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这回，富明法师领诵《大佛顶首楞严经》。施剑翘本来坐在后面，离孙传芳较远。后来，她故意提高声音说：“后面的炉子烤得我太热了。”一位居士接过话头说：“你不会到前排去吗？”她正求之不得，立刻答应一声：“好！”向前数步，她就到了孙传芳的右后方。当众居士跟着富明法师齐声奉诵的时候，孙传芳也闭目盘坐在前排的蒲团上一起吟诵。施剑翘看到机会来临，突袖出手枪，向孙传芳后脑狙击。该弹由前额射出，脑髓溅流，孙传芳当场倒地，施又射一弹，由右太阳穴射入，左额穿出，第三弹射腰部前胸透出，孙传芳立时身死。众居士被这突如其来的枪声吓得魂飞魄散，一个个面无人色地瘫坐在原地，竟然没人想到往寺外奔逃。施剑翘倏地站起身，大声疾呼：“各位朋友不要怕，我为父亲报仇，决不会伤及无辜！孙传芳是我打死的，一人做事一人当，不会连累大家。”说完这话，施剑翘一面喊一面跑到院外，从身后抽出印刷好的传单和一摞“告国人书”扬手四散，上面写道：
各位先生注意：一、今天施剑翘（原名谷兰）打死孙传芳，是为先父施从滨报仇。二、详细情形请看我的告国人书。三、大仇已报，我即向法院自首。四、血溅佛堂，惊骇各位，谨以至诚向居士林及各位先生表示歉意。
此日期正好是父亲被害的十周年纪念日。然后宣布已替父报了宿仇。看了传单，道友的表情无非两种，或赞叹，或惊恐，也有人嘀咕这是现世现报，天地间真的报应不爽啊！
面向尚未散尽的佛友历述自己的父亲当年被孙传芳杀害以及孙传芳的其他罪状，最后大声向在场的居士、僧人念了她日前写的那首感怀诗，然后向该院僧人性慧大喊：“快去报警”，并说明自己要去自首。当她转身奔向电话房，欲打电话自首的时候，居士林警区值勤的岗警王化南闻枪声赶至。施见警察过来于是将手中凶器勃朗宁手枪一支和三发子弹交出，并对警察说：“我杀了人，你带我去自首。”岗警王化南当即将施带往该管区警察局讯问，旋又将施移送市公安局，并于当日解至法院拘禁。
下午六时，《新天津报》发出号外。
次日，天津、北平、上海各报都以头号字标题刊载了这一消息，全国轰动。
第二天，案件被移送到天津地方法院检察处。在侦讯中，施剑翘不讳事实，直陈杀人经过和原因，慷慨激昂，方寸不乱，所言震人心魂，举座皆惊。
此时，孙传芳被刺消息传到孙家，孙府顿时乱作一团，孙传芳的尸体运抵孙宅，周氏俯抚孙尸失声痛哭几经晕绝。次子孙家钧闻耗当日赶回孙府，长子孙家震闻听父丧也赶回孙府。孙家震说他闻自己父丧顿感天塌一般，久立茫然不知所措。孙府全家哀伤后，急忙料理孙之后事。11月14日，孙宅举行大殓，他们为孙传芳穿的寿衣是一套红缎绣花僧袍，并配以佛珠。然后又将孙尸之伤处缚以红绸，最后给孙传芳戴上僧冠。孙传芳的寿材是孙家在潘复家花了八千元才买到的，据说原是潘复之父备用寿材。寿材是金丝楠木打制，相当考究。孙传芳入殓时，举宅肃立，在哀乐声里，孙家把孙传芳盛殓在金丝楠木的棺材中。孙宅男女老幼哭成一片。之后，孙家一面赶办孙之丧仪，举行开吊仪式，一面又商议馈以重金延聘知名大律师具状天津地方法院，请求官方严惩凶手施剑翘。
施剑翘哪来的枪？跟谁学的射击技术？有没有共犯和更深的犯罪背景？检查官进行了详细的追问，施剑翘从容不迫，侃侃答对：“我为父报仇，蓄谋已久，并没有、也不可能有什么别的背景。父亲如果战死在两军阵前，我不能拿孙传芳做仇人。他残杀俘虏，死后悬头，我才与他不共戴天。我的本家兄弟和我礅夫都是有枪有势的人，却忘恩负义，不肯为我父亲报仇，我不可能再去找别人。再说，要刺杀像孙传芳这样的人，关系极为重大，如果不小心谨慎，连我的命也会搭上。所以买油印机，刻写印刷品，都只能由我一人担任，连母亲也不知道。手枪就由太原我丈夫那里带来的。至于射击技术，我在幼小时就常拿父亲枕头下的手枪玩，很知道如何装子弹，怎样放枪。”检查官再传讯当时在现场的证人，都不能证明行凶时有第三者介入，于是就向地方法院提起讼诉。
施剑翘在接到起诉书副本后，提出答辨状。指出起诉书中未说明自首情节。在庭审中，被告的辨护律师也有同样的意见。检查官反驳说：“所谓自首，应是被告犯罪事实在未经发觉前或无人知情时，由其本人向有关侦察或审批的机关人员主动陈明、承认，方能成立。本案被告杀人于大庭广众之中，在重目睽睽之下，虽然直陈犯罪事实，但这只能说是自白，不能算自首。”孙传芳家属也写状和陈言施从滨军队纪律极坏，危害地方。孙传芳是为民除害。施剑翘预谋杀人，应从重断处。
