醇时遇到了麻烦——果浆往往莫名其妙地变坏了。巴斯德没有找到化学上的解释，就用显微镜检查麦芽浆，发现上面满是奇怪的、伸长的生长物，而未受损害的麦芽浆上则是圆的小球。通过实验室证明，他指出了如何才能控制这些有害的生长物、阻止它们妨碍发酵。由于这一经历，他做了进一步的实验，使他能驳斥传统的生物自然发生说，提出现在公认的生源论——生物只能通过生物的繁殖产生——来取代。为了证实生源论，他指出，通过排除空气中看不见的微生物，能够使肉体物质和植物性物质不腐败。这一点后来成为大规模的罐头食品制造工业的基础。
1865年，巴斯德接受了一个更艰巨的任务。法国蒸蒸日上的丝绸工业由于蚕的一种神秘的疾病而正遭到毁灭的威胁。当巴斯德开始调查研究时，他并不知道蚕是什么东西，也不知道一条丑陋的毛虫以后会变成一只美丽的蛾。但是，经过一段时期的深入细致的探究，他发现疾病是由生活、成长在蚕体内的一种微生物引起的。他很快找到了治疗办法，丝绸工业得救了。巴斯德接着为家畜的炭疽病、特别惊人的是为人的狂犬病制备血清。此外，由于他的疾病病菌说的普及，人们采取了卫生预防措施，使有可能控制由来已久的灾祸——伤寒、白喉、霍乱、鼠疫和疟疾。这些医学上的进步产生了深远的影响，首先是在欧洲，然后是在全世界，导致人口迅速增长。
五、生物学革命，1850…1914年
正如牛顿因发现支配宇宙中的物体的定律而统治17世纪的科学那样，查尔斯·达尔文（1809…1882年）因发现支配人类本身进化的规律而统治19世纪的科学。
然而，进化的思想对达尔文来说，决不是新的：在他以前，这思想已被提出并应用于科学的各领域。让·德·拉马克（1744－1829年）较早时候就已向一种传统的观念挑战；这种观念认为，一度被创造出来、此后一直存在下去的物种具有不可改变的稳定性。拉马克想象有一种从蠕虫到人类的全面进化，并试图用获得性理论来解释这一进化过程。马由于需要迅跑而获得敏捷的腿，长颈鹿由于需要吃高处的树枝而获得长脖子。任何这类身体上的变化通过遗传过程被传下去，成为下一代的起点。
拉马克以后，还有查尔斯·赖统地出版了有名的《地质学原理，三卷（1830…1833年），普及了有关地球表面的形成的〃均变论〃或渐变论。以往，人们一向认为地球表面是由过去的灾变如火山、地震和洪水等造成的。存在于高山地区的海贝被简便地认为是挪亚时的洪水留下的。相反，赖尔认为，现在的地球表面是亿万年间诸如冰蚀、风和水的侵蚀、冰冻和融化之类的地质力量活动的产物。
当时，进化的思想不但在自然科学中，而且在社会科学中也是突出的。从19世纪40年代起，卡尔·马克思就写道，所有社会制度都处于不断的变化过程中。自人类有史以来，一种社会已让位于另一种社会——原始的部落制让位于古代的奴隶制、奴隶制让位封建农奴制、农奴制让位于现代资本主义制度，所以，他满怀信心地预言，资本主义制度将让位于未来的社会主义制度。那时，有影响得多的是赫伯特·斯宾塞（1820…1903年）提出的包括一切的进化学说。他将其学说应用于所有的事物，包括物质的、生物学的、文化的和社会的。斯宾塞在1857年发表的《进步：其规律及原因》一书中写道，〃无论是在社会的发展中还是在政治、制造业、商业、语言、文学、科学及艺术的发展中，这种由简单经过连续的变异而进入复杂的同样的进化始终保持着。〃
这就是达尔文创立其划时代的理论时的环境。达尔文出生于一个在他以前已有两代人显露科学才能机他起又有两代人显露科学才能）的家庭。他上剑桥大学时，将时间更多地不是用在学习上，而是花费在收集和研究动物及昆虫方面。有位教授认识到他的潜力，推荐他到政府的即将开始环球科学考察的〃比格尔号〃船上当不拿薪水的博物学家。这次远航从1830年持续到1836年；远航期间，达尔文对在个别物种身上观察到的许多变异印象极深。例如，在与世隔绝的加拉帕戈斯群岛上，他发现了一些显然是起源于在大陆的祖先但不知怎么地已渐渐变得不同的物种。这一点粉碎了古老的物种不变论，但是，变异是怎么发生以及为什么会发生的问题仍未得到解答。
考察回来的两年后，他认托马斯·马尔萨斯写的一本书中得到了启示；马尔萨斯在那本书中提出了一种理论：如果不消除过剩的人口，人口要比食物增长得快。
1838年10月，我为了消遣而偶然读到了马尔萨斯的人口论，而我由于长期不断观察动植物的习惯，对这种到处都在进行看的生存斗争，思想上早就容易接受，现在读了这本书立刻使我想起，在这些情况下，有利的变异常常容易保存，而不利的变异就常常容易消灭。它的结果就会形成新的物种。这样我终于得到一个能够说明进化作用的学说了。
