王弼、全宁侯孙恪等驰驿还京，其余将校悉听晋王节制。三月，代王率护卫兵出塞，受晋王节制 。三月丙辰，令宋国公冯胜、颖国公傅友德住北平等处备边，其山西属卫将校悉听晋王节制。北平属卫将校悉听燕王节制。“凡军中应有机务，一奏朝廷，一启王知，永着为令。”庚申，复遣使谕晋王、燕王：“各统所辖都司军马，凡军中赏罚大者以闻，小者宜从处分。” 辛酉、庚午、甲戌，并西安右卫于西安中护卫；改华山卫为西安左护卫；改秦州卫为西安右护卫。二十八年四月甲申，又诏置辽（卫）、宁、谷、庆、肃（汉）五王护卫指挥使司。二十八年，肃王（原封汉王）就藩甘州，理陕西行都司甘州五省军务。三十年令督军屯粮，遇征伐，以长兴侯耿炳文从 。二十六年，辽王植就藩广宁，宁王权就藩大宁。洪武三十年，朱元璋要求他们“自东胜以西至宁夏、河西、察罕脑儿，东胜以东至大同、宣府开平，又东南至大宁，又东至辽东，抵鸭绿江，北至大漠，又自雁门关外，西抵黄河，渡河至察罕脑儿，又东至紫荆关，又东至居庸关及古北口，又东至山海卫，凡军民种地，毋纵畜牧。其荒旷地及山场，听诸王驸马牧马樵采，东西往来营驻。因以时练兵防寇。违者论之 。史称宁王“带甲八万，举车六千，所属朵颜三卫骑皆骁勇善战，”“以善谋称” ；庆王■就藩宁夏，诏理庆阳、宁夏、延安、绶德诸卫军务 ，朱元璋对诸王的行动随时给以指示。如二十六年三月乙卯派人对燕王说：“尔护卫士卒，每遇出猎必选数千骑被坚执锐以训练之，使之常习劳苦，则临阵不怯。” 三月甲戌，他听说晋王督兵在下水筑城，便派人加以责备，批评他“无深谋远虑”，并要求他“自今军中调遣，必计出万全，毋徒劳军士” 。
除练兵防边外，朱元璋给各都司卫所下达筑城、屯田及从征的任务，也通过所在诸藩王去执行。如二十八年正月辛亥朱元璋遣使命令周王■，发河南都指挥使司属卫马步官军三万四千人往塞北筑城、屯田；甲寅，遣人敕谕晋王㭎发山西都指挥使司属卫马步官军二万六千六百人往塞北筑城、屯田 ；甲子，命令燕王发北平二都指挥使司并辽东都指挥使司属卫精骑兵七千、步兵一万，命都指挥使周兴为总兵官，同右军都督佥事宋晟、刘真、往三万卫等处捕野人，其属卫指挥庄德、景保安、张玉、卢震等悉令从征 。
洪武三十年正月乙丑，朱元璋命令肃王楧曰：“古者兵出于农，人无寒馁，有寇则操戈以战，无事则荷耒以耕。此良法也。今春气方和，宜及时督军屯种，遇有征伐，尔其率精兵与长兴侯耿炳文等进讨。”这时，在汉中府沔县发生了一场有千余人参加的造反，“陕蜀番民”也因而起事，朱元璋慌忙派长兴侯耿炳文、武定侯郭英，发陕西四川兵讨之。并对刚嗣秦王位不久的朱尚炳说：“尔宜练士卒，缮甲兵，时巡逻以备无虞，况尔年幼，当夙夜警惕无急。”
这样，不仅诸王的势力不断加强，而且军事经验也在不断增长，同时，无形中形成这样一种格局，即皇帝——诸王——都司卫所的格局。诸王成为代替皇帝直接控制地方军事力量的一个重要层次。这种格局是朱元璋削除权臣、加强皇室地位这一指导思想的必然结果 。
洪武二十八年三月二十日，秦王朱■死，这时他年已四十。他是曾被朱元璋寄重的一位亲王，在辈分上仅次于太子朱标，因而朱元璋给其的谥文中说：奇 …書∧ 網“尔以年长者，首封于秦。”期于永保禄位，藩屏帝室。看来他有负所托。如前所说，在备御北边时，秦王并无突出表现，而且还屡有过失，因此一度被召还京师。所以谥文中又说：“夫何不良于德，竟殒厥身。”他的谥号竟是一个多有贬意的“愍”字。对他的死，朱元璋是很悲痛的，老年丧子，人同此心。但他的死却使朱棣的地位无形中又上升了，至少，朱棣又失掉一位竞争的对手。
洪武二十九年，二月二十三日，在边境上巡逻的骑兵发现在道路上有脱落遗失的车轮，宁王朱权马上将这一情况报告给了朱元璋，朱元璋认为这是蒙古骑兵仍在边境活动的证明，蒙古兵很有可能再次入寇边境。朱元璋说：“胡人多奸，示弱于人，此必设伏以诱我军，若出军追逐，恐堕其计。”于是命令燕王朱棣选精卒壮马奔赴大宁、全宁，沿河南北觇视胡兵，针对敌情，随时随地给予打击。同时，他要求周王朱■命其世子朱有燉，率领河南都司精锐，赴北平塞口巡逻 。三月，燕王朱棣再次率师出塞北征。军行至彻彻儿山 与蒙古军队发生战斗。蒙军首领孛林帖木儿等数十人被俘。明军乘胜追至兀良哈秃城，又与蒙军哈刺兀 等发生战斗，明军再次取胜。这次北征历时很短，而且史籍记载十分简略，大概是战绩无足称道吧？
