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四库全书馆开馆之初，根据皇帝旨意，所编书籍不过是《四库全书》和《四库全书总目》二种，然而，随着修书计划愈益庞大，增纂书籍越来越多。于是决定增纂《四库全书荟要》，于《四库全书》中“撷其精华，缮为《荟要》”，两书互相补充，并行于世。该书于乾隆四十三年首先告成，共抄两部。乾隆三十九年，皇帝又决定编修《四库全书简明目录》：“篇目不繁而检查较易，俾学者由书目而寻提要，由提要而得全书，嘉与海内之士，考镜源流。”于乾隆四十七年成书，为学者了解十八世纪以前各种主要著述的大致情况提供了方便。
乾隆四十一年九月，皇帝又特命将“所有诸书校订各签，并著该总裁等另为编次，与《总目提要》一体付聚珍版排列流传”，该书遂以《四库全书考证》为名行世。全书一百卷，对于学者校订各种古籍，有着一定的参考价值。
始修《四库全书》时，谕令将《四库全书》抄录四套，分别庋藏于紫禁城、圆明园、热河避暑山庄和盛京故宫四处。随着《四库全书》纂修活动的全面开展，为满足社会需要，乾隆四十二年八月，皇帝决定另缮一套副本贮于翰林院，“既可备耽书之人入署就阅，而传布词林，亦为玉堂增一佳话”。乾隆四十七年七月，在北四阁四套《四库全书》陆续告竣之时，皇帝以江浙为“人文渊薮”之地，为了方便当地士子“就近观摩誊录”，又命再行缮写三套《四库全书》，分贮于扬州、镇江和杭州三地。因而扩大了《四库全书》的影响面，使其成为西汉以来政府组织的历次文化活动中最有意义的一次文化活动。（35）
值得注意的是，《四库全书》对涉及西学的书籍收录颇丰，选取原则主要取决于其实用性，并增广博异闻之效。《四库全书总目》卷首凡例中写道：“外国之作，前史罕载，然既归王化，即属外臣，不必分疆绝界。”（36）其中包括有艾儒略《职方外纪》，南怀仁《坤舆图说》，徐日升与德理格合著的《律吕正义续编》，徐光启《农政全书》，熊三拔《泰西水法》，《表度说》，《简平仪说》，利玛窦《乾坤体义》，阳玛诺《天问略》，利玛窦口译徐光启笔录《测量异同》、《测量法义》、《勾股义》、《几何原本》，龙华民，汤若望等多人编撰《新法算书》，戴进贤、刘松龄等多人著成的《御定仪象考成》，戴进贤、徐懋德及明安图等人所著《御定历象考成后编》，利玛窦口授李之藻撰《圜容较义》、《同文算指》，李之藻撰《浑盖通宪图说》，穆尼阁、薛凤《天步真原》、《天学会通》，邓玉函《奇器图说》，王征《诸器图说》等二十三种。
除了《四库全书》外，在《四库全书存目》里也收录了其他一些西方著作。比较而言，前者所收多为科学性质的书籍，如天文地理，数学测量等，后者则主要是宗教性书籍，如《七克》讲天主教的七宗原罪，《天主实义》、《二十五言》、《辨学遗牍》、《畸人十篇》、《灵言蠡勺》、《空际格致》、《寰有铨》等，均是宗教理论及神学方面的图书，明显地看出，清朝官方的态度是肯定西方的科学，反对西方的宗教。
《四库全书》编纂时期，正是清廷禁教之时，对天主教书籍以存目方式介绍的同时，也进行了严厉的批驳。《四库全书总目》批驳利玛窦《辨学遗牍》说：“利玛窦力排释氏，故学佛者起而相争，利玛窦又反唇相诘，各持一悠谬荒唐之说，以校胜负于不可究诘之地。不知佛教可辟，非天主教所可辟；天主教可辟，又非佛教所可辟，均所谓同浴而讥裸裎耳。”（37）又批驳《二十五言》说：“西洋人之入中国，自利玛窦始，西洋教法传中国，亦自此二十五条始，大旨多剽窃释氏，而文词尤拙。盖西方之教，唯有佛书，欧逻巴人取其意而变幻之，犹未能甚离其本。厥后既入中国，习见儒书，则因缘假借以文其说，乃渐至蔓延支离，不可究结，自以为超出三教上矣。附存其目，庶可知彼教之初，所见不过如是也。”（38）对李之藻编《天学初函》评论道：“西学所长在于测算，其短则在于崇奉天主以炫感人心。所谓自天地之大以至蠕动之细，无一非天主所手造，悠谬姑不深辨，即欲人舍其父母而以天主为至亲，后其君长而以传天主之教者执国命，悖乱纲常，莫斯为甚，岂可行于中国者哉！”（39）甚至在对自然界的认识上，均不认同西学，四库总目评《空际格致》云：“西法以火气水土为四大元行，而以中国五行兼用金木为非。……欲以强词夺之，乌可得乎？适成其妄而已矣。”（40）清廷在社会上禁止基督教的传播，在学术上对其教义、道理也作出多方面的批评，同时，对传教士传入的科学知识也越发采取批驳和抵触的态度。
