9月7日广州民众在第一公园举行“五·七”国耻纪念大会，要求解除广州商团武装，军校第1期第2、第3队学生参加。
9月11日军校第1期第4队学生首次在野外研习排战斗教练，开始时在本岛洪福地区进行。指挥官为第4队区队长詹忠言，对抗指挥官为副队长严凤仪，各部长官均到现场参观。军校收容四川送来的学生20余人，编入第6队第1区队。
9月12日孙中山赴韶关督师北伐，蒋介石派教官文素松率领第1队学生随从护卫。
9月13日军校在操场举行中秋宴会，勉励师生打仗和求学是分不开的，号召师生随时准备打仗，实际为镇压商团作初步动员。
9月16日在军校危急之时，蒋介石上呈中央执行委员会报告，请求辞去军校校长职，但未获批准。
9月18日胡汉民派人偕商团代表来校，察看押存军校的商团私运枪械，协商处理办法。
9月19日军校教导团开始招收学兵，先取73人。其中68人由湘军总司令部选送，多数曾充任军官，后从投考学生中又挑选27人。
1925年拍摄的黄埔军校大门外景10月3日孙中山致函蒋介石，告以苏联运械船不宜在香山县金星门内停泊，应“直来黄埔公然起卸为妙”。
10月6日军校召开行政会议，决议：教导团加入汇报；教导团团部设长洲要塞司令部。
10月7日苏联军舰运送山炮、野炮、轻重机枪和长短枪等枪械8000支和一批弹药抵达黄埔军校，师生亲自起卸，随后与苏联官兵在军校举行联欢。随从北伐的军校第1队学生因旷课日久，患病人员亦多，孙中山批准从韶关回校。
10月10日军校为纪念武昌起义举行阅兵仪式，另一批军校学生参加广州各界人民庆祝“双十”游行，遭到商团军开枪射击。
10月11日孙中山复函蒋介石，指出：“新到之武器，当用以训练一支决死之革命军”；“其兵员当向广东之农兵、工团并各省之坚心革命同志招集，用黄埔学生为骨干”。
10月14日孙中山以大元帅名义发布平定商团手令：“兹为应付广州临时事变，所有黄埔陆军军官学校、飞机队、工团军、农民自卫军、陆军讲武学校、滇军干部学校、兵工厂卫队、警卫军统归蒋中正指挥，以廖仲恺为监察，谭平山副之。”军校第2、第3队学生开进广州作战斗部署，准备平定商团，另由何其芳从广州带领赣军新兵100人回校参加防守。
10月15日军校师生参加平定广州商团联军战斗，于晨4时开始发起攻击，至本日晚间荡平商团在广州的总部及全部据点。黄埔军校首树军威，使广东局势转危为安。
10月19日军校第1期学生分发各团各队任见习官。见习期间，每月薪水18元，食宿与排长同等待遇。
10月20日军校招募志愿军于上海，年龄18至25岁，高等小学程度，6个月毕业后升任军士。军校呈请任命胡谦任总教官，后何应钦继任。
10月22日军校特别党部举行第6分部成立大会，以第1期第5、第6队及工兵队官生组成。
10月24日军校组织炮兵队。
10月28日军校招考教导团学兵队青年学生，规定年龄在18至24岁，授以军士和准尉必需的学术，培养革命军的基层干部。
附录2 黄埔军校大事记（5）
10月30日蒋介石编辑成《曾（国藩）胡（林翼）治兵语录》，并作序言，要求军校师生每人一册。
11月3日孙中山在冯玉祥电请下，北上共商国是，临行前到军校作告别演说，广东大学全体教职员生也由广州市区乘船来军校参加听讲，孙中山勉励学生“仿效俄国”。
11月6日军校辎重队正式成立。
11月7日军校特别区党部召集第2总队全体新生，组织第5队及炮、工、辎各队区分部。
11月8日军校宣布第1期学生毕业考试。在鱼珠圩村附近举行战术考试，何应钦任指挥，所有军事教官一律参加。
11月11日苏联运械军舰启程回国，军校学生及军乐队在码头列队欢送。
11月13日孙中山为谋求统一，带病偕夫人宋庆龄乘永丰舰离粤北上，与北京政府共商和平统一大业。船经黄埔时，登岸观看第1期学生战术实习，全体师生列队到校门码头迎送。
11月14日军校学生第2总队直辖教练部。
11月19日湘军讲武学校学生正式并入黄埔军校，时有学生158人，编为第6队，该队毕业生待遇同第1期。
11月20日军校教导团正式成立，实行“三三制”和党代表制，以何应钦为团长。各级官佐主要由黄埔军校的教职员和第1期毕业生担任。
11月22日军校炮兵队成立。
11月24日军校举行第1期学生及教官、队长的品行考核。
孙中山和鲍罗廷（前右）视察黄埔军校11月27日军校在广州北校场原湘军讲武堂旧址成立陆军军官学校分校，简称省分校。筹编宪兵队，由顾祝同草订组织表。
