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吴佩孚最终死于日本特务军医之手。中国近代史上不乏书生领军大获成功的例子，清朝的曾国藩是一个，李鸿章是一个，民国初年的吴佩孚也算其一。
从现有的资料来看，吴佩孚对日本侵华行径是痛恨的。1937年南京大屠杀的消息传来后，他绝食一天，以示抗议。1938年6月9日，国民党军炸开花园口黄河大堤，听说淹死许多日本人，他异常高兴；后又听说有140万人无家可归，他又为此失声痛哭。
董必武曾说过：吴佩孚虽然也是一个军阀，但有两点却和其他的军阀截然不同：第一，他生平崇拜我国历史上伟大的人物关、岳，他在失败时，也不出洋，不居租界自失。……他在失势时还能自践前言，这是许多人都称道他的事实。第二，吴氏做官数十年，统治过几省的地盘，带领过几十万大兵，他没有私蓄，也没置田产，有清廉名，比较他同当时的那些军阀腰缠千百万，总算难能可贵。
有一次，德国大使馆某武官的女儿露娜小姐在洛阳行营偶然遇到吴佩孚，被吴佩孚的书生气质和大将风度折服。三天两头找他沟通国际友谊。无奈吴佩孚就是装聋作哑，假装不领风情。时间长了，露娜小姐耐不住了，给吴佩孚来了个直接了当——发了一封情书。秘书将书信译好交给吴佩孚。吴佩孚提笔批了四个大字：“老妻尚在。”让人原件奉还。
吴佩孚当权后，前来跑官要官买官的亲朋好友络绎不绝。有个吴佩孚的老同学，前来投奔。此人在别处多次当官，几次因为刮地皮过火而被免职。到吴佩孚家，吴佩孚不在，便写了个条子，要求到河南当个县令。吴佩孚回家见到条子，提笔批道：“豫民何辜？”意思是河南老百姓有什么罪过？要你这样的人来害他们？
吴佩孚手下有一个老同事，因为无能，吴给他安排了一个有职无权的闲差，整天无所事事。此人无聊之余，起了建功立业的念头。于是毛遂自荐，写军令状，要求吴佩孚给他10万大军，保证平定南方革命党人，“然后释甲归田，以种树自娱”。吴佩孚知道这家伙属于纸上谈兵式的蠢材，怎么敢赋予大任！就在军令状上批道：“先去种树。”臊得那小子再也不吭气了。
虽然吴佩孚是一个反动军阀，但以上三个涉及私生活、跑官、要官的手谕却很能看出此人与众不同之处。就是今天的官员，也是可以借鉴一二的。
他自撰的对联总结了他的一生：“得意时清白乃心，不纳妾，不积金钱，饮酒赋诗，犹是书生本色：失败后倔强到底，不出洋，不走租界，灌园怡性，真个解甲归田。”一位佩服他亮节的日本东京帝国大学教授送来一副挽联写道：“败师不入外租界，正谊羞登傀儡场。”对吴佩孚之死，北伐中打败了吴佩孚的蒋介石亲致唁电给北平什锦花园吴公馆：“先生托志春秋，精忠许国，比岁以还，处境弥艰，劲节弥厉，虽暴敌肆其诱胁，群奸竭其簧鼓，迄后屹立如山，不移不屈，大义炳耀，海宇崇钦。先生之身虽逝，而其坚贞之气，实足以作励兆民，流芳万古。”蒋介石在重庆为他开追悼会，亲送挽联：“落日睹孤城，百折不回完壮志；大风思猛士，万方多难惜斯人。”国民政府与最高国防委员会还分别决议，追赠吴佩孚为一级上将。重庆的报纸上，誉吴为“中国军人的典范”。
噩耗传出，北平的日本占领军和汉奸政权重重祭奠了这位不肯屈就的大人物，甚至连日军侵华最高司令官也参加了公祭仪式，而华北沦陷区的各省市三日之内均下半旗志哀。
吴佩孚究竟是怎样死的？至少有以下几种说法：
一是“病死说”。
所谓福无双至，祸不单行，吴佩孚牙床发炎后，又因为不小心出去没有戴帽子保暖，天寒地冻，因此就又得了重感冒。那时，吴佩孚有一姓赵的中医，故而由他开了个药方子，先后吃了两服药，效果还不错，感觉都已经快好了。但不幸的是，吴的家人又将吴的老上司——曹锟的医生曹某请来治病，这位医生是有名的庸医，绰号“曹要命”，他草草开了方子，吴佩孚在晚上10点钟服药，刚过12点病况就迅速恶化了。吴佩孚之死，就死在这个江湖医生的手里。
服下曹某开的中药后，吴佩孚浑身发冷，可巧那天吴宅里的暖气又坏了，无论盖什么被子都不解决问题。到了凌晨两点多钟，人已经差不多完了，大家赶忙找来他的儿子——实际上是吴的过继侄子，准备后事。但到了凌晨5点钟后，吴佩孚的病情却又逐渐好起来了。第二天吴见到幕僚们说：“呵！昨天夜里险些死了。”当时吴身边的人大都反对再请“曹要命”来治病，但吴佩孚的夫人张氏非常相信他，因为他是曹锟的私人医生，想来总不会太差。“曹要命”又欺骗张夫人说：“再吃一服药就好了。”结果又吃了一服。这次的反应与上一次不同，不是发冷，而是发烧，将所有的窗户都打开，也丝毫不起作用。
