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嘉泰二年，铁木真的武力更加充实，经过一场激战，彻底歼灭宿敌塔塔儿部。从此蒙古高原富饶的东部土地和众多部落几乎都归并在铁木真统治之下，其势力愈益强大起来。
王罕对铁木真势力的发展过猛有所顾虑。善于看风使舵的札木合乘机从中挑拨离间，拨弄是非，向王罕进谗言，诋毁铁木真。在共同讨伐乃蛮部的不欲鲁汗时，王罕轻信谣言，擅自撤军，结果反被乃蛮部截击，幸亏铁木真拼力相救，王罕才得以脱险。他悔恨自己目光短浅，再次与铁木真宣誓为盟。
但骄横自大的王罕仍未把铁木真当成平等的同盟者，铁木真曾为长子术赤向王罕之女求婚，结果被拒绝，双方关系再度恶化。嘉泰三年春，王罕父子伪许婚约，邀请铁木真赴宴，想乘机杀之。铁木真不明内情，带领10名随从前去。行至中途被王罕部下蒙力克劝阻。桑昆知道奸计泄露，准备偷袭铁木真。这件事又被在阿勒坛的弟弟也客扯连家放牧马群的巴歹和启昔礼听到，他们连夜驰报铁木真。王罕发兵来袭，铁木真仓促整军迎敌，大战于合兰真沙陀（今内蒙古东乌珠珠沁盟北）。铁木真当时仍处于劣势，虽经苦战暂挫王罕军队，但终因寡不敌众，引兵乘夜撤退。
合兰真沙陀之战是铁木真平生最艰苦的一场战斗，也是他第一次单独与蒙古高原上最强大的贵族势力进行较量。失利以后他一面遣派使者历数王罕背盟弃约诸事，并请求媾和；一面驻扎在班朱尼河，利用喘息时机，休养士马，收集部众。班朱尼河水十分浑浊，他与追随自己的伙伴们一起盟誓：“如果我取得天下，我将同你们同甘苦、共命运。若违背誓言，就像这河水一样。”经过短时期积聚，铁木真的军事力量又迅速发展，准备再与王罕决战。
这时的王罕却与追随他的其他蒙古贵族发生了分裂。札木合、阿勒坛、忽察儿、答里台等人密议要袭击王罕，自立为王。王罕察知以后，起兵攻伐，大胜。答里台和蒙古巴阿邻、嫩真二部、克烈撒合夷部投归铁木真，札木合等逃向乃蛮部。
当年秋天，铁木真探知王罕正搭起金帐，大摆宴席，毫无戒备，遂用偷袭战术，秘密包围折折运都山王罕驻地，发动突袭。经过3昼夜激战，王罕父子终因力不能支，落荒而逃。王罕逃至乃蛮边界，在借水喝时被乃蛮守将捕杀。其子桑昆逃到西夏后被逐出，又辗转至曲先（今新疆库车），也被杀死。
王罕为首的克烈部是蒙古诸部中最强大的，打败克烈部，是铁木真被推举为蒙古部首领以来取得的最大胜利。论功行赏、封地分民之后，他的势力范围已与西部的乃蛮部接界了。乃蛮部是当时蒙古高原上惟一还有力量能与铁木真抗衡的部族。
嘉泰四年（公元1204年），乃蛮部太阳罕统兵东进，至杭海岭北的合池儿水（今哈瑞河）下营，会合篾儿乞部首领脱脱、斡亦剌部首领忽都合别乞以及札木合所率领朵儿边、合答斤、散只兀、泰赤乌等残部，共同进攻铁木真。
铁木真早已将乃蛮部确定为下一个进攻目标。他对军队进行了整编，按千户、百户、十户统一编组。并建立了护卫军。军队的整编和护卫军的建立，使铁木真的军队成为一支纪律严明、高度集中的武装力量。它不仅加强了铁木真的权力，而且使追随他的将领们得到了大小官职，从而激励他们更忠诚、更勇猛地为他的“帝业”战斗。结果，这次战斗铁木真大败太阳罕，并征服了太阳罕所属的乃蛮部落。
嘉泰四年冬，铁木真北攻篾儿乞部，降服麦古丹、脱脱里、察浑三姓部众，脱脱等也逃奔乃蛮不欲鲁汗。兀洼思篾儿乞部首领带儿兀孙先已献女迎降，既而复叛，很快就被平定了。
开禧二年（公元1206年）铁木真汗建国后，发兵攻打按台山的乃蛮不欲鲁汗，在莎合水（今科布多河上游索果克河）将其消灭。依附不欲鲁汗的屈出律、脱脱等逃到按台山以西。斡亦剌部首领忽都合别乞不久后向铁木真投降。于是，哈剌温山以西、按台山以东地区全归于铁木真。
三、建立帝国制定政策
开禧二年（1206）春，铁木真召集贵族首领们在斡难河源举行大会，即大可汗位，号成吉思汗（成吉思意为“海洋”）。成吉思汗建立的国家称为“也客·蒙古·儿鲁思”，即大蒙古国。至此，蒙古各部都统一在大蒙古国的旗号之下，按照“千户”的组织形式编组起来，一个统一的蒙古民族共同体出现在世界舞台上。
