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长征快要结束时，邓小平病得很厉害。据说他患了伤寒而且很重，当他到达陕西时，已病得不能骑马或走路了。病好后，他担任了红一军团政治部代主任（这是在1936年红一军团到达陕西后由毛泽东和彭德怀指定的）。这是提拔，也是他在此后十六年一直从事的工作。他的事业进入了一个崭新的时期，在以后的十六年中，他的名字传遍全党和全军，并且表明他有资格成为一名国家的领导人。
在这一阶段，邓既是一名政治军人，同时又是一个军人政治家。作为一名政治军人，他的工作是确保军队响应政治教育和训练。作为一名军人政治家，他的工作是确保党了解军队实际，而不会对军队要求太多或太少。后来，这项工作都由受过正规训练的专业军官负责。然而，在30年代和40年代，它通常是由党内级别很高的干部担任。毛泽东、周恩来和刘少奇都曾在某一时期担任过红军的政委。像毛一样，邓认为这一工作所扮演的双重角色非常适合他。他的经验使得他成为一名高明的政治家。他的性格又使得他很适合军队生活。
红军和八路军这一政治军事体系，从军到师，每一级都是由政委和政治部组成的。在每一级中，政委在党内排列的地位明显高于军事指挥官。政委也拥有最高的权力，政委可以用自己的名义发布命令和指示。除了在战争最危急的时刻外，军事指挥官的命令必须在政委的连署下才能生效。
作为一名政治军人，负责的范围很广，从其部队所有党员的“政治意识”、政治觉悟到整个部队的士气与福利，都由政委负责。他不但要组织部队的运动会，还要对党员们说明党的决议和指示的重要性。他也要负责安排大多数文盲士兵的文化基础教育。在军队之外他有责任争取群众的信任和支持。1937年以前，地主始终是作为阶级敌人来对待的，即使有时会留一小块土地给他们耕种，以自食其力，而没收分发他们的浮财包括房子则是正当的行动。然而，军队不可能单靠强征来维持，他们必须和一般农民维持良好关系，这祥才会有人愿意卖给他们一些牲口、粮食或补给品。在红军势力尚不稳固的地区，这项民众工作尤为重要。有些农民害怕与共产党合作，因担心会遭致卷土重来的地主、国民党军队和官员的报复。
中日战争从1937年7月到1945年8月持续了八年。战争之初，共产党仅拥有一块根据地，且远在西北荒凉的黄土高原上。战争结束时，他们建立了十九块根据地，是原来陕甘宁根据地的十二倍多，而且拥有近一亿的人口。就像当年江西根据地那样，这些新根据地也有核心与外围之分，每一块根据地至少有一个核心区由共产党控制。在华北，西起陕甘宁东至山东半岛的顶端，十二块根据地连成一片。仅有两块根据地是完全孤立的：一块是远处南方海南岛的山区；另一块在香港和广州之间的珠江三角洲一带。
军队和党的壮大的速度甚至超过了根据地的扩展。1937年底，八路军和新四军的兵力大约五万人，到1945年春，它已经增加到将近九十万人。1937年，中共党员大约有四万人，而且主要集中在陕甘宁边区。1945年春已经扩大为一百二十万人，并且遍布全国各地。
所有新的根据地，全部的或部分的，都处于日军敌后。这是共产党在战争开始时采取的一项战略。1937年，几位政治和军事领导人主张八路军以完整的师或旅与国民党军队密切配合，对日军进行运动战。新当选为军事委员会书记的毛泽东竭力反对这种主张。在1937年8月的政治局会议上，他坚持认为，日军总的来说比红军与之战斗了十年的国民党军队更难对付。采取运动战会使弱小的八路军过早地暴露自己以至彼日寇消灭。主张展开运动战的一些人则担心，单纯进行游击战会招致别人对共产党的责难，会说共产党要求抗日的全部勇气只表现在语言上，他们所关心的只是建立他们自己的军事和政治力量。毛泽东主张不放弃“有利条件下的”运动战，但“基本上”应以游击战为主。
