卢叛军，斩首四千余，余部分串吴兴郡和会稽郡。而就在十月，接到命令的北府近海第三舰队汇集了一万水兵和五千水手辅兵，一举收复了上虞、句章、余姚和山阴。直接端了孙泰的老巢。接着又继续攻陷了永兴，与早就接过防务的钱塘连成一片。
孙泰见去路已断。只得转向逃往吴郡，王开、朱武章领军紧追不舍。孙泰残军从三万一路逃散，最后所剩无几，但都是他最忠诚的信徒。逃到海盐，孙泰无路可逃。只得跳海自尽。三千余信徒也跟着他一起跳海，一起成为水仙登入仙堂。
而卢悚见吴郡和吴兴郡都去不了。只得调头南逃。十二月，卢悚残军三千余逃入吴郡桐庐，被宽阔的浙江所挡。看到前无去路，后有追兵，大弟子许龙突然发难，准备用师傅卢悚的人头去将功赎罪，谁知却被卢悚知道了，立即先动手反击。两票人马在浙江边上打得死去活来，等阎叔俭领军赶到时，卢悚残军没剩几个人了，只得束手就擒，而那位可怜的废帝海西公却死在乱军之中，只留得一具干瘦地遗骸。卢悚等七百人被押解到建康，与孙泰残余生还的家人亲信五百余人，尽数被斩首于东吴门前，至此，波及三吴的孙泰、卢悚五斗米叛乱终于告终。
但是北府并没有就此罢手，柳畋奉天子诏书，宣布孙泰、卢悚等三百九十一为妖人，其中原本在建康和三吴诸地呼风唤雨的妙音，于法开等僧侣也名列其中。所有还生还的“妖人”被遣兵从各地搜捕出来，押至建康尽数斩杀，家人尽数发配西州、昭州。当然了，许迈、许谧、杨羲、杜子恭等真正潜心修道的天师道名流被网开一面，只是被训斥一番，勒令不得再擅自传教，全部送至北府长安和洛阳国学中。醉露书院
十二月，曾华上表任命的扬州刺史皇甫真带着一干郡守、县令到建康上任，连经战乱，徐、扬两州地方官吏死伤惨重，空缺甚多，现在皇甫真和章琨带着数百名抽调出来地北府官吏，正好填补了这些空缺，很快就让徐、扬两州政务走上正规。
柳畋等人却没有停下来，他们开始指挥北府兵马收编地方官兵，靖肃地方。至此大乱，那些最忠诚信仰五斗米道的信徒都随着孙、卢二人死伤殆尽，剩下的多是有事求神的信徒，看到朝廷这么大的动静，自然是个个吓得不敢再说自己是五斗米信徒。而这个时侯圣教更是加快传教步伐，一边帮助地方安抚恢复，一边大修教堂，扩张影响力。
更惨的是原本在三吴势力强大地世家，他们中过半被孙、卢叛军所杀，家中钱财被掠一空，部曲佃户尽数逃走；还有一部分世家或者迫于无奈，或者出于野心加入到孙、卢叛军之中，北府平叛大军一来，他们依旧逃不出灭顶之灾的结局，首要族人被杀，家产被没收，族人尽数发配边州。只有少数世家躲入山中。及时逃得性命。如此算下来，三吴整个世家体系真的是损失惨重，就是王、谢、郗等顶尖的世家名门在三吴也损失了众多的子弟和族人，而其余各家几乎是菁英尽失，再加上被杀的各地郡县官吏，使得富庶的三吴之地一下子形成了一个权力真空。当皇甫真等人看到如此情景后对曾华在自己临来江左时所说的那句话深有体会…这些举事叛军地破坏力是惊人的。
在西路，张渠率领益、雍、梁、秦四州府兵厢军，兵分四路，一路以邓羌为主将。统领三万兵马，从鲁阳出发，一路攻陷了南阳宛城，做为北面进攻主力；一路以杨安为主将，统领两万兵马，从汝南出发，先攻陷钟武（今河南信阳）。再取江夏安陆，最后直至夏口（今湖北武汉），切断荆州与江、豫、扬州地联系；第四路以吕光为主帅，统领一万五千兵马，从上庸杀出，先攻陷了房陵。再取了编县和那口城，将襄阳和江陵隔开，把整个荆州分成两截；张渠以毛当为前锋，自领五万大军，从巴陵顺水而下，先取了巫县，再取秭归、信陵，直接威胁荆州的州治…江陵。
在襄阳的桓豁的确如谢安等人预料的一样。处于进退两难地地步。他地兄弟子侄在江东造反，一举攻陷了建康。不但赶跑了天子和太后，还大肆杀戮朝臣和名士，最可恶居然还立了伪帝，自己给自己上封号，历史那些乱臣贼子该做地事情桓秘他们几乎都干绝了。
举兵讨伐自己地兄弟和子侄。朝廷信吗？天下人信吗？坐在荆襄不动。静观其变，这和与桓秘合谋有什么区别？桓豁在襄阳左右为难。手下一帮将领却闹翻了天。以征西将军司马谢玄、征虏将军朱序、奋勇校尉刘牢之为首的一帮将领或是谢安一系，或是桓家多年好友，不管怎么说还是比较相信桓豁不会同流合污，因此他们希望桓豁“勇敢地”站起来，举起大旗，坚决与桓秘一伙人做斗争；以梁王、南郡太守司马续之和江夏相、西中郎将谢蕴为首的一派却不怎么相信桓豁是清白，他们想的更多的是要防止桓豁不要和桓秘同流合污，否则局势将更加危急。所以他们要求桓豁先行自己解职，再公推另一位非桓氏将领为荆州刺史，领军东征讨逆；
