这样，西太后等人以迅雷之势一举彻底击垮了肃顺等人的势力，登上了“垂帘听政”的宝座。这就是历史上有名的“辛酉政变”，也称“祺祥政变”。
十月初九日，载淳在太和殿正式继位。在热河的时候，颁定的年号是“祺祥”，但并未实施。回京以后，朝政变迁，有人提议更改年号，西太后便命王公大臣会议。众人议定新的年号为“同治”，以示两宫太后临朝同治之意。西太后听后十分高兴，特颁谕旨，改年号为“同治”，以明年为同治元年。此后不久，王公大臣又制定了垂帘章程，经过两宫太后批准执行。十一月初一日，两太后和小皇帝共到养心殿，接受众臣的朝拜，从此正式开始了两太后“垂帘听政”的时期，也就是从这个时候起，同治帝就失去了家庭生活的乐趣，成为他母亲手中的一个傀儡和工具。
为了把载淳培养成人君，两宫太后为同治帝挑选了强大的师资阵容。尤其是同治登基之后，特派同治帝的叔父醇郡王奕譞教习蒙语及骑射，大学士倭仁教习满文，恭亲王奕？稽查弘德殿一切事务，惠亲王绵愉常驻弘德殿照料一切。早在咸丰帝在世的时候，大学士李鸿藻就被任命为同治帝的师傅，后来又有倭仁、李棠阶，翁同龢等人相继入值弘德殿，教授同治帝汉文。奕？、奕譞、绵愉等人都是皇族尊贵，地位极高；而倭仁等人又大都是清中央的权臣，并具有较高的封建文化素养。为了约束同治帝，按照清朝祖制，对学习内容、学习方法都有十分严格的规定和要求。同治帝每日到书房后，要先拉弓，然后学习蒙古语，读满文书，最后读汉文书。
本来同治帝自幼聪颖，有成人的风度，而且天性浑厚，按常理发展，本可成为一个有所作为的人。可是载淳虽然贵为一国之君，却有着诸多的不幸和烦恼：其父咸丰帝早死，使他过早地失去父爱；其母西太后自“垂帝听政”以后，一味倾心于宫廷斗争，争权夺利，对同治帝很少关心，根本没有什么母爱可言，更不用说母教了。载淳得不到别的孩子所享受的父爱和母爱，享受不到家庭的乐趣，只有和阉宦们鬼混在一起，寻找欢乐，以弥补他那缺少温暖的心灵。太监们大多是阿谀奉迎之辈，他们为了讨得小皇帝的喜欢，根本不可能对同治帝进行有益的照顾和教育，往往以声色犬马诱惑皇帝，使同治帝幼小的心灵受到极大的污染。由于师傅们上课时不能呵责皇帝，因此就找了一些贵族子弟伴读，当皇帝有错或不认真学习时，拿他们立威。但贵族子弟纨绔成性，同治帝在稍稍长大之后，在他们中的一些人诱导下，往往微服出宫，到处游荡，寻欢作乐。尤其同治帝与恭亲王之子贝勒载徵两人很要好，而载徵是个好色之徒，因此在他的带领下，凡有女子的娼寮酒馆及其摊肆，他们几乎无所不至。
这样一来，同治帝根本不能安心读书，而且厌学情绪越来越强烈。功课越重，他越依恋玩乐的兴趣和轻松；师傅们越严肃，他越喜欢那些阿谀奉迎之辈，因此同治帝在弘德殿成为一个十分难治的顽皮“学生”，在上书房读书时，虽然师傅们屡次告诫他“读书尚勤”，可是他根本不理会，不是精神不聚，乱动嬉笑，就是昏昏欲睡，甚至还和伴读的载徵打闹在一起，让他们的师傅们啼笑皆非，想尽了办法也无可奈何。
正因为这样，虽然倭仁等人用心教授，兢兢业业，可是同治帝的学业却进展不大，到同治十年（公元1871年），同治帝已有16岁，即将大婚亲政，但对学习仍不热心，他的师傅虽心急如焚，可无法改变。因此到亲政的时候，同治帝不仅连最基本的经典如《左传》都讲解不了，甚至不会句读，读奏折也不成句，书写时则别字连篇，说话也不太清楚。这就是大清国第八位皇帝的文化水平和素质。
二、母子不和淫病而终
同治帝是西太后的亲生儿子，可是母子之间却没有一般人家所具有的那种天伦之乐，也没有封建伦理纲常所要求的母慈子孝。作为母亲，西太后以子而贵，才有机会登上清王朝权力的顶峰，在她眼里儿子无非是她争权夺利的工具而已。她对儿子缺少一个母亲所应当具有的母爱和温情，更多的是控制和利用。同治帝性格倔强，对母亲也没有那种缠缠绵绵的感情，相反更多的是反感和不满，尤其是同治帝亲政以后，对母亲的专横揽权更加不满和恼火，时时有摆脱母亲控制的想法。
