根据中央指示，中纪委、海关总署、公安部等抽人员组成专案组。组长由中纪委副书记、监察部部长何勇担任。专案组又成立前线总指挥部，由海关总署一位副署长任总指挥，监察部一位副部长任副总指挥。这位总指挥是在海关总署根据国务院部署组建缉私警察队伍时，中央从公安部调任海关总署的副署长，分管走私犯罪侦查局的工作，到任也才几个月。
“专案组的初期工作，主要是对举报信内容的可靠性进行评估，因而开始时，近两个月的工作艰辛而又十分隐蔽，任专案组前线总指挥的这位副署长原在公安部任副部长，有着三十多年的从警经历，对公安工作感情笃深。他自己都没有想到，在即将过五十五岁生日的时候，命运发生了变化，他从公安部走出，进了海关总署机关大院。不到一年，又被中央点将，作为厦门前线的总指挥，挂帅侦破厦门远华走私大案。
赖昌星的命运似乎也在发生变化，他本来想走进这间房子，却被安排到了另一间。命中注定他要与这位总指挥“短兵相接”。正是这位副部长的到来成了赖昌星挥之不去的一块心病，成为威胁他赖昌星生存的重要人物，也成了他急切要攻关的新目标。赖开始想方设法要和这位副部长套近乎。
可是，北京传来的信息却令赖昌星一时无法定下应对之策。信息告知，此人为人正直，处事公正，北京“网”内人士无由与该副署长接近、联络感情，更不要说为赖说情了。
赖昌星降低要求，只想能和他一起吃餐饭，以后的事情再说。但此人居然连机会都不给，这多少令呼风唤雨惯了的赖有些失落、不满，同时感到遇到强硬的对手，心里有些发憷。
厦门的谋略班子定下的策略是：密切关注，静观其变；如其不识相，定要置远华于死地，那就不客气了，也得给他找一点儿麻烦，再不行就伺机将其“灭掉”。
北京的这位副署长当然不会知道赖昌星的应对方案。这是后来他到了厦门，从案犯的供词中得知，他听后也不过为之一笑。
不过，九九年四月底，自他受命挂帅以来，却为怎样不辱使命而常常度过不眠之夜。
根据中央指示，他得调兵遣将，将专案组搭建起来。首先得对举报信的可靠性进行评估判断，而不能贸然行事，然后要搞出一个侦破方案。这是一个涉及五百亿金额的走私大案啊，一旦动作起来，必然牵出上自北京下自地方的各层次的显赫人物。其中，厦门海关首当其冲逃脱不了干系。目前海关系统，经历湛江大案冲击，已经变得相当敏感了。谁挂帅赴厦门主持查处远华大案？中央钦定了他，用心可谓良苦。
他来海关不久，与海关相关的事并无牵涉，这是有利的一面；然而又正是对海关知之较少，所以让他挂帅查私，当然有门外汉的感觉，这又是不利的一面。
而更重要的是，他虽然对举报信的可靠程度一时还不摸底，对查处的方法、策略也心中无数。在公安部时，他曾过问过几个走私大案。那时已得出结论：走私犯罪，尤其是大规模的法人走私定有背景，定是谋划周全的高智能犯罪。对远华案要是查不下去，要是误入歧途，要是形成僵局而被强行收兵不管出现哪一种情况，他都将时刻处在风口浪尖上，天天在刀刃上跳舞。
专案组领导指示海关总署走私犯罪侦查总局，选派侦查处刘处带领得力侦查人员通过公安部的渠道，从广州潜往厦门。任务是掌握赖昌星走私集团的最新动态。侦查人员潜入厦门后，对重要嫌疑人进行秘密布控。
专案组领导又部署九人小组集中研究，评估举报信的真伪，并尽快拿出初期行动方案。参加过湛江走私案查处的几个同志论证：厦门案走私活动的组织性、系统性、隐秘性均是湛江案所没有的。
另外避开海关的闯关走私，在海关无单证可查。由于各走私链的环节掩蔽，要查出真相必须要破开链条上所涉及的诸多环节，才可获得确切证据。这在查处事后案件（海关专业术语，即走私成功后被发现的案件，其特点是现场已消失，走私货物已不复存在）中又称得上难中之难了，所以，后来中央领导听了汇报后评价说：和厦门案比起来，湛江走私案那是“土包子”所为。
举报材料可信度高，但查证（即调查取证）难度又极大，举报信中的证据材料中，叙述植物油走私的材料不但丰富，而且具有可查性，初战主攻植物油走私。
专案组领导听取汇报，并慎重审核方案，认为分析意见和突破方案很缜密，并且表示赞成方案组的选择，将植物油走私作为突破口，但要确证植物油走私闯关成立，还得排除一个可能性，即厦门关计算机与总署计算机联网传输过程中因发生阻碍而丢失了原来的申报内容。可到厦门海关去查证，在当时无异于“入虎｜穴窃虎子”，而且容易打草惊蛇，可专案组当时的一举一动可以说尽在赖昌星的掌握之中。
