不管是身体还是灵魂都与初号机融合。
而在这之后，碇源堂所努力的方向也发生变化，‘人类补完计划’将人类从原罪中解救出来的计划，即将所有人的灵魂汇集在一起，通过中和每个人的at力场，使每个人回归lcl之海，而碇源堂的补完不同，他只是想通过补完自己，让自己见到碇唯，两者的冲突导致了最后nerv与seele的矛盾。
死海文书上预言的最终事件，也是seele试图实现的最高目标。
这一冲击是由亚当和莉莉斯的结合所触发，并最终创造一个继承地球上所有人类的神的存在。
nerv和seele的目标，是确保由人类而不是使徒来触发第三次冲击，即‘人类补完计划’。
为实现这一计划，人类必须击败守护‘生命之树’的使徒，也正是因为这个原因，才会有以初号机为代表的兵器，来击溃剩下的使徒。
不过说实话，seele的高层并没有将死海文书完全解读明白，应该说死海文书上记载的内容，和真正发生的事情并不一样，可以说死海文书的内容只是后来人类经过代代口述，然后经过对神的崇敬，美化出来的版本，如果用真实的事件去记录当时所发生的一切，肯定会有很多地方和神话传说不符，比如说神并不爱人类，神并非有节操，神只不过是个宅男，一个吃饱睡，睡醒了吃的年轻人而已，他甚至没有想过帮助任何生物以及人类，甚至没有创造过所谓的世界。
但死海文书有一些地方所记载的没错，那就是上面所记载的预言，按道理来说，因为雷哲的关系，2000年所发生的事情应该看作第三次，更早的一次是发生在世界之初，那会是正儿八经的神话时代，天使，神，魔鬼，以及人类共存的时代。
那个时代的人类所拥有的科技，甚至比现在还要发达数千年乃至上万年，传说中的亚特兰蒂斯就属于那个时代人类的产物，只不过在第一次冲击中，亚特兰蒂斯，以及所有的天使，魔鬼都消失殆尽，留下的只有残缺的古卷，这是比死海文书还要古老的卷轴，应该说死海文书就是翻译这古卷后的结果。
在古卷中，天使，魔鬼，神，亚特兰蒂斯的灭亡，被称为第一次冲击，但最终并没有被记载下来，古卷中还记载着接下来所会发生的事情，比如说后来所谓的第一次冲击的‘大洪水’，也有人说第一次冲击导致恐龙灭亡，各种说法并不统一。
第二次冲击就是2000年，亚当解除封印时产生的灾难，而第三次冲击，就是最后的补完计划，让人类重归神的怀抱，或者说让人类成为这个世界新的神灵。
不过应该怎么说，剧情的主角的确是碇真嗣，凌波丽，明日香，但在雷哲看来真正贯穿整个故事发展的人，却是只出现回忆中的女人，碇唯。
更详细地说，把碇唯说成是具有知性美的圣母也毫不为过，她生性淡薄于一切，平和于人生。
跟她在一起，能够让人心底宁静，碇源堂之所以爱她如此之深，就是因为碇源堂一生充满了利用与利用，只有在碇唯这里，他才可以获得心灵的宁静。
虽然不想去改变整个剧情，但雷哲却很想见见这个女人，虽然说碇源堂最终的愿望就是进入eva见到碇唯，但他最终也没实现这小小的愿望，因为这必须和亚当融合，或者说进行补完才可以做到，不过这种事对雷哲来说并不困难，因为不管是精神世界，灵魂世界，还是物质世界，他都能来去自如，当然只是稍微麻烦一点而已。
眼前的世界，的确是自己当初制造出来的天空城，只不过其它生物将这里称呼为‘伊甸园’，神所居住的地方，说实话当初雷哲并没说明自己的身份，但也许是因为力量最强大的关系，不知从什么时候起，智慧生物就称自己为‘神’。
其实抛开《反叛的鲁鲁修》那个变成自己掌中神国的世界，这里才是雷哲第一次掌握的世界，他就是这个世界的管理者，而也从这个时候开始，他才真正算一个‘真神’，只不过他的情况依然有些特殊，那就是这个世界是从阿礼所冒充的真神中以决斗的方式赢来的，也就是说这是他的私有财产，如果没有意外，这个世界也将成为继《反叛的鲁鲁修》外，雷哲所拥有的第二个掌中神国。
而他在这个世界也不再是平凡的管理者，他有权力去改变世界的进程，走向，发展，以及所有的一切，他可以把这个世界变成魔幻世界，变成仙侠世界，变成科幻世界，变成任何他想要的世界，原本这种世界养成是很不错的游戏，而雷哲最开始也的确想要把这里改编成自己所希望的样子，可结果却让他很悲催，就连他自己都说，他是有史以来最倒霉的真神，有谁能想到他会被自己世界的生物联手给封印起来？
