（一）病因学由博返约
自唐代至北宋数百年间的医书，论述病因基本上都沿袭《诸病源候论》之说。南宋时期的医家陈无择另辟路径，他对历代所积累起来的丰富的病因学内容进行高度概括，使病因学理论获得了由博返约的发展，打破了数百年来病因学停滞不前的局面，他强调：
“然六淫，天之常气，冒之则先自经络流入，内合于脏腑，为外所因。七情，人之常性，动之则先自脏腑郁发，外形于肢体，为内所因。其如饮食饥饱、叫呼伤气、尽神度量、疲极筋力、阴阳违递，乃至虎狼毒虫、金疮踒折、疰忤附著、畏压溺等，有背常理，为外因。”
在这里，陈无择按照病因的来源、致病过程等将所有病因归纳为三大类：外因，指气候因素，即六淫，也包括疫疠之气；内因，指情志因素，即七情；不内外因，指内因和外因之外的所有因素，包括不适当的饮食、劳累、房事、外伤、事故等等。这种归纳概括了各类病因的性质，对于病因学理论有提纲挈领的作用，成为后世医学进行病因分类的依据。
（二）诊断学上的创新
脉诊在宋代有重要进步，产生了几部脉学或以脉学为主的诊断学专著，如崔嘉彦的《脉诀》、刘开的《脉诀》和施发的《察病指南》等，这些著作为普及和发展脉学发挥了积极作用。
南宋医家崔嘉彦所撰《脉诀》（又称《崔氏脉诀》、《崔真人脉决》、《紫虚脉诀》）是一部以四言歌诀形式写成的普及性脉学专著。它以通俗简捷的文笔阐述了脉诊的基本原理和方法，如寸口诊脉的生理学基础，寸口分部及其常脉，寸口各部之脉所主脏腑和躯体部位，迟、数、浮、沉四种基本脉象的标准，五脏常脉。“七表八里九道”脉的脉象，脉病互参之理，各种病证的脉象和各种脉象的主病以及脉应四时之理等等。尽管这部书在脉学理论和方法上没有多大突破，但却比较成功地将复杂深奥的脉学知识以简明晓畅的形式进行了概括和表述，便于初学者习诵和掌握，易于推广，以至成为后世学习和传授脉法的重要蓝本，反复为其它脉学著作所借鉴。
南宋另一位医学家，崔嘉彦的弟子刘开（字三点，号复真子）所著的《脉诀》（又称《复真子刘先生脉法》、《刘三点脉诀》撰于1241年，也是一部普及性的脉学专著，刘开并非照搬崔氏而别有新意。
刘氏是以浮、沉、迟、数为基本脉象，以风、气、冷、热分别为这四种基本脉象所主的基本病证。又根据脉之有力和无力区分病证的虚实；根据寸、关、尺三部与上、中、下三焦的配属关系。以三部脉象诊察三角病证，再按左右手各部脉与五脏六腑的配属关系，诊察五脏六腑之病证。从而大大简化了脉学的内容，抓住了脉学的纲领；其所提出的脉象主病的关系在脉学理论上也有一定的创新，对脉学诊断作出了贡献。
南宋施发的《察病指南》是一部以脉学内容为主的诊断学专著，其贡献在于他首次创造性地绘制了脉象图。在施氏《察病指南》的“卷中”将历代脉学文献中提到的三十三种脉象依其指下感觉一一描绘成图，该图依次是：“七表”——浮、芤、滑、实、弦、紧、洪；“八里”——微、沉、缓、涩、迟、伏、濡、弱；“九道”——长、促、短、虚、结、牢、动、细、代、数、大（实为十一种）：“七死脉”——弹石、解索、雀啄、屋漏、虾游、鱼翔、釜沸。
图中圆圈表示脉的搏动区间或诊脉的区域及其切按的深度范围。圆圈内的各种图形是对各种脉象指下感觉的形象描绘，例如肖脉的脉线在圆圈中线以上，表示该脉搏动部位表浅，轻按即得，而沉脉的脉线在圆圈中线以下，表示该脉搏动部位较深，重按才得；芤脉的脉形图象中空的软膏，按之则陷（“如按葱管”）；伏脉深伏不现，故脉象图的圆圈中没有脉线；滑脉的图形为一串小圆圈，表示该脉”如盘走珠”，往来流利……这些形象化的脉象图反映了各种脉象的基本特征，它比单纯文字描述也更加直观，对初学者在临床上体会对鉴别各仲脉象有一定的帮助。施发的脉象图，是一种有意义的尝试，应当肯定其历史价值。
三、《伤寒论》的整理研究
宋代治平二年（1065年）校正医书同刊刻《伤寒论》，并对其作出了很高的评价，熙宁九年（1076年）宋太医局将此书列入医学生的必修课程，这就使《伤寒论》的学术地位空前提高。《伤寒论》其书也大为流行，对《伤寒论》的研究更为深入和普遍，较唐代有了很大进展，有许多著名医家致力于此，涌现出一大批以“伤寒”命题的研究著作。
