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为了防备万一，成吉思汗命令速不台与幼子拖雷，各自带领一支人马，在夜间巡营，督促各营将士增派岗哨，不得粗心大意。
天黑之前，耶律楚材向成吉思汗说道：“报告大汗，傍晚城内宿鸟纷纷外飞，可能夜里要来劫营，不可不防啊！”
成吉思汗听后，似信非信地“啊”了一声，正想再加细问，耶律楚材又接着解释道：“当前，正是春末夏初季节，鸟儿白天在外捕食已经劳累，傍晚前便要归巢休息，怎奈城里兵马频繁调动，一片刀光剑影，吓得宿鸟惊飞，所以我估计城里敌人可能于夜间派兵出城，偷袭我军大营。”
成吉思汗这才相信，立即命令大将速不台、拖雷等加强夜间巡逻，随时准备围歼来袭之敌。
当夜，刚至三更时分，哈迷底布尔与怯石力的兵马悄悄出城，已被蒙古的巡逻士兵发现，一齐大声叫喊道：“城里敌人来劫营了！”
这一处报警，其他各处也纷纷行动起来，各营将士立即出营，把出城的哈迷底布尔与怯石力的五千兵马团团围住，厮杀起来。
哈迷底布尔忙向怯石力说道：“我们的行动已被蒙古人发现，不如撤兵回城吧！”
怯石力看着周围成千上万的蒙古骑兵已经围过来，眼看回城的道路已被堵住，便说道：“现在已经退不回去了，只有拼命厮杀，杀退蒙古人，才有冲出去、撤回城的希望！”
于是，二人便指挥兵马与蒙古骑兵展开肉搏，因为蒙古军队越来越多，他们便且战且退，往城门处靠近，怯石力向城上大声叫道：“既不出兵援助，又不快开城门，放我们兵马进城，难道让我们战死城下，全军覆没么？”
尽管他喊破嗓子，城上守军仍然无动于衷，眼睁睁地看着蒙古骑兵消灭了这支出城劫营的队伍，哈迷底布尔被乱刀砍死，怯石力借着夜色的掩护，冲出重围，逃向撒马耳干去了。
天明以后，城内主将阔克汗与副将舍云治罕登上城头，见到城下死尸狼藉，血流成渠，一股血腥气味阵阵传来，知道那是夜间出城去劫蒙古大营的队伍已被歼灭。
他们又见城外的蒙古骑兵堵塞了四郊，遍地刀枪林立，人喊马叫，吓得手足无措地说道：“惟有逃出城去，才有活路。”
次日拂晓，未等蒙古大军攻城，阔克汗与舍云治罕不顾谟罕默德的厚望，各带一万兵马，从南北西门同时冲出城来。当时，蒙古士兵正在熟睡，未料到城内敌人会在凌晨突围，便匆忙应战，竟被城内兵马冲得七零八落，纷纷败退。
此时，阔克汗与舍云治罕若是指挥士兵继续追杀蒙古军队，定能取得巨大胜利。可是，他们见到蒙古人退却，不但不追，反而慌慌忙忙地向国都撒马耳干逃去。
后来，成吉思汗来到阵前，看到城内兵马急匆匆逃走的样子，忙向他的部下问道：“敌人突围逃跑，为什么不去追杀他们？”
此时，速不台、拖雷等才从慌乱中清醒过来，立即带领兵马，随后追去，一直追到阿姆河岸边，才赶上了敌人，把他们包围起来，全部歼灭了。
守军被蒙古军队歼灭的消息传到不花剌城里之后，那些伊斯兰教的长老、法官、宗教首领们一齐出城，请求朝见成吉思汗，表示愿意献城投降。
于是，成吉思汗在拖雷等将领陪同下，进入不花剌城。
成吉思汗骑着马，带着一队人马走到了大清真寺前。他登上台阶，大声地说道：“野草已刈，田野中无足够的草料，就在这里把我的战马喂饱！”
接着，一些蒙古人掏出酒囊在寺中开怀畅饮起来，他们还把不花剌城里的歌女们拉到这里，命令她们一边唱歌，一边跳舞。唱到热烈之处时，许多蒙古人也走过去，放声歌唱，纵情跳舞，声震四野，响彻云霄。
成吉思汗从城里出来后又召集城民训话，宣布谟罕默德国王背信弃义的行为，并声称自己是“上帝之鞭”，降罚于他们。当时内城有一部分军民不降，蒙古军在抄掠后，放火烧毁了居民的房屋，并用火攻内城，遇害者计二万多人。繁荣的不花剌城被夷为平地。残存的城民、青壮年月日男子被驱使从征。
成吉思汗带领兵马，离开远在冒着滚滚浓烟的不花剌废墟，向花剌子模国的首都——撒马耳干进发。在行军的路上，这位大汗立刻命令另外两路大军，尤其是他的长子术赤、次子察合台、三子窝阔台，迅速带领军队向撒马耳干会合。
谟罕默德的这个首都撒马耳干，又称寻思干（我国汉代称它为康居），其名意为肥沃的都市，原为奥斯曼汗的独立领地。
成场繁荣、文化发达，宠大的图书馆与华丽的宫殿并肩林立，是当时东方伊斯兰教的中心，人口号称五十万。
