中国不设海军大臣。每当海上发生危机，朝廷一般指派高级官员代表皇帝，前往处置。他们的名称因朝代而异，但通常都授予象征全权的官印。一旦危机消除，皇帝收回官印，地方行政当局重新接管处理海军事务的权力。
在允许进行海外贸易的朝代，海事监督部门负有某些海防责任。例如，十七世纪的厦门海事监督统管当地海事官员。这些官员专门检查商船的货单，并为它们进出港办理结关手续。在海军舰队不起作用的时期，海事监督负责武装普通的商船，以执行海军使命。此外，在战时他们还担负港口防御任务，并配合地方绅士与政府官员监督铁索、木栅的设置。
沿海地区的海上防御通常由所在地的省或地方行政当局负责，因为江河港湾的防御被认为是当地陆、海军的职责。人们认为，主要的沿江城市和海港都有足够的军事力量击退来自海上的入侵，因此很少调用外省的步兵或水军。
一般地区军事长官（通常是省一级的）负责所辖地区内的军队事务。在沿海地区，军事长官负责渔民、船民的注册，对本地的海上武装力量进行战备训练。他还负责镇压暴乱，派遣辖区海上武装力量支援其他地区。
以下所节录的十九世纪西方报道为我们提供了当时地方军事长官和海军的职责的有关情况：
中国海军负责保护沿海岛屿不受海盗水寇侵扰、防止岛上或大陆居民大量外逃。根据海军提供的情况，地方军事长官作出有关岛屿人口增长的年度报告，上奏皇帝。出于制止走私、海盗和其他犯罪活动的需要，地方军事长官还对各类商船的定员、武器、以及它们的油漆索具等订立出严格的规定，所有规定的细则都印在注册证件和航海证上。西方人在澳门的船只不到25艘，这些船都要由当地的军事长官登记。在一些军事驻地，陆、海军对遇险商船负有救援义务。此外，军事长官还要对外国商船在中国领海内遭受海盗危害负责。
如上所述，既然海军事务概由皇帝直接处理，那么皇帝所做的一切都是正确的。实际上，朝廷往往鼓励负责海军的官员对海军事务提出建议，然后皇帝通过其大臣有选择地采纳。但遇到软弱的政府，皇帝常常不经大臣磋商，便批准某些个人提出的建议。
从上文可以看出，中国封建时代的海军有两类：一类是由特别指令的将领统帅的、执行特殊使命的海军，另一类是由省级官员管辖的海军。
海军体制演变
公元1000年以前，中国的海军实际上是内河防御部队。水兵都是征募来的，每年必须在内河战船上服一段时间的兵役，其时间与收割、漕运季节基本一致。和陆上步兵一样，水兵的给养必须自理。作为报酬，他们可以得到某些特权，如分给土地、免除赋税和徭役等。这一阶段的海军不是常设性的，在一般情况下不能适应大规模作战的需要。
在宋代，由于蒙古骑兵从北向南步步进逼，江河作战发展到沿海地区。随着适于近海作战的新型战船的出现，老式的内河防御系统也应用到了海上。但政府发现要保证较适合农业地区特点的防御系统越来越困难。朝廷认为有必要建立一支由东南沿海渔民、海盗和海盐走私者组成的雇佣海军。这支海军尽管英勇善战。但是仍得不到朝廷官员的信任，因为这些官员多数是北方人。尽管如此，由于蒙古人的威胁，到1262年海军迅速发展到53000人。它的主要任务是确保漕运安全和在长江等内河巡逻。
蒙古人征服中国后，原来向雇佣海军发展的趋势发生了逆转。政府按传统的宗族军事制度招募海军和陆军，在传统的军事制度中，军队成员既有义务制的，又有世袭制的。在沿海地区，海军部队隶属于各级陆军将领指挥。这些将领大多数是蒙古人、色目人和汉人，他们同前宋时期的水师军官一样，在土地和赋税方面享有特权。船上和陆上的士兵都是些南方人，他们没有土地，几乎不享受任何特权。而在远征东亚和东南亚诸国的蒙古远洋船队中，主要成员是来自南宋的雇佣海军。
明朝基本上沿袭了元朝的军事制度。军队分为两大系统，一个是军队管理系统，拥有世袭军官军衔；另一个是指挥系统，有非世袭的军衔。按前一系统，父亲可以将军衔官职传给儿子。但是，即便是父亲超越了世袭的衔位而得到了晋升，儿子还须从父亲原先的级别开始。
清朝海军的职位有世袭的和非世袭的两种，海军部队有按种族区分和按地区区分两种。例如，清朝有两支军队，一支是八旗兵，另一支是绿营兵。八旗兵是由满清信任的满洲人、蒙古人、色目人和汉人组成，分别驻在全国的各战略要地，守卫着重要的城市、运河和道路。绿营兵则全由汉人组成，担负着各省的治安任务。两支军队都配有水师，官兵全为汉人，因此，海军属于绿营兵。沿海各省都有自己的水师，军官基本上是招募来的南方人。满洲人和蒙古人一样，不信任南方的汉人，不愿授予他们世袭的职位，而是通过薪俸保持他们对朝廷的忠诚。
