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慕容宝继位后，遵照遗命，以慕容德为都督冀、兖、青、徐、荆、豫六州诸军事、车骑将军、冀州牧，镇邺（今河北临漳）。实际上把保卫后燕南部领土的重担交给了慕容德。
就在这时，危机已经悄悄地降临到后燕头上。这年七月，北魏拓跋焘称帝。八月，魏即以步骑40万大举伐燕。到十月，已席卷山西、河北大部，又兵分三路，进攻后燕都城中山和信都、邺城三个战略重镇。魏东平公拓跋仪领兵5万攻邺，慕容德派慕容奇等利用夜幕掩护，出城偷袭魏军前锋营地，魏军受挫，退屯新城。
到十二月，魏又派辽西公贺赖卢领骑兵2万来助拓跋仪攻城。慕容德派参军刘藻去长安向后秦主姚兴求救，姚兴却迟迟不发救兵，邺城军民人心惶惶。慕容德见人心浮动，便亲自督率城防，慰劳战士。士兵们见主帅身先士卒，都表示乐于以死相报，坚守邺城。这时魏军内部发生矛盾，贺赖卢自认为是拓跋焘的舅舅，不愿受拓跋仪的指挥，二人便闹开了意见。拓跋仪的司马丁建早就与慕容德有秘密联系，趁机从中挑拨离间扩大矛盾。又用箭射信入邺城，向慕容德报告消息。隆安元年（公元397年）正月初六，寒风呼啸，尘土飞扬。丁建见贺赖卢营地有火，便对拓跋仪说：“赖卢烧营，发动兵变了。”拓跋仪信以为真，赶忙退兵。贺赖卢得悉拓跋仪退兵，便也退兵。丁建于是率领自己的队伍进城降燕，并说拓跋仪的部队已经疲惫不堪，一击即溃，慕容德立即派慕容镇、慕容青等率骑兵追击，果然大破魏师。
正当邺城保卫战取得胜利的时候，后燕另两个战略重镇的形势却坏得不能再坏了。信都在正月首先陷落，三月，国都中山也弃守，燕主慕容宝等逃往龙城，下落不明。
这时候慕容德手下的人纷纷劝他称帝。慕容德明白时机尚未成熟，便故作谦让。不久，有人从龙城跑回来，说燕主慕容宝尚在，称帝之议搁置起来。随即又传来慕容宝的旨意：进慕容德为丞相、领冀州牧。实际是把中原的烂摊子交给慕容德去收拾了。于是，慕容德成了后燕南部地区的最高统帅，并有了自行封官赐爵的大权。
慕容德是后燕的元老重臣，又在后燕危亡之际取得了邺城大捷，本来已经身价百倍，如今又有了合法的自行封拜大权，自然成了众望所归的人物。燕主既已远奔辽东，散在各地的慕容部残余势力便纷纷集结到了慕容德周围。连一度在中山自立为帝的慕容麟，被魏军打败后，也投奔了邺城。慕容德为集聚人才，扩大势力，对旧将新臣也都竭力笼络，选贤任能，一视同仁，颇得人心。
不过，邺城毕竟孤立无援，魏军又增兵添将，准备卷土重来，显然不可久留。慕容麟到邺城后不久，深感邺城处境险恶，便向慕容德建议，乘魏军尚未来攻，赶紧南渡黄河，转移到滑台（今河南滑县）。慕容德抵滑台后，在众臣拥戴下称帝。以滑台为都建国南燕。
慕容德刚称帝不久，前秦降将苻广自称秦王，在乞活堡起兵叛燕，打败燕将慕容钟。一些投机分子纷纷归附苻广。这时，慕容德地无十城，众不过数万，都城滑台介于晋魏之间，形势相当危险。慕容德为了稳定局面，不得不亲自率军讨伐苻广，让大将慕容和留守滑台。正当前方战事迅速取得胜利、苻广兵败被杀的时候，燕的后院却着起火来。原来，慕容和的谋士李辩见慕容德出征，便劝慕容和造反，慕容和坚决不干，李辩就下毒手将他杀害，以滑台作为见面礼，降于北魏，燕军眷属全部陷在城内。前线众将听说此事，无不心急如焚。
慕容德正准备倾全力夺回滑台，大将慕容云已经杀了李辩，率领燕军家眷2万余人从滑台城内冲了出来，与燕军会合。于是慕容德召集群臣商议何去何从。慕容钟等力主夺回滑台，韩范说：“魏师已入滑台，主客之势颠倒，不可再攻滑台。应另据一方，再图进取。”张华建议：“彭城地险人殷，可据之以为基地。”尚书潘聪则认为：“滑台四通八达，北通大魏，西接强秦，非帝王之居。彭城为晋之旧镇，且河道纵横，水战非我所长，亦非久安之地。惟有青州土地肥沃，方圆2000里，户过10万，山隘险固，海滨富饶，可谓用武之地。三齐英杰，早就盼望得到明君，以建功立业。而广固有山有水，形势险要，足为帝王之都。若能占据青州，立足广固，养精蓄锐，伺机而动，就好比两汉之据有关中、河内一样了。青州刺史辟闾浑原是燕的旧臣，我们先派说客劝他投降，再派大军跟着去攻打，双管齐下，拿下青州跟割菜一样。”
慕容德听了十分赞同，随即下令整顿行装，挥师南下。一路晓行夜宿，倒也没有遇到什么麻烦。进入山东境内之后，兖州北边各郡县纷纷归顺，慕容德一一设置官吏，予以安抚，禁止军卒抢劫骚扰。百姓得以安居，自然高兴，到处都有人在道路上摆了酒肉，向燕军表示欢迎和慰问。
