢。父老们前来见朱棣，真说不上是欢迎他或拥戴他，更确切地说，他们不过作为第三者，坐山观虎斗，最终乐见其成而已。朱棣很高兴地接见了各位乡亲父老，赐给他们牛酒及钞币，并加以慰问，然后命人送他们离开。
淮河是进入京师（今南京）的第一道屏障。燕军兵临淮河，使京都朝野大为震动。大将盛庸带领马军、步军数万人、战船千艘，列于淮河之南岸。燕军列于北岸，与官军相对。
当时渡过淮河向南京进军的路线有三条，一是走凤阳，二是走淮安，三是直趋扬州。朱棣召集诸将，商议行动方案。有人主张先取凤阳，切断官军援军之路，发大兵进攻滁州，夺取和州，集船渡江，再派一支军队，向西攻打庐州，夺取安庆，这样便可控制长江天险。另一些人说应先取淮安为根本，然后攻打高邮、通、泰，直抵仪真、扬州，这样可以放手渡江，无后顾之虞。
但这两条路线都有困难，朝廷为堵截燕军南下，已在凤阳、淮安等地布置了重兵，当时担任凤阳守将的是都督同知孙岳，知府是徐安。孙岳为防备燕军，早就大修战守器械，甚至将朱元璋所修的寺庙拆毁，用其木材制造战舰，并加紧操练，使楼橹戈甲都合阵法 。知府徐安亦带人拆毁浮桥，断绝舟揖以遏止燕兵 。再看淮安方面，当时镇守淮安的是附马都尉梅殷，梅殷是朱元璋之女宁国公主的丈夫，于皇族是至亲，与朱棣称兄弟。梅殷以总兵官身份镇守淮安。梅殷悉心防御，号令严明。朱棣攻破何福后，便想从淮安南下。他派人送信给附马都尉梅殷，说是要到南京进香，请求梅殷借路。梅殷自然知道朱棣不过是找个借口，义正辞严地说：“进香，皇考有禁，不遵者为不孝。”朱棣得知梅殷此言，大怒，又一次写信给梅殷，说：“今兴兵除君侧之恶，天命有归，非人所能阻。”但梅殷绝不示弱，他命人将使者的耳鼻割掉，并对他说：“留汝口为殿下言君臣大义。”这是朱棣的一根最不能触动的神经。兴兵发难，本是乱臣贼子，有何君臣大义，燕王为之气沮 。
这样，燕军南下，从泗州只有突破淮河直趋扬州一条路可取，朱棣说：“凤阳楼橹坚完，所守坚固，非攻不下，恐震惊皇陵。淮安高城深池，积粟既富，人马尚多，若攻之不下，旷日持久，力屈威挫，援兵四集，非我之利。”他提出乘胜鼓行，直驱扬州、仪真，因为这两城防守单弱容易攻取。而得到仪真、扬州之后“则淮安、凤阳人心自懈，我耀兵江上，聚舟渡江，夺取镇江，连攻常州，遂举苏松及江浙，西下太平，抚定池州、安庆”。到那时，“江上孤城，岂能独守”。朱棣为诸将描绘一幅顺利夺取南京的美妙图画。但实际上，选取从中路突破的方案也是客观形势决定的。
方案既定，朱棣便摆出一副要渡河的架式。他命将士将船只靠在岸边，编造竹筏，扬旗鼓噪，虚张声势。与此同时，朱棣命丘福、朱能、狗儿等带数百人西行二十里，偷渡淮河。这里官军并无防备。燕军过河，从后面逼进军营，鸣炮发起进攻。这突降的燕军使官军一时摸不清头脑，一时营中大乱，指挥官盛庸无法控制局面。在混乱中，盛庸来不及上马，被部下架上了船，才得脱险。燕军偷袭成功，官军不战而溃。大批战船被燕军缴获，大队人马顺利渡过淮河，同日，燕军攻克了盱眙。
五月十七日，朱棣派遣都指挥吴玉前往扬州招谕。官军在扬州设防严密，但扬州守将分战降两派。扬州卫指挥王礼便是主张举城投降的一个。监察御史王彬、镇守指挥崇刚坚决抗战，夜不解甲，婴城固守。他们发现了王礼的异常举动，便将他囚禁了起来，其党徒也都被关入了监狱。朱棣命人射箭送信绐城中，申明有能缚王御史降者，给予三品官。但王彬身边常有一力士相随，此人可力举千斤，人们惮于力士的勇武，无人敢靠近王彬。王礼的弟弟王宗为救其兄，便给力士的母亲送了大批礼物，通过她将力士骗出，乘王彬解甲而浴的时候，将其抓获。千户徐政、张胜等带领舍人吴麟等数十人将王礼从监狱放出，并抓获了指挥崇刚，开门迎降。崇刚、王彬不屈而死。可以看出，当时朱棣的势力早已暗中伸延到南方，王礼等的出降是早有预谋的。当时与朱棣暗中勾结的还不止王宗、徐政、张胜、吴麟这些，另外，扬州卫指挥佥事李政、扬州卫舍人柳琮、扬州卫副千户王仪等都是拱手而降的。
