32年的1月29日，日本驻上海的侵略军向十九路军发起进攻。四十多架飞机从停泊在黄浦江中的航空母舰上呼啸而起，炸毁了上万家商店和工厂，也炸毁了矗立在闸口宝山路的商务印书馆。这是张元济集毕生精力建造的中国最大的出版企业，其设备不但在中国，就是在远东也无与匹敌。而五层楼的东方图书馆里，还收藏着几十万册珍贵图书和各种善本古籍以及古画。
在商务印书馆被焚烧的日子里，老人强忍悲痛，不时仰望天空。只见无以数计的纸张、油墨燃烧时形成的强大气流，把灰烬和纸片卷上天空。黑沉沉的纸灰形成了一层厚幕，冬天的阳光竟难以透过。纸灰随风飘落，飘落到城郊四处，飘落到静安寺一带，也飘落到两位老人的寓所。
面对随风回旋的纸灰，张元济和蔡元培几乎抱头痛哭，呜咽得说不出话。蔡元培立即与国立大学校长王世杰等人致电国际联盟抗议，强烈要求迅速制止日本焚毁上海文化机关的暴行。
他虽然是一介书生，却也知势单力薄。在这法西斯新军阀一党专制的白色恐怖下，在这攘外必先安内的卖国政府面前，难道真有何主权和尊严可言但是，也许正因为他是书生，才敢凭一腔热血势单力薄地拼死呼号。既然生命已来日不多，为何不长歌当哭敢恨敢爱一回
他终于迈出了生命中最勇敢的步伐，为了在没有民主和人权的中国，捍卫最起码的做人的权力，他义无反顾地和宋庆龄、杨杏佛、林语堂等人一起，发起组建了中国民权保障同盟。这已是1932年的年底了，当同盟在上海华安大楼宣告成立时，杨杏佛向中外记者说过一段很沉重的话，令在场的蔡元培和林语堂神情黯然失色。杨杏佛说：
“争取民权的保障在西方是十八世纪的事情，不幸我们中国人活在二十世纪里，还是不能不做这种十八世纪的工作”
而当《申报》上刊登了那份同盟的宣言时，南京政府和上海蓝衣社、复兴社的特务一片惊慌。因为同盟明确地把营救政治犯作为主要任务，他们提出的三大目标，在当局眼里简直是大逆不道的反叛宣言。
一、为国内政治犯之释放与非法的拘禁，酷刑及杀戮之废除而奋斗；
二、予国内政治犯以法律及其他之援助，并调查监狱状况，刊布关于国内
压迫民权之事实，以唤起社会之公意；三、协助为结社集会自由、言论自
由。出版自由诸民权努力之一切奋斗。
蔡元培毕竟是位教育家，又开始上台演讲，为成立民权保障同盟上海分会四处奔波，为拯救蒙受冤屈的政治犯奔走呼号。其实早在同盟成立之前，他就开始了营救进步人士的活动。都知道他的身边总是带着八行笺，只要一有人伸冤，他几乎有求必应。“四·一二”政变那年他救出了史良，30年秋天杨开慧被捕，毛泽东的岳母带着两个孩子，哭哭啼啼地赶来上海求救。他二话没说就致电何键放人。何键真是歹毒之徒，竟以接电晚了为由，抢先杀害了杨开慧。他还先后救出了进步人士罗隆基，革命作家胡也频等人。
1932年的春天，蒋汪再次合流，行政院长汪精卫又一次发出邀请。他却果断地复函，拒绝在联合政府中任职。他似乎走得太远了，又开始了营救牛兰夫妇的活动。牛兰是共产国际驻中国的工作人员，被捕后在监狱备受虐待。一些国际著名人士如蔡特金、罗曼·罗兰等纷纷致电宋庆龄请求设法营救。他马上致电汪精卫，要求无论牛兰政治主张如何，政府也应该让法庭公开审判，并准许他自聘律师辩护。以后，当牛兰夫妇不服法庭判决，连续绝食达十四天之久，牛兰目渐失明，生命垂危之时，又是蔡元培与宋庆龄、杨杏佛具状担保，将他们接来上海就医，牛兰这才开始进食。最后当国民党政府不顾中外人士反对，以“危害民国罪”判处牛兰夫妇无期徒刑后，他们又向国民党中央请求给予特赦。
他真是走得太远了，一边还在为牛兰伸冤，一边又接到了北大文学院院长胡适的电报：
“请就近营救陈独秀！”
刚因托派活动被中共开除的陈独秀，又在上海家中被捕。蔡元培想起这位一生多难的老友，心里深为同情。两人虽同在上海，却一直未能谋面。但陈独秀不久前曾两次写信求助于他。一次是要蔡给军政部长何应钦去函，保释一位叫郑超麟的人。何应钦很快给他回信，答应觅保出监就医。尽管后来没有放人，也算纸面上给过面子今年春天，陈独秀又写信要他为一位亲戚介绍工作。其实这人也是个托派分子，刚从狱中出来。因陈独秀不能找工作，想让他有了生活来源再接济自己。蔡元培真是费尽了力气，先后找了中山大学校长罗家伦，暨大校长沈鹏飞等人。后来几经周折，总算将这人弄进上海招商局做了月刊编辑。所以这次听说陈独秀又出事后，他马上会同杨杏佛、林语堂、柳亚子等文化界名流，致电南京政府要求宽释这位政治犯。蒋介石总算做了一次顺水人情，饶陈一命，将此案交江宁地方法院审理。汪孟邹为了接济陈一些稿费，想重印《独秀文存》，特地赶来请蔡先生写篇序言。他欣然应允，很快就交了稿。他还派刘海粟去狱中探望陈独秀，劝他要注意身体的锻炼。陈独秀感动地说：
