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2月4日，美军已抵达马尼拉的外围，发现日本海军少将岩桥不顾山下放弃马尼拉的命令率领1。7万海军守备部队和4000多陆军，正决心死守这座城市。岩桥以巴石河南岸的古镇因特拉莫罗斯为防御重点，企图借助该镇厚实坚固的石头城墙抵御美军的炮火。麦克阿瑟为避免平民伤亡，下令禁止对日军据守的阵地进行轰炸，这样也就导致马尼拉的争夺成为一场艰苦异常的战斗。而麦克阿瑟的美好初衷也没能实现，由于连续多日的激战，特别是濒临绝境的日军肆无忌惮的屠杀，使死于非命的马尼拉平民多达十余万！
为切断日军对马尼拉的海上补给线和退路，美军决定以空降突击夺取马尼拉湾出海口的哥黎希律岛，该岛酷似蝌蚪，岛上地形非常崎岖，“蝌蚪”头部是海拔150米的方形高地，东面山腰是无法通行的悬崖峭壁，再往东是一条狭长的沙滩，成为“蝌蚪”的尾巴。日军主要的防御设施都集中在方形高地上，岛上守军约6000人，由板垣大佐指挥。日军曾通报美军有对该岛进行空降突击的企图，但板垣认为岛上地势崎岖，没有可供空降的场地，所以主要进行抗击海上登陆的准备，没有采取必要的反空降准备。
美军以第503伞兵团和第34步兵团3营组成攻击哥黎希律岛的部队，代号“岩崖”部队，由503团团长琼斯上校指挥。其中第503团将在高地实施空降，34团3营则从南部海滩登陆，协同伞兵作战。预定空降场为岛上的练兵场和高尔夫球场，两处空降场面积分别为61650平方米和27938平方米。担任空中输送的是第317运输机大队的51架C—47运输机，出发机场为民都洛机场，空降距离约225公里。空降兵以营为单位分三批空降，每个空降兵除携带必要弹药外还携带四日份的口粮和两壶饮用水。空降前，伞兵团的团、营、连长都搭乘轰炸机从空中观察了该岛地形，参战人员则利用沙盘熟悉了空降地区的情况。
从1944年12月至1945年1月，美军对该岛进行了持续两个月的轰炸，空降前的二十天里，累计投弹达3100吨。
2月16日凌晨，美军以8艘巡洋舰、14艘驱逐舰和70架飞机对该岛进行了直接火力准备，将岛上日军所有高炮阵地全部摧毁，而且日军所有通讯线路全部中断。八时三十分，美军运送伞兵的运输机到达该岛上空，随即开始跳伞，至九时三十分，琼斯上校亲自率领第一梯队3营和炮兵连、工兵连着陆，迅速夺取了空降场。板垣得到报告刚走出隐蔽部进行观察，就被美军投掷的手榴弹炸死，岛上日军失去了指挥，顿时陷于混乱。十时许，美军空降兵占领了高地，将日军压缩在从海滩到高地的狭小山谷里。十时三十分，步兵34团3营从海滩登陆，在伞兵的火力支援下，很快推进到岛的腰部。下午伞兵团第二梯队着陆，控制了岛上的公路。考虑到岛上的地形和天气情况，美军改变了计划，第三梯队先空运到吕宋岛，再乘船于17日晚从海路上岛。
岛上的日军残部藏身在坑道和山洞里，不时出来袭扰，直到27日由于坑道里的弹药堆积处发生大爆炸，部分坑道被炸塌，残余的日军才被迫出来投降。
此次作战，虽然是在地形极其不利的地点实施的，但是由于出其不意，攻其不备，作战一举奏效。日军阵亡4500人，被俘1500人。美军阵亡197人，伤1022人，其中跳伞时伤亡279人，占总伤亡人数的23％，占跳伞总人数的14％。
3月2日，麦克阿瑟乘坐鱼雷艇亲自到达哥黎希律岛，嘉奖并检阅了参战部队。三年前他就是从这里乘坐鱼雷艇离开菲律宾的，现在终于又回来了，他站在美军过去的兵营旗杆前，命令第34团团长升起军旗，并再也不要被敌人拉下来！
日军在马尼拉东南的洛斯巴诺斯镇有一个战俘营，关押着约2000多美军战俘，为防止日军杀害或转移这批战俘，美军决定由第11空降师组织一次突击行动，解救战俘。当时战俘营距美军战线约80公里，根据空中侦察和战俘营逃出人员提供的情报，美军确定采取空降突击和地面袭击相结合的方法。首先在2
月21日以30名美军和80名菲律宾游击队员组成的侦察分队，渗透过战线潜伏在战俘营附近的沼泽，22日夜间侦察分队以一个班在湖边设置标志，为从湖上登陆的部队标示登陆地点，其余人员在战俘营附近集结待命。23日凌晨一个伞兵连冒着日军炮火在马尼拉尼古尔斯机场登机，于七时许分乘9架C—47运输机在战俘营附近跳伞着陆，迅速与侦察分队会合，突入战俘营，将日军守卫部队尽数消灭。与此同时，美军三个伞兵连乘坐40辆两栖登陆车穿过内湖，在侦察分队设置的信号引导下登陆，将战俘营中2147名战俘护送到湖边，再乘两栖登陆车撤离。正面的美军也同时发动攻击，牵制日军无法抽兵增援战俘营，确保了解救行动的顺利进行。此次战斗美军仅以伤亡7人的微小代价，消灭275名日军守卫，解救出2147名战俘，被美军誉为一次完美的小规模突击行动。
