帝身旁！”
这一等，就意味着要到狱中去遭受更重大的痛苦和更严酷的考验。
黄道周落到了徽州守将张天禄的手里。张天禄如获至宝，他知道，擒获一名以忠义闻名的人，要比攻下数十州郡更能博得洪承畴的欢心。大概在洪承畴看来，如果能够劝得忠义之人投降，就可以减轻自己叛国投敌的耻辱吧。
顺治三年（1646）二月初二日，黄道周被客客气气送到了南京。狱中的生活似乎和平时也没有什么两样，继续著书立说，跟门人讲习吟咏如常。每天来探望他的人非常多，有的是来求教的，他就在狱中开了讲堂，有的是来求字的，他也是有求必应。
黄道周是明末首屈一指的大书法家，与倪云璐、王铎并称晚明三大家。三个人的结局却完全不同：倪云璐在李自成攻陷京师时自缢而死，王铎则投靠清廷，官至礼部尚书。黄道周的书法，“他的真书如断崖峭壁，土花斑驳；他的草书，如急湍下流，被咽危石”（沙孟海《近三百年的书学》），其行草大字，更以“险怪”而为世所重。此时南京士人都知道他来日无多，争相向他索书，得到了就当成宝贝收藏起来。
清廷对黄道周如此客气，固然是敬重其儒林一代宗师的身份，更重要的，是抱着感化、劝降的用心。洪承畴亲自出马劝降，黄道周先是装聋作哑，根本不认这位同乡的老朋友：“洪承畴？早就在松山战死了，先帝赐祭九坛，带领百官亲自哭临，怎么还会活着？一定是无赖小人冒充的。”
洪承畴又羞又愧，但仍然给清帝上疏，请求免黄道周一死：“道周清节夙学，负有重望，今罪在不赦，而臣察江南人情，无不怜悯痛惜道周者。伏望皇上赦其重罪，待以不死。”但摄政王多尔衮忌惮的正是这“负有重望”、“江南人情”，下令尽快处决。
处决令下来的时候，黄道周已经绝食十二日了。他刚被俘的时候，蔡夫人即派人送来书信：“忠臣有国无家，勿内顾。”有这样深明大义的妻子，他还有什么放心不下的，这时候也用不着寄家书去告知死期了，只在门人赖继谨的家书后面，添了十六个字：“蹈仁不死，履险如夷；有陨自天，舍命不渝。”
顺治三年（1646年，隆武二年）三月五日，黄道周被押到了东华门，想起孝陵（朱元璋陵墓）就在附近，又见到一块福建门牌，就走到牌下，指着“福建”两字说：“我君在焉，我亲在焉，死于此可也。”向着南方——家乡的方向一一再拜，不愿再往前走。监刑官只好命令在门牌下施刑。门人蔡春落、赖继谨、赵士超和毛玉洁从后面赶上来告别：“老师先走一步了，我们马上就来跟老师的魂魄汇合。”四人在同一天被杀，合称黄门四君子。
随从请黄道周给家眷留几句遗言，黄道周撕裂衣衿，咬破手指，以鲜血写下了最后一幅大字：“纲常万古，节义千秋；天地知我，家人无忧。”
隆武帝得到黄道周殉难的消息，非常痛惜，追赠为文明伯，谥忠烈。
一百年后，黄道周所抗拒的征服者的皇帝乾隆推崇他为古今完人。
【八 两个政权相继灭亡】
鲁王政权和隆武政权起初都采取防御姿态。但对鲁王来说，形势更为严峻，因为从地理位置上说，鲁王政权处于抗清前线，给福建提供了屏障。
鲁王的兵力约二十万人，基本上沿钱塘江布防。在鲁王的将领中，有的赞成迅速攻打杭州，有的提出应首先加强绍兴的防御，意见不一。但对鲁王来说，却有他独特的私心。他和忠于他的大臣知道隆武朝廷得到了南方绝大部分明朝地方政权的承认，却希望能仗着地利攻克杭州，然后进取南京，先去拜谒孝陵（朱元璋的坟墓），这样他就能建立起超过隆武朝廷的威望。于是，为了保住浙东，进而恢复失地，鲁王政权先后两次进攻杭州。
1645年八月，方国安、王之仁进攻杭州，没有得手。
1645年十一月，鲁监国筑坛拜方国安为大将，节制诸军。十二月十九日，朱以海亲自到钱塘江边西兴犒军，每名士兵赏银二钱，“责限过江，攻取杭城”。二十四日，方国安、马士英、王之仁派总兵三员领兵二万多名过江，迫近杭州府城。清军分兵三路迎击，明军大败，被俘的副将有十一人，参将、游击、都司、守备四十八人。
本来这两次跨过钱塘江的进攻对杭州造成了威胁。但是由于鲁王军队之间配合很差，基本上在很短的时间内就被清军各个击破。
1645乙酉年十二月攻杭州战役是鲁监国政权的一件大事。这次渡江攻杭战役失败后，鲁监国政权的将领壮志顿消，基本上转为划江扼险的守势。
对于隆武政权，隆武帝朱聿键锐意恢复，颇有中兴之主的气概，但他处境困迫，难以施展抱负，因为郑芝龙的跋扈比弘光时的江北四镇和左良玉都有过之而无不及。隆武帝为了提高朝廷的威望，特别注意网罗人才，以礼敦聘各地名声较高的官员入朝任职，延请入阁的大学士名额超过了明代任何时期。但郑芝龙却凭借实力根本不把这些文官看在眼里。朝廷建立不久，就发生了朝班事件。
