为了抗拒清军的传召，竟以超乎寻常的勇气，于兵荒马乱之间毅然冒险出奔，表示她对满清残暴的不满和反抗；她的胆识和气节，实在是身受明朝深恩，号称复社才俊，最终却屈身事敌的吴伟业所不可比的。
卞玉京这一走，就离开秦淮河长达五年之久，连吴伟业也无从得知她的音讯。
顺治七年，一个偶然的机会，卞玉京作客拂水山庄，主人钱谦益设盛宴招待。钱谦益因为与吴伟业是挚交，知道他与卞玉京的难解情结，便有意撮合他们，邀他一同赴宴。吴伟业自秦淮别后也是相思成灾，念之甚切，接到钱谦益发出的邀请后，很快就来了。
然而，这次卞玉京却径自入内室与柳如是交谈。钱谦益再三派人延请，卞玉京先是托词更衣妆点，不久又称旧疾骤发，异日再访吴伟业，到最后，终究没有出现。
咫尺天涯，情何以堪？吴伟业惆怅若失，又悔恨又是无奈长叹，黯然神伤之余，唯以四首诗赋寄托相思，诗中写尽“缘知薄倖逢应恨，却便多情唤却羞”的追悔之情，这便是著名的《琴河感怀》四首的来历。
吴伟业写罢搁笔，怅然长叹：是自己负玉京在先，更可奈何！
从另一方面可以看到，卞玉京对这一段若有若无的感情是非常怀恋的。如果卞玉京真的已经放下她和吴伟业之间的感情，那就没有必要避而不见了；正因为剪不断，理还乱，不知相见之后如何为情，才会有托病不出之举。倘若吴伟业再积极主动一些，比如作出迎娶的表示，恐怕两人之间的故事就不是绵绵无尽的悔恨。
侯方域对李香君，吴三桂对陈圆圆，都是倾心之下，当即下订，更不要说钱谦益对柳如是、龚鼎孳对顾横波的郑重其事，迎以妻礼了。和他们相比，吴梅村对卞玉京的“爱”由始至终都只是停留在口头笔头上的柔情蜜意，可他心中到底有几分诚意，打算如何安置这段感情，是否有对卞玉京的终身负责的念头，没有人能看得出来，卞玉京也一样无从把握吧？既然无法天长地久，就只能是此恨绵绵了。
两人此后还有一次会面。
数月后，卞玉京带着一身料峭春寒，携琴踏春，在虎丘与吴伟业会晤，极诉尽离别之情。那次，卞玉京披淡黄长衣，作道人服，平淡雍容。她说及清人入关后烧杀抢掠的情景时道：“吾洎沦落分也，又复谁怨乎！”然后解琴为吴伟业歌弹一曲。
卞玉京借着抚琴歌弹倾诉了南京陷落前后自己的亲历亲闻，发出了深沉的浩叹——整个神州河山都已经残破不堪，自己一个人的沦落又哪还值得哀怨呢？“翦就黄絁来入道，携来绿绮诉婵娟”，这一曲情出婵娟，韵著绿绮，却不拘泥个人恩怨沉浮的血泪悲歌，浸透着对民族兴亡的心心牵念和良深感慨，故国之思，黍离之悲，尽在五弦之中，深深震撼了吴伟业。《听女道士卞玉京弹琴歌》这首沉郁苍凉、寓意深远的时代悲歌，便是由此而来。
诗中道出了卞玉京在这十年中的情景，点出了清军下江南、玉京“弦索冷无声”，一派凄凉状况。吴伟业在这首诗中，还用追悔伤感的语气记述了他与卞玉京的缠绵悱恻、悲切哀惋的爱情艳歌。这首诗没有《圆圆曲》著名，但吴伟业在写这首诗时所投入的感情和抒发的感慨，尤深于《圆圆曲》也说不定。因为他和卞玉京之间，毕竟有着一段付出了真心却没有结果的情缘。
据陈寅恪先生考证，吴梅村那首传世名作《圆圆曲》的创作，也正是完成于这次听琴之后的不久，与《听女道士卞玉京弹琴歌》份属异曲同工之作。只因卞玉京在“弹琴歌”中讲述了自己亲睹的江南陷落后许多佳丽被清军劫掠凌辱的悲惨遭遇，二人又回首往事，想到整整十年以前，陈圆圆恰于此地被挟行北上，从此之后辗转万里，“一斛明珠万斛愁，关山飘泊腰枝细”，不胜今昔之感，这才引发了吴梅村借陈圆圆的身世浮沉来唱讽兴亡的意念。“然则骏公于一年之中甚近之时间，赋此两诗，以陈卞两人前后同异情事为譶，而家过身世之悲恨，更深更切。”（陈寅恪《柳如是别传》）
《圆圆曲》以史实为据，文采斐然，几乎到了因诗代史的地步。开首即以“鼎湖当日弃人间”起兴，抒写出深挚的遗民之恸，表达了他对于明王朝的眷恋之情以及江山易主、韶华尽去的哀婉。他讽刺当时权势熏天的吴三桂写下了“全家白骨成灰土，一代红妆照汗青”、“全家故国空从难，异姓真王独拜恩”这样的诗句，由此可见他对明王朝是很有孤臣孽子之心的。对于吴三桂与陈圆圆的爱情，很难说吴伟业到底是用同情还是讽刺的语气来描写。
这次相会成了吴伟业与卞玉京的最后一次见面。从此，他们到死也没有再相见。可以想像卞玉京转身离去时，对依旧毫无表示的吴伟业是何等的失望。