第三派是以桓石民、桓石生、桓蕴及桓伊等桓氏族人和亲近之人，原本就对桓冲放弃桓氏家族利益就颇有不满，现在桓秘等人造反，虽然做得有些过了，但这也是在为桓氏争取利益呀，自家人怎么能打自家人呢？所以他们给桓豁的建议是按兵不动，等朝廷来求桓氏了再看形势行事，到时主动权还在桓家手里，桓家依然可以保持权势不败。他们得到了驻守寻阳地江州刺史桓石秀的支持，加上又掌握大部分兵力，一时与前两派相持不下。
谁知北府大军突然雷霆一击，四路兵马迅速将荆州分成几块，而一直纠缠于内争的荆襄在失了先手的情况下还各自为战。梁王、南郡太守司马续之和江夏相、西中郎将谢蕴一派人马见张渠是奉诏接管荆襄，几经挣扎之下还是率先出来从诏，交出了地盘和军队。在他们看来，如果连朝廷诏书都成了一张废纸，那依靠朝廷威势才占得一席之地的他们就什么都不是了。
谢玄、朱序、刘牢之等一派就变得左右为难了，不奉诏吧，跟乱臣贼子有什么吗区别？奉诏吧，明眼人都知道这诏书的猫腻。醉露书院于是他们就和桓豁一起，闭城自守，静观其变。
桓石民、桓石生、桓蕴等人却变成最坚定地反对者，接管荆襄？这不是拿桓氏家族当叛逆来处理吗？荆襄没有了，桓氏的根基也没了，那桓氏岂不是可以任人宰割了。桓石民、桓石生、桓蕴收拾兵甲，各守要冲，与北府军干了几场。北府军也手软，邓羌等人原本是北周的降将，在苻周时期就没少跟荆襄的桓家死掐过，现在遇上了，更加不会手软了，而且他们现在统领的北府军比苻周军厉害多了，所以一路杀过来，没少让桓石民、桓石生、桓蕴等人吃亏。
到了十一月份，待罪的桓冲给桓豁和桓石民、桓石生、桓蕴等人去了一封信。信中说了些什么不得而知，但是没有多久桓豁便下令荆襄军全部接受北府的接管，正式表明了态度，而桓石民、桓石生、桓蕴等人也逐一地向北府投降，交出自己的军队，至十二月，荆州大部分地区和大部分军队被北府军掌握。而谢玄、朱序等人接到谢安地去信后，也加入到桓豁行列中，交出了自己军队地指挥权。毕竟他们亲友族人现在都在北府手里，已经无计可施了。
桓石秀在寻阳一直犹豫到宁康二年二月份，当北府水陆大军开到寻阳城下后，桓石秀终于知道自己孤掌难鸣，只得黯然地出城请降，走上了桓冲、桓豁的路子。三月，曾华上表的荆州刺史封弈。江州刺史徐磋，湘州刺史江灌一一上任。
宁康二年二月，当桓石秀请降的消息传到全椒时，驻节在这里的曾华松了一口气，而滞留在这里地谢安、王彪之等人却叹了一口气，荆、江、扬、徐四州现在已经全部落入北府地手里。江左朝廷真的名存实亡了。接下来大家都在猜想，曾华还会让江左朝廷存在多久？这个朝廷先是被专横地桓温打击得威信全无，接着被一系列的叛乱杀得元气大伤。剩下的人也多已胆丧，只想着在今后如何保住性命。
“见过大将军。”谢安、王彪之、桓冲、郗超连诀来见曾华，当然有非常重要的事情，而他们还跟着一位四十多岁的男子，一脸的紧张。
“见过南亩世兄！”曾华与谢王等人回过礼后，他便向四人身后的这位男子拱手招呼道。他正是刘地长子刘略。
“见过大将军。”刘略赶紧施礼道，他敦诚忠厚。才学也不高，所以继承了刘的爵位后过得很平淡，不像弟弟刘顾那样名扬四海。这次叛乱，刘略一家和其它被曾华点名照顾的各家一样，被一群神秘人在战乱时护送出了城外。一直送到石头渡口。
“不知南亩兄此次来有什么事情？”曾华很客气地说道。
“奉家父遗命。有书信呈与大将军。而在家父遗命中，必须请来朝中重臣和桓家人等当面呈交。”刘略恭敬地答道。
和曾华一样。谢安等人也这才明白刘略的用意。这段时间，曾华将朝中事务全部接手过去，谢安、王彪之等人空闲无用，整日无所事事，多次求见曾华，要求他“还政”，都被他拒绝了，一干人等只得与天子、太后等人守在不大的全椒城，被两万护卫得密不透风。而桓冲、桓豁、桓石虔等人将家人送到许昌后，本人也被召到全椒，等候发落。今日刘略执意请谢安、王彪之、郗超这三位朝中幸存中官职最高的人，外加桓家名义上地主事人桓冲，说是社稷大事，硬拉着他们来见曾华。
刘略掏出一个小木盒，先递给谢安：“请姑父查看一二，是否有泄露之迹？”
谢安接过来一看，只见木盒周围合缝，并没有撬开的痕迹，而正上的木盖上有一个火漆，上面有一个印章，都完好无损。而谢安也终于明白了刘当年为什么会遣人给在会稽的自己送来一方印石，说请自己保管，原来是这般用