使同治帝更为恼火的是，西太后蛮横干涉他的私生活。同治八年（公元1869年），同治帝载淳已年满14岁，按照惯例，就该举行大婚了，大婚之后就要亲政。西太后权力欲极强，视权如命，她不愿归政给同治帝，所以对同治帝的婚事也一再向后推延。到同治十一年，同治帝已经17岁了，西太后无论如何没有理由再拖下去了，不得不为同治帝议婚。当时，在备选的女子中，侍郎凤秀之女富察氏漂亮美丽，而侍郎崇绮之女阿鲁特氏虽然相貌上较富察氏逊色，但雍容华贵，举止端庄。东太后嫌富察氏轻佻，十分喜欢阿鲁特氏，意立阿鲁特氏为皇后；西太后则不喜欢阿鲁特氏，因为阿鲁特氏是西太后的政敌郑亲王端华的外甥女，她不愿把皇后这个位子让给这样的人，所以意欲立富察氏为皇后。东太后告诉西太后说：“凤秀的女儿太轻佻，怎能选为皇后呢？只能当一个贵人。”这话正刺中了贵人出身的西太后的痛处。两太后争议不下，就让同治帝拿主意，结果大出西太后的意料，自己亲生儿子竟不向着自己，同治帝表示喜欢阿鲁特氏，要选她为皇后，九月同治帝举行了大婚典礼，阿鲁特氏入宫，被封为孝哲毅皇后，富察氏同时入宫，被封为慧妃。
结婚以后，同治帝和孝哲毅皇后相敬如宾，情投意合。孝哲毅皇后不苟言笑，气度端凝，同治帝十分钦佩和敬重。宫中没事的时候，同治帝常常给皇后提问唐诗，皇后都能对答如流，同治帝心中十分喜欢。可是，西太后却不能理解儿子的心情，有意挑拨同治帝和皇后关系，不仅婆媳关系不好，也使母子关系进一步紧张。西太后多次向同治帝说：“皇后太年轻，不懂礼节，皇上不要常到中宫去，以免妨碍政务。”并且极力赞扬慧妃贤惠，要同治帝多加眷爱。不仅如此，西太后还派人时时刻刻监视同治帝。同治帝对其母西太后干涉自己私生活的做法十分不满，偏偏不听母亲的话，索性独自一人居住在乾清宫，以示对母亲的抗议。
同治十二年（公元1873年）一月二十六日，东西太后归政，同治帝亲政。然而，同治帝仍然没有真正的权力，清朝的大权仍然掌握在西太后手中。同治帝亲政以后，并没有什么政治作为，他用心最多的恐怕就是修复圆明圆一事了。在这件事上，他和母亲西太后意见一致，步调统一，可算是他们母子之间难得的一次谅解。
修复圆明园殊非易事，工程浩大，耗资甚巨，不仅给清政府的财政带来了巨大的负担，还将引起奢华之风，因此招来一片非议声。这时候，原本就不同意但却未敢极力劝阻的恭亲王奕？不得不出面了。同治十三年七月十六日，奕？上疏，请求同治帝停修圆明园，并指出了同治帝一些不符合祖制的生活作风和行为。如在内宫与太监打闹，出宫游玩，不用心读书等等。奏疏上后，奕？又怕同治帝看不明白，请求皇上召见，同治帝不予理睬。奕？再请，同治帝才于十八日召见了奕？，召见时，奕？将其奏折中所陈诸条反复讲解，同治帝不耐烦地说：“我停工就是了，你何必费这么多口舌呢？”奕？说：“臣所奏很多，不只请求停修圆明园一事。”同治帝更加恼怒，没好气地说：“我这个位子让给你怎么样？”二十九日，同治帝上朝，召集诸王大臣，指责奕？无人臣礼，应当重处。同治帝颁诏尽革恭亲王所任军机大臣及一切差使，交宗人府严议。虽然诸王大臣极力劝阻，但同治帝余怒未消。于三十日又发布谕旨，以“语言之间诸多失仪”为名，革去奕？亲王世袭罔替，降为郡王，仍在军机大臣上行走。八月初一日，又颁布谕旨，以“朋比谋为不轨”为名，尽革恭亲王奕？、醇亲王奕譞等10个人的职务，由此发泄对奕？的不满。两宫太后听到消息，急急忙忙赶到弘德殿，斥责同治帝年少不懂事，同治帝只好撤销了对奕？等人的处罚。经过这场风波，同治帝和西太后也只得放弃了修复圆明园的想法，但却再次提出修建西苑三海为交换条件。至此围绕着修复圆明园的争论才告一段落。
同治帝虽然名义上是一国之君，但却没有一国之君的尊严和权力。在政治上，同治帝受到西太后的控制，年幼的时候暂且不说，即便是亲政以后也是如此。加之实际上他也没有康熙帝那样年少有为的素质，因此，可以说政治上是一无建树。在生活上，他也受到西太后的无理干涉，丧失了家庭乐趣，这使性格倔强的同治帝十分苦闷和烦恼。于是，同治帝肆意出宫去寻找乐趣。他到处寻花问柳，纵情淫乱，一点也没有国君的样子。长期的淫乱生活使同治帝染上了梅毒，身体垮了下来，同治十三年（公元1874年）十月前后，同治帝感到身体很不舒服，传太医看视。太医看后大吃一惊，知道是淫乱生活所造成的病毒，但却不敢明言，便奏请西太后，西太后心中也明白，但为顾全皇家的声誉，也不好明说，便说是天花。于是太医便用治天花之药给同治帝治病，当然不可能奏效。同治帝十分痛苦，气愤地说：“我的病不是天花，为什么按天花治呢？”此后，同治帝的病情不断加重，身体下部已溃烂，臭不可闻。在同治病重期间，孝哲毅皇后不断到同治帝床前看视，好言劝慰，并亲自为同治帝擦去身上的脓血，以尽夫妻之情。就在儿子病危的时刻，西太后也没有尽自己应尽的母爱，相反，常常借故迁怒于孝哲毅皇后，甚至破口