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孙中山将定都南京和袁世凯必须来南京就职这两条发给袁世凯，并催促他来南京就职。这两条的用意，袁世凯一望便知，心里冷笑：把临时政府设于南京，要我到南京就职，你们正好欺负我是不是？调虎离山那么容易？
于是袁世凯回一电，说，我巴不得早日到南京面聆诸公教诲，可现在这个北方的秩序，那是相当的乱：皇室刚退，心有不甘，在一些外人挑拨下还企图生事；蒙古那边，也很不稳；各国的驻京使领馆和商业机构也要保护。这些破事拖了我准备南下就职的后腿，也搞得国家变成了迟迟不统一的南北两部分，真是不好意思。现在看来，与其您孙大总统让位于我，还不如您接着当，等我把北方搞安定之后就交给您，然后我辞职，去当一个逍遥快活的民国普通国民最好。
说孙中山为国为民，袁世凯的这番话说得更大公无私。这份电文公布后，袁世凯“感动中国”，其支持率直线上升。
孙中山依然不松口，2月18日，授命教育总长蔡元培为团长，宋教仁、汪精卫等八人为成员，组成迎袁专使团，于22日启程走海路赴北京迎接袁世凯南下就职。
袁世凯对专使团予以隆重接待，先派其长子袁克定到天津远迎；专使团抵京后，袁世凯打开以前只有皇帝才能走的正阳门迎接；他还把东城煤渣胡同的前清贵胄学堂布置为迎宾馆。
专使团向袁世凯递交了孙中山的亲笔信。袁世凯和专使团相谈甚欢，对南下就职问题，袁世凯再不推拒，一口答应，而且还讨论了南下路线。袁世凯说他准备走京汉线，先到武昌和黎元洪副总统见一面，然后换乘轮船到南京。专使团喜出望外，心上一块石头落了地。
就在专使团深感不虚此行的时候，2月29日晚，北京城忽然火光冲天，枪声四起，大群的士兵在街头又抢又烧。“宫保要走了，我们没人管了，快抢个盘缠回家吧！”这样的声音在部队中一呼百应。当晚，乱兵所过之处，金银首饰店、饭馆及杂货铺全遭洗劫，并火焚东安市场、东四牌楼等处，北京仿佛又来了八国联军。
一群乱兵张牙舞爪地冲进专使团的下榻处，九位专使慌忙逃到六国饭店避难。人人衣衫不整，缺鞋少袜，狼狈不堪。
兵变前后绵延三日，扩大到天津、保定及更大的北方地区。
兵变次日，袁世凯紧急召开高级军政首长会议，决定立即采取行动制止乱事蔓延，下令凡看到乱兵任意抢劫，立即格杀勿论。
袁世凯痛心疾首地对专使团说：北京真是不稳啊，你们看到了吧！如果我一离开，那怎么得了？！
这样一个过程，再加上袁世凯的一贯为人，不猜想这场兵变是他主使、是为不去南京找理由的都难。
此事到底是否是袁世凯叫人干的，至今还有争议，因为拿不出确凿证据。最可能的是：兵变的策划者是袁世凯的儿子袁克定。他先放出袁世凯一走，北京就要裁减军队、士兵就没活路的消息，然后由布置好的人挑头，抢劫焚烧泄愤。
兵变的规模和乱象超过了策划者的预料。这里除了军队本来就存在欠饷、士兵有怨气之外，还有个原因：中国首都从此要改在南京的消息，让一些北京人失魂落魄、窝火不已：以前咱们这是天子脚下，全国中央，多大的优越感啊，这下一迁都，立马就变成啥也不是了！于是一大帮街痞混混，跟着乱兵拼命起哄，希望能保住首都。
的确，中国城市的兴衰受行政影响太大。1927年4月蒋介石定民国首都为南京后，改北京为北平。中央行政机关一迁走，北平市面立即冷清下来；到1949年，失去首都地位仅二十二年的北平已衰败得不成样子，中共建国前清扫天安门为开国典礼礼台，竟挑下来好几担鸟粪！
不管兵变是否袁家策划，目睹这一幕的专使团无计可施，只好去电南京向孙中山汇报实情。南京方面本来就有很多人主张定都北京，这样一来，袁世凯在北京就职立成定局。
他又得逞了。
孙中山在给袁世凯设置两个紧箍咒失败之后，再筑起一道堤防：总统必须遵守代宪法的《中华民国临时约法》。这个约法修改《临时政府组织大纲》关于民国政体为总统制的规定，改政体为内阁制。
所谓总统制，就是国家大权赋予总统，总理由总统任命。现在袁世凯当大总统，就风险太大。
所谓内阁制，就是把大权赋予总理，总理由选举产生，而不是总统任命；总统并不掌握实权，只是一个代表国家的虚位元首，做些礼仪性、程序性工作。如能实现，等于是夺去了大总统袁世凯的实权。
1912年3月10日，袁世凯在北京宣誓就职；第二天，孙中山签署公布《中华民国临时约法》。
在袁世凯内阁尚未成立时，孙中山依然在南京处理中枢政务，他正式解职是4月1日。因此从3月10日至4月1日，民国曾有过两个合法的临时大总统。
