南军粮运又为燕军所阻截，燕军抓住时机，大败南军于灵璧，仅俘获南军将领即几百人。自此，燕军士气大振，南军益弱。朱棣率军突破淮河防线，渡过淮水，攻下扬州、高邮、通州（今江苏南通）、泰州等要地，准备强渡长江。这时，朱棣之子朱高煦引番骑赶到，燕军军势大振。
建文帝曾想以割地分南北朝为条件同燕王议和，被拒绝。六月初三，燕军自瓜洲渡江，镇江守将降城，朱棣率军直趋金陵。十三日进抵金陵金川门，守卫金川门的李景隆和谷王为朱棣开门迎降。燕王进入京城，文武百官纷纷跪迎道旁，在群臣的拥戴下即皇帝位，是为明成祖，年号永乐。历时四年的“靖难之役”以燕王朱棣的胜利而告终。
“靖难之役”历时三年，前期作战南军连连败藉。但自济南保卫战后，南军主力屯驻德州，相机出击，以遏燕军。德州处在运河线上，南北交通便利，燕军自河北南下，始终处在德州的监控之下。燕军南攻时，南军或自德州横出断其归路，或袭扰其补给线，或乘虚北攻。所以，虽以朱棣之善用兵，南军再未出现过战争初期的那种大的挫败，燕军势力基本上被阻在山东以北。朱棣未克山东，故虽屡战屡胜，激战两年半，却始终未能打开局面。等到他越过山东，直趋金陵，半年时间便夺取了政权。
不过，朱棣撇下山东，径直南下，实属铤而走险。南北朝时，以北魏的国力和太武帝之雄才大略，在击破刘宋黄河一线之军后，长驱江淮，兵临瓜步，饮马长江，也未敢渡江以争江南。朱棣的这种战术也只能在那时特殊的形势下才有可能成功。自明初朱元璋杀功臣后，明廷已无堪与朱棣相匹敌的将才，所以朱棣南下才有恃无恐。其次，“靖难之役”在那个时代的观念中，纯属一家一姓内部之争，所以建文帝虽一再下诏“勤王”，但真正勤王者少，而归顺燕军者多。不然，朱棣孤军南下，建文帝只需坚守金陵，坐待四方勤王之师会合，山东方面则截断燕军的补给线和退路，那样的话，朱棣处境势必极其危险。因此，换上另一人，换上另一种背景，则断不敢冒险采取这种战术，置山东于不顾。
战争虽结束，与此相关的历史却在发展。燕王进京后，宫中起火，建文帝下落不明。有的说建文帝于宫中自焚而死，或云建文帝由地道出亡，落发为僧，云游天下，传说他于正统朝入居宫中，寿年而终。建文帝的真正下落已不可确考，成为明史上的一大悬案。
当上皇帝的朱棣，大肆杀戮曾为建文帝出谋划策及不肯迎附的文臣武将。齐泰、黄子澄、景清等被整族整族地杀掉：“命赤其族，籍其乡，转相扳染，谓之瓜蔓抄，村里为墟。”有“读书种子”之谓的方孝孺，因不肯为朱棣撰写即位诏书，九族全诛，这还没完，又将其朋友门生作为一族全部杀掉，十族共诛873人。这次清洗极为残酷，共有数万人惨死于朱棣的屠刀之下。
四年的“靖难之役”，给明初刚刚有所恢复的社会经济以较大的破坏，而直接遭到战争践踏的地区，破坏可为严重，史书上称“淮以北鞠为茂草”，当为真言。
朱棣的文治武功
出兵安南。安南，又称交阯，汉唐时为中国的属郡，五代以后独立，但仍与中国交往密切。在明初，安南国王为陈氏。建文朝，安南发生政治变故，丞相黎季（lí）自立为帝，改名胡一元，不久又传位其子。
永乐元年，安南国王派人朝贺，自称陈氏无后，自己是陈氏外孙，为众拥立为国王，请求得到朱棣的册封。朱棣听从礼部的意见，派遣官员到安南探访实情。该官员回朝后说现在的安南国王得到了当地人的承认，国家安定。朱棣于是派礼部郎中带着诏书前去安南，正式册封其为国王。
然而永乐二年，原国王的臣属裴伯耆逃到中国，将胡氏篡位的事情揭露。八月，老挝遣人送来了原国王的弟弟陈天平。朱棣无法辨别真伪，暂且将他们安置起来。年底，安南使臣来贺。朱棣让陈天平突然出现在使臣面前，使臣们十分惊愕，纷纷下拜，朱棣由此知道了陈天平的真伪和事情的真相。朱棣遣人责备安南国王，安南国王上书表示欢迎陈天平回国继承皇位。
但是，安南国王阳阳奉阴违，朱棣发起了历史三十年的对安南的征伐战争。
朱棣君临天下之后，尊儒纳士，编纂了举世闻名的《永乐大典》，迁都北京，疏通了大运河，派遣郑和六下西洋……这些成就，足以令成祖傲视古今。
三千文兽大典。永乐元年（1403）七月，朱棣下诏编纂一部类书。他雄心勃勃，想要永乐大典将中国古代典籍尽量收集齐全，特命大才子解缙负责，要求〃毋厌浩繁〃，尽量收罗。第二年十一月，解缙将编纂好的图书进呈天子。朱棣很高兴，赐名《文献大成》，赏赐解缙等147位有功人员。
