他首先处理与日本的关系。1403年，他恢复了商船监督机构，并修建了接待从海路来自日本使节的寓所。另外，还设立了一种机构向来中国的日本商船发放贸易许可证件。这样，海盗便难以混入，而真正的日本商人和中国商人则可以自由地经商。
在安南，永乐皇帝面临着一个严重困难。1400年，当他正忙于篡夺王位时，安南的形势发展到了一个危急关头。河内落入昌帕之手，安南的王朝被消灭。南中国海掌握在昌帕人和反叛的安南海盗手中。中国官办的和民间的商船航运受到严重干扰。1406年，永乐皇帝决定通过陆地边境派出部队，以平息这两国的战争，然后将安南建为中国的一个省。1406年，中国的军队夺取了河内，但不久就被困在安南的一些城市中，等待援兵和补给。不久以后，将近9万中国军队进驻安南，试图通过一项使其中国化的计划来控制农村广大地区。
在解决安南动乱的同时，亚洲内陆又出现了问题。中亚传来了穆斯林征服中亚的消息，但遥远的距离和西部地区恶劣的自然条件使得永乐皇帝不可能派遣大量军队去与帖木尔对抗。审慎从事对永乐皇帝来说是有益的。于是，1402年他选派了一个小型调查使团前去拜见帖木尔，了解穆斯林首领为什么从1395年以来没有向朝廷进贡。为表示明朝政府愿与远方的中亚地区保持政治平等，他批准了在北京建造一座穆斯林的清真寺。这样做可使交战的穆斯林国家保持联接中国西部与帖木尔帝国的城市的丝绸之路畅通。
出于丝绸之路不常使用，富有阶层的人、朝廷和商人则主要靠南面的海上贸易来进口宝石、香木、香料和珍贵物品。为确保中国商人海上贸易的安全，永乐皇帝很有必要建立一支海军，以使一些濒海国家确信中国在世界上至高无上的地位。他制定出宏伟的计划，要使用海上力量来维护中国对边境上的一些沿海小国的宗主地位。由于明朝的第一次远航将遍及到亚丁、麦加、佐法尔和霍尔木兹等穆斯林国家，永乐皇帝可能认为这些远航对于消除那个地区的帖木尔的影响也是有利的。
明朝的舰船与远航
1403年是重要决策的一年。这一年，永乐皇帝命令福建的所有中国造船厂承担大规模的造船任务。在此后的16年当中，这些船厂建造了2000多艘大型的远洋船只。
中国人建造的最大的船只叫做宝船。明代宝船的规模引起许多学者们的争论。据明史记载，宝船有440英尺长，180英尺宽（这种5：2的长宽比是不可能的）。明史记载的宝船外形有所夸大，因为这么宽的船只即使在中浪的海情条件下也不易操纵。承认这些数据实际上贬低了中国当时造船技师的声誉，中国的造船技师当时肯定会认识到建造这样的船是不可能的。除非研究证明情况并非如此，笔者认为，当时最大的船只外形同史料中记载的三种大型帆船非常相似。这种船只（即江苏和北直隶的商船和福州的单桅帆船）都是按6．4：1的长宽比建造的，这很接近现代舰船的长宽比（9：1）。上述的前一种船大约170英尺长，有5个桅杆，后两类船有180英尺长，28英尺宽。福建的造船厂首先承担了137艘船只的建造合同，因为这些船厂可能有了建造单桅帆船的技术。
学者经常用来证明明代宝船较大尺度的依据是船数与所载人数对比表，以下是每次远航的最高估计资料：
船 数
人 数
已知型号的船数
第一次远航（1405－1407年） 317 27870 62艘宝船
第二次远航（1407－1409年） 249 ？ ？
第三次远航（1409－1411年） 48 30000 ？
第四次远航（1413－1415年） 63 28560 ？
第五次远航（？） ？ ？ ？
第六次远航（1421－1422年） 41 ？ ？
第七次远航（1431－1433年） 100 27560 ？
从这些估计数字看，只有第一次远航的数据似乎可信，因为如果承认了搭载的总人数，那么每艘船上的平均人数是合理的。按现代大型帆船的装载量计算，设想十五世纪时的180英尺长的宝船至少能载200人，不是没有道理的。所以，约半数的远航人员可搭乘62艘180英尺长的宝船，而其他人则乘坐余下的255艘其他船只，这些船平均为100英尺长。
航海与船上惯例
毫无疑问，当时中国人已具备了远航的必要技术知识。船厂建造带水密隔舱的船只已有数百年之久，而且从宋代起就开始运用指南针。指南针的发明在十一世纪的史料中就有所记载。
典型的中国航海船只编制约有50人，其中30人是水手。每日船上分10班值更，每班2小时40分钟。当时采取的是焚香计时的方法。中国的航海家们懂得如何掌握船位，能准确驶达目的地。航海长及其助手使用并保存海图，这些海图被珍贵地保存着，并一代一代地相传下去。被称为“水镜”的一些明代海图一直延用到十八世纪。
