军武力压迫下的顺理成章之举。为表示我军团结各派之诚意，我南方军停止北上，派员联络武昌军政府以协商解决军事问题，足以表明我军之诚意。国内某政治派别未与我军商量，擅自成立旨在窃取蒙山军奋战成果之全国性政府，是对我蒙山奋战牺牲的数万将士的极大侮辱！对此，蒙山军数十万将士至为愤慨！今通电全国，勒令自即日起，取消伪中华民国临时政府！否则蒙山军将向东南进军，实现全国的真正统一。”
蒙山军的通电再次引发国内舆论的轩然大波。
次日，段祺瑞、冯国璋、曹锟等北洋将领发出了支持蒙山军协商建国的通电，正式亮明了北洋的态度。
同日，中华民国临时政府发出通电，对蒙山军20日通电痛加驳斥，声明国内有如此局面，是同盟会十数年奋斗之结果。龙谦窃取革命成果，首鼠两端，毫无廉耻，不配领导全国。号召全国军民站在中华民国临时政府一边，声讨并抵抗蒙山军的军事威胁，“强权永远不能战胜公理！孙文坚信，正义必将战胜邪恶，中华民国万岁！”这封署名孙文的通电以高呼口号结束。
现在，国内矛盾转为了蒙山军与同盟会之间。
话题要从8月10日那次导致同盟会分裂的东京会议说起。会后，陶成章、宋教仁、谭人凤等纷纷回国，各自选定自己的目标干起来。而孙文仍滞留于东京，筹划建立中华革命党。
1909年对于孙文是极为不利的一年。同盟会策动的武装起义连续失败，特别是失去了两广这个孙文最寄托希望的根据地，国内的力量丧失殆尽，而山头满等一直倾力支持孙文在国内夺取政权的日人也开始失望起来，认为中国局势渐趋明朗，将来或龙或袁，绝不会姓孙了。相比之下，日本人更愿意选择袁而不是龙，因为龙谦的反日情绪比袁世凯强烈的多，若是显现越来越强烈的德美色彩的龙谦集团上台，日本的对华政策将困难的多，其在华利或益将受到重大损失。但目前情况下，日本人还不愿意彻底站在袁世凯一方驱逐孙文，因为孙文毕竟在国内有着很强的影响力，孙文这张牌还没有完全褪色，还可以再打一打，还对日本人有用。
日本人的冷淡是一方面，更令孙文恼火的是党内的反对声音越来越高，特别是陶成章为代表的光复会势力和谭、宋为代表的原华兴会势力的分离趋势越发明显。8月10日的会议得到了验证，同盟会事实上分裂了。
孙文当然痛苦。但性格坚毅的他颇有些愈挫愈奋的劲头，思虑再三，孙文拿出的对策是改组组织，成立中华革命党。
经他亲手修订的新党成立宣言中颇有些封建意味的东西，“此次办法，务在正本清源：一、屏斥官僚，二、淘汰假革命党，以收完全统一之效，不致如第一次革命时代，异党入据，以伪乱真。”
为此，孙文新成立的中华革命党要求党员入党时必须按指模，立誓约，愿意服从孙文的个人指挥。
孙文还对建国提出了三个时期的理论，及军政、训政和宪政三阶段。军政阶段是以积极武力扫除一切障碍而奠定民国基础，训政阶段是以文明法理，督率国民建设地方自治，等到自治完备之后，才创制宪法进入宪政时代。孙文认为，宪法颁布之日，即为革命成功之时。在此之前，都叫做革命期。
孙文明确强调，在宪政未成之前，一切军国庶政，悉归本党负完全责任。他还异想天开地将党员分为三等，明确他们不同的权利。在革命军未起义以前入党的为首义党员，他们在革命时期都称为元勋公民，享有一切参政执政之优先权利。革命军起义后入党的是协助党员，在革命期间称为有功公民，有选举和被选举的权利。等革命政府成立后入党的是普通党员，称为先进公民，只享有选举权了。
对于广大的非党员，在所谓的革命期之内，不得有公民资格。
国内局势如火如荼，孙文则埋头于东京寓所制定他的革命大纲。终于，上海传来了光复的消息，陈其美这个死忠竟然一举成功了。而且，武昌举义成功，谭宋二人在长江中游竟然也干成了！紧接着，江苏宣布光复，民主革命意识较强的江苏巡抚程德全顺应民心，促成了江苏的异帜。这样，长江下游的富庶地区全部被革命党所掌控。
这下子孙文坐不住了！他急忙找到忍辱负重一直支持他的黄兴，提出回国主持大局的建议。正好，陈其美也派人来了，请他速回上海。
权力欲极强的孙文当即与黄兴回国。一到上海，立刻感受到了在日本完全感受不到的火热气氛。那是一种天下大变来临的气氛，连普通人都感受得到，何况是置身其中的政治家？孙文兴奋异常，立即在陈其美的大力支持下接过了最高指挥权。他要做两件事，一是派黄兴赴武昌，组建武昌军政府，出任军政府大元帅，控制成分复杂的起义军，坚决与龙谦的北伐军打到底，决不能让其占领武昌这个重要的工业城市及南北交通枢纽！第二件就是抓紧成立中华民国临时中央，占据道义的高度以号令天下！