成吉思汗即位后，在嘉泰四年（公元1204年）整顿军马、建立千户制的基础上，将全蒙古百姓划分为95千户，分别授与共同建国的贵族、功臣，任命他们为千户长，世袭管领。
千户制度是蒙古国家政治体制中最重要的一环。千户作为统一的基本军事单位和地方行政单位，取代了旧时代的部落或氏族结构。通过编组千户，全蒙古百姓都被纳入严密的组织之中，由汗委任的千户长（那颜）管领，在指定的牧地范围内居住，任何人不得擅自离开所属千户。国家按千户征派赋税和调拨军队。所有民户都应在本管千户内“著籍应役”，负担差役，不分贵贱，皆不得免。凡15～70岁的男子都要服兵役，随时根据命令自备马匹、兵仗、粮草，由本管千户长率领出征。“上马则准备战斗，下马则屯聚牧养”。蒙古政体已转变为封建的领主分封制。
成吉思汗任命木华黎为左手万户，管辖东边直到哈剌温山（今大兴安岭）方面的诸千户；博尔术为右手万户，管辖西边直到按台山方面的诸千户；纳牙阿为中军万户；豁儿赤领巴阿邻部三千户，加上塔该、阿失黑二人所管的诸族百姓，合为万户，镇守沿也儿的石河（今额尔齐斯河）的林木百姓地面。管领格尼格思千户的忽难，成为长子术赤所属百姓的万户。万户只是军事统帅。
蒙古国的最高统治集团是成吉思汗的“黄金家族”，全蒙古百姓都是他们的臣民。按照分配家产的体例，成吉思汗将百姓分配给诸子、诸弟。
成吉思汗建国后不允许任何与他的“黄金家族”相抗衡的力量存在。晃豁坛部族蒙力克老翁享有崇高的地位，他的儿子阔阔出利用自己萨满巫师的影响，将教权介入政治，并与成吉思汗家族争夺百姓。成吉思汗决心要除掉阔阔出。
一天，蒙力克率领7个儿子来访。阔阔出刚在酒桶旁边坐下，成吉思汗的小弟斡赤斤就上前要与他较力气，刚到帐殿外面，就有3个大力士折断了阔阔出的脊梁，将其杀死。
千户制度是成吉思汗防止旧贵族复辟的重要措施。任何千户长，不管地位多么尊崇，都是皇室的臣仆。那颜阶级是成吉思汗“黄金家族”统治人民的支柱。
为确保至高无上的汗权，成吉思汗建立了一支更强大的由大汗直接控制的常备武装。他将护卫军扩充至万名，由1000名宿卫、1000名箭筒士和8000名散班组成。其主要责任是保护大汗的金帐和分管汗廷的各种事务，同时也是大汗亲自统领的作战部队。
成吉思汗规定了严格的护卫轮流值班制度。成吉思汗令其最亲信的博尔忽、博尔术、木华黎、赤老温4家世袭担任四个护卫之长。他们是大汗的亲信内臣。护卫之长作为大汗的侍从近臣，地位居于千户那颜之上，担任着中央政府的职能。他们还常作为使者出外传达旨意，处理重大事务。其调任外官，多担任重要职务。因此，充任卫士成为那颜阶级做官的最便捷的途径。
成吉思汗掌握着这样一支最强悍的亲信军队，足以制约任何一个在外的诸王和那颜。而各级那颜的子弟被征为护卫军，等于“质子”，这有助于成吉思汗更牢固地联系和控制分布在各地的那颜，使他们效忠于自己。护卫军成为成吉思汗巩固新生的统一国家、防止旧贵族复活和对外进行掠夺扩张的有力工具。
成吉思汗建国以前，蒙古人还没有文字。成吉思汗俘获畏兀儿人塔塔统阿后，因他精通本国文字，就命他教子弟学习。其后又有不少畏兀儿人被用为蒙古贵族子弟的教师，他们对蒙古文的创制做出了贡献。
畏兀儿蒙古文创制出来以后，成吉思汗就用它发布命令，登记户口，编集成文法，记录所办案件等，成为加强统治的重要辅助手段。
开禧二年（公元1206年），成吉思汗任命其养子失吉忽秃忽为大断事官。大断事官专门负责掌管民户的分配。成吉思汗又命失吉忽秃忽审断刑狱词讼，负责惩治盗贼，察明诈伪，施以刑法。大断事官实际上是蒙古国的最高行政官，相当于汉族官制中的丞相。大断事官之下还有若干断事官作为僚属。此外诸王、贵戚、功臣有分地者，也各置断事官管治其本部百姓。
在蒙古人长期形成的种种社会习惯和行为规范的基础上，成吉思汗重新确定了训言、札撒和古来的体例，制定了蒙古法律“大札撒”。札撒主要由习惯法和训令构成。它是当时人民必须遵奉的法律。它规定：那颜们除君主外不得投托他人，违者处死；擅离职守者处死；构乱皇室、挑拨是非、助此反彼者处死；收留逃奴而不交还其主者处死；盗人马畜者，除归还原马外，另赔偿同样的马9匹，如不能赔偿，即以其子女作抵，如无子女，则将其本人处死等等。这些无疑都是保护最高统治权和那颜阶