吾驺的亲笔信通知隆武帝已蒙难，建议速立桂王以后，才决定参加拥立行列。1646年十月初十日，朱由榔经过照例的三疏劝进，在广东肇庆就任监国。
朱由榔在1644年国变前，就已经经历了一场生死浩劫。
桂王朱由榔，明神宗之孙，桂恭王朱常瀛第七子。初封永明王，天启七年（1627）九月二十六日就藩湖南衡州。崇祯十六年（1643年）八月，张献忠部进军湖南，永明王朱由榔在永州被大西军俘获，落入了张献忠之手。正在性命难保时，朱由榔意外地受到一个混入大西政权的明朝官员的暗中保护，又恰逢张献忠决定作战略转移，率领大西军入川。大西军北上后，明朝广西征蛮将军杨国威和部将焦琏率领四千多名士卒开进湖南永州等地，朱由榔才得以死里逃生。1645年弘光朝廷覆亡，广西巡抚瞿式耜有意拥戴朱由榔的哥哥朱由楥继位。但当时南明的政治重心仍在东南，支派甚远的唐王朱聿键在郑芝龙兄弟和黄道周等人的支持下捷足先登，由监国而称帝。瞿式耜的愿望不仅没有实现，自己也因受隆武帝的猜忌而被调职。不久，朱由楥一病不起，朱由榔被册封为桂王。
朱由榔相貌堂堂，据说很像祖父万历皇帝朱翊钧，可是生性懦弱，遇事毫无主见，用人又不当，实在承担不起中兴重任。因为父、兄的相继去世，朱由榔才成为最有“资格”的朱明皇朝继统人，但他对做皇帝的言谈举止却一窍不通。凑巧太监王坤（又名王弘祖）投入他的府中，这人早在崇祯年间就已经受到皇帝的信任，懂得宫中“故事”，指点仪注，使他知道如何摆出皇帝的架势，不至于出丑，王坤因此深受宠信。丁魁楚参与拥戴稍迟，又惟恐当不上首席大学士，于是同王坤串通结纳，得以如愿以偿。王坤的弄权，使永历朝廷一开始就陷入混乱和矛盾之中。
朱由榔监国七天后，就传来了江西赣州失守的消息。尽管广东肇庆距离江西赣州还有相当一段路程，却举朝汹汹，监国的喜庆气氛消失得无影无踪。司礼监太监王坤主张立即逃难，首辅丁魁楚随声附和，几天后，小朝廷终于逃往广西梧州。这种惊惶失措的举动，对于维系广东人心自然是非常不利的。而且，朱由榔不知道另一个威胁正在附近出现。这就是朱聿鐭在广州称帝，又一次演出了明室宗藩同室操戈的闹剧。
1646年八月福州陷落后，隆武帝的弟弟新唐王朱聿鐭仓惶乘船逃到广州。隆武朝的大学士苏观生与丁魁楚素有过节，福州陷落时他正在广东募兵，出于个人恩怨，他提出“兄终弟及”之说，于十一月在广州拥立朱聿鐭为“监国”。三天后，就举行登极大典，改元绍武。绍武政权最重要的一些官职，几乎全由广州本地人担任。
朱聿鐭在广州即位的消息传到梧州，朱由榔和丁魁楚等人大吃一惊。朱由榔等人自知逃离广东铸下大错，为了收拾广东民心，立即东返肇庆，随后宣布即皇帝位，祭告天地、社稷、祖宗，改明年为永历元年。这样，南明又出现二帝并存的局面。
对此，清人计六奇评道说：“肇庆府去广州仅四百里，拥立时无一函商及三司各属；既立后，复不颁新天子诏，元勋大老惟鬻爵择腴是务。至于军国重事，如峡以外设守广州，防御梅岭，俱不暇顾，且暂为目前计而已。”
可见，在大敌当前、国难临头这样的危急情况下，南明这些官绅们，仍蹈明后期的积习，各自怀着野心，死死抱住一个王子皇孙，作为政治资本，只顾他们自己加官晋爵，实现“佐命元辅”之野心，置国家民族于不顾。拥立后，尽管他们之间还继续做说服工作，但结果只是加深了矛盾，怨隙越演越深，最后导致兵戎相见。
桂王和唐王的争立，给南明残疆剩土的地方官也增添了混乱。湖广的何腾蛟、堵胤锡、章旷以及其他文武官员都先后收到了两个朝廷颁发的“喜诏”，虽然他们基本上都站在桂王朱由榔一边，唐王使者处处受冷遇，但事实上朝廷的威望相对被削弱，在许多问题上处于被动局面。
永历朝廷迁回肇庆以后，立即派兵科给事中彭燿等人前往广州，劝说朱聿鐭取消帝号，退位归藩。彭燿到达广州后，声泪俱下地劝说苏观生不要同室操戈，还说绍武之立纯粹是苏观生个人“贪一时之利，不顾大计”。苏观生大怒，悍然下令把彭燿等人拖出处斩，随即调动军队，派陈际泰向肇庆进攻。永历政权也调兵遣将，派兵部右侍郎林佳鼎迎击。双方都打着“讨伐”的旗号。
两个政权的注意力和珍贵的人力物力，被用在这种自相残杀上，而双方更大的共同敌人却被暂时忘却了。