于是，在9月3日，孙文召集了上海、浙江及江苏的革命领袖们齐聚上海，研究对当前局势的应对之策。上海虽是江苏辖区，但事实已然自成一体，所以，这次会议也叫做三方会议。
在会上，主持会议的孙文提出了自己的纲领，那就是建党、建军、建国两大主张。
孙文说，无数先烈的鲜血早就了今天大好的革命局势。各省风起云涌的独立运动证明了同盟会建立民国，驱除鞑虏的主张已深入人心，满清已经完了，北洋军也完蛋了，我们必须抓紧行动，立即以三地的革命武装成立革命军正规部队，以保卫革命成果，立即成立中华民国临时政府以号令天下。二者互为表里，没有大义相召，军队难以建立，经费难以筹措；没有忠于革命的军队，革命万难成功。所以，这两件事要一起办。建国之事，我责无旁贷，建军之事，却要有劳克强。为今之计，必须牢牢抓住武昌义军这支革命武装，千万不能坐视其被蒙山军消灭或招降。另一方面，三地要抓紧将民国军队建立起来，此事则交给了陈其美、陈炯明、许崇智、李烈钧数人，以陈其美总其事。
陈其美表字英士，因为上海起义的成功，成为了孙文眼中的第一大功臣。会议虽然邀了浙江、江苏乃至广东的代表，但明确将主导权归于自己的嫡系。
至于建党，孙文认为同盟会已经完成了其历史使命，而且，近年来的斗争证明，同盟会缺少严明的组织纪律（这确是事实），难以承担领导全国完成革命的重任。因此，改组同盟会组建新党势在必行。建党的原则，必须强化对领袖的忠诚，这是革命成功的最关键条件。这件事，孙文交给了胡汉民和汪兆铭。
一样对全国巨变的形势兴奋不已的黄兴并不在意建党以及建国，他作为同盟会事实上的二把手，精力始终在军事上。黄兴问孙文，蒙山军怎么办？我们对他们采取何种政策？
孙文坚定地说，龙谦是同盟会的敌人，他们跟满清一样，是阻碍革命成功的绊脚石！当然，如果龙谦幡然悔悟，同意加入我民国政府，其部接受我的领导，过去的事，可以既往不咎。龙谦反清有功，未尝不可以在中央给予安置。
黄兴似乎不赞成与蒙山军为敌。他在军事上的造诣虽然有限，但比孙文要强的多！黄兴冷静地指出，造成眼下局势的不是同盟会，而是蒙山军！以区区万余武昌义军万难抵御龙谦的北伐大军。为今之计，与龙谦进行和谈联合建国方是正确的主张。若是与蒙山军为敌，只怕凶多吉少。
“克强兄！如何能挫自己锐气，长敌人威风？”与会的汪兆铭大声反驳，“龙谦不过是钻了我同盟会的空子而已。总理威望著于宇内，现在有总理主持大局，海内无不望风归顺。第八、第九两镇新军的起义就是明证。只要我们这边占据大义的高度，蒙山军不在话下。”
“说的轻巧！”陶成章是参加了这次会议的，立即对汪兆铭的话表示反对，“蒙山军可不只是广东湖南的这一股，山东、关外均有重兵！山东兵既然能打败北洋，实力岂容小觑？关外之兵已经破关而入，京师旦夕可下，其为何要接受上海的领导？我看你是痴人说梦！”
陶成章已接到秋瑾的亲笔书信，秋瑾奉龙谦之命，向他转达了龙谦对他的敬意，阐述了蒙山军协商建国的基本纲领。秋瑾自然没有少说自己的主张，认为蒙山军已是一支沛然难御的强大武力，龙谦有头脑，有手段，有气度，完全值得我们拥戴。秋瑾的信中明确表示，龙谦欢迎陶成章及浙江革命党加入蒙山军为主的联合政府。
陶成章虽然倨傲，但并非无知，他倒认为龙谦的态度不错，至少没有想着吃独食，想着打清一色，这就不错。本来陶就是地方领袖，从没想过会登“大宝”，蒙山军在势如破竹的军锋威逼下，仍然表示出愿意成立联合政府，这就很好。
不等汪兆铭反驳，陶成章站起来说，“反清大业已成，我陶某人这些年的辛苦总算没有白费，徐锡麟等同志的鲜血没有白流，浙江不愿与蒙山军为敌，我赞成黄克强的意见，应当立即与龙谦和谈，共商建国大业。孙先生若是执意要用武力消灭蒙山军，恕我不能相从。”
迎头被泼了一瓢冷水的孙文大怒，“你愿意走就走，革命不缺你一个。”
上海会议最终还是不欢而散。虽然强行通过了孙文的主张，黄兴出于维护同盟会团结及孙文领袖地位的一贯态度，勉强接受了赴武昌指挥武昌战事的差事，但心情极度郁闷。他也想离开上海，离开孙文的广东系人马，去前线未必不是一件好事。相比之下，宋教仁等人似乎更有共同语言。
孙文意识到武昌是当今局势的枢纽。北方鞭长莫及，但男方却是自己与龙谦角力的地方，所以，在黄兴动身前往武昌之前，孙文与其促膝谈心，力劝黄兴打消与蒙山军和谈的念头，