为暗查得以顺利进行，章国胜故布疑阵，特意把厦门海关当时分管调查工作的接培勇副关长召至总署，向接交代任务：内地某海关有一案件的货物是从厦门口岸进境，该海关已扣留走私货物。现在总署与该关联合派员到厦门关调查该批货物进口申报情况。因案情重大，希望接培勇全面协调，防止扯皮、推诿，给案件查证工作造成障碍。章要求接不要向调查人员了解案件取证的任何情况，也不必向关党组通气。待案件明朗后，章自己会向杨前线关长解释说明。杨前线、赖昌星很快知道总署已派来调查人员。赖疑窦丛生，暗中派员监视调查人员的一举一动。
要摸清油船有无入境申报，货物进口有无报关，关键之处在于：查阅船舶申报资料、船载舱单以及海关数据库内货物报关资料。前两项的纸页资料在船管科，后三项的电子数据在技术处。调查人员的调查目标锁定在已被中国外代和“思图而特”驻沪办事处的资料确证载油入境、靠泊厦门口岸的红、蓝宝石等五艘船舶上。离京时，章局特地交代傅、李，不准带一页纸，更不准带笔记本进厦门。船名靠脑子记。查获资料不要求复印，也不许记录。因此，他们的基本工具就是人脑。
通过调查断定，“红宝石”轮船在预申报库中出现，完全是走私分子在外代环节留下的一处疏忽过失，或者是“红宝石”电传给外代的预申报资料那天，当班人员恰巧不是被走私分子所收买的人员，他忠实地按正常程序将“红宝石”预申报的电传内容输入了计算机，而数据一经生成就不能更改或是删除，且又通过联网传输进到了海关的电子数据库，走私分子这一疏漏却没有被调查人员疏忽过去。猎人的眼睛一下子就捕捉到了猎物的踪迹。
再调舱单和货物报关进口数据库的数据，时间段相同，又是上千个屏面翻过，但没有“红宝石”及其他四条船的资料。傅、李两人心中已肯定，“红宝石”所载进口植物油并未向海关报关。这一船植物油闯关走私的结论已成立，一份详尽的调查报告摆在专案组领导面前，结论是：厦门地区确定存在植物油走私的事实，专案组初战方案暗查取证成功，专案组将暗查结果上报，高层领导吃了颗定心丸，指示：按突破方案继续出击，一定要尽快将厦门走私黑幕撕开。
赖昌星自从知晓专案批示内容以后，已从多方面实施了挽救颓势的措施：其一，赖携五千钱款进京多方打点，企图摆平事件。然而努力并未取得任何结果。在中央下了决心以后，北京方面在李纪周被“两规”的情势下，无人敢轻举妄动，哪怕发表关于查处的反对意见也被认为是越了“雷池”，查处厦门案的总趋势是无法改变了。现在的努力是要让查处搁浅，造成查不下去的局面才是上策。到那时才可出来说话；其二，赖组织关系网内的律师，有关媒体的栏目主持人，有关创作人员，为其鸣冤叫屈，也未见成效。为此赖昌星继续在全面销毁走私证据方面狠下功夫。他自己办公室的电脑硬盘被拆下，扔到了白鹭洲湖中。侯小虎系赖昌星走私集团中的骨干分子，他到口岸各环节找人谈话，晓以利害，布置再检查一遍，一定要做到不留下有关走私的任何证据；并且赖昌星将掌握走私核心机密的人员作了排队，让这些人随时准备离境出去。
专案组已经做好逮捕准备，云集福州的同时，章局已受命布置调查局从各地海关抽调办过大案的好手共十八人待命。一旦专案组下令动手，十八人即可当天赶到厦门，执行作战方案。
然而会议刚结束，专案组领导便接到厦门侦查人员报来的消息，赖昌星等走私骨干分子已开始相继外逃，看来是有人通风报信，向赖通报专案组行动计划的有北京和福建两地的渠道，由于通风报信者采取了防范措施，无法落实到具体人头上。
随后专案组负责人统一了意见，既然侦查小组已侦查到赖昌星还在走私，而且从多方面获知的信息可以判断，赖昌星只要气候稍有变化定会卷土重来，因为赖布置“撤退”时，对多个核心人物讲过：“出去避一下风，做好三四个月的准备，待专案组查不下去了，我还要通过法律渠道，要专案组还我个清白。”
因此，决定将专案组撤回北京，以缓兵之计，引蛇出洞，然后再杀回马枪，致其死命。
专案前线总指挥向大家布置撤退时说，侦查组要利用一切手段，先全力查破此次通风报信的内奸到底是谁，专案组撤退也不必向省市领导打招呼，因为现时敌我情况不明，就说接到北京的电话，让他们全体返回。
第二天，专案组大部分人员上机场回北京，章局却带着傅处飞往上海。福建省纪委一位负责同志听说后，心里很是纳闷。专案组全部撤走，到底是怎么回事啊？
其时专案组中的侦查人员由于一直未露