“我每次遇难，都受到他的照顾。在大节上，蔡先生是能坚持真理的。”
他实在是走得太远了，国民党南京市党部针对他和宋庆龄营救牛兰、陈独秀的行为，通电全国，发出严重警告。
可他依然我行我素，又在一个月后致电蒋介石，要求立即释放非法逮捕的教授许德珩等人。在蒋介石眼里，宋庆龄和蔡元培领导的民权保障同盟，简直已成了他们眼皮下的赤色组织。他在江西亲自指挥围剿红军，而他们居然又在上海公开营救起共党首领罗登贤、陈赓和廖承志。他终于恼羞成怒地动了杀机，戴笠的蓝衣社承担了这次暗杀任务。他们毕竟对蔡、宋还有所顾忌，于是决定先从杨杏佛开刀。
上海的亚尔培路331号是一幢漂亮的花园小洋房，杨杏佛自从与夫人离异后就单身住在这里。他平时喜欢在假日骑马郊游，并在大西路的马厩中养了两匹好马。6月18日的早晨是个星期天，他刚带上十五岁的儿子杨小佛，乘坐敞篷汽车准备到大西路骑马出游，就遭到埋伏在马路两侧的四名杀手的袭击。他爱子心切，全身俯伏在杨小佛身上，结果连中三弹，当场气绝。小佛仅右腿中一弹，受了点轻伤。
杨杏佛之死令蔡元培悲痛欲绝，入殓那天，大雨滂沱，狂风大作。一路上杀机四伏，谣传特务将在这一天暗杀民权同盟的其他重要成员，尤其是蔡元培和鲁迅。但蔡元培早已置生死于度外，毫不犹豫地前去万国殡仪馆主持吊祭，致词时因悲痛泣不成声，直到下午4时才返回寓所休息。而鲁迅的态度还要决绝，出门去送殓时，干脆钥匙都不带，以示不存幸还之决心。
杨杏佛走了，以冲天的血光，走在二十世纪的中国为争取十八世纪的民权的泥泞之路上
3
我们的蔡先生实在太累了，他怎能不累在他最后的岁月里，内心承受着多么沉重的苦难和责任他毕竟是一位伟大的爱国者，他以在朝要人的声望从事在野的民权运动，其目的不是想唤醒当局，以民族利益解除党禁，停止内战，真正发动全国的力量一致抗日虽然他平时最讨厌官场应酬，但是为了推动抗战国策，一次他刚从上海到了南京，当汪精卫宴请时，他竟在酒席上语重心长地劝说江尽快改变亲日的立场。他说：
“关于中日的事情，我们应该坚定，应该以大无畏的精神抵抗。只要我们抵抗了，我们的后辈也会抵抗，中国就一定会有出路的。”
他实在太激动了，一边说着，一边又老泪纵横起来。泪水就这样滴在西餐汤盘里，他浑然不觉地又和汤一起咽了下去。举座无不为之感动，连铁了心的汪精卫也如坐针毡，尴尬不堪起来。
他是位学者，只能以学者的方式抗日。正当红军发表通电，放弃“反蒋”口号，要求南京政府停战议和时，他在邹韬奋的《生活星期刊》上发表了《墨子的非攻与善守》。仿佛他自己也回到了二千多年前，他借墨子的《非攻》篇的故事，大声地赞扬起墨子的反侵略精神。也许毛泽东出于对他一贯来的崇敬，出于自北大以来包括营救杨开慧义举的感谢，出于建立抗日民族统一战线的需要，1936年的9月20日，毛泽东终于在延安的窑洞里挥笔寄来一封热情洋溢的长信，表达了与这位爱国民主人士共同抗日的真诚愿望。
我们的蔡先生实在太累了，他怎能不累在他最后的岁月里，内心承受着多么沉重的苦难和责任他毕竟发动了伟大的“五四”新文化运动，是一位始终站在时代前列的思想启蒙先驱。而三十年代思想界的复辟之风不能不令他愤怒，蒋介石以提倡新生活运动为名倡导尊孔读经，国民党又恢复了他主持大学院时明令废止的祀孔祭典。还给了孔子七十七代孙特任官的待遇，任命孔德成为“大成至圣先师奉祀官”。历史又无情地倒退了二十年，他不得不佩服鲁迅当年深刻的预言。为了打破国民党的文化围剿，他又拖着疲乏衰弱的身体，领衔与陶行知。李公仆、陈望道、黄炎培等百余人，在上海发起了马克思逝世五十周年纪念会。还在同一天，去上海青年会主讲《科学的社会主义概论》。当他在台上从容而凛然地大声演讲时，门外的特务竟如临大敌，生怕他的声音会引发一场暴乱。
五十年中，马克思之学说所给予世界之影响至为重大，而五十年来世
人对于马克思，无论其为憎为爱，为毁为誉，而于马克思之为一伟大之思
想家，为近世科学之社会主义之始祖，则殆无人否认