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但是，自此以后，凡元军先后内附到北平的，皆听燕王调用，从此燕王势力日益强大。另外，这次与燕王同时出塞的晋王却没有见到敌人的踪影。尽管，对游牧不定的蒙古，这是常事，不能说晋王作战不力，但毕竟是无功而还，无形中衬托得燕王似乎是武功煊赫，智勇冠于诸王了。
明朝制度，军事行动完毕之后，军回卫所，将军上交所授佩印。朱元璋命令户部派人运钞一万锭，由燕王赏给有功将士，随后便下令晋王留山西、河南及晋府护卫兵马，驻于天成、白登等处操练，由晋王往来提调，定远侯王弼等一律遣还京师；命令燕王将征进骑兵留守上都或兴和、兴州一带，派都督、都指挥总率屯驻，由燕王时常往来阅视，其余公侯一律遣还京师；命令齐王带领护卫还其封国，山东所属卫所军马由都指挥蔺真带领，仍听燕王节制。这时，朱元璋对各统兵将领日益不信任了，不愿他们长期拥兵在外，一旦任务完成便召回京师置于自己的控制之下。
同时，朱元璋还对归降的蒙元将士做了一番处置，他命令傅友德将归降的乃儿不花部落全部迁徙入关，其将校则送往京师，并赐给战袄袭衣。
闰四月初七日，乃儿不花等故元降将及部属二百余人到达京师朝见朱元璋，他们献上元朝颁发的太尉等银印四颗、金牌三面、银牌八百、铁牌五面和元室给予的宣命二十八道。朱元璋命令乃儿不花为留守中卫指挥同知，阿鲁帖木儿为燕山中护卫指挥同知，咬住为副都御史，忽歌（又作客）赤为工部右侍郎，各赐以钞、帽、金带、钞锭，不久又将乃儿不花、阿鲁帖木儿升为指挥使 。乙亥，赐给乃儿不花等七十一人以鞍马。丁亥又赐给乃儿不花等及其部属将校二百余人白金一万三千六百两，钞一万两千六百锭，文绣帛各一千零八十疋，罗衣五百五十袭。六月初十，北平都司送故元降将纽儿该速夹桑赤、阿鲁灰等乃儿不花部下将士及家属七百零七户赴京，诏给还乃儿不花家属，赐夏衣人一袭。朱元璋还命令工部郎中杨冀运送夏衣一万八千四百七十三领，到北平赐给乃儿不花的部下将校军士和家属四千七百八十六人。在这次征讨乃儿不花的作战中，百户晃儿忽做向导有功，因而被升为燕山中护卫世袭指挥佥事，按职领取俸禄但并不实际任职。但朱元璋对像乃儿不花这样的降将，并不是完全放心。他在二十六年三月乙卯让魏国公徐辉祖带给燕王的敕谕中说：“阿鲁帖木儿、乃儿不花俱存异志，虽抚之以诚，难保其往。人言‘夷狄畏威不怀德’，果然。可遣人防送至京。胡人反侧背恩，不可无备，归降胡兵，非出征不可轻纵，恐盗马潜遁，阴泄事机，所系甚重，若欲用以御敌，常使参错为伍，庶几无虑。”
这次北征的大捷震动了全国上下，由于是藩王首次出征便大获全胜，更使人们刮目相看。闰四月辛巳，各王府及天下文武百司向皇帝进“贺平虏表”，以赞颂皇明的威德和武功。
燕王是这次军事行动的主角，自己面上十分光彩，北平都司及从征的燕府军队也得到了丰厚的赏赐。闰四月甲申，赏给北平都司及燕山诸护卫军士两万四千六百余人钞七十二万六百七十五锭 。而燕王府的地位从此骤然上升，它的实力和燕王勇略也从此开始渐被人们接受。朱元璋对蒙元成功的文武两策略，使大批的官员将校接踵前来归附。为了应付这种局面，朱元璋在闰四月乙亥命令户部运白金十万两、文绮五千疋往北平；白金五万两、文绮二千疋往山西。分别由燕王府和晋王府收贮，以备赏赉。
自这次北征之后，燕王的地位发生了微妙的变化。
如前所述，原先，燕王不过是诸王中的普通一员。至少，其位在秦王、晋王之下。秦王所封之西安，晋王所封之太原，燕王所封之北平，在当时人看来，其重要性是依次而降的。朱元璋建国，行南北两京之制，以应天为南京，开封为北京，但一直想迁都西安。御史胡子祺曾上书说天下形胜，其可都者首推西安，理由是“据百二河山之胜，可以耸诸侯之望，举天下莫若关中”，其余有河东、有汴梁，有洛阳，而北平竟不与其列 。后来朱元璋也说过“天下山川惟秦地号为险固”，在朱元璋和时人看来，北平不过是胡人乘运而兴之地。因此，秦晋燕三王中，朱元璋实以秦王为首，晋王封于太原，其地迫于西安，当次之，第三才是燕王。