清朝虽然否定西学根本上的合理性，但认为西方某些科学知识却甚为可取，尤其是对有利于国计民生的实用性科学多加以肯定。四库总目评利玛窦《乾坤体义》云：“是书上卷皆言天象，以人居寒暖为五带，与周髀七衡说略同。以七政恒星天为九重，与楚辞天问同。以水火土气为四大元行，则与佛经同。至以日、月、地影三者定薄蚀，以七曜地体为比例倍数，日月星出入有映蒙，则皆前人所未发。其多方罕譬，亦复委曲详明。下卷皆言算术，以边线、面积、平圆、椭圆互相容较，亦足以补古方田少广之所未及。虽篇帙无多，而其言皆验诸实测，其法皆具得变通，可谓词简而义赅者。”（41）在器械科学上，清廷亦十分推崇西洋之器，四库总目评王征《奇器图说》云：“制器之巧，实为甲于古今，寸有所长，自宜节取，且书中所载，皆裨益民生之具，其法至便，而其用至溥，录而存之，固未尝不可备一家之学也。”（42）至于熊三拔撰写的水车制作程序，若“推而广之，足以利民生也”。（43）在地理书类，清廷认为艾儒略《职方外纪》一书颇有价值，有助于人们认识世界地理状况，书中言及五大洲各国之风土、民情、气候、名胜等，颇有兴味，并载有发现美洲之事。书前后附有万国舆图，北舆地图，南舆地图，足以纠正中国古人天圆地方之许多谬见。尽管四库总目认为它“所述多奇异不可究诘，似不免多所夸饰”，但仍存之以广其闻：“所纪皆绝域风土，为自古舆图所不载。……前冠以万国全图，后附以四海总说”，“天地之大，何所不有，录而存之，亦足以广异闻也”。（44）
余嘉锡《四库全书总目》称其“别白是非，旁通曲证，使瑕瑜不掩，淄渑以别，持比向、歆，殆无多让”。但从另一角度说，其鄙薄二氏，指斥佛老，则见小不大，立论就未免偏狭；其于宋儒，肆意讥讽，恐怕也非正论。
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（1） 《宫中档乾隆朝奏摺》，四五辑，第335～336页，四六辑，第322页。
（2） 《宫中档乾隆朝奏摺》，四八辑，第14页。
（3） 白新良：《乾隆皇帝传》，百花文艺出版社2004年版，第366页。
（4） 许指严：《南巡秘记》，第79页。
（5） 《清稗类钞·巡幸类》，《高宗南巡供应之盛》；参见孙文良、张杰、郑永川：《乾隆帝》。
（6） 乾隆四十五年三月癸巳谕；实际上，各种奢华从直隶就开始了，种种情况，参见白新良，《乾隆皇帝传》第366页；许指严：《南巡秘记》则谓，上谕：“前岁山左过求华丽，多耗物力，朕甚勿取。”实则后此如故也；……又谕曰：“毋张灯演剧，踵事增华……”读此等谕旨，何尝不是节俭爱民，从谏如流，而无如其实际上全然相反，经一番谕旨惩戒，且多一分奢华靡丽，第241～242页。
（7） 乾隆四十六年二月己未谕；其御制驻浙江水营诗曰：江南水营屋三间，已谓不当心踖踧。浙江水营倍过之，点缀亭台及花木。争强长此竟安穷，今驻明发祇一宿。未曾豫戒吾之过，实不思及此豫督。将求吾喜喜何曾，益觉怦怦增鞠恧。
（8） 白新良：《乾隆皇帝传》，百花文艺出版社2004年版，第360页。
（9） 《清高宗御制诗文全集·御制文二集》，卷3。
（10） 参见王英华：《清前中期治河活动研究》，2003年，博士论文。
（11） 《高宗实录》，卷1101、卷1102。
（12） 乾隆四十五年七月辛巳谕。
（13） 乾隆四十六年十一月己酉谕；“从前”议论，参见乾隆十九年四月庚寅谕，上年顺天乡试，问黄河北行故道；今春会试，问黄河下流，皆孙嘉淦、陈世倌一己私见，究亦空言无补云云。
（14） 乾隆四十六年十一月壬午谕。
（15） 《啸亭杂录》卷1《普免天下租税漕粮》，王英华：《清前中期治河活动研究》。
（16） 《啸亭杂录》卷4《李昭信相公》又曰：“然性骄奢贪黩，竭民膏脂，又善纳贡献，物皆精巧。是以天下封疆大吏，从风而靡，识者讥之”。案发下狱，起复后，“贪黩仍如故”。
（17） 在这之前，只有一个例外，即卢焯；卢焯隶汉军镶黄旗，长期出任地方大吏，是一位能臣，每到一地都兴利除弊，广有德政；在审批嘉兴桐乡汪姓分家案，收受贿银五万两案发后，百姓“渲言，求释放卢，推倒都统衙门鼓亭栅门”，“呼呶罢市”，“数万人赴制府军门击鼓”，“呼冤躅足”，因在限期之内退完赃银，皇上免其一死，发往军台效力，乾隆十六年赦归，四年后再度起用。参见李景屏、康国昌：《乾隆、和肓踯罚ㄍ逯榉砍霭嫔�2000年版。
（18） 《朝鲜李朝实录中的中国史料》，下编，卷10；其