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《清稗类钞·姓名类》记载，明亡后，“天潢贵胄，转徙流亡，无不改姓自晦”。《罪惟录·楚昭王桢传》也记载，楚藩分支祁阳王朱某，在明末楚藩沦陷后逃到福建。后福建沦陷，他与一个叫严炜的书生一起“更姓名入瑶中自保”。因此，今瑶族中，也应有明皇族的血统。
《罪惟录》还记载，有某支宗室出生的诸生，明亡后绝望出家，初在无锡太子庵做和尚，后又在界灯寺做住持，法号个纳，能诗会画，在当时颇有名气，但从不与人讲起旧时故事。
还有一部分明朝宗室成员，则被迫投降了清朝，接受满人的统治，以使家族免遭绝嗣断代之劫。前期投降清朝的有潞王朱常淓，其后裔不明。最后也是最大一批投降清朝的是逃到台湾的那一批。当年国姓爷郑成功父子收复台湾后，优礼宗室，所以1661～1663年间，有大批宗室成员渡海来到台湾。这些宗室皇子王孙们受到郑氏父子礼遇，在台湾留居几十年。但到康熙二十二年（公元1683年），清朝施琅攻陷台湾，郑氏政权降清，逃到这里的明朝宗室大都被俘，被迫投降，接受满清统治。据说当年施琅来到台湾，立即收缴这些皇族宗室的谱牒和印信。清王朝至此一统全国，大局稳固，便假示宽仁，没有再杀害这批明朝宗室遗民，而是将他们强迫内迁大陆，安置于山东、河南等郡县。这部分宗室后裔因此能够传递下来。
在台湾失陷时，宁靖王朱术桂不忍做亡国奴，上吊自杀殉国。他没生子，以比他低一辈的益王朱怡镐之子为嗣，取名朱俨珍，当年才七岁。据史书记载，这位朱俨珍被强迁回到大陆后，于1693年被清王朝安置在河南开封府杞县，后裔遂居于此。
又据资料表明，宁藩的一部分宗室后裔，明亡后仍留居江西，直到今天，仍是江西朱氏中的重要一支。这支家族在清末民国时还续修了《江西八支朱氏宗谱》，至今仍保存在江西省博物馆。另湖北沔阳一带，今天也有明朝宗室后裔存在。
每当朝代鼎革时，新建的王朝总要铲除前朝皇族。但没有哪一个政权像满清王朝一样，因为自己是异族入侵，做贼心虚，对明朝宗室怕得要命，所以清初对明宗室实行血腥的屠杀政策。这给朱氏带来了比明末农民起义更残酷、更可怕的灾难。直到康熙时期（公元1662～1722年），情况才稍有变化。
康熙七年（公元1668年），康熙皇帝才下了这样一道圣旨：“诏故明宗室子孙众多，有窜伏山林者，令悉归田里；有改姓埋名者，姓氏皆复旧。”康熙二十三年（公元1684年）、三十八年（公元1699年），康熙帝南巡时，又两次到南京拜祭明开国皇帝朱元璋的葬地孝陵，并下令求访明朝后裔，使奉守朱氏世祀。但因无法访察，没有结果。再到雍正二年（公元1724年），雍正皇帝正式访查出明宗室后裔朱之琏，封为一等侯，入正白旗令世袭，以奉明孝陵的春秋祀事，这样，明皇族后裔又有一支加入满族。
至此，明宗室后裔才结束逃亡生活，恢复了普通平民的身份。
中国的历史，又翻过了一页。
雍正七年（1729年），距离1644年已经八十五年，曾有过这样一道上谕。他说：“从前康熙年间各处奸徒窃发，辄以朱三太子为名，如一念和尚、朱一贵者，指不胜屈。近日尚有山东人张玉，假称朱姓，托于明之后裔，遇星士推算有帝王之命，以此希冀蛊惑愚民，现被步军统领拿获究问。从来异姓先后继统，前朝之宗姓，臣服于后代者甚多，否则隐匿姓名，伏处草野，从未有如本朝奸民，假称朱姓，摇惑人心若此之众者。似此蔓延不息，则中国人君之子孙，遇继统之君，必至于无噍类而后已，岂非奸民迫之使然乎？”这一道上谕，是因曾静之事而发的。
曾静是湖南人，读浙江吕留良之书，非常感动，派弟子张熙往说岳飞的后人岳钟琪叛清，钟琪将其事举发。吕留良其时已死，因此遭到了剖棺戮尸之祸。曾静、张熙暂时免死拘禁，后亦被杀。
这件事，向来被列为清朝的文字狱之一，但其实是汉族图谋光复的实际行动，并非仅仅是文字狱而已。可见明朝虽然已经灭亡八十五年，但一部分怀抱民族主义的人，始终未曾屈服。
清朝最大的会党，北方为哥老会，南方为天地会，都是反清复明的秘密组织。今在香港仍极为活跃的三合会的前身便是天地会。
天地会创立于康熙十三年（1674），因其拜天为父，拜地为母，会员同为兄弟姐妹，故称天地会。以“反清复明”为宗旨，对内称“洪门”，隐含明朝开国皇帝朱元璋“洪武”年号之意。洪与红同音，红与朱同色，还有寓明朝国姓的意思。
有人说三合会就是三点会，南方的清水、匕首、双刀等会都是它的支派。据他们的传说：在福建莆田县九连山中有一个少林寺，僧徒都有武艺，曾经为清廷征服西鲁国。后来为奸臣所谗，清廷派兵去把他们剿灭，四面密布火种，缘夜举火，想把他们尽行烧死。有一位神道达尊，派使者朱开、朱光将十八个和尚先引导出来。这十八个和尚，且战且走，十三个战死了。剩下来的五个，就是所谓前五祖。又得五勇士和后五祖为辅，矢志反清复明。
天地会的举事，连续不绝。其中最著名的要数乾隆五十二年（1787年）台湾天地会林爽文的起义。而北方的白莲教徒的反清，起于乾隆五十八年（1793年），蔓延四川、湖北、河南、陕西四省，著名的有女将王聪儿一支，至嘉庆九年（1804年）后才平定。太平天国起义后，各地天地会及其支派纷起响应。和太平天国同时的，北方还有捻党。
这些各党各派，都以反清复明为志向，属于殊途同归。
【由文，】