这周围的世界并非初号机的精神世界，而是碇唯所幻化出来的，就跟之前所说的，亚当的灵魂在那个胚胎的分裂体中，其他的三个分身中不存在任何精神与灵魂，当碇唯跟初号机的同步达到400％后，她的**就被初号机给吞噬，而灵魂也与对方融合，因为初号机是空白状态，这让在融合后，她的灵魂占据主导权，虽然她能影响初号机很小的一部分，但关键时候还是能发挥出不少的作用。
“话说，你怎么知道这场景的？初号机应该没有亚当的记忆才对，不是吗？”雷哲站在碇唯的面前这样问道，按道理来说初号机并没有任何记忆，就算碇唯真的与对方融合，也不会窥探到这些才对，所以雷哲表示有些好奇。
怀中抱着一个熟睡的婴儿，碇唯抬起头看向雷哲，接着她手中的婴儿消失，原来那只不过一个幻象，是碇唯自己幻化出来刚出生时的碇真嗣，看来她真的很爱自己的儿子。
“这一切，我并非从亚当那里知道，而是从另外一个人，也许他你很熟悉，那个人叫撒旦。”碇唯这样说道，不过她的话刚说完，站在自己面前的雷哲气息瞬间改变，虽然还是带着笑容，但那淡淡的杀意却开始向外蔓延，甚至如同触手一样悬浮在碇唯的周围，甚至有点想要把对方缠住，撕碎一样。
在最近这段时间中，撒旦对雷哲来说是绝对的禁语，当初自己之所以这样倒霉，就是因为那个混蛋，他发誓要把撒旦给揪出来，然后狠狠给对方两巴掌，最后挂到城墙上去鞭尸，明明自己有机会将这个世界改造成所需要的那样，但正因为对方的关系，浪费自己如此多的时间不说，竟然还让这个世界马上就要走向灭亡。
“你很痛恨他？因为他之前对你所作所为？如果你见到他，你会怎么办，杀掉他吗？”碇唯这样问道，她看到许多东西，当然知道雷哲的身份是什么，虽然研究很长时间的e计划以及死海文书，但她怎么也没想到神是真的存在，第一次和神对话，她觉得挺有意思。
“告诉我，撒旦在什么地方，我找了他很久，可是却无法找到对方的踪迹，或者说换一种说法，撒旦还活这么？我不觉得在最后的最后，他能在我的攻击下存活下来，虽然我一直告诉自己他已经死了，但直觉却说他还活着。”
“他的确还活着，应该说或的还算不错吧，不过我并不想告诉你一切，全知全能的神啊，你不觉得如果说出来，凡事就会变得没有意义了吗？你真的想要找出撒旦来吗？撒旦的失踪可能并没有让你感到不快，相反乐在其中吧，你在搜索撒旦的下落，而且还是用最普通的方式，你没有使用自己的力量和权力，因为这会让整件事都变得普通起来，你想要的不是结果，而是这过程，不是吗？”
碇唯平静的说道，而雷哲身上涌现出来的气息也渐渐消失，最终他嘿嘿笑着，这个女人有点意思，不对，应该说真的太有意思了，平常人如果知道雷哲的身份，肯定会吓得说不出话来，就算是葛城父女在面对自己时也会变得相当拘束，但她并没有，她可以轻松的和自己交谈，甚至来试着主导话语权，有时候她所说的话的确让人不爽，但偏偏她的态度却让人无法生气。
“这有什么好笑的吗？”
“稍微有点觉得好笑啊，说实话我来见你也只是一时兴起，因为我很想看看你这位在日后的剧本中有决定性作用的人究竟是什么样子，结果我发现你挺有趣的，怎么说呢，我认识不少女人，她们跟你都挺像的，你不怕我吗？”
“不，因为我从撒旦的记忆中看到，您跟想象中的神并不一样，而且如果我真的对你毕恭毕敬的，你还会觉得很不自在，不是吗？”
“不错不错，你貌似真看到不少东西，看来今天我并没有白跑一趟，你果然是有意思的女人，我的目地已经达到了，作为你告诉我撒旦还活着的情报，我可以帮你做一件事情，你好像无法放下自己的儿子碇真嗣，日后我会照顾他的。”
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先抛开跟踪的赤木律子和加持良治，葛城美里在进入房间后发现自己的父亲早就坐在小小的桌子旁，喝着啤酒吃着花生，并且看着无聊的电视剧，当自己走进后，他只是说道：“你来的太慢了。《网网》，/《网网》，/”
现在的葛城博士虽然看上去很随意，但他却跟之前给人的感觉完全不同，成熟稳重，不骄不躁，从一个邋遢的中年大叔突然变成一个很有魅力的中年男人。
“唔，你们父女就不能一起来么？一个个来很有意思？算了，这是我房间的钥匙，你们今后可以随意出入，我实在懒得给你们开门了，坐下吧，想喝点什么，还是啤酒？”雷哲将一把钥匙扔给葛城美里，接着从冰箱拿出啤酒，而这个时候房间内突然想起一个声音。
“这位小姐的心跳有些加速，血