五月十九日，朱棣带兵至天长，扬州卫的王礼等一行人便赶来军门求见了。燕军不费一刀一兵，扬州城便落入燕军手中。朱棣命王礼同都指挥吴庸等谕下高邮、通州、泰州，接着扬州府高邮等卫指挥王杰率众来降，通、泰相继归降，扬州府江都县知县张本也率众来降。二十日，燕军西上六和，打败驻守官军。至此，江南的门户已完全打开，燕军加紧整备舟师以待渡江。
燕军控制了江北郡县，朝中君臣忧心如焚。二十日，建文帝下罪已诏，并派御史大夫练子宁、右侍中黄观、翰林修撰王叔英、刑部侍郎金有声、国子祭酒张显宗等四出征兵，号召天下勤王，同时将被放逐的齐泰、黄子澄召还共同策划防守大计。苏州知府姚善、宁波知府王琎、徽州知府陈彦回、松江同知周继瑜、乐平知县张彦方、前永清典史周缙等先后起兵入卫。建文帝命姚善兼督苏州、松江、常州、镇江、嘉兴五府之兵。建文帝向四方发下的诏书写道：
奉天承运皇帝诏曰：朕奉皇祖宝命，嗣奉上下神祗，燕人不道，擅动干戈，虐害百姓，屡兴大兵致讨，近者诸将失律，寇兵侵淮，意在渡江犯阙，已敕大将军率师控遏，务在扫除，尔四方都司布政司按察使及诸卫文武之臣，闻国有急，各思奋其忠勇，率慕义之士，壮勇之人，赴阙勤王，以平寇难，以成大功，以扶持宗社。呜呼，朕不德而致寇，固不足言，然我臣子岂肯弃朕而不顾乎？各尽乃心，以平其难，则封赏之典，论功而行，朕无所吝。故兹诏谕，其体至怀。
当时燕军往来于江上，沿江南北郡县纷纷秘密投降了朱棣。京师内外臣民读了建文帝的语书，惟有恸哭而已。
这时方孝孺向建文帝献策说：“事急矣，宜以计缓之，可遣人许以割地，稽延数日，东南募兵当至，北兵不习舟楫，我借长江天堑，与之决战于江上，胜负未可知也？”建文帝乃请得皇太后之命，派遣庆城郡主前往燕军议和。
庆城郡主是朱元璋从兄蒙城王朱重的四女，辈分上应是朱棣的从姐。亲叔侄之间的纠纷现在要由这位堂姐来调解了。作为女人本不得参预国事，但此次燕兵南下，实是宗亲之内自相残杀，既是国事，又是家事。战场上不得解决的问题，能否用骨肉亲情感化呢？五月二十五日，她渡过浩浩江水，登上北岸，又经过层层防守来到这纯粹是男人的世界。自从朱棣于洪武十三年就藩北平后，他们就没见过面。她想不到会在此时在战场上相见。朱棣离座迎接老姐姐的到来，他们都已显得老了，特别是朱棣，几年中风餐露宿，有时几天身不解甲，看得出脸上的劳碌风霜，但比过去显得更雄健英武了。朱棣见了郡主不禁流泪痛哭，说道：“我父陵土未干，我兄弟频见残灭，害人之忍心，有如此乎？且一入谗臣之言，即如胶漆不可解，至亲之言，纵倾吐肝心，如水洒石。今我之来，岂得已哉！”说罢又哭。郡主听此言也泪下沾襟，朱棣先声夺人，这位长于深宫的郡主当然不是对手，竟说不出话来。朱棣问道：“周、齐二王安在？”郡主说：“周王召还，未复爵，齐王仍被拘之。”朱棣听罢更悲不自胜。郡主想起了来此的使命，请朱棣允许割地讲和。朱棣老谋深算，哪里听得进去这话呢？他心里早知“此奸臣欲缓我以俟外兵耳”。朱棣振振有辞地说：“吾受皇考封土且不能保，割地何用，且吾来，欲得奸臣耳，在清朝廷、奠安宗社，不在土地，吾分地自有皇考所命者，富贵足矣，不愿赢余。但得奸臣之后，竭孝陵，朝天子，求复典章之旧，免诸王之罪，即还北平，祗奉藩辅，