达尔文以其通常的谨慎和不辞劳苦的细心发展这一学说。1839年，他开始拟草稿；3年后，它仍仅仅是一份用铅笔写成的35页的提纲。到1844年，他已将它扩展成230页的论文。那年，他给一位朋友写信说：
……我己阅读了大量的农艺和园艺方面的书，从未停止过搜集事实。终于来了一点光明，我几乎确信（和我开始对的看法完全相反）物种并不是（这就象供认一件谋杀罪似的）永远不变的。上帝不让我相信拉马克的一个〃进步的趋向〃、〃源于动物的缓慢的意欲的适应〃之类的废话。但是，我得出的结论并非全然不同于他的结论，只是更换的方法完全不同于他的。我想我已发现（这里是推测！）物种微妙地适应各种结局的简单方式。
然而，达尔文仍不能使自己发表其研究结果。他继续进一步按集证据，直到1858年收到另一位博物学家艾尔弗雷德·拉塞尔·华莱土（1823…1913年）的一封惊人的信时。华莱士曾居住巴西和荷属东印度群岛多年，在那些地方吸收了极大量的动物学知识。1858年2月，当他在摩鹿加群岛的特尔纳特岛上患疟疾卧床休息时，他想到了他也读过的马尔萨斯的著作，突然，最适者生存是实现进化的途径这一念头在他脑子里掠过。华莱士的脾性和达尔文完全不同，他立即将自己的思想诉诸文字。当天夜里，尽管仍受着发烧的折磨，他还是起草了自己的新学说。以后两晚，他将它写成文章，然后寄给了达尔文；他与达尔文是经常通信的。
1858年6月，达尔文收到了这份手稿；他因读到的是一份他已写成的东西的概要，惊呆了。〃我从未见过比这更惊人的巧合〃，他给查尔斯·赖尔去信说，〃即使华莱士已得到我在1842年写下的手稿，他也不可能写出比这更好的简短提要！甚至他的话现在可放在我每章的上端。〃达尔文对于公布自己的研究成果一事不再犹豫了。1858年7月1日，他在伦敦向学会宣读他自己的论文和华莱土的论文，所谓达尔文的进化假说给提出来了。达尔文在他于1859年出版的主要著作《物种起源：借助于自然选择即生存斗争中的适者生存》中更详细地阐述了自己的思想。
达尔文的主要论点——他的进化学说——是，处于现在各种不同形式中的动植物种类不是作为单独的、特殊的创造行为的结果而固定不变的，而是有共同的原始起源的、不同的、变化中的自然结果。达尔文认为，变异借以发生的主要方式是〃自然选择〃。他将这一过程阐释如下：
因为所产生的每一物种的个体比可能生存的多的多，遂各生物间便经常不断地发生生存斗争，所以，任何生物如果能以任何方式发生纵然微小但有利于自己的变异，它在复杂的而且时常变化的生活条件下，将会获得较好的生存机会，因而它就自然地被选择了。由于强有力的遗传原理，任何被选择的变种，将会繁殖它的新的和变异了的类型。
也许很难把自然界中所有的变种都设想力似乎是象〃自然选择〃所提供的那样一个不规则的、缓慢的变化过程的产物。不过，统计学上的计算结果表明，即使一次突变仅仅导致百分之一的较好的生存机会，它也会使一个物种经历100世代以后有为数一半的个体发生了突变。换句话说，即使101个发生过突变的个体活下来后有100个失去了突变，突变仍会在生物学上所说的短时间内传遍该物种。一种具有浅颜色和深颜色的小蛾子为〃自然选择〃是如何起作用提供了一个具体例子。人们已注意到，在浅色的桦树林里，浅色种类的蛾通常是深色种类的蛾的6倍；相反，在深色的松树林，深色种类的蛾通常为浅色种类的蛾的16倍。从这两种树林中鸟类的身上遗留下来的蛾翅膀的颜色上，也可找到〃自然选择〃如何起作用的证据。
达尔文的学说虽然在后来的研究基础上得到了详细修改，但其要点实际上已为现在所有的科学家所接受。1958年7月1日，在庆祝达尔文发表其论文一百周年的大会上，英国杰出的科学家加文·德比尔爵士称赞道：〃进化的事实如今已普遍地为所有有资格发表意见的人所承认，进化的作用过程大体上已阐明。自然选择的理论已建立在非常坚固的基础上，因此，现代的工作只不过是进一步证实这一理论，尽管随着知识的增加而需对它作新的表述。〃
然而，达尔文的学说在他生前远没有被普遍接受。确实，它由于当时几位杰出的科学家的研究和著作而得到加强。地质学家查尔斯·赖尔在他于1863年发表的《人类的古代》一书中接受了达尔文主义。两位最主要的植物学家——英国基尤植物园的主任约瑟夫·胡克爵士和哈佛大学教授阿萨