郑芝龙自以为帝由己立，朝见时自然应当排于文武诸臣的前面，首席大学士黄道周却以祖制勋臣从来没有位居班首的先例为理由，坚持不让。在隆武帝亲自干预下，黄道周赢得了表面上的胜利。接着在一次朝见群臣的时候，郑芝龙、郑鸿逵当着皇帝的面挥扇去暑，户部尚书何楷上疏劾奏他俩“无人臣礼”。隆武帝嘉奖何楷敢于直言，立即给他加了左佥都御史的官衔。郑氏兄弟怀恨在心，处处加以刁难，何楷被迫请求致仕回籍，隆武帝在郑氏兄弟的威逼下，不得不违心地同意他暂时回乡养病。
但郑芝龙仍不肯罢休，派人在半路上化装成盗匪，截杀何楷。何楷见“盗匪”拿着白晃晃的刀子跳了出来，知道一定是郑氏指使，镇静如常，站出来说道：“知君所欲得者，吾头耳，毋及他人。”并主动将脖子伸出去，等着被“盗匪”砍。伸颈命取之。“盗匪”反倒愕然不知所措，半天才说：“好一个都院，且取若耳可矣。”于是只割了何楷的耳朵，回到福州向郑芝龙报告说已经杀了何楷。隆武帝听说何楷被盗匪所杀，哭了好几天。当时有人作对子讽刺说：“都院无耳方得活；皇帝有口只是啼。”
郑芝龙的跋扈由此可见一斑。黄道周的死对隆武帝是一个很大的打击，之后隆武帝已经明白除非离开福建，摆脱郑芝龙兄弟的控制，否则不可能有任何作为。于是，他决意亲征，目的是第一步把行在移到江西赣州。按照理想的情况，如果江西用兵得手，可以西连湖南何腾蛟部，东接福建郑芝龙部，南靠广东。从这样的战略部署来看，江西的地位就格外突出。
但十分可惜的是，隆武帝调不动郑芝龙的军队由福建入江西，他寄予厚望湖广长沙的何腾蛟一样私心自用，并没有派精兵强将从湖南入江西迎驾。满清方面的洪承畴却已经看出了隆武帝的部署，抽调了大量兵力赴江西，先后攻陷吉安、赣州、南安等府，江西战局为此逆转。
1646年（清顺治三年，明隆武二年）二月，清军再次南下，经苏州进抵杭州，预备先取浙东。
恰好这一年浙江久旱不雨，钱塘江水流缓慢，泥沙淤积。清军到达江边时，见有人在江中洗澡，水深不过马腹，于是分兵两路，涉水过江。渡江后两路会合，大举进攻。方国安等部署的钱塘江防线顿时瓦解，各部明军损兵折将，纷纷逃窜。鲁监国在水师提督张名振等护卫下离开绍兴，经台州乘船逃往海上。
绍兴陷落后，鲁监国所封的绝大部分文武官员纷纷投降。兴国公王之仁见大势已去，率领部分兵员乘船数百艘，携带大批辎重由蛟门航海到舟山，打算同隆武帝所封的肃虏伯黄斌卿会师共举。
王之仁是直隶保定人，明朝崇祯朝大太监王之心的弟弟，后来累官定海总兵。
但黄斌卿据守着舟山群岛，有割据自雄之意，以前对隆武帝都一直不大尊重，更不要说鲁监国的人了。史书上说黄斌卿这个人“怯于大敌，而勇于害其同类”。他对王之仁不仅无恤怜之义，反而乘人之危落井下石，打算派兵攻杀，掳掠其财物，收编其军队。黄斌卿先是假装答应了王之仁，得到了大批辎重，随即在出海的时候发炮攻打王之仁的船队。
王之仁不及防备，兵船损失惨重。他对黄斌卿的背信弃义痛恨不已，下令将自己家属乘坐的船凿沉，家眷共有九十三人，全部溺海而死。王之仁随即将鲁监国颁发的敕印也投进大海，自己留下一条大船，竖立旗帜，鼓吹张盖，直驶吴淞江口。当地清兵以为他是前来投降的明朝高官，送王之仁到松江府，吴淞总兵李成栋不敢怠慢，立即将王之仁转送南京。于是，戏剧性的一幕上演了。
洪承畴亲自接见王之仁。王之仁突然间态度全然变了，慷慨陈词，说自己是“前朝大帅，国亡当死，恐葬于鲸鲵，身死不明，后世青史无所征信，故来投见，欲死于明处耳！”洪承畴这才恍然大悟，这个人根本就不是来投降的，而是来舍身取义的。
洪承畴开初还希望王之仁回心转意，以礼相待，婉言劝他剃发投降。王之仁断然拒绝，大骂洪承畴“反面事仇，先帝赠若官，立庙祠若、祭若，荫若子；若背义亡恩，操戈入室，平夷我陵寝，焚毁我宗庙，若通天之罪，过李陵、卫律远矣”。洪承畴无地自容，恼羞成怒，下令将他以乱刀砍死，葬在雨花台僧舍中。
清军进占浙东府县后，唯有督师大学士朱大典据守金华，誓死不降。清军统帅博洛亲自统率满、汉军从绍兴前往金华，把该城四面包围。由于明军在朱大典指挥下凭城顽抗，博洛不得不从杭州调来红衣大炮，浙闽总督也奉命带兵参加攻城。清军以绝对优势的兵力猛攻了二十天，金华才被攻破。朱大典带领家属和亲信将校来到火药局，用自己绳索捆