十一月底，两支南明的“讨伐军”相遇于广东三水，永历军先获胜利，攻杀八百多绍武兵，陈际泰狼狈而逃。林佳鼎初战告捷，得意忘形，挥军直杀广州而来。绍武帝一下子着慌，苏观生倒有主意，他派林察率数万海盗（现已招安为绍武军）前往迎敌。林察与林佳鼎是旧相识，就派人诈降。林佳鼎信以为真，置林察兵于不顾，径自带领战船追击往海口方向窜逃的绍武残军。林察所率的昔日海盗个个勇于海战，又富于经验，暗中设伏，突然向永历军船施放火器，永历兵大惊溃败，不是被水淹死、被火烧死，就是被自家明军杀死，林佳鼎本人也受炮击，死无全尸。永历军几乎全军覆没，只有三十余骑人马逃出此厄。
败讯传到肇庆，永历朝廷又陷入一片惊惶失措之中，大学士瞿式耜自告奋勇，督领招募的义兵前往迎敌。没过几天就传来了清军占领广州、绍武政权覆亡的消息，朱由榔又再次登舟离开肇庆，经广西逃往湖南。
【二 绍武政权的覆亡】
与永历政权的“窝里斗”中大获全胜，绍武帝飘飘然，自以为“天授帝位”，开始搞那套郊天、祭地、幸学、阅兵的花架子。君臣上下，又大肆封赏，胡乱赐官，究其实也，他只是广州一个城的“皇帝”而已，“七门之外，号令不行”（黄宗羲《行朝录》）。
正如古语所说：“螳螂捕蝉，黄雀在后”，永历、绍武两军在海口血战之际，李成栋、佟养甲的清军已在汉奸辜朝荐（潮州人，退休明官）带领下攻取漳州，又袭取潮州，并诱降大盗陈耀，攻克惠州。李成栋的清军一路上最大的障碍是山路崎岖，真正南明的抵抗几乎没怎么遇到，往往是在城下一列兵，南明守军就城门大开，府县守官拿着簿册恭谨献降。为了麻痹广州的绍武帝和苏观生，李成栋还让各地官员书写信件送递广州，报告说没有任何清兵到来，致使广州的绍武君臣相安泰然，自以为没有任何迫近的危险。
1646年十二月十四日，李成栋派前锋三百精骑兵从惠州出发，连夜西行，从增城潜入广州北。清军以帕包头，伪装成明朝军队，从水路大摇大摆乘船入城，然后上岸，直到布政司府前他们才在众人面前掀掉头上包布，露出剃青前额的满人发式，挥刀乱砍，大呼“大清兵到！”
“鞑子来了！”一句惊呼，满城皆沸，百姓民众争相躲避，乱成一锅粥。
绍武帝正和苏观生等人在国子监“视学”，忽然有卫士急报清兵入城。苏观生非常生气，昨天潮州还有信报说一切无恙，今天怎么会有清兵来此！他挥手让左右杀掉报信卫士。
入城的清兵很快杀掉广州东门守卫，大开城门，数百清兵策马冲入，大红顶笠满街驰奔，城中顿时鼎沸起来。绍武君臣这才知道清兵真的杀到，苏观生急令关闭城门，调兵作战。可是，精兵都派往肇庆方面去对付永历朝廷，一时调不回来，宿卫禁兵也一时召集不全，一时间作鸟兽散。广州重镇就这样糊里糊涂地被清军占领。
情急之下，绍武帝易服化装外逃，但最终在城外被清兵抓住，关押在府院。李成栋大概因为广州城攻克得太容易，心情不错，没有下令屠城，也没有立刻杀掉绍武帝，还派人送食物饮水给绍武帝。这位一直昏庸无能的朱明爷们倒是有铮铮气骨，坚拒不受，说：“我若饮汝一勺水，何以见先人于地下！”晚间，趁守兵不备，用衣带自缢而死，和他哥哥一样，做到了“国君死社稷”，总算有点骨气。
苏观生则跑到他一手“提拔”的生死好友吏部都给事中梁洪（上洪下金）处问计。梁洪一脸忠义，平静说：“死耳，复何言！”于是两人商定分入厅堂左右的东西房，上吊报国。可笑的是，梁洪入房后，自己掐住脖子嗷嗷叫几声，又踢翻凳子给自己“配音”。旁边的苏观生认定这位好友已自杀殉国，提笔在墙上大书“大明忠臣义士固当死！”，然后上吊自杀殉节。梁洪听得真切，马上冲进屋指挥仆人扛着苏观生尸体向清军投降，声言有献“伪大学士”之功，并深获李成栋嘉奖。
乱世纷纷，生死是块试金石，忠奸善恶，亲情友情，美丑正邪，一切人间大伦，都在此表现得淋漓尽致！梁洪也是个饱读史书的读书人，故而能把忠臣义士的“戏文”排练得炉火纯青；日后他还“乞修明史”，得到清政府的批准，只是不知道他将如何在《明史》中怎样描写自己的“戏子”行为！
从各地逃至广州的明朝亲王、郡王共十六人，都被李成栋处斩。李成栋杀得兴起，还想屠城，就连满清派来监视他的佟养甲对他的嗜杀也看不过眼，刚好“夜雷震，雨如注”，佟养甲乘机说：“这是老天爷掉下的眼泪。”李成栋对佟养甲尚且畏惧几分，于是没有大开杀戒，但仍然放纵部下在广州城中大掠三日，称之为“放赏”，广州城内的许多妇女多为了避免受辱，以各种各样的方式自杀。
绍武政权从建立到覆亡仅存四十天，它唯一的“业绩”就是打了一场争夺帝位的内战和导致广东一省的陷没。其后果是十分严重的，因为南明残山剩水本已不多，广东又是财赋充溢、人才密集的地方，一旦易手，南明朝廷回旋余地大为缩小，财源和人力更加捉襟见肘。