国民大会之上，另设一“总制国民大会”，由双方各派出十五名咨议员，负责协调和联络，并为以后可能的调整做准备，其另一个主要职责是共同制订联邦的法律，根据两个地区的不同制度，制订出能让双方满意并遵守的《大宪法》。
联合立宪大会结束之后，林清华在十几年前就开始的新政基础上，对大中原地区的行政、军事、经济制度进行了大刀阔斧的改革。总结起来有七大方面：
第一个方面，他改变了大中原地区的大部分行政机构的名字。“朝廷”变更为“政府”，各“布政司”正式更改为“行省”，“行省”以下设立“县府”。各部称呼也改变了，如兵部被称为“国防部”，户部改称“财政部”，而且主管教育的机构从财政部分离出去，单独成立“教育部”。官员的称呼也改变了，各省主官为“省长”，县长官为“县长”。
第二个方面，将大中原地区的行政区划进行了修改。按照他的安排，大中原地区的行政区划分为两种，一种为行省，而另一种则为边疆区。
行省主要位于内地，这里的各省设立咨议院，咨议院的咨议员由各县县长按照商贾工匠儒生四成，锄社两成，政府雇员一成，教派一成的名额提名，此外，军队的两成名额则由军队单独提名，常设国民大会的咨议员职业配额也是如此。这些候选人提名送到省府，由省咨议院进行第一遍筛选，待将筛选落下的名额补齐，再送到常设国民大会进行最后的筛选，最终确定咨议员人选。咨议员必须年满二十周岁，而且必须认识汉字，其自行向县长提出候选申请，若县长将其资格否决，则县长必须指出否决原因，而被否决人若不服，则可以拿着县长的否决缘由，向省咨议院申诉，由咨议院决定其是否有被提名资格。
由于最开始时，无论是省咨议院还是常设国民大会，其成员都没有选出，因此，第一届常设国民大会和第一届省咨议院的咨议员们全部是由林清华和他身边的亲信从数万名候选人中抽签选定的，当第一届常设国民大会和第一届各省咨议院的咨议员被选定之后，往后各届的咨议员则按照程序由咨议院和常设国民大会自行选举，而且每五年改选其中一半。
具体选举程序并不复杂，当候选人的资格认定结束，名单最终确定之后，将通过抽签的方式决定最终的人选，而负责抽签的人为三人，一为地方检察院的检察官，一为省高等法院的法官，而另一人则为上届常设国民大会或咨议院的议长，而且上一届常设国民大会或咨议院的全体成员将在一旁监督。抽签分组进行，分别按照各职业预定配额抽取，当军队的人员名单送来后，则咨议员的最终人选即可确定。
每隔五年的改选程序也同样采用抽签的方法进行，所有的成员全部参加抽签，而省高等法院将派人现场监督。签为红绿两签，抽到红签的人自动解除咨议员身份，而空缺出来的名额则按照职业比例在三个月内补齐，而在这期间，原咨议员暂时以代理身份履行职责。
常设国民大会的咨议员人数与咨议院的咨议员人数相同，均为两百人。常设国民大会负责制订全国性法律，而省咨议院则负责制订地方法令，这两者所制订的法律和法令必须通过三分之二咨议员的认可方可施行。
常设国民大会的咨议员与省咨议院的咨议员一样，都有固定生活补助，虽然不高，不过却能保证出身贫寒者能够在省府驻地正常生活。
与行省一样，边疆区的咨议院也是如此组建，但在某些方面，边疆区却另有一套自己的办法。
在行省中，省长与县长都是由通过科举产生的人才担任，具体由常设国民大会任命，但其若想上任，则必须得到省咨议院至少半数赞同票的支持，一旦其被咨议院允许上任，则连续任期为八年，在这八年中，每隔两年，省咨议院就对其任内政绩、廉洁等进行考核，若不合格，则咨议院可由议长主持，进行弹劾，当弹劾票达到一半时，即可罢免。
省、县官员被罢免后，若其本人不服，则可向常设国民大会直接提出复查申请，由常设国民大会派出调查组赴当地进行调查核实，若确有不妥，则由常设国民大会的代表主持，再次进行弹劾，若此次再被弹劾，则官员自动离任，但其若无违法行为，则其政府官员身份可以保留，并可继续等候上级政府新的任命。
若省、县主官能够连续任满八年任期，则由各省咨议院写出书面报告，将其政绩上报常设国民大会，再由常设国民大会决定是否将其提升，或者继续留任原职。省长、县长都只管理民政事务，而无其他管理权，即无权管理法律事务，也无权管理军事事务。