2月25日，美军历经二十天的苦战，终于攻占马尼拉，菲律宾总统奥斯汀纳在马拉加纳宫正式举行了就职仪式。
3月3日，日军在因特拉莫罗斯最后抵抗被粉碎，马尼拉的日军才被基本肃清。在争夺马尼拉的激战中，美军伤亡2。5万，战火中马尼拉市民有近13万人丧生，四分之三的市区成为一片废墟。面对如此巨大的物质人员损失，麦克阿瑟再没有心情来欢庆胜利，取消了原定的胜利游行。
菲律宾日军被美军分割为三部分，山下亲自率领约12万人退入北吕宋山区；约4万人退到了马尼拉以东山区；还有万余人则在克拉克以西的山区坚持作战。日军补给断绝，粮弹俱缺，加上疾病流行，非战斗减员超过了作战中的伤亡，但日军仍拒不投降，负隅顽抗，有部分日军直到日本宣布投降才放下武器，走出山区。
6月初，美军已推进至碧瑶、基安甘一线，日军伤亡惨重，又无援军和补给，被迫向北撤退，企图从海上撤出吕宋岛。被切断日军的海上的退路，美军决定以空降手段夺取吕宋岛北部的阿帕里港。
美军从第11空降师的第511伞兵团抽调了5个伞兵连和1个炮兵连，共986人，代号“吉卜赛特遣部队”，由511团团长伯吉斯上校指挥，计划在阿帕里以南约八公里处的一个简易机场着陆，然后沿五号公路南下，与正面进攻部队会合，夺取阿帕里港。
6月23日早晨六时，“吉卜赛特遣部队”在马尼拉的利帕机场登机，由第317和433运输机大队的68架运输机和滑翔机运送，于九时许到达预定着陆地上空，先期潜入的美军引导分队在菲律宾游击队配合下设置了空降引导信号，伞兵随即在200米至300米高度跳伞，携带19辆卡车和6辆吉普车以及补给物资的滑翔机也很快着陆，由于空降时风速很大，高达每秒11米，使伞兵在着陆过程中有69人受伤。伞兵着陆后迅速集合，随即按计划向南攻击前进，日军已经撤往山区，伞兵进行了三天搜寻都没有发现，最后与正面进攻部队会师。这是美军在第二次世界大战中最后一次空降作战，也是唯一一次没有发生战斗的空降作战。
（七）
麦克阿瑟见到日军在马尼拉的血腥暴行，违背了参谋长联席会议将解放菲律宾边远岛屿交由菲律宾游击队的决定，决心投入他的主力解放菲律宾各岛屿。因此在吕宋岛作战基本结束时，又发动了对巴拉望岛的登陆。
1945年2月，美军第8集团军接到麦克阿瑟尽快攻占巴拉望岛的指示，由汉尼准将指挥第41步兵师的186团5700人和2300人的工程兵部队，在第7舰队的支援下，于2月28日在巴拉望岛中部的普林赛萨登陆，日军未加抵抗就退入山区。
3月2日，美军向纵深推进，直到山区才遇到了日军抵抗，美军很快克服了日军的抵抗，占领了该岛。
3月9日，186团又在杜马兰岛登陆。4月6日在布桑加岛和龟良岛登陆。4月16日在巴拉巴克岛登陆。4月22日占领了布格苏克岛。至此美军占领了巴拉望岛及其周围岛屿，工程兵部队迅速将该地区的机场扩建为可容纳170架飞机的大型机场，以便为进攻菲律宾南部提供空中支援。
美军第8集团军3月10日在棉兰老岛的三宝颜登陆。从3月中旬开始，第8集团军相继在班乃岛、内格罗斯岛、宿务岛、保和岛、巴西兰岛、塔威塔威群岛、和乐岛以及菲律宾中、南部的一些小岛登陆，至4月底累计实施40次登陆作战，只是规模都比较小。
当美军发动菲律宾战役时，澳大利亚部队在新不列颠岛和新几内亚岛负责肃清日军残部，为此引起了澳大利亚的极大不满，并向美国提出了抗议，因此在罗斯福总统干预下，麦克阿瑟将攻占婆罗洲的任务交给了澳大利亚第1集团军。
4月30 日，澳大利亚部队在美军第7舰队的支援下，先在婆罗洲预定登陆地点附近的无名小岛登陆，以取得立足点和跳板。
5月1日，澳大利亚第7师在打拉根登陆，经过激战攻占了该岛的机场，但对于支援婆罗洲的作战已经毫无意义，因为机场已被美军的猛烈轰炸彻底破坏。6月10日和7月1日又相继在文莱和巴厘巴板登陆，很快夺取了婆罗洲的油田。
至此，菲律宾战役宣告结束，在战役中，日军伤亡和被俘达45万人；损失军舰68艘，其中航母4艘、战列舰3艘、重巡洋舰6艘、轻巡洋舰4艘、驱逐舰13艘；损失运输船42艘，约17万吨；飞机7000余架，其中“神风特攻队”的自杀飞机700架。
美军伤亡6。2万人，损失军舰17艘，其中航母1艘、护航航母3艘、驱逐舰9艘、护卫舰1艘、坦克登陆舰2艘和扫雷舰1艘；损失运输船6艘，约6万吨，飞机900余架。另有数十艘舰船被击伤。
此次战役，日本的陆海空三军都遭受了巨大损失，尤其是海军更是损失惨重，几乎丧失了远洋作战的能力，而且日本的生命线即本土与东南亚资源丰富地区的