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由于军事司法与地方司法截然不同，它必须服从军事指挥制度，而军事指挥官有权对下属士兵或军官进行审判，所以军事检察厅更主要的任务不是去提交公诉，而是审核案件，保证军事司法审判的公正性和官兵的权益，发现有过重或过轻等方面的不公情况，他们有权向同级法庭提交抗诉，要求重新审理，如同级法庭坚持原判，军事检察官可以向上一级法庭要求重判，如果依然由冲突，军事检察官可以向陆海军总检察长提出报告，由他们出面向镇抚署提交抗诉，要求重新审理。
司法制度建设一直是刘浩然非常重视的，军队司法建设虽然起步比较晚，也没有地方司法制度建设那么完善，但是经过十几年的镇抚署等机构的实践，大明陆海军也摸索出一套行之有效的制度经验来，借着这次军队制度的大调整进行完善。
“陆军下属以下机构，研究计划司，负责陆军建设与发展的研究和规划，辎重司，负责陆军辎重分配；契约管理司，负责对陆军装备辎重订购契约的管理；契约审计司，负责对陆军订单的审计；预算度支司。负责陆军整个年度预算开支的管理；军政司，负责对陆军人事叙功，核过、赏罚、授衔的管理以及原枢密院军政司“政治思想工作”职能；军训司，负责国防教育、预备役训练和召集、征兵等工作；情报局，负责陆军军事情报；军医局，负责陆军医疗工作管理；战俘与失踪人员管理局。”
战俘与失踪人员管理局是新设的一个部门，根据大明日益形成的理念，大明子民有为国作战的义务，而只要他上了战场，就是履行了义务，那么不管他是做了战俘还是某种原因失踪了，国家都有责任将其弄回国，生要见人，死要见尸，这是一个国家对其子民必须履行的责任和义务。战俘与失踪人员管理局就是负责这项工作。
契约管理司和契约审计司是陆海军部传统两个部门，由于陆海军部负责大明陆海军装备、建设的订购，每年花出的钱不计其数，所以必须设立两个部门，一个负责下单跟踪，一个负责审计监督。
叶淙温也代表海军部做了报告，内容和陆军部相差不大，不过海军部更加复杂和庞大，因为它要管理远比大明陆地疆域还要广袤的海上疆域以及管制这片海域的庞大舰队。目前许多刚被发现的岛屿和大陆，包括南海众多岛屿和美洲大陆就由海军部代管，而且它还要负责对未知世界的探险，所以架构比陆军部要庞大。
“加上一条，陆海军部尚书必须是文职人员，侍郎就不限定，不过陆海军尚书、侍郎必须由内阁提名，资政院通过方可由我任命。”刘浩然加了一句。
众人听了，不由互视一眼，大家已经明白，这次大改革的目的就是以文治武。将原本非常独立的军队归于国家统一指挥。
接着徐达代表都指挥司做报告，现在枢密院只保留了都指挥司、陆海军指挥司和辎重司，这还是由于军队指挥和后勤的要求必须保留的。
“都指挥司和陆海军指挥司负责平日里陆海军演习、训练的组织和考核，为陆海军部军队建设与发展提供咨询和建议，以及战时对军队的指挥。”
现在枢密院经过改革后已经是权力大减，都指挥司和陆海军指挥司最重要的权力只是在战时对军队的指挥，不过还好，现在大明对外战事接连不断，他们也不会觉得空闲，如果换在了和平时期，他们就只拥有对军队的训练和考核权，还有一项权力则是负责构建全军辎重后勤补给网络以及这个网络的运作。随着大明陆海军进入到热兵器时代，后勤补给已经越发地重要，光靠陆海军部是无法进行支持的，必须有一个强力部门进行支持，刘浩然穿越前就在网上听一位高人说，普鲁士的参谋本部最开始时最主要的职责就是负责后勤，所以他一直对此比较重视。
经过改制，大明陆海军的大权过半被移交到了内阁下属的陆海军部，只剩下参谋指挥和后勤这些非常专业的活依然归军人专属。枢密院几乎只剩下一个空架子，但是刘浩然依然没有撤销这个机构，也就意味着枢密院同知成了一个位高权弱的虚职。
“这次改革的重点是军队必须归于国家，陆海军部是内阁与军队的连接点，也是军队止步的界线。军人不得干政，军队与朝政有关的事情全部到陆海军部为止！”刘浩然厉声说道。众人连连点头，他们已经明白刘浩然此次改革的深意，不过对于他们来说，大明即刘浩然，刘浩然即大明，军队归于大明，与就和归于皇帝陛下没有什么区别。