南明政权覆灭以后，吴伟业闭门不出，他既没有能力像陈子龙一样坚持抗战，也没有勇气自杀殉国，但更不愿媚颜事敌，而准备做遗民，以另一种方式表达对异族政权的不合作。这期间，他亲历国变，饱经忧患，写下了不少悯时伤世之作，诗风趋于沉郁苍凉。他的诗作，感伤时事，悲愤凄怆，对明末的社会矛盾有着深刻而清醒的认识，其心系魏阙、不忘家国之情，灼然可见。
然而，当时尚未完全巩固其政权的清王朝如何又能容忍一个持消极抵制态度的遗民的存在？愈是有声望的遗民，便愈有危险。吴伟业在入清以后是毫无疑问的海内宗主，更是清廷必欲罗致的首要对象。
清顺治十年（1653年），江南初定，清朝【文；】吏部侍郎【人；】孙承泽推【书；】荐吴伟业【屋；】出来做官，说他堪为顾问之职；他的女婿礼部尚书陈之遴和大学士陈名夏也极力推荐。
吴伟业当时既想出世拯民，又想洁身自好，进退维谷，极为矛盾。所以他在这一段时期对元末明初的历史人物很感兴趣，例如杨维桢（1296～1370）、宋濂（1310～1381），他们两人虽然曾应元人之召入朝，却显然并未失节。
就在吴伟业复出之说甚嚣尘上的时候，复社四公子之一的侯方域致书规劝：不可出的理由有三。侯方域认为吴伟业蒙崇祯皇帝重恩，举科名第一，这是第一不可出；短短数年吴伟业就被崇祯提升为大臣，这是第二不可出；侯方域认为吴伟业再次出山官位清望都会有所损失，这是三不可出。
明亡后侯方域曾经与吴伟业相约终隐。但侯方域终究还是参加满清的顺治八年（1651年）的乡试，引来无穷无尽的非议和诽谤，此时他已经永远地失去了自己的爱人李香君，以及士大夫最重要的名节，正处于无穷的追悔之中。侯方域以自己切身的悔恨来规劝吴伟业，其用心不可谓不良苦。吴伟业当即写了一封回信，慷慨激昂表示：“必不负良友”。
可是当权者是不会放过他的，威胁利诱一起袭来，吴伟业不得不在父母泪水中准备出山，同时由于忧郁又是一场大病。“问华佗，解我肠千结”？“浮生所欠只一死，尘世无由识九还”。从这些写于当时吴伟业去北京的路上的诗词可以看出当时他的心情是悲愤的，他个人的意愿是真的不愿意与清廷合作的。
吴伟业曾经涕泣谓人曰：“余非负国，徒以有老母，不得不博升斗供菽水耳。”意思是说他是为了保全母亲而不得不出仕。时人却认为是推诿之词，顾炎武当时堂上也有老亲，却坚持不肯赴诏。自然，无论是气节还是抱负，吴伟业都不能与顾炎武相提并论，甚至比起江左三大家中的另外两位，吴伟业也远远不及。这是性格使然，性格决定了他的行为和命运，包括他与卞玉京的爱情悲剧。
吴伟业出仕之前，曾受钱谦益委托调和当时的社事，当时慎交、同声二社积习很深。顺治十年，吴伟业召集两社人等共举虎丘大会，他想集九郡的人才，两社的同志成立一个象复社一样的组织。虎丘大会虽然还算圆满，就连归庄这样的人也都参加了（归庄是复社重要成员，以性格孤傲怪癖著称。时人将他和顾炎武并称为“归奇顾怪”），但是裂痕依旧。大会快要结束的时候，突然有一个少年投函吴伟业，信上极尽嘲讽地写着一首诗：“千人石上坐千人，一半清朝一半明，寄语娄东吴学士，两朝天子一朝臣。”吴伟业看了信后，立即站了起来，但默然无语。
吴伟业出仕后不久，卞玉京出人意料地出嫁。这其中多少有些对吴伟业彻底绝望的因素在里面，否则时间上不会如此巧合。卞玉京嫁给了浙江一户世家子弟，但婚姻并不如意，在她心中，大概始终无法忘记吴伟业的影子。不久后由她的侍女柔柔以身相代，卞玉京自己则乞身下发，依附于吴中良医郑保御。
郑保御已经年过七十，是卞玉京前夫的亲戚。他不仅是一位名医，也是一位名士。他对卞玉京的人品才情极为敬重，特地为她建筑别宫，赠以厚资，使她可以安渡余生。于是卞玉京就在那里长住下来，开始潜心修道，持课诵经，戒律甚严，在晨钟暮鼓中度过了余生。她感于郑保御的恩德，用三年的时间蘸着自己的舌血为郑保御写成一部《法华经》，作为对他的报答。
卞玉京身上有一种缥缈的气质，这样气质的女子竟然无时不体现出毅然和决然，实在令人惊异。她一生颇多坎坷，其为人又心志颇高。她一生中倾心于两个男子，而这两个男子却都深深地伤害了她。命运安排给她太多凌利的冲突，想来除了遁世独立，也别无出路了。
十几年后，卞玉京在平静的生活中去世，死前郁郁寡欢，不知是不是含恨而终？卞玉京死后葬于无锡惠山柢陀庵锦树林中。身后每有路经此地者赋诗凭吊，悲悯她的命运。
康熙七年，年届六十的吴伟业来到墓前，以一首极其伤感的《过锦树林玉京道人墓并序》为他们的半生情缘划下句点。
吴伟业在北京也不过做国子监祭酒的闲职，心情颓伤