不管怎么说，这次北征，再次给朱棣提供了展示其才能的机会。
洪武三十年。四月初三，朱元璋给晋王、燕王下了一道敕书，谕以“备边十事”：
其一曰，向者发往开平防边擒胡大小将校，宜遣人阅实明白，具籍以闻。是时塞草方青，胡人必顺水草而南，宜谨斥堠，广布置，务殚智虑，设法提防。每一堠用马二匹，而以三十堠为一路，计用六十匹。其相去或二十里，或三十里，则设一路，总十路则用马六百匹。其布置之法，则由内而外，其近里则二十里为一堠，计十堠。外则十五里为一堠，又计十堠。又外则十里为一堠，又计十堠。以此撙节一路，可望五百里，少有烽警，则无不先知矣。
其二曰，须选人领精骑或五六千或七八千，在百五十里至百里外一路潜伏，以侦望之，则可知彼虚实矣。
三曰，所设十路斥堠，每处为三十层，每层马二匹，东西相去二百里，广受所发防边将校。东五层内，西五层内，皆须在十层两向以候远望消息。仍令每堠垒炮积薪，务严备豫，昼则望烟，夜则望火，至加防慎，则彼之多寡亦可知矣。
四曰，王所统大军，除发去都督等员率领提备，其余护卫或一万，或二万，亲王率于附近屯所往来牧放，仍须被坚执锐，夙夜加谨。望远者，去王约三十里，不许顷刻有怠。王之队伍，常在斥堠以里，不宜久驻一处。东西南北往来莫测，又须趁逐水草，随营牧放以就孳焉。
其五曰，今年八月二十日晋王、燕王起程，九月一日，辽、宁、谷、代起程，务在约量程途，同至京师，朕别有议非面谕不可也。
其六曰，今年屯种自东胜至开平，开平至大宁、广宁，须五月，报禾苗长养何如，七月再报结实何如，十月又报所收子粒若于。一岁三报，不惟使朕知边储虚实，而屯军亦不至懈力矣。
其七曰，晋王、燕王宜督诸王并都司、行都司报知孳畜预战马数，必从行太仆亲点视稽验。自洪武二十三年至于今，通计所产驹若干，悉数以闻。
其八曰，京师发去江淮太仆寺孳生马及战马，八年之间数该七万。王督诸王及都司，行都司，以逐年领马之数，稽其原领月日，暨受马月日，条列具陈，仍令太仆寺督并，更加号令催督都司，行都司，毋容少怠。
其九曰，向者所发有罪大小将校，须悉心点视，立成队伍，其中有名到而人不至，及有病亡者，皆须明白具数以闻。
其十曰，不分大小官员并军校等，凡领骒马，验其关领月日，每年纳驹一匹。仍须审其孳产有无，不可一概征索。
特谕尔知，如敕奉行。
初九，朱元璋在给朱棣的信中说：
玉林、天城皆西北要地，非坚城池不可以守。今山西军已筑玉林城，其天城城宜令北平军士筑之。期今岁完。否则来年完之。毋促役以困其力也。
这时朱元璋仍念念不忘对蒙古的防御。不断地向诸王授以御敌方略。就在同一天，朱元璋又下令给晋王燕王说：
近钦天监奏，占天象当有胡兵入寇，朕以为不特天象可以征，以人事度之，胡人近有是谋。何也？前岁秋，山西塞外降胡逃归岭北，此数人居山西八年，安得不以中国虚实为胡人谋乎？此胡人入寇之端也。自今其令都司、行都司简阅步卒、骑兵、或三万或二万，常兼数万步卒，而骑兵每五百以一将领之。五百分为五队，每队领以一战将，而五将咸听一将之令，往来折冲，以据贼阵。步兵亦如骑兵之法，选将领之。严饬队伍与骑兵并进而夹攻。我马虽少，步兵则多，胡马虽多，彼无步卒。苟有侵犯，可与战矣。其深体联意毋忽。
这月，朱元璋又命燕王筑大同城 。五月十八，朱元璋再次以天象示变敕谕晋燕代辽宁谷六王说：〃奇…_…書……*……网…QＩＳuu。ｃＯm〃
验之历代天象若此者，边戍不宁，往往必验。今天象于往者正同，不可不慎也。其应虽非今岁，然二三岁间灼有寇边者。宜令军马东西布列，各守其地。今尔等所守地方，不下六千里，急遽难为聚会，每处军马多者不过一二万，而胡人之马计有十万。其不出则已，设若南行，马势必盛。自非机智深密昼夜熟算，孰能制之？兵法云“致人不致于人”，“多算胜，少算不胜，况无算乎”。吾今老矣，精力衰微，机思谋虑艰于运筹，尔等受封朔土，藩屏朝廷，若不深思远虑，倘或失机误事，非惟贻忧朕躬，尔等安危亦系于是，可不慎哉！
吾今略与尔谋，或今岁或二三岁，大军未会，止是本护卫及都司行都司军马各守分地，多不过一二万，倘遇胡马十数万寇边，不宜与战，或收入壁垒，或据山谷险隘之处，夹以步兵，深伏以待之。彼见我不与之战，必四出钞掠，俟其骄怠分散，队伍不严，我以马步邀截要道，破之必矣。若一见胡马辄以三五千或一二万轻与之战，岂特不能胜之，必至失利。务在深藏设计，待彼肆意驰骋，则一鼓可擒其首将矣。
五月辛未，朱元璋再以天象受警告燕王、晋王及诸王：