早在1898年，赵三多等人在冠县蒋家庄竖起“扶清灭洋”的旗帜“起义”，不过遭清军镇压而失败。
1899年10月，山东平原县知县蒋楷镇压义和团，当地义和拳首领李长水请求荏平、高唐等地的义和拳首领朱红灯支援，朱红灯在杠子李庄整齐队伍正式竖起了“天下义和拳兴清灭洋”旗帜。
10月11日，知县蒋楷率领勇役数十人前来镇压，被义和拳打败。这次事件后来被称为“平原起义”。后来清廷加派袁世敦等人前来镇压，在森罗殿战斗中击败义和拳。其后清军游击马金叙活捉义和拳首领朱红灯、心诚和尚等人。当时的山东巡抚是毓贤，他仇视外国侵略者，对民众反洋教斗争比较同情。
他罢免了蒋楷、袁世敦等，对义和拳采取剿抚兼施，以抚为主的措施，有说法指出正是毓贤改拳为团，还向朝廷上奏将民教矛盾的责任归结于教会一方。其态度遭到外国敌视，在列强jiāo涉下毓贤被革去职务。但毓贤对义和拳也进行了镇压，在其离职前下令将朱红灯、心诚和尚、于清水等义和团首领杀害。1899年12月，袁世凯代替毓贤署理山东巡抚。
袁世凯接任山东巡抚后，对义和团始终持敌对态度，在其任山东巡抚后严格限制义和团的活动，并从1900年6月开始血腥镇压复起的义和团。在山东遭遇不利情况后，义和团开始向直隶等地转移。清政fǔ严禁义和团，先后派出多批军队参与镇压。1900年5月12日，涞水县高洛村发生教案，练军分统杨福同前往弹压。
5月22日，数千义和团在石亭设伏击毙杨福同，被称为“涞水大捷”。这次戕官事件使清廷大为震惊。随后的1900年5月27日，直隶中部芦保铁路沿线约3万义和团占据了涿州城，知州龚荫培无计可施，便绝食坐以待毙，这是义和团占据和控制的第一个州城。在此之后，清政fǔ又派出聂士成等参与镇压，与义和团多次jiāo战。但此时直隶地区的义和团运动已呈现出“诛不胜诛”的局面。
义和团的迅猛发展，使列强大为恐慌，他们纷纷要求清政fǔ采取措施消灭义和团。在外国压力下，实际掌握政局的慈禧太后多次发布严禁义和团的上谕并组织军队进行围剿。但由于多种原因，一时难以扑灭义和团。
北京北堂的西什库教堂，也就是中国天主教的总堂，在主教樊国梁的建议下，列强遂于5月28日提出派出“使馆卫队”进入北京，清政fǔ先是拒绝，后被迫于31日同意，但提出“每馆以二三十人为率”，结果列强先后派出400多人进京，大大超出了清政fǔ的限制。后来列强又派遣西摩尔带领2000人前往北京，这些行为对清政fǔ形成了严重威胁。
对此，清政fǔ一面继续发布镇压义和团的命令以消除列强派兵的理由，一面又调集军队进入北京以防不测。对外国人抱有敌意的董福祥所率领的武卫后军（甘军）即在6月9日被调入北京驻守，6月11日，日本书记官杉山彬前去迎接入京的西摩尔联军，在永定mén外被甘军所杀。事后，大臣荣禄亲赴日本使馆道歉。
列强向北京强行进军和义和团抵御外**队，使清廷对义和团的态度开始出现转变。面对列强咄咄bī人的态势，清廷内部主和与主战，主剿与主抚的分歧更加严重。清政fǔ于6月5日派赵舒翘和何乃莹，6月6日派刚毅去涿州“劝散”义和团，实为考察情况。结果刚毅的态度是“力言拳民可恃”，赵舒翘等也赞成采取招抚的措施。
再加之载漪等官僚的鼓动，清政fǔ逐渐开始承认义和团为合法组织，这种态度直接导致6月初义和团大量进入北京。从6月10日起，在清朝官员的默许下，义和团开始大量进入北京。在初期，义和团与北京的外国人关系紧张，但并未发生大规模流血事件。6月12日“今晨探报，东华mén外教堂起火，不少教民牵而北去。是为义和团入京第一次肇祸也”。有论者认为这起事件很可能与克林德擅自拘捕路过使馆区的义和团员有关，北京的局势迅速恶化。
在使馆卫队入京后，以德国公使克林德为首的部分外国外jiāo人员一味使用武力解决问题。6月14日，克林德带领水手一排行于内城之上，发现有沙地有义和团练习，即毫不迟疑发令开枪，当场打死二十余人。此后使馆卫队开展了“猎取拳民行动”，多次主动攻击义和团员，这种行为反而使得局面更加失控，愤怒的义和团在北京到处焚烧教堂和攻杀教民。
主和派官员袁昶指责克林德说：“mén吏等方与步军统领议弹压京城内外，遵旨严拿首要，以靖地方而弭邻衅。不意德克使闇于事机，擅自拿办拳匪，以致jī变”。而克林德本人则在6月20日去总理衙ménjiāo涉时与神机营章京恩海相遇，并被后者shè杀，酿成著名的“克林德事件”。