船员测定航速的方法是将一木片掷到海上，船员向船走，同时与浮在海上的木片保持着平行。在一般情况下，如木片在51秒钟里漂过150英尺的船的全长，那么航速估计为两节。中国船队远航中所记载的最快的一段航程是从印度的卡利卡特至苏门答腊的北部沿海，全长约1500海里。中国人以大约4．4节持续的航速用了两周时间行完全程。这样的航海能力主要是中国人发展预测风向风力科学的结果。到了明朝，中国的航海家已积累了丰富的季节和气象方面的知识，他们能够准确地测定风向。掌握了这些知识，他们就能熟练地驶帆，利用各种风向。中国的航海家们还经常地测量海水深度，海的底质，避开不熟悉的海岸航行。
郑和
除了督促建造航海船只之外，明朝永乐皇帝还选用一些高级官员亲自率领船队远航。皇帝挑选了一名穆斯林宦官郑和任总指挥。郑和自1382年起就开始从军。郑和幼年时在蒙古人最后溃败中在云南被俘。按照惯例，他被俘后被阉，后成为明军中的一名军官。在1403年永乐皇帝篡位中他表现突出。由于他效忠永乐皇帝，郑和于33岁时被封为大宦官，任内官监太监。他的军事才能以及他的有关突厥语言和伊斯兰教的知识使他成为明朝船队高级统帅的理想人选。他被封为“三宝太监”。
郑和远航时身边还跟随了一些中国穆斯林人，其中一名叫马欢，此人来自杭州湾地区。马欢熟悉海上情况，并懂得阿拉伯语和波斯语。他的主要贡献是介绍了他随郑和的三次航行。
从马欢的记载中我们知道郑和行动的一般过程。他首先在春末将船队集中在现在的上海附近，在那里进行一番训导和宗教仪式。然后船队进行4至8周悠闲的试航，驶抵福建闽江口的锚地。在夏末秋初船队在那里再度进行紧张的训练。最终，他们在12月或次年1月有利的季风季节出航。
海上航线
明朝船队所采用的航线已经沿用了数个世纪，实际上从宋朝起就已形成两大航线：即东航线和西航线。每条航线又分为主航线与分航线。例如东部主航线通往爪哇和南婆罗洲，东部分航线通往北婆罗洲和菲律宾。西部分航线通往苏门答腊岛各港口和马来半岛，西部主航线则通过马六甲海峡进入印度洋。
郑和的船队在经过紧张的训练之后，经台湾海峡直接进入南中国海。船队进入南中国海后在海南岛和西沙群岛停靠。然后，船队从西沙向西航行，驶往昌帕的归仁港锚地。从福建驶往昌帕约需10天的时间。船队驶抵昌帕后进行休整补给。随后，船队由归仁继续向南驶往婆罗洲西岸，沿途在南海南部诸岛停靠。
船队在绕过婆罗洲后进入爪哇海，前往爪哇岛的苏腊巴亚。在苏腊巴亚港，中国船员再度休整数月，一直到7月前后海上风向有利时为止。然后，船队经巴邻旁穿越马六甲海峡向西驶往斯里兰卡，再由斯里兰卡前往印度沿海的卡利卡特。在卡利卡特，明朝的船队分成若干个小船队。有的前往现在的孟加拉的吉大港，有的前往霍尔木兹、亚丁和吉达，还有的船则去访问红海口附近的非洲沿海港口。到达霍尔木兹的时间通常是头一年的1月，3月返回马六甲。他们在马六甲只作短暂的停留，然后于第二年的7月返抵长江。
远航中的重要活动
郑和第一次远航开始于1405年，共有317艘船只，27000多人参加。郑和的家谱对此规模宏大的远航有所记载：
这次远航的人员有钦差正使太监7员，副使监丞10员，少监10员，内监53员，都指挥2员，指挥93员，户部郎中1员，鸿胪寺序班2员，阴阳官l员，阴阳生4员，医官、医士128员，旗校、勇士、军力、余丁、民梢、买办、书手共26803名，总计27000人。
这支大型的武装船队在1407年从印度洋返航途中发挥了重要的作用。当时，中国船只停泊在邦加海峡，船员在巴邻旁上了岸。他们发现那里住着许多富有的中国侨民，其中有一名中国广东的移民陈祖义。他是一个海匪头子，专门抢劫外国商船。郑和到达这里后，另一个住在巴邻旁的广东人揭发了陈祖义的海盗行径。经过一系列海上和陆上战斗，郑和消灭了5000名海匪，活捉了陈祖义。郑和将陈押回中国处决了。后来，皇帝封此事的揭发者为巴邻旁领地的总督。
在第四次远航的过程中，郑和再次在苏门答腊北部使用了武力。当地部落首领为夺取王位而互相厮杀。郑和代表前几年向明朝进贡的国王进行调解。他打败了数千人的部队，然后公开处置了他们的首领。马欢记载道，“国王的儿子对此非常感激，以后一直向明朝朝廷进贡。”
在马来半岛，郑和在建立中国对马六甲港的宗主地位上起到了重要的作用。1409年，郑和向当地的穆斯林首领加封了藩国的地位。这个首领那时已是泰国的一个陪臣，后来率其家属一同来南京进贡。郑和还用了许多时间去加强马六甲海峡的安全，在当时中国人就已认识到马六甲海峡是沟通亚洲与印度洋贸易的中间枢纽。
1411