八旗兵中的水师主要分布在6个省，即3个满洲人的省份：黑龙江、吉林和奉天，3个沿海省份：浙江、福建和广东。3个沿海省份中的汉人将领才有世袭地位。然而，八旗兵的水师主要是象征性的，没有多少水兵。
海军的分类
中国海军在其发展过程中形成了各种不同任务和不同军官等级的部队。其中最常见的是水手军、镇戍军、勇营、团练和勇。
水手军
水手军通常是指隶属于某个将领的陆军部队或海军部队，该将领自己拥有指挥权或代表皇帝行使指挥权。水手军的最好的例子莫过于郑和及其船队。郑和率领船队远航印度洋，途中经过不少国家，后来这些国家都臣服中国，向中国进贡。在元朝和明初，皇帝命令海军主力军担负远洋航行使命。
此外，也有受命于皇帝，负责指挥海军作战的文官担任水手军指挥官的特殊例子。例如，鸦片战争前皇帝任命一位有经验的行政官员林则徐统帅广东省的水师，查禁鸦片走私。
水手军中最重要的力量是内河水师，其中又以驻守长江的长江水师居首。在中国历史上，几乎没有一个朝代不在长江设防，这说明了封建君王非常重视对长江这一交通命脉的控制。
镇戍军
镇戍军是加强、补充海军主力军的地方海军兵力。这种地区性的沿海防御兵力最早产生于南宋，并在元朝有所发展。实际上元朝政府建立了一种以驻守沿海战略要地的守备部队为主的沿海防御系统。各沿海守备部队既配有沿海防御的战船，又配有远洋战船。
明朝的沿海防御是在元朝的基础上发展而来的，但明朝又建立了一些复杂的官僚机构。明朝防御体制的一个主要部分是“卫”。每个“卫”有5600名官兵，驻守在沿海大、中型海港附近。“卫”下分“所”，“所”又进而分为“千户所”（1500人），每个“千户所”又分为“百户所”（120人）。每一个这样的小型军事单位据守一个沿海要塞或一个小型海军基地。从理论上讲，每个“卫”都拥有50艘战船，可向海盗发动大规模进攻。每个“所”有2艘战船，可用于侦察和监视。在明初，沿海6省大约有54个“卫”，127个“千户所”，1270个“百户所”。这些海军部队满编时，共有5000多艘战船。仅浙江一省，和沿海防御有关的人员就有9万人左右。
到清朝中期，沿海防御兵力隶属于八旗兵和绿营兵。八旗兵和绿营兵均有远洋作战的兵力，但由于强调沿海防御，这些兵力都分散部署在沿海各个防区。指挥关系也毫不明确。例如，省与省交界处的海军指挥官可以接受各省旗兵将领的命令。更为复杂的是，他们同时还隶属于当地绿营兵中的沿海部队的汉人高级将领。
镇戍军的士兵还担负非军事性任务。例如，在明朝，70％的镇戍军驻扎在农业区，主要从事农业生产，还有一些人员负责建造和维修海军战船。十九世纪初，有些部队专门修堤筑坝，防止潮水的侵蚀。
勇营
每当****和地方部队不能发挥作用时，皇帝将指派一位文官或武官去组织临时性的部队——勇营，全面负责处理军事事务。危机消除后，他的使命结束，勇营也就解散。
勇营有不少优点。既然它不是正规军，便得不到****政府提供的资金，因此它与指挥系统联系不太紧密。这就便于它制订计划，加强情报工作，注意在作战中发挥机动性。指挥官还强调训练和纪律。军官们应该忠诚，并要维护加强部队的团结。
勇营也有其不足之处，经费就是一个问题。经费的筹集取决于指挥宫的地位和威望。经费来源通常是省一级的税收，比如对商人征收的运输税和销售税。
勇营的一个重要缺陷是地方主义，这是由招募工作和官兵之间私人关系所造成的。结果在勇营中往往形成一种地方既得利益，从而给军官的调动带来因难，并且滋长了各部之间的矛盾。
勇营也负有海上作战的任务，明朝将领戚继光领导的抗倭斗争就是一个明显的例子。戚继光出身于山东的一个军人世家，1555年，他被派往浙江抗击倭寇。由于他战绩卓著，很快被调到福建，那里倭寇活动猖獗，沿海一切活动完全瘫痪。
戚继光后来建立了勇营沿海防御部队，这些部队的组织和做法都在后来的几个世纪中被人们仿效。他第一步是把福建沿海地区分为北、中、南三个部分。每一部分都驻有两支部队，每支部队有32艘战船和3000步兵的岸防兵力。后来他又组织了两支由32艘战船组成的机动编队，分别驻在北部与中部、中部与南部的两个交界处，以支援驻防的舰队。此外，戚继光还组织了一支3000步兵的陆上机动部队，以支援其他陆上部队。他还在连江部署了一支常备部队，以保卫省会。
团练和勇
中国武装体制中的第四种力量是民兵组织。民兵组织有两种，一种叫团练，另一种叫勇。团练的历史可以