与行胜”，而是“总督”。总督的任命不需要边疆区咨议院的同意和表决，只要被任命，则直接上任，不过，有权任命总督的只有东帅一个人，除非遇到紧急情况，否则常设国民大会不能越级任命总督。边疆区的咨议院规模稍大，人数为三百人，其中一百人的名额是专门为当地土著预留的，这些人可以不认识汉字，但必须承认总督的权威。边疆区其它的行政事物与内地行省一致，县长也是由同样的选举程序产生。
总督的权限很大，除了管民政之外，还能够管当地驻军，实际上，总督就是当地的最高司令，他的军事命令在边疆区是最高命令，除非东帅、国防部或者是总参谋部下达了更高等级的命令，否则，边疆区总督的话就是当地军队唯一执行的命令。
总督唯一不能管的事情就是边疆区的法律。与其他行省一样，这里的法官也是独立的，其由常设国民大会从科举人才中选拔任命，并仅向常设国民大会负责。每个省仅设一个高等法院，而在每个县则各设一个地方法院，地方法院的案子可直接上诉至省高等法院，若仍对高等法院的审判结果不服，则原被告双方可继续上诉至国家的最高法院系统————终审法院，终审法院的判决为最终判决，但若原被告依然不服，则可继续向常设国民大会提出复核申请。
县级地方法院的审判由两名法官做出，只有两人意见一致的情况下，才能做出判决，而且在审判时，原被告双方的亲属朋友或者乡邻必须旁听，而且报社记者若想采访，任何法官都不得拒绝，除非是原被告双方的所有直系亲属同时拒绝。
省级高等法院的审判由三名法官做出，也只有在三人意见完全一致的情况下，才能做出判决。具体审判细节也与地方法院一致，而且作为必要的措施，高等法院每一个案子的审判，都必须要有至少三名省咨议院的咨议员旁听，而咨议院的任何一位咨议员都不能无故拒绝法院的旁听邀请。
终审法院的审判法官由十八名流动法院的法官共同组成，其人选由常设国民大会的议长和副议长共同选定，每届任期仅为一年，一年之后，更换其中一半。只有其中的至少十五名法官同意，判决才能下达。终审法院的数量未定，具体可根据上一年的案发率和结案率确定，可以只有一个终审法院，但也可以在某一年同时设立数十个终审法院。
流动法院是个特殊的法院系统，其职责不是审判案件，而是巡查全国各地的地方法院和高等法院，审查其审判的案子，并主动清查可能的冤案，一旦发现可能的冤案，即向上一级法院提起重审，其案自动进入重审程序。
所有的死刑判决都必须得到终审法院的审核和认定，否则不能执行。
作为法律的重要一环，负责提起刑事诉讼的检察官是必不可少的，但是，检察院与法院不一样的是，检察官不由常设国民大会任命，也不向其负责，检察院直接隶属于由刑部改来的司法部，仅向司法部负责，其检察官的任命由司法部单独从各法律、医学毕业生中遴选，也必须通过专门的考试，而且检察院不仅仅只在各省设立，在南京还设立一个总检察院，负责监督地方检察院。
作为法律的不可或缺的补充，律师也是必要的，在具体的辩护中，律师可以是专门的职业律师，也可以是被告的亲属或者朋友，但在今后的司法实践中，职业律师将最终取代平民辩护人的位置。
各级法院的法官与检察院的检察官一样，任期都是终身，除非其任职期间发生了渎职、违法行为，否则，其可以一直干到六十岁退休，而且其待遇是所有政府官员中最优厚的。
第三个重要革新是在军事体制上。根据林清华多年前的安排，国防部的前身兵部早就开始了军制的改革，除了在各部队中正式确立参谋制度之外，还在国防部中设立总参谋部，直接隶属于国防部，但又不完全听命于国防部，其可以由东帅与国防部共同领导，但两方的命令发生冲突时，则仅执行东帅命令。
总参谋部具体负责军事行动的策划、制订和实施，其在战争中具有相当大的独立性，可以将国防部的错误命令直接发回国防部，并指出错误，同时抄送一份至东帅处。
军队的驻扎、调动方式也发生了变化，在各行省中，固定的“军”被取消，部队的最大常设单位为“师”，而且其直接受到国防部的指挥，没有东帅和国防部的共同命令，总参谋部无法调动陆军和海军部队，其唯一能独自调动的只有两栖部队，而东帅则有超越国防部的权利，可以任意调动任何一支部队。
当得到国防部或者是东帅的命令后，总参谋部才可以调动部队，并且根据行动的性质，将零散的师整编到一起，或者编为军，或者直接编为集团军，任命军长、司令，指定参谋组成参谋部，并向目标地域开进。在这种时候，原来由国防部指挥的后勤部门则直接由总参谋部领导，并向其负责，提供一切后勤支援。
而边疆区的军事体制则与行省不一样，由于这里靠近国境线，不能有丝毫的松懈，因此，这里的军事