撒马耳干位于阿姆河水上，沿河风景优美。举目所见，尽是令人赏心悦目的公园，果实累累的果园，绿草茵茵的草地，恬静舒适的别墅，纵横交错的水渠。
同时，撒马耳干历来是河中地区的政治中心、经济重镇和军事要地。该城北有红沙漠为屏障，南有铁门关天险作护卫，锡尔河、阿姆河遥遥从三面环绕着它，地势优越，又是东西南北的交通要冲，因此战略地位十分重要。
为了保卫首都，谟罕默德在城周围建筑了许多外垒防线，加高了城墙，挖壕蓄水，守军增加到十一万人，全是花剌子模国的精锐之师。
更令人吃惊的，他还在城内配备了二十头躯干健全、貌似凶神的大象。这些战象能扭弯圆柱，和蛇作耍，浑身披着五颜六色的铁甲，让它们充当前锋，作为骑兵在战场上的防护神。
城中的守将是谟罕默德的舅父，是他母后的弟弟塔海汗，据说他胆大心细，有勇有谋，是个难得的军事指挥员。
一向用兵谨慎的成吉思汗，早就听说关于撒马耳干守军纵多，城堡不可攻破的消息了，于是，他派出侦探人员，认真搜集有关撒马耳干的情报，找出了撒马耳干防守的薄弱之处，决定采取分割包围，各个击破的策略。
谟罕默德听到蒙古人进入河中的消息后，慌忙逃离撒马耳干，退到阿姆河以南了。
公元一二二○年的五月，成吉思汗率领大军直奔花剌子模国都——撒马耳干，选择离城十里的阔克萨莱作为蒙古军队的大本营。通过实地侦察，他发现撒马耳干三面环山，只有城西是平原，便决定将厮杀的战场放在这空旷的西门外，以利于善长野战的蒙古骑兵。
在侦察当中，虽然他看到了撒马耳干那坚固的城墙，深深的壕沟，铁制的城门，也在心中不断地赞叹此城确是坚固得名不虚传，可是他更看重人的因素。
在巡视中间，大汗反复向他的部下说：“城的强大，只有赖于防御者的勇敢才行！”
换句话说：固若金汤的坚城，在怯懦的将士手中也是守不住的，而终为英勇无畏的军队所破。
为了迷惑城里敌人，成吉思汗聪明地实施了“借兵于敌”的策略，让各地的俘虏穿上蒙古人的服装，组成十人一队，打着一面蒙古人的旗帜，命令他们一队一队地从城下走过，故意向城上的守军示威。
这一招还真灵验哩！城上的守军看到城外一队队的蒙古军队耀武扬威地从城下经过，只见那鲜艳的战旗铺天盖地，人马如潮似海，慌忙去向守将报告说：“蒙古的兵马真多啊，其人数超过沙粒和雨滴，他们把我们的撒马耳干团团包围，水泄不通，水泄不通啊！”
这个“借兵于敌”的计策，确使守军中计，他们认为蒙古军队人多马壮，未战之前，已经起到了一个先声夺人的威慑作用。虽然攻城的准备已经做好，但是成吉思汗并不急于下达攻城的命令，又派出智勇双全的者别、速不台两员大将，以及脱忽察儿等，命令他们各带领一万骑兵，去迅速地追歼谟罕默德。
为了防止谟罕默德的长子札兰丁从南方带兵来援助撒马耳干，成吉思汗又派大将葛答里、矛撒兀儿等带领一万人马，前往铁门关、护沙以及塔里塞，以狙击可能来的援军。
在进攻撒马耳干的一切准备就绪之后，成吉思汗向广大将士说道：“你们已经在阔克萨莱休息了整整三天，现在，向敌人讨还血债的时刻到了！而敌人就在撒马耳干城里，让我们立刻行动起来吧！”大汗的话一说完，蒙古大军便以迅雷不及掩耳之势，呐喊着，冲向前去，把撒马耳干包围得水泄不通。
此时，城里的西门守将阿勒巴儿汗（其名为“一个勇敢的人”的意思），不顾主将塔海汗的劝阻，坚持带领一万人马出城，要与蒙古人决一死战。
双方兵马在西门外的平原摆开阵式，先是用弓箭对射，箭矢如雨似地落在对方士兵中间，各自伤亡都很重。
一向以爱才闻名于蒙古草原的这位蒙古大汗，他站在高坡上亲眼看到阿勒巴儿汗的勇猛拼杀的身影，又见他在拼杀中指挥兵马的卓越才能，不由得在内心深处产生了惺惺相惜的愿望，心想能捉住这位大将，该有多好！
第二天，成吉思汗亲自上马，指挥兵马攻城，并命令各营将领，抢占有利地形，狙击城内兵马出城，谁若放敌人出城，将以军法处之。
这时他意识到花剌子模的骑兵，其战斗力并不弱于蒙古的骑兵，不放它出城，把它困在城内，慢慢消损它的战斗意志，然后再伺机歼灭之。
这一天的攻城打得也很激烈。虽然塔海汗主将决心不大，但是在阿勒巴儿汗的说服带动下，巴力失马思汗、撒儿昔黑汗、兀剌黑汗等，各守一门，负责指挥守军反击。
城上城下，矢石横飞，弓弩齐发，人喊马叫，炮声隆隆。震得山鸣谷应，百里之内鸟儿不敢停飞。
成吉思汗亲自指挥攻城的战斗，先以射石机、火焰喷射机、火箭投射器、弩炮等进行猛烈