建立根据地的过程是很艰苦的，而且经受了许多挫折。开始根据地只能建立在山区，但后来在华北可原的许多地方也建立了根据地。无论是山区还是平原，创建根据地首先是建立稳固的军事控制。一旦部队站稳脚跟，党就着手把新占领的地区转变为根据地。接着通常是建立一个新的地方政权机构。这一机构是通过普选产生的，包括建立一个村一级或更高一级的协商和执行委员会。为维护自己的政权，党通过鼓励党员参加选举，确保执行委员会成员中的多数都能执行党支部的指示，下步通常要做的是改善当地穷人的命运，主要是削减地方权势人物的财富和权力。在此期间，颁布了三个原则文件：减租，减息，实行合理负担和统一累进税。减租条例要求减租25％，这个比率曾经是孙中山的誓言。在存粮耗尽的春荒之时，不仅利息被大大地削减了，最后连许多贫衣颁以生存的借贷也被停止了。但是有时税的份量却大大地累进了。
在根据地共产党从没有忽视社会鼓动和爱国宣传。日军的入侵，中国民众有序的安宁生活直接或间接地遭到了破坏。而共产党成功地获得民众支持的关键是，保证人民过有序的安宁生活，并且和人民大众建立更加密切的关系。对此，许多日本人和国民党人在某种程度上也是承认的。
在华北有四个由一块或几块根据地组成的边区，这些地跨二至四个省份的边区，有他们自己的政府及通过选举产生的地方参议会。在通常情况下，党员在这些机构中占多数，但也不是完全如此。地方参议会的权力和地位高于一般的行政官员。蒋介石唯一承认其合法存在的陕甘宁边区，那是例外。
邓小平没有参加那次制定战略战术的会议，但在会议结束的那天就被任命为八路军政治部副主任。这佯，1937年秋天，他被派往位于山西东北部遍布佛教、喇嘛寺庙的五台山。他到那儿时，由林彪指挥的115师在一个狭窄谷道伏击和重创了日本侵略军一个师的辎重补给部队，这是抗日战争中中国军队取得的第一次胜利，虽然没有俘虏，没有缴获很多武器，但却提高了共产党在全国的声望。
1938年1月，邓小平被任命为129师政治委员，接替已经去世的那位同志。邓在129师一直工作到战争（邓小平是接替129师原政委张浩的，张浩当时只是生病没有去世。——译注）结束。这个师大约有一万三千兵力，主要是由张国焘领导的四方面军的余部组成。因此该师的士气可能要比八路军其他两个师低。
这个师的师长是刘伯承，和邓同乡，也是四川人，是个终身职业军人。他生干1892年，比邓大十二岁。二十年代初，在他参加共产党前，是个川军军官。1927年八一南昌起义后，他被党派往苏联，在红军学院学习了三年。长征时任红一军参谋长。在战术问题上，他没有和其他指挥员特别是林彪、彭德怀发生争论。他一只眼睛失明，所以总是带著一副眼镜。他是军人中的军人，深受部下爱戴，他似乎有自己的处事原则，不愿过问政抬。他和邓合作得很好。多少年后邓在官方出版的他的传记中说，人们习惯把“刘邓”连在一起，这一点也不错，“在我们两人心里也觉得彼此难以分开”③。
位于山西东南的太行山，“山高势险”，“易守难攻”④。邓到129师时，该师已深入到太行山区。事实上日本人并没有企图进攻太行山。1937年11月攻占省会太原后，日本人集中设防于从北、南、东通往太原的铁路线。依托山区，刘邓开始建立根据地，并考虑如何处理日军侵略后山西省的形势。当时，省主席已经跑了，地方政府也已瓦解，未被日军占领的地区则到处是国民党军队的逃兵。
在此后的两年中，也就是1938年和1939年，刘邓致力于根据地建设和军队建设，避免同日军遭遇。他们巩固了太行山根据地，并且在山西的中部山区创建了另一个根据地。随后又在日本人控制的平汉铁路以东的华北平原上建立了两块根据地。在各个根据地，他们招募和训练了两种后备军：一种是脱产的地方部队，但就在当地活动；另一种是半脱产的民兵，配合地方武装打游击。这些地方武装也为129师提供了兵源。
1940年，刘邓发动攻势，首先抗击国民党军，然后抗击日本侵略军。3月他们抗击了进犯太行根据地的国民党军队。这些军队奉蒋介石之命试图在除共产党控制的陕甘宁以外的许多地方重建国民党政权。刘邓击退了他们，然后又击退了配合中央军行动的地方军阀阎锡山的部队。这些胜利在边区内外给他们在政治上提供了更多的自由活动的空间。
刘邓的胜利也为在山西的所有共产党指挥员抗击日军侵略创造了条件。不管有无延安毛的军事委员会的指示，他们制定了攻击华北铁路沿线日军据点的计划，并且封锁和分割了日军占领的铁路线。这个攻击计划在8月底开始实施，持续了三个多月。开始时共产党投入了二十二个团，大约四万人的兵力，后来当战役规模扩大到包括进攻其他日本驻军，以及日军开始发动反攻时，中国共产党投入的兵力增加了五倍。