慕容德又令慕容钟传檄青州诸郡，声讨青州刺史辟闾浑。辟闾浑见燕军将至，迁8000余户驻守广固。诸郡接到檄文，纷纷归降燕军。辟闾浑见大势已去，只得带着老婆孩子去投奔北魏，走到莒县境内，被燕将刘纲追上，做了刀下之鬼。燕军顺利控制山东全境，开进广固。
按照既定方针，慕容德将广固（今山东青州市西北）定为南燕国都，并在南郊举行了正式的登基大典，宣布大赦，改元建平。
三、雄踞齐鲁壮志未酬
登基之后，不免要把权力重新分配一番。为了宣扬新皇帝的恩典，慕容德又专派掌管财政的尚书封恺和掌管机要的中书侍郎封逞到各地视察民情，慰问将士。接着，设立了主管教育的学官，选拔公卿以下官僚子弟和二品以下士族子弟200人为太学生，着手培养官僚后备军。
慕容德在齐鲁之乡称王称帝之后，和左邻右舍暂时倒也相安无事，南边的东晋政府内有荆、扬两帮互相争权，大动干戈，外有孙恩、卢循起兵造反，闹得朝廷狼狈不堪，根本无暇北顾。北边的拓跋焘在吞并幽冀并豫诸州之后，正忙于整顿巩固内部，迁都称帝，进行西、北二线的战争，同样顾不上南渡黄河，东侵齐鲁。因此，南燕得以在夹缝中过上几年太平日子。
建平二年（公元400年）十月，国中无事，慕容德在延贤堂大宴群臣。专为宫廷酿制的云门陈酿、兰陵美酒一缸接着一缸抬了上来，各色齐鲁名菜和鲜卑人爱吃的烤牛羊肉尽情享用。有了几分酒意之后，慕容德对自己能在多事之秋创下这番基业，不免有些洋洋得意。他捋着胡子，微微笑着说道：“朕虽然浅薄，可也不骄不躁，时常警醒自己。你们说朕可比古代什么样的帝王呀？”“陛下中兴之圣王，可比之少康、光武！”青州刺史鞠仲立即起来奉承他。慕容德十分爽快地说：“赏帛千匹。”鞠仲赶忙谦让，慕容德却说：“卿能与朕开玩笑，朕不可以与卿开玩笑吗？卿文过饰非，对答不实，所以朕也以虚言相赏，何必谢呀！”二人本是随意对答，并未在意。不料中书侍郎韩范却认了真，一本正经地站起来说：“臣闻天子无戏言，忠臣无妄对。今日之论，上下相欺，可谓君臣俱失。”这几句话一下子提醒了慕容德，于是他立即严肃起来，下令赐给韩范绢50匹，以示奖励。由于慕容德虚心纳谏，朝廷上阿谀奉承的话大大减少，敢于直言批评的人一天比一天多了起来。
慕容德的母亲和兄长慕容纳一直在长安，慕容德自打做了皇帝以后，就想让他们来享享清福。这一天，慕容德便派了一个叫杜弘的人去长安探听消息。杜弘说：“臣到长安，若得不到太后消息，就一直往西到张掖去找，臣便是拼上一死，也一定要找到下落。可是臣老父杜雄年过60，尚未沾到一点荣华富贵，恳求陛下赏他个县令，也算尽了为子之情。”中书令张华一听，跳起来说：“杜弘尚未动身，便伸手要官，利欲熏心，此人不能用！”慕容德却不以为然，他要借此做文章，宣传儒家的忠孝之道，于是说道：“吾正想以所轻之财，招重义之士。杜愿以死报效，为朕寻找亲人，朕怎么可以吝啬一点官禄呢！何况他是为父求禄，表面看来似乎在伸手要利，实际却是一片忠孝之心。”便让杜雄当了平原县令。后来杜弘果然从长安一直寻到张掖，不幸被盗贼所杀。消息传到广固，慕容德甚为悲伤，特地下令从厚抚恤杜弘的妻子。
慕容德深知，不改善国内经济状况，南燕便永远立足不稳。为此，他下令在商山（今山东淄博）立冶采铜，并设立了铜官令。又在乌常泽（今山东寿光）设立了盐官，管理盐业生产。当初，为了安定人心，巩固政权，他采取了“务在遵养”的政策，对于跟随大军南迁的河北豪强和他们的依附人口，因为是政权生存的基础力量，给予了长期免赋税免徭役的特权，好让他们在新的土地上落地生根，发展壮大。对于当地的土著豪强及他们的依附人口，也维持原状，不去触动他们的利益。几年下来，局势倒是稳定了，可是，隐瞒户口、逃避赋役的问题却越来越严重。有一天，尚书韩讠卓终于上疏提出了大家都早已感觉到的问题。他说：“陛下这种务在遵养、贵因循而不扰的政策，只能保安宁于营丘，难以经略秦越。如今北有魏，南有晋，西有秦，都是豺狼之辈，无时无刻不在窥伺我国。我们必须养兵厉甲，广农积粮，进可以讨敌雪耻，退可以保全齐鲁河山。而百姓自魏晋以来瞒报漏报户口的弊端，已经积重难返，或百家合称一户，或千人报注一家户籍，并且依托城寨村社，公然逃避国家课税徭役，作奸舞弊，违法乱纪，甚至不怕政府搜查。当今之计，应当清查户口，整顿户籍，使漏报户口重新登记为政府编户，才能扩大兵源，增加收入。”这一席话，说得慕容德不住点头称