宋代《伤寒论》研究的特点是注重临床实践中的实际应用，而并不注重原文的注释和真伪的考证及条文的编次顺序；宋代医家对《伤寒论》固然相当推崇，但并末将其视为“不可更动一字”，条文往往是选择录用，方药也经常选用其他著作及本人经验加以补充。医家们在研究中使用的方法也比较丰富，六经分证，以方类证，以法类证，以病类证，以经络释六经，以八纲择六经等等，均为此期伤寒研究著作中的常用方法。此外，这些著作中所反映的对温热病的认识，也很值得注意。
（一）庞安常与《内容总病论》
庞安常曾以善治治伤寒而闻江淮一带。其现存的著作有《伤寒总病论》。书中包括了伤寒与温病两方面的内容，前三卷论述伤寒，卷一为六经分证，卷二以法类证，卷三以病名证。主要例举张仲景《伤寒论》及《金匮要略》条文加以论述，也收入部分非仲景方。庞氏对伤寒病的认识有两个特点，其一是强调人体正气在伤寒发病中的决定性作用。所谓“勇者气行则已，怯者则著而成病”（庞安常《伤寒总病论》卷一，578，四库全书738册，上海古籍出版社，1986）；其二是特别注重地理、气候对用药的影响，主张因时因地制宜。他认为江淮地偏暖处，唯冬春可用桂枝汤，春末至夏至间应在麻黄、桂枝、青龙方中加入黄芩，夏至之后又须加知母、大青、石膏等清热泻火解毒之品同用。
关于时行温病，庞氏将时行分为时行寒疫与天行温病论述：将温病分成伤寒之温病与四时自感之温病。庞氏论温病的重点在于冬温之毒及四时自感乖戾之气而成脏腑阴阳温毒，具有流行性，剧则流行天下，次则一方、一乡或偏着一家，即天行温病。他根据四季五行属性配合脏腑经络，将温毒分成青筋牵、赤咏拂、黄肉随、白气理、黑骨温五大类，虽然这种分类有失牵强，很难与今天所认识的传染病进行联系，后世对此也鲜有发挥。但重要的是，庞氏所言之天行温病从病因、病机、证候分类、治法方药各方面都完全区别于伤寒病，使天行温病具有相当的独立性。人们将庞安时视为早期温病学家，当源于此。
（二）韩祗和与《伤寒微旨论》
韩祗和的《伤寒微旨论》虽旨在广仲景之法，但已从《伤寒论》中脱胎出来，极少引用原文，而是阐述韩氏本人的临证心得，书中断载四十余首方亦均为韩氏本人的经验方，只在“可下”篇中强调了仲景的三个承气汤。
韩氏对伤寒的认识立足于阴阳二字，如伤寒病因病机，他虽然同意伤寒病热之说，但认为其原因是始于阳气内郁结而后方成热病。伤寒病的诊断分类，他尤其重视辨别阴阳虚盛，辨别的标准以诊脉为依据：先察脉之浮沉以别表里，再于沉浮中察寸尺虚盛。他指寸脉为阳，尺脉为阴，关脉为界，如关前寸小，关后尺大为阳虚阴盛，反之则为阳盛阴虚，采取不同的治法方药，其次他非常重视天时气候阴阳消长，并以此来调整自己的处方用药。如春夏二季阳气升发，韩氏于汗法、温法中均参酌药力轻清而立方，并将春夏分成三个阶段，逐步递成药物的温散而增加药物的清解力。
总之韩氏的主张是平衡阴阳，反对滥用温热药物，对原《伤寒论》方进行化裁变通。此外，关于阳黄的治法创用温阳退黄，对后世治黄影响很大。
（三）朱肱与《南阳活人书》
朱肱的代表作是《南阳活人书》，此书集朱氏隐居旨近二十年钻研《伤寒论》的心得，初名《无求子伤寒百问》。朱氏用分析综合的方法类聚伤寒条文，以问答体裁，设问答百题，对伤寒病机，辨证、治法、方药各个方面进行论叙，并采撷《千金要方》、《外台秘要》、《太平圣惠方》等书中的有关方剂进行补充。
在病机方面，朱肱的观点是以经络理论释六经实质。可以认为他是最早具体阐发这一理论者，即以足三阴三阳经络的通行路线及其生理特点来分析解释仲景三阴三阳病证的临床表现及传变转归。如伤寒一二日，认为是足太阳膀胱经受病，以太阳为诸阳之会，寒束阳郁解释发热恶寒，以该经循行路线所经过解释头颈强痛、腰脊强等症。他经均作类似说明。此说对后世影响颇深，在辨证方面，提倡识经络以辨邪之所在，识脉以分表里阴阳虚实，层次分明，比较易于掌握。在治法方面，强调用药不能偏执凉热，主张根据四时气候调整饮食辅助治疗；春宜凉，夏宜寒，秋宜温，冬宜热。他赞同庞安常使用麻黄、桂枝、青龙各方当因时因地治宜的观点，春夏之季在上方中加入清热之品。关于伤寒方药的研究，朱肱采用以方类证的方法，以《伤寒论》方为条目。汇聚有关条文，一方多用时，则汇集一处。
此外，朱氏对温病的认识也颇有见地。除冬伤于寒之温热病外，还提出了中暑与湿温两种病因与伤寒无关的病证。指出中暑外证与热病相似，治宜白虎汤等，若作热病治之，复用温热药，必致发黄斑出。湿温为湿热相搏，治拟白虎加苍术清热化湿，不可发汗，汗出则至变证。
（四）许叔微与伤寒论著三种
许叔微现存伤寒研究著作有三种，即《