病重乱投医。等吴的家人尤其是张夫人知晓“曹要命”医术不行时，又请了一名中医，但也毫无办法。后来赶忙将德国医院的德籍医生史蒂福斯请来，为吴检查后得知吴的白血球太少，情况非常危险，必须迅速输血，并移至德国医院施行手术。但到了那里后也只是打针用药，并没有依照他的诊断治疗，见此情形，大家都手忙脚乱了。之所以没有开刀、输血，与吴佩孚的反对有关。
此时已是12月3日的深夜。吴佩孚也感觉到自己大概是命将不保，所以先将亲信孙丹林找来，对他交代了一些后事，最后说到一封信，就不能再继续讲话了，故而要拿笔写字，但此时字也写不成了。幕僚们到后，四处找寻那封信，结果也没有找到。本来在北平一切事都由汪崇屏经手，但此信他也丝毫不知情。汪崇屏怀疑此信为日本人要吴出山的最后通牒，如吴佩孚再不屈服，就对其怎么不利。吴佩孚也许找秘书陈廷杰拟了一个稿，一并放在一个秘密的地方，在病重时就说不出来了。这封信后来再也没有找到，成了一个待解之谜。
12月4日早晨，吴佩孚回光返照，吃了一大碗粥，这时德国西医要求入院开刀，吴坚决不肯去。且将装殓的衣服找出，准备后事。这时齐燮元、符定一与川本大作带了一名日本医生——华北驻屯军军医处长石田，前来要求看治，吴佩孚态度坚决，不让日本医生看病，齐燮元当时又急又气，对张夫人说：“你们老爷不要日本人给他看病，是怕日本人害死他。”齐就偕同川本、石田等上楼，为吴强施手术，汪崇屏对齐说：“恐怕这样不是办法，他已经不行了，为什么还要日本医生担此恶名呢？让他安静地死去，不更好吗？”齐燮元问日本医生：“怎样？”日本医生点点头，表示也许还可以治，结果一刀下去，吴就断气了。齐哭着走下楼来，顿时里里外外哭声一片。一些年轻气盛者，在楼下闹着、嚷着，要打死那两个日本人，川本和石田躲在楼上，一动也不敢动。汪崇屏当时对他们说：“人已经完了，还闹什么？凭良心说，他们也是为吴先生好。”川本、石田被困在楼上，停了大半天，才被送走，境况十分狼狈。
吴佩孚在牙疼初发时还有一段插曲：大总统曹锟一子一女，是姨太太所生。这名姨太太手里有一些积蓄，临死时将子女两人托吴佩孚照顾。他儿子名叫曹得岳。这个孩子因为手里有些钱，从小又没有严加管教，所以在长大后，经常出入烟花柳巷，狂嫖滥赌，等到钱花光后，吵着、闹着要跟他姐姐分家，并且马上就要分。吴佩孚虽然很不舒服，但还是下楼看着他们姐弟俩分东西。当时有一根翡翠棒，非常名贵，吴说：“这个不能分开了吧！”得岳将翡翠棒接到手，说：“这还不简单！”砰的一声，就将翡翠棒折成两段。吴佩孚大怒，但对得岳又毫无办法，心里很是难过，一言不发，独自回到楼上。这桩不愉快的家庭纠纷，对吴佩孚的病情也产生了推波助澜的影响。
二是暗示“日本人害死说”。
吴佩孚1932年1月寓居北平，1935年拒绝参加汉奸策动华北自治活动。“七？七”事变后，拒不出任日军策动组织的北平维持会会长职。1939年11月因牙疾被迫入日医院治疗，当日猝亡。
三是“死因多方面说”。
一方面暗示吴佩孚死在日本人手中，一方面又说另有原因。其文是：“1939年冬，吴佩孚牙疾发作，右颊肿痛。12月4日，日本特务川本芳太郎介绍日本医生为他开刀拔牙，当天暴卒于什锦花园公寓。”
四是明示“日本人害死说”。
《民国怪状大观》就是这么说的。原文是：“据说吴佩孚死于牙疾，且主刀者系日本人医生石田。那日医动手术时，只一刀下去，只听吴大帅一声惨叫，顿时喉管开裂，血流如注而身亡。终年66岁。”
吴佩孚是一个大军阀，军阀这个词给中国人一种非常恶劣的形象，实事求是的说，只要是军阀就肯定不是个东西。但是从历史的眼光来看，吴佩孚又是一个好男儿，一个堂堂正正的中华汉子。
首先，吴佩孚是一个具备人类基本良心和道德的人。张敬尧在湖南烧杀抢掠，无恶不作，湖南几成人间地狱。吴佩孚本来就对段琪瑞、张敬尧不满，又见张丧尽天良，决议不愿作其看门狗，毅然以换防名义北上，张敬尧一失去吴佩孚这道防护墙，立马崩溃，可以说，没有吴佩孚的北走，历史上著名的“驱张运动”就不可能成功。吴佩孚作为一个军阀，换防北上有他的利益需要，但是吴如果想得到更大的个人野心的话，可以做出比北走更好的行动。吴佩孚的行为是一个具备人类基本道德和良心的人的反应。
吴佩孚更是一个明辨是非的人。吴号称