这两个临时大总统，一个是中国最大的实力派，一个是中国最大的偶像派，如能精诚合作，同谋民国未来，那么历史进程要顺利得多。但这个实力派，思想上对真正的民主共和只有皮毛之见，更无意捍卫之、追求之；袁世凯第一位考虑的就是个人能不能有最大的权，能不能不受制约地干自己想干的事。
袁世凯看到临时约法改总统制为内阁制，心里冷笑一声：你当总统就是总统制，我当总统就是内阁制，因人设法啊？我忙乎半天，为的就是当个签字盖章的虚位元首而啥权没有？笑话！
东山再起之后，六个月来，袁世凯对清廷又哄又吓又逼，对革命党人又打又拉又拍，费尽了心机，为的就是一个最高权力。现在大总统到手了，岂能做小媳妇！
袁世凯要向孙中山们制定的法律规章示威，一宣誓就职就下令大赦天下，凡是3月10日前坐牢的犯人都大赦放回家。而这样的大举措，本来一要参议院同意，二要内阁副署，也就是他袁世凯签字的旁边还得有总理的签字，这才有法律效力。但袁世凯悍然为之，显然是故意表示，你们在南京搞的那些东西在他眼里什么也不算，现在是老袁当家做主了！
3月13日袁世凯任命唐绍仪为民国第一任国务总理；4月1日，唐绍仪责任内阁组成，孙中山正式解职。新政府的组成人员是：
临时大总统袁世凯，字慰亭，河南项城人，五十三岁。
副总统黎元洪，字宋卿，湖北黄陂人，四十八岁。
国务总理唐绍仪，字少川，广东香山人，五十二岁。
外交总长陆徴祥，字子欣，上海人，四十一岁。
内务总长赵秉钧，字智庵，河南临汝人，五十三岁。
陆军总长段祺瑞，字芝泉，安徽合肥人，四十七岁。
海军总长刘冠雄，字子英，福建闽侯人，五十四岁。
财政总长熊希龄，字秉三，湖南凤凰人，四十二岁。
司法总长王宠惠，字亮畴，广东东莞人，三十一岁。
教育总长蔡元培，字孑民，浙江绍兴人，四十四岁。
农林总长宋教仁，字钝初，湖南桃源人，三十岁。
工商总长陈其美，字英士，浙江吴兴人，三十六岁。
交通总长施肇基，字植之，浙江钱塘人，三十五岁。
南京留守黄兴，字克强，湖南善化人，三十六岁。
一看这个名单就明白，掌握实权的部门，比如外交、内政、陆海军、财政和交通，都清一色地掌握在袁世凯的人手中；司法、教育、农林、工商等不关痛痒的部，也就是被政界称为“冷衙门”的部门，才由非袁世凯阵营的人点缀。
内阁总理唐绍仪，和袁世凯共事二十多年。跟北洋的将领们不同，他和袁世凯的关系既是上下级又是朋友，有自己的独立性（这也是革命党人能接受他任总理的原因），因此袁世凯用起他来觉得“很不顺手”。唐绍仪要行使总理职权，而袁世凯又希望总理只听自己的，二人矛盾逐渐越来越大。
终于有一天，袁世凯在不耐烦地听完他关于时局政策的汇报后说：“少川，我已经老了，你就来做总统吧！”
唐绍仪知道已无法干下去，就先避到天津，然后上书辞职；袁世凯假意慰勉挽留一番后，于6月28日批准辞职。中华民国首任总理唐绍仪1912年3月13日由袁世凯任命，至6月28日辞职获准，前后不过一百零几天。
民国初年，大家共同的敌人清室已去，于是各派各系内斗开始。革命党人和袁世凯闹矛盾，袁世凯内部闹矛盾，革命阵营内部闹矛盾，再加上还有个武昌黎元洪副总统的一派。民初的政坛上，勾心斗角，风波迭起，让对共和寄予很高期望的人大失所望。为了整合各种力量，袁世凯十分期望能实现一次“高端联合”，即孙中山、黄兴、黎元洪和他自己，四人能在北京举行“民国四巨头”会晤。
最后实现了的，是1912年8月，孙中山在一片反对声中，应邀赴京会晤袁世凯。
8月18日，孙中山在上海登船起程之时，一个黑衣女青年一直紧跟着送行的人群，上船后，她借机把孙中山请到一间无人小室，唰地拔出一把尖刀抵着自己的脖子，对孙中山说：“先生千万不能去北京，袁世凯太狡诈凶险，你此去是落入虎口！如你不下船，我就死在你面前！”孙中山大惊失色，赶紧一把夺过她手里的刀，反复劝慰。
其实大家都想错了，以袁世凯的机心，不但不会对远来的孙中山有任何不利，反而对孙中山极尽礼遇。他要争取孙中山的信任支持，以加重自己的砝码。
在北京数万人的欢呼迎接中，孙中山抵京，民国双雄首次晤面。袁世凯百般殷勤，把自己的专用马车披上黄缎，供孙中山使用；他安排孙中山下榻他的总统府，而他自己搬到国务院办公；每逢孙中山外出，他就事先断绝交通，完全按照元首待遇招待孙中山。
孙中山认为袁世凯虽是前清政客，但有现代思想，更有推翻清廷的行动和赞成共和的表态，如能劝服他考虑国家多一些，考虑个人少一些，此行就意义非凡。
而等见了袁世凯的面，孙