11月28日工兵队学生迁往广州省分校受训，驻省城学兵队迁驻长洲岛上庄上课。
11月29日军校增设教育长一职，委胡谦担任，后由王伯龄、何应钦、邓演达、方鼎英相继接任。
11月30日军校第1期学生毕业考试完毕，及格者456人，分发见习。除部分留校工作，部分派往海军、工人纠察队、农民自卫军出任政治工作和教练工作外，绝大多数派往本校教导团任基层干部。第2届中共黄埔支部成立，以杨其纲为书记，余洒度为组织干事，周逸群为宣传干事，王逸常、麻植为候补干事。
11月军校政治部代理主任邵元冲随校总理孙中山北上，政治教官周恩来任代理军校政治部主任。部内设指导、编纂、秘书3个股。教导团采用党代表制。各级党代表由廖仲恺、周恩来遴选教官和学生中富有政治学识者，呈请国民党中央任命。除实施政治训练外，凡军队一举一动、一兴一废均须受其节制，以示军队党化。陈炯明叛军企图窜犯广州，军校师生星夜过江布防。
12月1日军校政治部设政治训练班，训练各见习官和各见习党代表，另设宣传研究班，培养宣传人才。
12月2日军校组织教导第2团，团长由王伯龄兼任。原教导团改称教导第1团。
12月5日军校开始修筑瞭望台于长洲东边山腰，加强警戒，监视敌情。军校始行每周星期六会议制度，讨论本周学科、术科实施程度和下周课程。规定军校领导、各部及教导团各营以上长官、党代表均参加。
12月10日军校增设参谋处，委代总教官钱大钧担任处长一职。第6队学生在长洲一带演习测绘。
12月11日军校集中教导团各级党代表实施政治训练。
12月14日军校以广东方言编《爱民歌》，首次印发师生传唱。
12月16日军校颁发《青年将校服务要览》，每个军官一册。
12月19日军校特别区党部召开全体国民党党员大会。蒋介石报告孙中山北上情况。
12月20日军校特别区党部代表及炮、工、辎3队学生赴省城，参加促进国民会议示威游行。
12月26日军校教导团第2团正式成立，士兵来源同第1团。翌日，委张静愚为团党代表，调金佛庄为教导团第3营营长。
12月底军校共产党人秘密组织“火星社”，于东校场省分校正式成立。“火星社”用SM作代号，另有联络暗号，成员有李劳工、周逸群等100多人。
附录2 黄埔军校大事记（6）
12月军校第3期新生相继陆续入校，共1200多人，编为1个入伍生学生总队，下设3个营，后又改为3个大队，进行入伍教育。从这一期开始，实行入伍生制。翌年初，委王懋功为入伍生队总队长，张治中为总队副。1925年
1月1日军校正式提出“杀陈炯明”的口号。第5、第6队学生前往黄花岗七十二烈士墓宣誓。
1月2日军校学生首次表演新剧《革命军》。
1月4日军校学生迁往广州市北校场省分校，黄埔本校专住教导团，校政治部随学生迁往省分校，设分部留校，经管教导团政治工作事。
1月5日军校政治部派余程万等10人随同铁甲车队赴广宁宣传。
1月10日军校成立第7队，直属第2总队，同时又资遣第1期学生回原籍服务，策动军阀所属部队靠拢革命，计河南13人，内蒙古1人，各给旅费100元。
1月11日军校始设军法处。
1月14日军校特别区党部改选第2届执行委员，选出蒋介石、吴明、陈作为、罗振声、周逸群为执行委员，王柏苍、成恭寅、黄锦辉为候补执行委员。委员绝大多数是共产党员。
1月17日军校学生队第5、第6、第7队改称步兵第1、第2、第3队。
1月18日军校政治部在周恩来领导下组织成立“血花剧社”，直属于校政治部。推蒋介石为社长，开始在校内外进行宣传演出，极受师生和市民欢迎。
1月20日军校编成《立志歌》、《放枪歌》，在学生、士兵中教唱。鼓舞教导团官兵应命出征。
1月23日军校政治部实行政治实习讨论，每周下午6时至8时举行。
1月25日校政治部奉命制发军人坐立姿势图及感化图。苏联顾问鲍罗廷发起成立“青年军人社”，以廖仲恺为社长，共产党人和革命军人踊跃参加。军校发起召开中国军人联合会代表大会，推举蒋先云、曾扩情、贺衷寒、何畏能4人组织筹备会。
1月30日教授部、教练部合并为教育部，政治部仍采原制，其他各部改为处。军校准东征军抵达汕头，受到群众欢迎的报道。备东征，校本部令胡谦留守军校。政治部为东征制定对内训练、对外宣传的各项任务。中国青年军人联合会第1次代表会在广州举行，到会者有各军官学校、各军将领、校代表、各战舰代表共20余人。党代表廖仲恺致词，望青年军人抱定为国为民之宗旨，打倒帝国主义和军阀，以完成国民革命之伟业。
1月31日军校全体师生在大操场举行东征誓师典礼。