但是朱元璋等人的这种见解，是一种陈旧的观念，抛开自然地理的形势不谈，他们未把宋辽金以来，特别是元朝建立后近百年以来全国政治地理形势发生的重大变化估计进去。这变化简言之就是政治中心向东北方转移。如将关内外东北西北连为一体来看，唯北平最为重要。这点我们在下文中还将会谈到。这种事实是不以朱元璋等人的观念为转移的，在明初二十余年明与北元的斗争中，北平的地位再次显露出来。这不仅因为前述政治中心的转移，而且还因为元势力退出塞外，先后以上都、应昌为中心，这些地方都迫近北平，而他们南下夺取的最终目标仍是他们昔日的统治中心北平，这些都使得北平处于首当其冲的地位。另外，大都——北平作为统治中心，元朝在这里留下的影响要甚于其他地方，因而加强对北平的统治又成为割断元朝遗民的故国之思，从而巩固明政权的有效手段。同时，牢固地控制北平这个前首都，也比控制其他地方对塞外的蒙元势力有更大的威慑力量，对于那些企图归降明朝的人也有更大的吸引力。如此种种，使得北平的地位，从而使以北平为封国的燕王的地位大大突出出来。而当历史和现实在发出呼唤的时候，燕王朱棣以他的智勇能不负众望地承担这一重任，则保证了他自身地位的稳步上升。我们所指的主要是实力地位，在名分上，他是无法超越秦晋二王的。秦王为什么没参加这次北征，是否因为他担任了宗人令而不能出征呢？ 不得而知。
随着诸王的登上军事舞台并显示出实力，朱元璋感到皇室的地位更加巩固，加速了他削除权臣、集中皇权的步伐。就在晋王、燕王北征告捷的两个月之后，朱元璋就发动了一个大狱。朱元璋借口胡惟庸这一陈年旧案，将太师韩国公李善长置于死地。李善长是朱元璋的同乡（安徽定远人），朱元璋起事不久便得到他的辅佐，预机画、主馈饷、定立制度，在文臣中功劳最大，因而被授予开国辅运推诚守正文臣、特进光禄大夫、左柱国、太师中书左丞相，封韩国公，岁禄四千石，子孙世袭，颁给铁券，免二死，子免一死。当时封公者还有徐达、常遇春子常茂、李文忠、冯胜、邓愈，共六人，而李善长居诸公之首，位崇秩尊，朱元璋将其比于汉之萧何，并将临安公主嫁给他的儿子。洪武十三年，胡惟庸因谋反罪被杀后，李善长的地位很久都没受到影响，然而到了洪武二十一年蓝玉北征至捕鱼儿海，据说是获得了胡惟庸谋反的证据：私通北元。至此，由于御史的劾奏，李善长竟被打入胡党 ，罪名是“知逆谋不发举、狐疑观望怀两端，大逆不道”，正好这时又有人说星象异常，“其占当移大臣”。于是便将李善长及其妻女弟侄家口七十余人一并处死。同时以胡党被处死的还有吉安侯陆仲宁、延安侯唐胜宗、平凉侯费聚、南雄侯赵庸、荥阳侯郑遇春、宜春侯黄彬、河南侯陆聚等，已故的营阳侯杨璟、济宁侯顾时等也受到追论 。李善长死的第二年，虞部 郎中王国用上疏对李善长之狱提出怀疑，他说：
善长与陛下同心，出万死以取天下，勋臣第一，生封公，死封王，男尚公主，亲戚拜官，人臣之分极矣。籍令欲自图不轨，尚未可知，而自谓其欲佐胡惟庸者，则大谬不然。……使善长佐惟庸成，不边勋臣第一而已矣，大师国公封王而已矣，尚主纳妃而己矣，宁复有加于今日？……若谓天象告变，大臣当灾，杀之以应天象，则尤不可。臣恐天下闻之，谓功如善长且如此，四方因之解体也。今善长已死，言之无益，所愿陛下所戒将来耳。
朱元璋见到奏疏，竟然不加之罪，其实他心里很清楚这是一个冤案。
亲王的成长促成朱元璋铲除权臣，权臣的铲除又促使亲王进一步掌握权力。
洪武二十六年二月，凉国公蓝玉被指为谋反，族诛，列侯以下坐党夷灭者不可胜数。吏部尚书詹微、户部侍郎傅友文、开国公常升、景川侯曹震、鹤庆侯张翼、舳舻侯朱寿、东莞伯何荣、普定侯陈桓、宜宁侯曹泰、会宁侯张温、怀远侯曹兴、西凉侯濮玛、支平侯韩勋、全宁侯孙恪、沈阳侯察罕、徽先伯桑敬等等均以蓝党坐死。洪武二十七年十一月，颖国公傅友德赐死，竟无罪名。
与此同步：
洪武二十四年二月，齐王率护卫骑兵在开平近地围猎，遇有战斗则自为队参战 。五月，汉、卫、谷、庆、宁、岷诸王练兵临清。分别设置护卫军：汉王甘州中护卫、卫王广宁中护卫、谷王兴州中护卫、庆王宁夏中护卫、宁王营州中护卫，岷王西河中护卫 。二十五年正月，晋、燕、楚、湘诸王入朝，朱元璋命令他们“岁训将练兵，周视封疆，作军器必精良，以固边圉”。二十六年二月，命晋王总宋国公冯胜等所统河南、山西军士出塞，胜及颍国公傅友德、开国公常升、定选侯王弼、全宁侯孙恪等驰驿还京，其余将校悉听晋王节制。三月，代王率护卫兵出塞，受晋王节制 。三月丙辰，令