在审理过程中，国内妇女、教育各界及一些民众团体分别发出电报、快邮等，向国民政府呼吁释放或特赦施剑翘。当时的刑法规定“杀人者处死刑、无期徒刑或十年以上有期徒刑。”地方法院审理终结后，于是从轻判处施剑翘有期徒刑十年。被告施剑翘当庭声明不服，上诉于河北高等法院。被告辨护律师指出：“检查官认为被告非自首，殊属失当。被告在刺孙之后，在场人众均纷纷逃散，被告却未离开现场，而是要别人去报告警察。警察到后，她主动交出枪支，自认犯罪。这怎么能说不是自首？况且被告散发的传单也写明：大仇已报，我即向法院自首。”说明她自首的决心是早已下定了的，她杀人后不离现场，让别人代为报警，应该说这是间接自首。试问在这种特殊场合下，被告怎样才能实现她自首的意图？
高等法院受上诉，再度开庭，传讯证人，审理终结，改判上诉人有期徒刑七年，施剑翘仍不服，再上诉到南京全国最高法院。
施剑翘到监狱服刑后，孙案应该就此了结；但是施中达仍不放弃营救姐姐，继续奔走，向上层社会政要求助。最后通过关系找到冯玉祥。冯当时是国民政府委员，在中央说话很有影响。冯对当时社会热门话题“施剑翘刺杀孙传芳”早有耳闻，惟因地位关系不便直接出面说话。此次施中达找上门来，冯也不加推却，当即应承为施解困。
冯玉祥与施剑翘的生父施从云曾在清末同时发动滦州起义，施从云遇难，国民政府已明令将施从云列为革命烈士永志纪念。因为有这一层旧友关系，再加上冯素和孙不睦，芥蒂很深，所以冯才欣然答允施中达解救施剑翘。
冯玉祥插手解救施剑翘以后，上与最高法院院长焦易堂疏通关节，下与河北省高等法院的邓哲熙院长联络友情，同时又在国民党内联合国民党元老于右任、李烈钧、张继等中央委员联名上书国民政府，营救正在服刑的施剑翘。
在冯玉祥等人的请求下，国民政府中的不少政要皆表赞同为施剑翘减刑。在国内各民间团体继续向国民政府呼吁，要求释放施剑翘的声浪日高，发往有关方面的信电与日俱增。在民众舆论的压力下，同时也是于自身利益的考虑，1936年10月14日，国民政府委员会经过反复研究，发布公告决定赦免，全文如下：
施剑翘因其父施从滨曩年为孙传芳惨害，痛切父仇，乘机行刺，并及时坦然自首，听候惩处，论其杀人行为，固属触犯刑法，而一女子发于孝思，奋力不顾，其志可哀，其情尤可原，现据各学校各民众团体纷请特赦，所有该施剑翘原判徒刑，拟请依法免其执行等语。兹据中华民国训政时期约法第六十八条之规定，宣告将原判处有期徒刑七年之施剑翘特予赦免，以示矜恤，此令。
施剑翘入狱将近一年，1936年10月15日，国民政府主席林森的特赦令下达后，河北省高等法院饬令天津地方法院遵照国民政府训令，当日宣布施剑翘赦免释放。此时，施剑翘听到这个消息，神情显得异常平静，她脱去囚服，重获自由，却并未欣喜若狂。
由国民政府直接出面干预司法，在民国时期甚为罕见。
施剑翘被赦免走出天津第三监狱的大铁门后，孙家及孙部旧属对此均表强烈不满，有的部将甚至要拉队伍和国民党拼命，最后经内部讨论，大家都感到谁也不能推翻国民政府的行政命令，只有将满腹怨恨埋在心里。孙家和支持孙家的一方后来得知是冯玉祥从中为之出力，皆对冯恨之入骨。
孙家在这场官司中花费虽巨，亦没得到圆满的解决，眼看着女凶手逍遥法外，亦奈何不得，怨愤之余，惟一的心理慰藉就是厚葬自己的老人孙传芳。最后孙家出资16万元，在孙传芳生前在北平市西山卧佛寺侧畔购置的一块茔地建造一所孙氏祠堂和孙氏墓地。这项工程由程登科会同卧佛寺主持智宽共同承办，监工修造由程的盟兄何毓华负责。经过三年多的时间，孙氏祠堂和孙氏的陵墓全部竣工。1939年3月，孙传芳及其张氏夫人、周氏夫人均妥善得以安葬。
施剑翘被放不久，抗日战争爆发，她先后辗转到长沙、重庆等地，筹措慰劳品，办从云小学，做了不少有益于国家、人民的工作。1952年她因病移居北京。病愈后又称居五台山光明寺村，并以居士身份在碧山寺修行。之后为北京市政协委员会特邀委员，1973年病逝。
原来孙、施两家恩怨，社会各界并不了解，近经双方彰明事情原委，则仁者见仁，智者见智，各有不同看法，不过大多数人认为孙传芳是北洋军阀死不足惜，也有一小部分人认为此乃情法之争，总的来说多数人已经站在同情施剑翘的立场上了，甚至有人倾慕“侠女”行为。
孙传芳被刺事件发生后，过去在军政界有地位的居士们，对居士林从此视为畏途，裹足不前，靳云鹏偶尔来林，亦必戒备森严。一般居士也认为