6月10日，列强不顾清政fǔ的阻拦，正式组建八国联军，由级别最高的英**官西摩尔为统帅，美**官麦卡加拉为副统帅，率军自天津向北京进发，但由于沿途铁路许多已被义和团拆毁，再加之义和团与甘军的不断进攻，西摩尔在杨村陷入困境，被迫后撤，又在归途中遭到义和团与聂士成部的攻击，最终于6月26日败回天津租界。西摩尔提到此次战斗时说“义和团所用设为西式枪炮，则所率联军必全军覆没”。史称为“廊坊大捷”。
在廊坊义和团与西摩尔jiāo战同时，列强继续集结兵力。八国以日本派遣的军队人数最多，派遣士兵约23000人，军舰约20艘。不过登岸的日军只有八千人，俄军四千八百人，英军三千人，美军二千一百人，法军八百人，意军五十三人，奥军五十人。
八国联军于6月16日向大沽口炮台中国守军下达最后通牒，要求jiāo出炮台，遭拒绝。次日，距通牒限定的时间还差70分钟，列强的军舰即与守军jiāo火，守军力战不敌，大沽口失陷，守将喀什噶尔提督罗荣光牺牲。
在局势紧张的情况下，慈禧太后连续召开御前会议，并最终作出了以武力阻止联军进京的决策，其中重要的一条决策便是对外宣战。清政fǔ对外宣战的原因众说不一，但大多认为慈禧太后的意见起到了决定xìng的作用。
清廷对外开战的决定遭到主和派大臣的jī烈反对，但主和派在斗争中失势，五位主和派大臣许景澄、袁昶、徐用仪、立山、联元在其后联军bī近北京时先后被杀。6月21日，清政fǔ以发布上谕的形式对外“宣战”。此时距大沽口失陷已有四天。
清廷的宣战诏书并未提名向何国宣战，也未将宣战文告递jiāo外国使节，在战争中，清朝与列强始终保持外jiāo关系。故有人认为清廷宣战徒有虚名，只不过是一个动员令而已。
从克林德被杀之后，在北京的外国使馆便成为攻击的目标。清廷围攻使馆的动也是一桩争论不休的悬案。当时在北京的清军和义和团对于据守使馆区和西什库教堂的外**队有压倒xìng优势，却始终不能攻下。这与清政fǔ的实际决策者慈禧太后有关，她为自己留有余地，不肯全力进攻使馆。
慈禧后来谈起此事说“依我想起来，还算是有主意的，我本来是执定不同洋人破脸的，中间一段时间，因洋人欺负得太狠了，也不免有些动气。虽是没拦阻他们，但始终总没有叫他们十分尽意的胡闹。火气一过，我也就回转头来，处处都留着余地，我若是真正由他们尽意的闹，难道一个使馆有打不下来的道理？”
清军多次停止进攻使馆，还向使馆送去米、面、蔬菜和西瓜等物资。对使馆的围攻一直持续到北京被联军攻陷，解围后法国公使前去西什库教堂看望樊国梁主教，他们“互庆余生，拥抱为礼”。
在大沽口失陷后，清军和义和团对外国侵略军进行了积极抵抗。义和团首领曹福田与张德成等分别带领义和团进入天津攻击侵略军，直隶总督裕禄以礼相待。义和团在清军帮助下进行了紫竹林之战和老龙头之战。直隶总督裕禄也在奏章中提到义和团的功绩。但同时联军也迅速增强了兵力，7月9日，日军进攻纪家庄，击败义和团，然后与其它联军夹攻聂士成，聂士成部因寡不敌众而失败。聂士成于八里台殉国。
聂士成牺牲后，马yù昆等清军将领对义和团的态度变化。马yù昆部让拳民充先锋，却在后面枪杀拳民。例如在7月9日夜间攻打租界的战斗中“华兵在后，义和团在前，合攻租界；洋兵开排枪御之，天明而止，计轰毙义和团二千余名……拳众持刀前行，洋兵开枪轰击，前列者已死；在后者，官兵即用枪击死。故是夕拳众死者如此之多，并非皆洋兵打死”。后来抵达天津的宋庆也“遇团即杀”。结果是“半日间城内外树旗设坛者皆散去”，大大削弱了自己的力量。而联军却在做好充分准备后于7月13日对天津发动总攻。经过血战，联军在汉jiān的指导下于7月14日炸开城墙攻入城中，天津失陷。联军设立“天津都统衙mén”对天津进行殖民统治。
沙俄除了派兵参加八国联军入侵华北以外，还派出军队入侵东北和朝鲜，从7月开始，沙俄军队分数路大举入侵东北地区，最后于10月6日攻陷铁岭，东三省沦陷。沙俄还自7月制造了惨绝人寰的海兰泡惨案与江东六十四屯惨案，屠杀大批中国平民。面对沙俄的侵略，中**民奋勇抵抗，瑷珲副都统、汉军镶黄旗人杨凤翔力战牺牲，黑龙江将军寿山自杀。东北各地人民参加**拳和忠义军等各种抗俄组织，坚决抵抗侵略军。
8月5日，八国联军在受到清军和义和团重大杀伤后，攻占北仓。北仓失陷前，已任巡阅长江水师大臣的李秉衡带兵入京“勤王”，并在与慈禧太后的会面中坚决反对与外国议和。于是慈禧派其率军抵御联军，李秉衡率领各省勤王军与三千义和团于8月6日出发，8月9日抵河西务，与联军jiāo战，诸军溃败。8月11日，