接着刘浩然讲述了他规划地大明陆海军新的指挥制度：“陆海军部两部根据事态发展需要，提交向某国或某一势力的宣战请求，由内阁递交资政院审议，投票通过后再递交到朕这里，朕只认资政院的通过下达宣战诏书，然后陆海军部授权都指挥司进行战事指挥，下达作战命令。对敌宣战。《大明陆海军守制遵行律》必须规定，如无朕的印玺和资政院的通过书，陆海军和都指挥司不得擅自下达作战命令。”
这时，刘浩然看到刘存胜站在门口，脸上有一丝慌乱，心头不由一跳，但是他还是沉住了气，微微点了点头，示意刘存胜在门口继续等待。
“陆军各卫戍区都督府负责常备军的管理和训练，各省都督负责守备军的管理和训练，海军各大舰队大都督府、海防内河舰队都督府照例遵行，平日他们直接向陆海军部负责，听从两部的换防调遣命令，战时必须听从都指挥司的作战命令。这是法律制度，是规则，包括朕，必须都要遵从。你们再细议，稳妥后形成修正案递交资政院通过。”
各卫戍区、舰队大都督府、各省、舰队都督府保持原状，不过从此前的听从枢密院的命令改为听从陆海军部的命令，而都指挥司也成了名副其实的指挥机构，至于陆海军指挥司则成了都指挥使的副手和陆海军部尚书的军事顾问，没有什么实权了。
一干人退走之后，刘存胜走了进来，递给刘浩然一份文件：“陛下，这是情报科刚送来的情报。”
刘浩然匆匆一看，越看脸越黑，看到最后他忍不住狠狠地将文件拍在了桌子上，怒骂道：“欺人太甚！这些人都是毒蛇！斯文败类，衣冠禽兽！”
刘存胜也不由吓了一跳，他在刘浩然身边几年了，从来没有见过皇帝陛下如此失态过，不过他看过这份情报，里面的内容的确也太气人了。
坐在椅子上的刘浩然不由弯下腰，双手捂着自己的脸，还时不时揪了揪自己的头发。这是他潜意识的一种习惯，以前读书时遇到难题总是这个样子，不过有近二十年没有这样做过了。
“陛下，干脆下诏动手吧。”看到皇帝在那里为难，刘存胜不由大着胆子建议道。
“不，”刘浩然猛地抬起头，双目微红，连声音都变得有点嘶哑，“我费尽苦心为得是什么？剿尽那些理学分子，我一纸诏书就能让数万人头落地，但是我不能这么做！你知道为什么吗？”
“回禀陛下，臣不知！”
“今日我可以下诏肆意夺人性命，明日便会有人举着天命的旗号砍了我的头，我为大明建立律法规则不是为了去破坏它，我不去遵循律法规则，我手下的大臣贵族也可以不去遵循，再下面大大小小的官吏也可以不去遵循，到后来还是回到原来的老路，德主刑辅！那是一块吃人不吐骨头的遮羞布！”
刘浩然看上去情绪非常激动，讲出的话也让刘存胜似懂非懂。不过说完这些话，刘浩然已经慢慢冷静下来，他坐在那里，凝神肃色地默然半天，最后有气无力地对刘存胜说道：“让情报科传信，告诉那边，一切照常进行，不必顾忌。我倒要看看，这些文人还有多少毒计！”
在寂静的屋里坐了几分钟，刘浩然抓起桌子上的文件，快步离开了书房，不一会来到后宫贤妃耿氏的宫院里。
“臣妾见过陛下。”耿氏看到刘浩然突然造访，有点措手不及，连忙与正在说话的皇子刘焕琦一起行礼参见。
“琦儿，你先退下，我有事与你母妃说。”
“是的父皇。” 刘焕琦狐疑地退下，却看到母亲的脸上不如何时飞起一丝红霞。
看到室内没有人，刘浩然无声地将那份文件递到了耿氏的跟前。耿氏不明就里地接过一看，越看越心惊，看到后来居然不由自主地全身在瑟瑟发抖，最后双腿一软，跪倒在地上，泪流满面地说道：“陛下，你要相信臣妾。”
刘浩然无力地挥挥手道：“朕相信你，如果连小小的宫禁都没有了如指掌，还谈什么洞悉大明数万里疆域。”
说罢，刘浩然头也不回地扭头便走。
耿氏在地上发抖了许久，最后连声宫女进来，在宫女的掺扶下才勉强站起来，待到坐在椅子上，耿氏连声道：“快去安寿府邸请我的父母双亲来，就是性命攸关的大事，快快来！”
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第二卷 称雄江南 第二百九十三章 再乱二
第二百九十三章 再乱二
“见过贤妃娘娘！”耿年与夫人尤氏向耿氏行礼。他们虽然享有安寿子爵爵位和诰命夫人。又是耿氏的父母双亲，但是礼节不可费，必须向当了贤妃的女儿拱手行礼，如果按照旧派那套礼仪，恐怕还得磕头跪拜，不过刘浩然已经废止了这套东西。
“父母大人，你们看看吧。”耿氏坐在椅子上，她脸上的惊恐依然没有褪去，递过去的手还有些哆嗦。
耿年狐疑地接过来一看，很快脸色变得黝黑无比，双手也不由地颤抖起来，仿佛那张薄薄的纸有千斤重。
“女儿，这是哪里来的？”耿年此时顾不上朝廷礼仪了，急切地问道