然而不久，朱棣发现这与他的要求相差很大，主要是还有许多典籍未能收录。于是朱棣决定重新编修，并任命靖难功臣姚广孝以及刑部侍郎刘季篪（ｃｈí）和解缙总其事，前后参与者近3000人，可谓人才荟萃、人文盛事。朱棣对这件事非常重视，命在文渊阁开馆修书，由光禄寺供给朝夕膳食。他看到文渊阁中的书籍尚不完备，命礼部选派通晓典籍的官吏四出购求典籍，〃书籍不可较价值，惟其所欲与之，庶奇书可得〃。正是在朱棣的关注和支持下，3年之间，大典得以编纂完成。
永乐五年（1407）十一月，大功告成，姚广孝等人将《永乐大典》进呈朱棣。《永乐大典》有22877卷，又凡例、目录60卷，全书分装为11095册，引书达七八千种，字数约有三亿七千多万，是我国历史上最大的类书，内容包罗了经、史、子、集、百家、天文、地志、阴阳、医、卜、僧、道、戏剧、小说、技艺诸项。此前的类书，如唐代的《艺文类聚》只有100卷，北宋的《太平御览》和《册府元龟》都各有1000卷。《永乐永乐刻本大典》的规模之大，确实是历史上无与伦比。《永乐大典》另一个显著的特点就是照录原文，未作删改。这种做法保持了书籍的原貌，具有很高的学术价值。
永乐朝《永乐大典》只有一部正本，存放在南京的文渊阁，后于永乐十九年（1421）运到北京。朱棣曾经打算将《永乐大典》付印，只是在当时的条件下，实在是艰难之至，不得已放弃了。嘉靖四十一年（1562），皇宫三大殿失火，幸运的是由于抢救及时，《永乐大典》竟然奇迹般的幸免于难。有了这样的教训，世宗意识到光有一部正本太危险了，遂命108个书生抄写大典。这些人每日人抄3页，历时6年之久，才抄成一部副本，藏于皇史。只可惜正本在明末不知去向，多半是毁于兵火。副本到了乾隆时期只有9000余册，少了近3000册。后来被儒臣们私自盗去了不少，剩下的在清末时不是被烧了就是被掠往国外，至今偶尔会在一些拍卖会上发现《永乐大典》的踪影。据估计，存世的《永乐大典》约800册，只是原来的3％左右。建国以后，中华书局曾将《永乐大典》存世残本予以影印出版。
三宝太监下西洋。郑和，回族，本姓马，小名三保（一作三宝），人称三宝（保）太监。他在洪武年间成为明军俘虏，入燕王藩邸为宦官，成为朱棣的亲信。从永乐三年（1405到宣德六年（1431），郑和曾经七下西洋，其中有六次是在永乐朝。郑和因此成为中国历史上著名的航海家，也是西方公认的〃世界十大航海家〃中惟一的中国人。
朱棣为何让郑和六下西洋呢？按照《明史》中的说法是〃成祖疑惠帝亡海外，欲踪迹之，且欲耀兵异域，示中国富强。永乐三年六月命（郑）和及其侪王景弘等通使西洋〃。目的有二：一是寻找建文帝踪迹；二是向海外诸国显示大明王朝的繁荣富强。
朱棣君临天下之后，尊儒纳士，编纂了举世闻名的《永乐大典》，迁都北京，疏通了大运河，派遣郑和六下西洋……这些成就，足以令成祖傲视古今。
三千文兽大典。永乐元年（1403）七月，朱棣下诏编纂一部类书。他雄心勃勃，想要永乐大典
将中国古代典籍尽量收集齐全，特命大才子解缙负责，要求〃毋厌浩繁〃，尽量收罗。第二年十一月，解缙将编纂好的图书进呈天子。朱棣很高兴，赐名《文献大成》，赏赐解缙等147位有功人员。
然而不久，朱棣发现这与他的要求相差很大，主要是还有许多典籍未能收录。于是朱棣决定重新编修，并任命靖难功臣姚广孝以及刑部侍郎刘季篪（ｃｈí）和解缙总其事，前后参与者近3000人，可谓人才荟萃、人文盛事。朱棣对这件事非常重视，命在文渊阁开馆修书，由光禄寺供给朝夕膳食。他看到文渊阁中的书籍尚不完备，命礼部选派通晓典籍的官吏四出购求典籍，〃书籍不可较价值，惟其所欲与之，庶奇书可得〃。正是在朱棣的关注和支持下，3年之间，大典得以编纂完成。
永乐五年（1407）十一月，大功告成，姚广孝等人将《永乐大典》进呈朱棣。《永乐大典》有22877卷，又凡例、目录60卷，全书分装为11095册，引书达七八千种，字数约有三亿七千多万，是我国历史上最大的类书，内容包罗了经、史、子、集、百家、天文、地志、阴阳、医、卜、僧、道、戏剧、小说、技艺诸项。此前的类书，如唐代的《艺文类聚》只有100卷，北宋的《太平御览》和《册府元龟》都各有1000卷。《永乐永乐刻本大典》的规模之大，确实是历史上无与伦比。《永乐大典》另一个显著的特点就是照录原文，未作删改。这种做法保持了书籍的原貌，具有很高的学术价值。
永乐朝《永乐大典》只有一部正本，存放在南京的文渊阁，后于永乐十九年（1421）运到北京。朱棣曾经打算将《永乐大典》付印，只是在当